章太炎坚持“金亦有识，诸无生者皆尔”。他并说：“非说金石皆有身识，不能成唯识义。”他的“真如”本体论同僧佉派、费希特、叔本华等人主观唯心主义的本体论的基本分歧，以及他的观点同唯识论传统看法的区别，在这一个问题上清楚地显示出来。他在东京所做的关于佛法的一次讲演，曾专门谈到佛法有许多不能说得圆满之处，有待后人补正，其中最为突出的，就是“佛法只许动物为有情，不许植物为有情，至于矿物，更不消说了”。《瑜伽师地论》将植物有生命说斥为“离系外道”的谬说，章太炎反驳说：“植物也有呼吸，不能说无寿；也有温度，不能说无暖；也有牝牡交合的****，卷虫食蝇的作用，不能说无识。依这三件，植物决定有命。”他还进一步详细说明了为什么必须承认矿物等各种无生物也同样“有识”。他写道：“原来阿赖耶，含有三个：一是业识，二是转识，三是现识。业就是作用的别名，又有动的意思。矿物都有作用，风、水等物更能流动，可见矿物必有业识。转识就是能见的意思，质言就是能感触的作用。矿物既然能触，便是能感，可见矿物必有转识。现识就是境界现前的意思。矿物和异性矿物，既能亲和，也能抵抗，分明是有境界现前，可见矿物也有现识。若依《成唯识论》分配，业识便是作意，转识便是触，现识便是受，并与阿赖耶识相应，但没有想、思二位。所以比较动植物的知识，就退在下劣的地位。”不仅如此，章太炎还进而认为：“矿物不但有阿赖耶识，兼有意根。何以见得呢？既有保存自体的作用，一定是有‘我执’。若没有‘我执’，断无保存自体的理。”从形式上看，章太炎在这里所说的观点似乎接近“物活论”，其实，恰好相反，通过他对矿物与动植物的比较说明，倒更清楚地表明，他所说的“阿赖耶识”并非指人的主观意念，而是指各种物质形态自身的运动或相互作用，从矿物的运动、亲和与排斥这类简单活动一直到人的思维这样复杂的活动，都包括在内。“情界”与“器界”的本源“真如”，作为客观实在的本体，与主观唯心主义者所说的“神我”、“自我”截然对立，在这里也就得到了明证。
章太炎将“唯物论”看做由“增益执”而产生的第二种颠倒了的世界观，即所谓“第二倒见”。
章太炎这里所说的唯物论，除去古代朴素唯物主义与近代机械唯物主义外，还包括休谟一类唯心主义的经验论。由于混同了经验论与唯物论，在他这里，休谟与培根、霍布斯、洛克等人一道被列为唯物论的代表人物。
章太炎从本体论与认识论两个方面进行了辨析。
《人无我论》曾经赞扬了“近世唯物论者”对主观唯心主义或唯我论的批判，同时，又对于他们执持各种具体的物质为实在表示了不满。该文写道：“近世唯物论者亦能知第二我执（指属于所谓‘遍计所执自性’的‘分别我执’）为谬，而或以多种原质互相集合为言，或以生理单位异于物质为言。此虽能破人我，乃举其所谓自性者以归诸他种根力，又堕法我之谬论。”章太炎以为，这些唯物论者之所以失足，就是因为不懂得只有“真如”方才是万物本体。
章太炎说，古代印度唯物论者分作两大派别：“一据有方分言”，以“阿耨、钵罗摩怒、电子、原子”四大种子为万物之源；“一家复说为无方分”，以“坚、湿、暖、轻”四种造色种子为万物之源。“近世亦有二说”，也是一以“有方分”言，一以“无方分”言。章太炎认为，这两派的观点都不能真正成立。
以“有方分”者而论，章太炎指出：“说物质者，欧洲以为实有阿屯，印度以为实有钵罗摩怒，执为极细。而从此细者剖之，则其细至于无穷。名家所谓‘一尺之捶，日取其半，万世不竭’者，彼不能辞其过矣。”“六十四种原质，析至邻虚，终无不可复析之量。既可复析，即不得强立‘原子’之名。”因此，章太炎断言这些极微的物质粒子“分析无尽，非种非原”。
再以“无方分”者而论，章太炎指出：“若无方分，此不可见、闻、臭、尝、触、受，则非见量；此最遍性，则无比量(比量皆以通明局，以遍明狭。物界最遍，故无比量)。……若依无方分物质言，惟是非量。以无方分者无现量，非色、非声、非香、非味，且非是触。无现量，故亦无由成比量。”因此，“今计无方分之实质”，便只能是“非接非谟，本在知识以外，实不可得”。章太炎针对近代机械唯物论者所提出的物质概念，即将物质看做所谓“不可断截、破坏、贯穿，不可取舍、乘履、搏掣，非长非短，非方非圆，非正非不正，非高非下，无有细分，不可分析，不可睹见，不可听闻，不可嗅尝，不可摩触”的原始粒子的看法，指出：“执为无厚(无厚即非延长，谓其本无形式，非粗非细)，离于色、声、香、味、触等感觉所取之外，惟其中心力存。此虽胜于极细之说，然未见有离于五尘之力，亦未见有离力之五尘。力与五尘互相依住，则不得不谓之缘生。既言缘生，其非本体可知。”
概言之，无论是有方分者，还是无方分者，都不是也不可能是最基本的、无法再行分割的、原始的物质粒子。它们照旧可以无限分割，它们也同其他物体一样要受到各种因素的制约，它们的主要特征同样是所谓“非实、非遍、非常”。它们的这种相对性、特殊性与暂时性，用唯识论的语汇说来，便叫做“幻”。章太炎认为，只有确认“真如”为唯一真实的本体，才能避免旧唯物论的这些缺陷。而旧唯物论的错误，正在于它将处在变动中的一些过渡性或中间环节的具体物质微粒宣布为万物之源、世界本体，颠倒了本末。所以，他感叹地做出结论说：“此心是真，此质是幻。执此幻者以为本体，是第二倒见也。”⑥
在认识论方面，章太炎着重说明，若按照“惟物者，自物而外，不得有他”这一标准来衡量，那就只有唯感性经验是信的印度斫婆迦师、英国的休谟，才够资格称得上“真唯物论”。因为“斫婆迦说，以为现量诚谛，比量虚妄”，“而吼模之说，惟许现象，不许本质”，一个不容许追求事物之间的因果关系，一个不容许探寻现象背后的本质，“惟以现所感触为征”，比之不满足于直接的感性经验而努力发现事物的因果关系与本质的所谓“相似之惟物论”来，要更加坚定，更加彻底。章太炎指出，这种“真惟物论”，以因果、本质等等俱为“心所妄念”，并非客观实在所有，这一观点，同唯识法相哲学将“遍计所执自性”看做“意识周遍计度”的产物，几乎不谋而合，足见这种“真惟物论”与唯识法相哲学并不绝对排斥。因此，他写道：“即实而言，惟物之与惟心，其名义绝相反，而真惟物论乃即真惟心论之一部。”
然而，章太炎只是在否定“遍计所执自性”的客观实在性这一点上，引斫婆迦师与休谟为同调。由此再进一步，他们便分道扬镳了。章太炎不仅在坚持有自在之物“真如”的存在以及能够认识“真如”这一点上，与斫婆迦师、休谟观点相反，即在因果关系问题上，他的立场和斫婆迦师、休谟也大相径庭。斫婆迦师和休谟根本否认因果律，他们把因果联系说成人们思想中或想象中的一种习惯性的联系，章太炎则以为这种联系原于阿赖耶识中的“种子”，或“原型观念”。他说：“因果非物，乃原型观念之一端。”“因果之识亦心种子，不以前后因果而有心，唯依心而成前后因果。”“凡言因果，其间差别众多。瑜伽、唯识并说十因五果。若专藉一因而成一果者，近事固鲜其例。……一果本非一因所成。《大毗婆沙论》二十一云：‘一法既与多法为能作因，多法亦与一法为能作因。’今依法相，但说主因为能生因，其余诸缘可说为方便因。”唯识法相哲学之所以说“无因论”，并非不承认因果关系的客观存在，而是要求充分承认因果关系的复杂性，要求防止将人们对因果关系的主观设定与猜度应用于本体“真如”。他就此写道：“《瑜伽师地论》说：‘因是无常。’《大毗婆沙论》二十一亦云：‘我说诸因以作用为果，非以实体为果，又说诸果以作用为因，非以实体为因。’诸法实体恒无转变，非因果故。”
章太炎认为，整个说来，“惟物者，虽不知圆成实性，犹据依他起性”，这比唯我论者执著“遍计所执”之“我”为实在要好得多，比之唯神论、唯理论更要高明。唯物论以“现量”为凭据的认识方法，比之唯我论、唯理论也要合宜得多，“识者以自证而知，物者以触、受而知，皆有现量，故可就成也”。因此，他说：“凡非自证及直觉、感觉所得者，皆是意识织妄所成。故不能真知唯识者，宁持惟物。”而且，它更加切合世俗的需要：“惟物之论，于世俗最无妄矣。”
以神为万物本体和创造者的有神论，被章太炎看做“增益执”所造成的“第三倒见”，也被置于应当排除者之列。他写道：
说神教者，自马步诸逑而上，至于山川土谷，稍进则有祠火与夫尊祀诸天之法，其最高者，乃有一神、泛神诸教。其所崇拜之物不同，其能崇拜之心不异。要以藐尔七尺之形，饥寒疾苦，辐凑交迫，死亡无日，乐欲不恒，则以为我身而外必有一物以牵逼我者，于是崇拜以祈获福。此其宗教，则烦恼障实驱使之。或有山谷之民，出自窟穴，至于高原大陆之上，仰视星辰，外睹河海，而爽然自哀其形之小，所见所闻，不出咫尺，其未知者，乃有无量恒河沙数。且以万有杂糅，棼不可理，而循行规则，未尝衍于其度，必有一物以钤辖而支配之，于是崇拜以明信仰。此其宗教，则所知障实驱使之。
不能退而自观其心，以知三界惟心所现，从而求之于外，于其外者，则又与之以神之名，以为亦有人格。此心是真，此神是幻，执此幻者以为本体，是第三倒见也。
在这里，章太炎清楚指出，有神论的主要特征，就是盲目地崇拜一种异己的力量，屈从于某一外在力量的统治。这种崇拜之心的产生，既有社会根源，又有认识根源。不是人们控制社会生活，而是社会生活的无常和苦难使社会成了一种不可思议的异己力量，主宰着人们的命运，这就是社会根源；而眼界的狭窄和偏颇，普遍的愚昧和无知，使人们对宇宙繁杂的变化及其有规则的运动感到困惑不解，于是，便以为冥冥之中有一个万能的主宰，这就是认识根源。
在这里，章太炎还清楚地指出，宇宙万物的递化轮转，都是作为万物之本原的“真如”及阿赖耶识自身的运动，有神论之所以成为一种颠倒了的世界观，就是因为它力图在宇宙万物之外，寻得一个独立于世界之外并高踞于万物之上的造物主，将这个造物主看做世界的创造者。章太炎在其他许多地方，还反复揭露和批评了有神论的这一谬误。他说：“信神教者，以为天公巨灵，特生人类，以蕃其种，以润色其世宙。故非独死生不能自主，屏居遁世，不与社会耦俱，则已背上神之命。此误认万物为有作者，从而演为法戒，以根本之迷谬及其枝条。”他又说：“若万物必有作者，则作者亦更有作者，推而极之，至于无穷。然则神造万物，亦必被造于他，他又被造于他。此因明所谓犯无穷过者。”
章太炎非常有力地批判了以人格神上帝为崇拜对象的基督教有神论。“基督教之立耶和瓦也，以为无始无终，全知全能，绝对无二，无所不备，故为众生之父。”然而，只要稍做思考，便可发现，这四条一项也不能成立。无始无终是超绝时间，可是，基督教教义明说上帝创造世界用了七天时间，并规定了世界的末日，这怎么能说是无始及无终呢？如果说，这仅是世界之始终，而非上帝之始终，那么，就要责问“彼耶和瓦之心，何其起灭无常也！”上帝忽而要创造世界，又忽而要毁灭世界，“其心既起灭无常，则此耶和瓦亦必起灭无常”。基督教教义自身就推翻了“无始无终”的神话，这是其一。全知全能，就是无所不知，无所不能，可是，基督教教义明说上帝的制品人类并非纯善无缺，且有与上帝对立的天魔撒旦专门与神和人处处为敌，这不正证明了上帝所知有限，所能也有限么？“是故全知全能之说，又彼教所以自破也。”这是其二。“绝对无二者，谓其独立于万有之上也。”可是，基督教教义又偏要说上帝创造万有，“则问此耶和瓦之创造万有也，为于耶和瓦外无质料乎，为于耶和瓦外有质料乎？”若所有质料皆具足于“耶和瓦”中，则一切万有亦具足于“耶和瓦”中，根本不需要上帝去创造；若“耶和瓦”外本有质料，则上帝就不再是绝对无二了。“是故绝对无二之说，又彼教所以自破者也。”这是其三。无所不备，“谓其无待于外也”，可是，上帝既然需要创造人类，创造世界，就不能说他无待于外了。“是故无所不备之说，又彼教所以自破者也。”这是其四。神学教条中所有这些无可解脱的自相矛盾之处，充分证明了上帝的存在及上帝创世说全属不经之谈。《新约·以弗所书》说：“上帝就是众人的父，超乎众人之上，贯乎众人之中，也在众人之内。”章太炎指出：“父者，有人格之名，非无人格之名。”而上帝既为有人格之神，即当“与生人各有自性”，这样，也就否定了上帝“无所不备”、“绝对不二”的说教；同时，既称为父，即当有母与之对待，“若云不待牝牡，可以独父而生，此则单性生殖，为动物最下之阶！”
章太炎的这番驳论，对基督教的神学体系是非常沉重的一击。他曾自述：“往者作《无神论》，大为基督教人所反对。广州教会有《真光报》以仆为狂悖至极。”
章太炎不仅批判了以人格神为崇拜对象的有神论，而且还由此更深入一步，对吠檀多派的以非人格神“高等梵天”为崇拜对象的有神论，对斯宾诺莎的泛神论、哈特曼的神是精神及康德的神不可知论，逐一进行了批判。
吠檀多派，是古代印度的一个重要哲学派别，以阐释吠陀和奥义书的原本教义为其主要使命，包括商羯罗、罗摩奴阉、摩达婆、宁跋阿罗加、婆罗跋、有知派等许多小派别。在近代，印度著名哲学家辨喜曾大力提倡吠檀多哲学。章太炎对吠檀多哲学有浓厚兴趣，但反对其中有神论的倾向。
吠檀多哲学的主要观点，章太炎曾扼要做了介绍。他写道：
