9月14日，光绪皇帝决定开懋勤殿，计划任命李瑞棻、徐致靖、康有为、杨深秀、康广仁、梁启超、谭嗣同、林旭、杨锐、刘光第为顾问，咨询改革官制等方案。光绪帝为了避免慈禧太后和守旧大臣的指责，就让谭嗣同根据内监拿出的康熙、乾隆、咸丰三朝“圣训”，拟写“诏谕”，然后请命于慈禧太后。谭嗣同从这件事，看出了光绪皇帝确实无权，而受制于慈禧太后；同时想到天津阅兵的时间迫在眉睫，将要出现非常激烈的斗争，而维新派虽然在光绪皇帝的支持下取得了草拟谕旨和阅览奏章的权力，但没有掌握军队权，也就无法来保障变法运动的推行和防御顽固派的迫害。
在这种情况下，谭嗣同考虑到如何利用光绪皇帝的关系，结纳拥有重兵的将帅为援。究竟召哪一部分“外兵”最合适？谭嗣同和康有为研究后，认为曾加入强学会并握有7000人武装的袁世凯可为己用。于是派遣徐致靖的侄子徐仁录去天津小站探视袁世凯的虚实，见面时，袁假意恭维维新派。与此同时，谭嗣同密荐袁世凯有“将才”，要光绪帝“先发制人”，把顽固派所依靠的慈禧太后“监禁在颐和园，以期制止顽固派对于维新的一切障碍”。光绪帝看了谭嗣同的密折，立即采纳，招令袁世凯入京觐见。光绪皇帝于9月16日召见了袁世凯，夸奖他练兵有功，并提升他为侍郎，叫他专办练兵事务，以保新政。
9月中旬，政变风声四紧，光绪皇帝在惊惶失措之中，于14日黎明时召见杨锐，问他是否可想一良策，既可排除维新变法的阻力，除旧布新，使中国转弱为强，而又不致有拂“圣意”，并泣涕商量保全之策。杨锐原是张之洞的门生，以新进官僚表示支持维新而得到光绪帝的信任。但此时他畏惧推辞，于是光绪帝写一道密诏，说自己“位且不保”，要杨锐和康有为、谭嗣同等商量，赶紧设法“相救”。杨锐接受密诏后，惊惶无策，数日隐匿不敢出门。
光绪帝召见袁世凯的当天，前往颐和园向慈禧太后问安，了解到阴谋政变的危急情况，就于次日回宫后，写第二道密诏约林旭带出，要康有为迅速出京，留着性命以便今后为他出力。之后，光绪帝又召见袁世凯，向袁世凯授意：回天津后，“即带兵入京师”，“以免意外之变”。
袁世凯本是李鸿章提拔的洋务派官僚，虽曾参加过康有为倡办的强学会，只是借此沽名钓誉，根本没有一点要变法的思想。此时他正心怀鬼胎，表面应付，而内心是不愿冒险地与掌握军政大权的后党为敌。所以他在光绪帝召见后，就谒见刚毅、王文韶、裕禄等属于后党的大臣，扬言自己无功受禄，一定力辞，借以试探这些权贵的口气，并企图表白自己虽被光绪帝所提拔，但并没有丝毫与后党为敌的意思。
顽固派得知光绪帝召见并提拔袁世凯后，荣禄立刻密谋制造了英俄在海参崴开战的谣言，借机调动聂士诚的武毅军移驻天津陈家沟一带，守住北京至小站的过道，以防袁世凯的军队西行；又调动董福祥的甘军移驻北京南面的长辛店，准备对帝党和维新派进行镇压。慈禧太后为首的顽固派布置政变，已呈剑拔弩张之势，而光绪帝的第一次密诏，直到9月18日早晨，杨锐才交给林旭。林旭马上将两道密诏分别带给谭嗣同和康有为。康有为、谭嗣同看了光绪帝的密诏后，相对痛哭，束手无策，除拉拢袁世凯之外，又幻想取得英、日帝国主义的支持，挽救败局。
英、日帝国主义为了和沙俄争夺在华霸权，曾表示愿意帮助中国变法。维新派轻信了他们的诺言，称赞英、日帝国主义是“救人之国”，并奏请光绪皇帝联合英、日对抗顽固势力。英、日帝国主义也密切注视中国政局的发展。9月14日，日本前首相伊藤博文来到北京。他原想博取光绪皇帝和维新派的信任，操纵中国政治，但当他发现维新派的败局已定，便无意支持光绪皇帝的维新变法，只对光绪帝和维新派虚表“同情”。康有为等人也曾到外国驻华使馆要求支持，但毫无结果。
9月18日，谭嗣同急电唐才常：“速偕同志，来京相助”。晚上，谭嗣同独自一人急赴袁世凯在北京的住地法华寺。他不等通报即闯入袁宅，他开门见山地问袁世凯：“荣禄他们准备趁皇上到天津阅兵的机会，阴谋废掉皇上，你听说了吗？”袁世凯回答：“嗯，我听到一点传闻”。谭嗣同接着说：“现在皇上大难临头了，只有你一个人能够救他，你如果愿意救，就救他；不愿意救，就请你到颐和园慈禧太后那里去告密，杀了我，你就可以享荣华富贵了！”袁世凯看到谭嗣同声色俱厉，腰间隆起，好像携带着利刃，知道他不达目的，是不会轻易走的，便假惺惺地说：“你把我袁某当成什么人了？你我都是受过皇上特殊恩典的人，救护皇上，不但是你的责任，也是我的责任。有什么，你就尽管吩咐，我袁某一定万死不辞！”
听了袁世凯的话，谭嗣同以为袁世凯已被说动，连忙拿出光绪帝的密诏，激动地说：“你如果真心救皇上，就立刻回天津，杀死荣禄，然后率兵进京，一半兵力包围颐和园，一半兵力守皇宫保卫皇上。”并告诉袁世凯，他自己已雇有好汉数十人，并电告湖南召集良将多人，很快就到，他将率领这支武装力量除掉慈禧太后这个老朽。
袁世凯听了这番话，左右推托，经谭嗣同再三催促后，袁世凯才表示：“如果皇上在阅兵时，迅速跑到我的大营里，传令杀奸贼，我袁某一定拼死去干”。谭嗣同说：“荣禄可不是等闲之辈，恐怕不那么好对付吧？”袁世凯拍着胸脯满口答应：“如果皇上在我军营里，只要命令我下手，那么杀一个荣禄就像杀一条狗那样容易！”谭嗣同提醒道：“恐怕等不到10月，就会发生变乱，势甚迫急，必须早做准备。”
袁世凯借口事机紧迫，必须立即回天津部署。袁世凯骗走谭嗣同后，反复筹思，如痴如病。他感到光绪皇帝既没有实权，又没有军队；维新派也是空谈书生；慈禧太后掌权多年，根深蒂固，投身光绪，自身难保；投靠慈禧，可升官发财。
9月20日，袁世凯向光绪皇帝再次信誓旦旦地表示自己的“忠心”。傍晚，他急忙赶回天津，到总督衙门向荣禄告密，同时策划镇压维新派。当夜，荣禄急忙入京，向慈禧太后报告。次日凌晨，慈禧太后决定发动政变。经过周密布置，立即回宫，命太监收了光绪帝的玺绶，随即将光绪幽禁在中南海的瀛台，重新宣布“训政”。同时下令搜捕维新派。杀气腾腾地要杀尽维新派，剿灭维新变法的思想。
在政变前一天，康有为按照光绪皇帝的旨意离京赴沪，在英国人的保护下逃往香港。梁启超则在政变当天躲入日本公使馆，后在日本人的掩护下，乔装出京，由天津逃往日本。从6月11日至9月21日，为时103天的“新政”便宣告终结。
变法而死死得其所
1898年9月21日，政变发生后的当天中午，谭嗣同正在自己的寓所里同梁启超商议对策。二人对坐床上，苦心焦虑。忽然有人报告朝廷派人来南海会馆搜捕康有为，又听说慈禧宣布垂帘训政，两个人大惊失色，深深地担忧康有为的安危，痛惜维新变法事业惨遭夭折。谭嗣同从容地对梁启超说：
“过去我们筹划救皇上，现在已不能救了，今天我们想救康有为也了无办法。我已无事可办，只是等待就义的那一天了！虽然这样，我们知道天下事并非尽如人意，你可以试入日本使馆，谒见伊藤博文，请他致电日本驻上海领事在那儿救护康先生。”
这天晚上，梁启超按照谭嗣同的主意赴日本使馆，而谭嗣同却终日不出门，等待着唐才常率哥老会“健儿”的到来，以求从瀛台救出光绪皇帝。但是，事情正值千钧一发之际，容不得更多地等待，他立即与大刀王五商议劫出光绪皇帝的计划。不料，自从政变发生后，紫禁城外每一处岗哨，就增至二十人，往来巡查，日夜不息，而且各土门戒备森严。这样，劫救光绪皇帝的计划不得不放弃。
为了保存维新力量，以图再举，大刀王五苦劝谭嗣同暂作躲避，并愿意做谭嗣同的保镖，护送他出京。但是，谭嗣同坚决不同意。他把心爱的“凤矩”宝剑赠给大刀王五，以作纪念。这时，谭嗣同已做好了流血牺牲的准备。
9月23日，谭嗣同已经知道牺牲在所不免，但他不顾自己的安危，毅然去日本大使馆，劝说在那里避难的梁启超，东赴日本，以待来日。他对梁启超说：“没有暂避时艰的人，便无法寻机再举；没有为事业而牺牲的人，就不能激励后来的人”。之后，谭嗣同和梁启超一同去会见英国传教士李提摩太，商讨劫救光绪皇帝的办法，决定由容闳去见美国公使，梁启超去见日本公使，李提摩太去见英国公使，请他们设法保护光绪皇帝。但那时这几个外国公使均不在，因而这一设想又落空了。在与梁启超告别时，谭嗣同把自己所著的诗文辞稿本数册和一箱家书托咐给梁启超，在生死离别之时，谭嗣同和梁启超紧紧地抱在一起。
从使馆回到寓所，谭嗣同仍与几位志士谋划营救之事，一直到入狱。一天，日本使馆派人来到寓所，提出可以设法保护，让谭嗣同安全出京。来者苦劝，谭嗣同慷慨地说：“各国变法，无不从流血而成，今日中国未闻有因变法而流血者，此国之所以不昌也。有之，请自嗣同始！”
9月24日，谭嗣同在寓所——浏阳会馆的“莽苍苍斋”被清政府逮捕。谭嗣同入狱后，被囚禁于刑部监狱。大刀王五为了使谭嗣同少遭狱吏的折磨，专门给狱吏送去钱。谭嗣同在狱中视死如归，慷慨激昂地在囚室中壁上写下了：
望门投止思张俭，忍死须臾待杜根。
我自横刀向天笑，去留肝胆两昆仑。
他想到汉朝的张俭和杜根不畏权贵，勇敢地劝谏太后、规劝皇帝而遭到残害，到处流浪，历尽人间的苦难，可是他们却受到人们的尊敬和爱戴，死后流芳千古。谭嗣同感慨变法事业虽然遭到慈禧太后为首的封建顽固派的扼杀，但是改造中国的事业决不会就此而停止，这一次夭折必然唤起更多的志士为之而奋斗。在反动统治者的屠刀面前，谭嗣同大义凛然，视死如归。他又想到康有为，并寄望康有为继续承担起维新变法大业，“他的去和我的留，都是肝胆相照，像巍然屹立的昆仑山一样的巨人。”
谭嗣同等维新志士被囚禁后，封建顽固势力更加猖狂。兵部掌印给事中（掌管国家军事力量部门中的官员）高燮曾和福建道监察御史（掌监察百官的官员）黄桂韵上奏，主张早日处决谭嗣同等人。刑部尚书赵舒翘在慈禧太后召见时，恶毒地说：“这些无父无君的禽兽，杀无赦”，是不必讯问的。这些话都说到了慈禧的心坎上，她无不为斩尽杀绝维新志士而后快，但是慈禧太后的残酷屠杀，便预示着这一统治的危机将更快地到来。
9月28日，是北京最黑暗的一天。北京宣武门外菜市口刑场上，临时竖起六根木柱、木柱前绑着六个维新志士。他们是谭嗣同、杨锐、刘先军、林旭、杨深秀、康广仁，刑场上聚集了很多人。只见谭嗣同正气凛然地对监斩官刚毅喝道：“你过来，我有话讲！”刚毅不敢正视，仓皇示意刽子手，立即行刑。谭嗣同对围观的群众大声说道：“有心杀贼，无力回天，死得其所，快哉，快哉！”谭嗣同面对屠刀毫无惧色，英勇就义。
这一年他才33岁。谭嗣同为了自己的理想，为了国家的强盛，牺牲了宝贵的生命。大刀王五满怀悲哀地为这位志士收敛了尸体。第二年，谭嗣同的骨骸被运回湖南浏阳原籍，在城外石山下建造了志士的陵墓。
戊戌政变后，维新变法运动宣告失败。谭嗣同的家乡——湖南，陈宝箴被革职，新上任的巡抚俞廉三，在慈禧后面亦步亦趋，全部摧毁了湖南新政时期创办经营的各种事业，囚禁、罢黜或放逐支持或赞同维新变法的人，经过血腥的镇压之后，光绪皇帝所颁布的变法措施除京师大学堂和保甲制度被保留下来以外，其他全被取消。
在这场资产阶级变革封建政治制度、推进资本主义经济发展、开创新式文化教育事业的运动中，谭嗣同是一个核心人物。他的思想闪耀着追求民主政治理想、深刻批判封建的专制制度及与其相适应的意识形态、勇往直前、无私无畏精神的光辉。他的爱国思想、对传统的批判精神激励着后人为民族的振兴和国家的强盛而执着地奋斗。
