隆庆时代的内阁班子并不团结，其倾扎比嘉靖时代的更为激烈，因为隆庆时代的内阁班子有两个火药桶，一个是高拱，一个是张居正。两人的经历相同，都是从进士到翰林院，然后再从六部入阁，缺乏挫折和地方的历练，所以稚嫩而偏激。高拱自恃是裕王的老师，嘉靖培养的下一代官僚，所以在严嵩时期高拱就展露了自己的性格，他对严嵩多嘲讽，严嵩也拿他没法。从嘉靖末年起高拱作为帝国的二号人物已经跟徐阶产生了矛盾，他们的矛盾可以从三个方面来解释，一是性格上的，二是行事方式上的，三是学术思想上的。
高拱性格火辣，想什么就说什么，而徐阶性格阴柔，有话不说，这些都令高拱所厌恶；高拱在行事方法上也是光明正大、敢想敢干、崇尚革新，而徐阶则显得患得患失、谨小慎微、因循守旧；在思想上，高拱是经世济用，徐阶信奉的是陆王心学。徐阶曾多次在京城开展大规模的讲学活动，这些都令高拱十分反感，他跟张居正一样都是抵制书院讲学的人。
在高拱看来，这位徐首辅跟倒台的严嵩一样，一味迎合皇上，压制言路，行为苟且。嘉靖四十五年，吏科给事中胡应嘉弹劾高拱在内阁班房值班的时候经常私自回去会小妾，嘉靖对此并没在意，但高拱认为是徐阶指使。
世宗驾崩后，徐阶不与阁臣商议，私自拟诏，让嘉靖自己抽自己的脸，高拱对此更是怒不可遏。高拱认为徐阶此举彻底暴露了他的虚伪与狡诈，徐阶通过私拟诏书将自己迎合嘉靖的责任推的干干净净，将这些被罢黜的官员召回来，这些人自然要死心塌地的替徐阶卖命。
隆庆元年，吏科给事中胡应嘉考核不合格，皇帝征求众位大臣的意见，高拱说胡应嘉没有人臣之礼，应该贬斥，就这样，隆庆皇帝将胡应嘉贬到外地为官。高拱对科道的言官向来没有好感，在他眼里所谓的言官都是为了自身团体的利益相互倾扎。高拱对胡应嘉的态度顿时令舆论哗然，人人纷纷指责高拱公报私仇。
事实表明高拱对付言官的确比前朝的嘉靖、严嵩和后朝的万历都要厉害的多，他直接命令徐阶杖责这些损毁其名誉的言官，徐阶拒不执行，两人在内阁公开骂战。
高拱质问道：“先帝在世时，你献青词以取媚，现在先帝驾崩，你立刻倒戈，而今你结交言官来对付我这个当今皇上在藩邸的腹心之臣，请问是何居心？”
徐阶不慌不忙的答道：“我并非背叛先帝，我私拟遗诏乃是替先帝收买人心，你说我写青词取媚先帝，我承认，但先帝在世的时候曾以密信给我，先帝说高拱上书说也想为斋醮尽一份力，问我可不可以，现在那份密信还在我那里，你要不要看一下。”
徐阶的回答将高拱噎的一句话也说不出来。徐阶又说道：“你说我结交言官攻击你，天下言官那么多，难道我都能结交吗？我又怎么能让他们攻击你？即使我结交言官，难道你就不能结交。”
徐阶的一番回答打的高拱是刹羽而归，在这场斗争中，很明显高拱是仗着裕王撑腰，他才肆无忌惮，高拱在徐阶那里折了面子，自然要报复。隆庆元年的徐阶已经是江南第一大富户，他的家庭拥有广阔的良田，成群的仆人，而且横行乡里。高拱就纠住徐阶家人的不检点予以弹劾，他不仅自己弹劾，还指使自己的手下弹劾，而此时朝廷里有大批嘉靖朝被罢黜的言官，他们受徐阶庇护得以重返朝廷，此时一个个摩拳擦掌。眼见高拱跟徐阶作对，北京和南京的官员集体出动，他们像疯狗一样攻击高拱，这种形势即使是有隆庆撑腰的高拱也抵挡不住，为了缓和气氛，出于保护高拱的考虑，隆庆暂时让高拱致仕。就这样，在隆庆元年，这位不可一世的内阁大臣就这样稀里糊涂的回家了。
高拱的离去绝对不意味着徐首辅的胜利，恰恰暗示着徐阶的倒台。隆庆对这位首辅并无好感，徐阶私自拟定的那份遗诏，隆庆虽然没说什么，但这也并不代表隆庆赞成徐阶的所为，嘉靖毕竟是自己的父亲，这种让死去的皇帝自己打脸的行为在帝国的每一个人看来都是好笑的。隆庆元年高拱与徐阶的较量可谓风雷激荡，隆庆对于言官一边倒的现象颇为警觉，他试图恢复嘉靖以前的那种宦官权力，例如让宦官督导北京的团营和南京的振武营，徐阶都表示了反对，隆庆想去南海子游玩，徐阶也陈述不可，皇帝渐渐对徐阶厌恶之。当徐阶觉察出皇帝不想再用他的时候，这位首辅便辞职了。此时徐阶已经65岁了，七年的首辅生涯，十七年的内阁生涯就这样结束了，虽然看起来很从容，但个中滋味只有自己能够体会。
在家中等待了二年半的高拱已经是急不可耐，隆庆三年的冬天接到了让他回京的通知，他不顾天气的严寒和新年的来临马不停蹄的赶到了京城。高拱的回京使那些曾经反对他的官员们惴惴不安，徐阶已经不在了，高拱又为吏部尚书，那位曾经弹劾过他的胡应嘉心里惧惊，在熬过几天的不应期之后，终于由于心中的巨大恐慌导致胆裂而死，还有一位弹劾高拱的官员欧阳一敬在归乡途中竟也由于惧怕而死。一时间满朝风声鹤唳，高拱对这种状况十分满意，满意归满意，他还是通过自己的心腹之人放出了风声，“我高拱重回庙堂是要与各位休戚与共，过去的恩怨都已经过去了”。
高拱的安抚虽然没有达到实际效果，但至少令众人的心境平静了下来，再辅以时日才能够慢慢平息。高拱既当国，他便开始大刀阔斧的改革，作为吏部尚书他将吏治作为首当其冲的改革方向。他推行进士与举人并举的用人方针，因为相比较进士群体来说，这个举人群体数目更加庞大，难免真玉掩埋其中；高拱还命各地建立人才储备库，实行公开招考人才的制度，对于吏部会推官员的制度也进行改革，他将私密的会推制度公开化，对于被罢黜的官员高拱也亲自找其谈话，告之被罢免的原因，一时无人不服；高拱还建立严格官吏考察制度，对天下官吏的品行每月一汇总，由高拱亲自过目，年终再集中汇总作为考核官吏的依据。
除了吏治之外，高拱在与蒙古人互市以及处理南方少数民族问题也颇有亮点。隆庆五年与蒙古的和议虽然是顺应时事，但跟高拱的推动也不无关系，三边总制的都督以陕西跟宣大情形不同，不愿意跟蒙古人互市，高拱去信斥责，不久陕西省也开始开放边市。时贵州巡抚说本地土司造反，请朝廷派军进剿，高拱知道这通常都是地方官员没事找事，高拱保持了理性态度，派人去贵州调查，终于调查清楚真相，避免无谓的战争。
高拱虽然做了不少事情，但是其人毛病也少。高拱性情火爆，处事操切，求治心切，对待下属刻薄，性格偏激，心胸狭小，好挟私报复。世宗死后，徐阶重新任用的一批官员，高拱尽皆免去，而在嘉靖朝跟随皇帝胡闹而被徐阶免去的一批官员，高拱又重新起用。高拱的所作所为究竟是不是出于隆庆皇帝的指使或者暗示，历史并没有给予我们明确答案，但皇帝对于这一切肯定是默许的，在人事和决策上两人是一致的。
事实表明，高拱、张居正这样的人的确比严嵩厉害百倍，昔日严嵩当国对官僚一味忍让，才换来官员们的攻击，最后还是靠皇帝杀了几个人才替严嵩解围，而高拱和张居正当国的时候真的跟官员们较起真来的时候，这些人便都没了脾气。
高拱仍有一件私事没了，那就是徐阶问题。隆庆五年，高拱让原苏州知府蔡国熙担任苏松兵备副使，这蔡国熙跟徐阶本就有矛盾，高拱将他放在这个位置上自然是让他对付徐阶。蔡国熙一直监视着徐府，终于他逮住了徐阶儿子们的把柄，将徐阶的两个儿子充军，一个儿子削职为民，没收徐家大批田产。徐家的子孙们抱着他痛苦流涕，徐阶只好给张居正写了封信，让他居中调停。
张居正对高拱施加了压力，抑或者高拱自己感觉做的过份，便终止了跟徐阶之间的恩怨，这倒令蔡国熙无路可走，他大骂高拱出尔反尔，卖了他。
高拱的专权与跋扈在帝国日益激烈，虽然跟官僚们一再起冲突，他都得到了隆庆皇帝的庇护。隆庆五年，随着殷士儋的致仕，高拱将保守派官僚全部踢了出去，他算是真正的权柄在握，但他不知道一个隐藏幕后的人正向他伸出锋利的匕首。
