但遍寻微软，甚至华人科学界，除了张亚勤，盖茨和鲍尔默想不出来还有谁可以临危受命。但移动与嵌入式业务又到了关键时刻，盖茨和鲍尔默无奈之下，希望张亚勤两边都兼顾着，他们自然有他们的考虑：
中国对微软公司太重要了，而中国人才又是在这个市场持久成功的关键之关键。微软的官方说法是：我们不担心李开复会回来争夺人才，也不担心他挖微软亚洲研究院的墙角。派张亚勤博士回到中国是微软发展战略的需要。微软的未来不仅需要市场全球化，人才全球化更是势在必行。微软亚洲研究院和微软亚洲工程院几年的发展成就，大大超出了当初设立时的设想，这说明中国拥有大批高素质的人才。中国基地可以称之为微软在美国之外的第二个总部，微软要在中国建立一个功能齐全的最大规模海外研发基地。张亚勤博士是能够担此重任的最佳人选。
但移动业务之于微软的重要性也不言而喻，张亚勤领导这个部门两年的业绩有目共睹，假以时日，必然会成为微软公司新的增长点。其实，张亚勤自己对于两块业务也难于取舍，他甚至考虑过把移动与嵌入式业务搬到中国来做的可能性。
“但仔细论证之后，发现这个想法在当时还是不大可行。中国团队的经验和能力还不足以承担大型平台产品的开发。当时做产品开发的微软亚洲工程院只有不到300人，即便是这300人也在做许多不同的项目；而移动通信部门在微软总部有1 500人左右的团队。当然，要是现在把这个平台搬到中国做就绝对没有问题。”谈及当年，张亚勤流露出一丝遗憾。
其次，即使避而不谈，但大家也都心照不宣：张亚勤回到北京必然要面对李开复。从1998年第一次在香江花园的大堂里第一次喊出“嗨，开复”，张亚勤与李开复相识、相知七年，两个人从一片空白的希格玛大厦干起，一起加班、一起招聘、一起拱猪、一起去电视台录节目；后来先后回到雷德蒙，两家人又成了邻居。然而，目前的状况是：两个人要在共同的祖国开始一场没有硝烟的战争，张亚勤心里并不舒服，“艰难的抉择!”他说。
2005年8月，张亚勤休假，和联想总裁杨元庆几个朋友和家人一起坐游轮去阿拉斯加玩。“整个航程我都是心不在焉，不断权衡利弊，这些‘算得清利弊’的考虑之后，到最后还是要问我自己到底要什么。这个我就比较明白了，或者从来没有改变过—回中国做点事，在中国创造一个软件创新的基地，和1999年第一次回国一样，再次开创一片天地。”
打定主意，张亚勤就给鲍尔默写邮件。因为当时是在船上，网速特别慢，公司的exchange邮箱登录不进去，他就换了Hotmail，还是不行，最后用他的一个Yahoo的私人邮箱给鲍尔默发了邮件。“后来，鲍尔默告诉我，他看到我用公共邮箱发信，吓了一跳。”
最终，张亚勤最终选择了回国。尽管移动业务的辉煌指日可待，离开这个自己一手带大的“孩子”，更有些难以割舍，但好在一年多下来，移动与嵌入式业务的基础夯得比较牢。Windows Mobile 5.0已经发布，而张亚勤也已为后续版本的开发制定了战略。然而，后来的情况并没有像张亚勤想象的那么顺畅，就在他离开后一年左右，移动通信部门的业绩急转直下。如果要问张亚勤从美国回来重新执掌微软中国研发集团有什么遗憾的话，他会直言不讳地说：“如果我能在美国多待两年，带移动与嵌入式业务走得更远一些就好了。”正因为张亚勤过早地离开了移动通信的平台，才给了后来Google Android和苹果iPhone崛起的空间。而盖茨也表示了同样的遗憾。
2005年9月22日，张亚勤正式出任微软全球副总裁，主管微软公司在中国研究及产品开发的整体业务，尽管“回到北京”是张亚勤长久的梦想，但这次他反倒没有着急上飞机。一方面是交接千头万绪的移动业务，另一方面是他需要好好筹划自己的“再次回归”：和1999年第一次回国创办研究院不同，2005年的中国已经是全世界的焦点，不止跨国公司，就连许多本土高科技企业也对研发投入越来越多；更重要的是，在雷德蒙总部近两年，张亚勤对微软公司的风格和运转有了更真实的体会，中国的研发该如何做才能为中、美双方都带来最大效益，这是一个问题。
亚勤的话：
我是最相信中国传统道义的，我自己的行为方式是中庸之道，中庸之道不是说什么都不做，而是寻求一种和谐、一种自然、一种平和，不走极端。
张亚勤思考问题最喜欢坐在西雅图的家里，面对屋外两片幽静的湖泊，偶尔会有一艘小船荡过来，湖面泛起层层涟漪。在这种静谧的湖光山色中，张亚勤喜欢斟一杯红酒，在纸上写写画画。停笔的时候，往往也是思考有了结果的时候。
这次，他面临的则是关于中国研发的长远问题：去跟Google竞争吗？当然不是，这种阶段性事件只是短期问题。更重要的是基于微软公司自己的长期目标。三年、五年、十年之后，微软全球研发布局会是怎样，中国将会扮演怎样的角色？接受回国任命之后的三个月里，张亚勤考虑的是始终是这些关乎长远的战略性计划。最终，张亚勤逐渐廓清了画面—五年之内，把中国建成微软在美国之外最大的研发基地，跨国企业在中国最大的研发基地，世界一流的基础研究、技术孵化、产品开发和产业合作的最大研发基地。
此时已经是2006年1月份了，整理好心情，张亚勤终于坐上了飞往北京的航班。
成立微软中国研发集团
2006年1月18日，刚刚回国没多久的张亚勤把在希格玛研究院的同事召集到一起，上海和深圳的同事也分别通过视频接进希格玛的大会议室。很快，微软公司总裁鲍尔默宣布了一条无疑是IT业界重磅炸弹的消息：“我们终于找到了在中国长期成功的‘秘方’，中国将是微软在海外最大的研发基地。微软公司将正式成立‘微软中国研究开发集团’，张亚勤博士出任主席。”
媒体抛出了疑问：“研究开发集团”究竟是一个怎样的组织呢？
这种组织形式在微软公司遍布全球的各级管理形态中从未出现过，是由微软亚洲研究院、微软亚洲工程院、原微软中国研发中心、微软中国技术中心、Windows Live 中国区、微软亚洲硬件技术中心及其他分布于北京、上海、深圳的各类产品研发机构组成。
“水光潋滟晴方好，山色空蒙雨亦奇”，2009 年，张亚勤及管理团队与微软CEO史蒂夫· 鲍尔默在杭州西湖边散步。（左起：鲍尔默、沈向洋、张亚勤、梁念坚、张宏江）
鲍尔默进一步表示：“微软中国研发集团的成立是微软公司在中国长期投入及发展的又一里程碑事件，微软公司将坚定不移地加大对中国研发力量的投入，以满足中国及全球用户对科技创新不断增长的需求。微软中国研究开发集团的成立，标志着微软公司在中国已构建出完整的软件创新生态圈，我们的目标是在中国建成微软公司在美国以外投资最大、职能最完备、机构设置最全的创新基地。我们相信，张亚勤博士和他的管理团队一定会开辟微软公司在中国研发的新纪元。”
尽管盖茨和鲍尔默都强调“中国研发集团”的建立，是微软公司着眼于全球和未来的战略举措，但媒体对微软公司此举的解读还停留在“张亚勤与李开复终极PK”的层面。
两家公司和两位科学家的“战争”早已超越了生意和技术，成为一个社会话题。
1月初刚回国的时候，张亚勤暂时住在希格玛大厦附近的翠宫酒店。办理入住手续时，服务员一看他的名字就乐了，一边给他办手续一边问：“你是回来跟李开复PK的吧？”那时候，张亚勤还不知道湖南卫视的“超女”比赛，也不知道“PK”是什么意思。现在微软中国研发集团的成立，难免令人浮想联翩，媒体这样的揣测也不足为奇。
见记者的时候，类似“PK”的问题接连不断，面对咄咄逼人的媒体，张亚勤不否认自己归来后会跟李开复在人才招聘等方面存在竞争，但他此次回来真正重要的原因是“成立微软中国研发集团，将所有在华研发机构统一起来，我们希望可以更快速地创新，大幅度提升中国研发团队的实力和规模，这是由微软公司在中国及国际的大环境决定的”。
其一是中国已经拥有大量的优秀IT人才。中国拥有的计算机专业研究生人数，已经相当于美国的5倍，印度的两倍。而在美国，招聘人才已经成为各个高科技公司最头疼的问题。微软中国研究院成立6年间的成就则赢得了盖茨和鲍尔默的赞赏。
其二是中国的经济正处于飞速发展期。“它已经是全球最大的移动通信市场，也是全球最大的家电市场，”在互联网人数（2006年时为1.1亿）以及PC市场方面，中国已经跃居全球第二，“三五年内，就会超过美国成为全球第一。”这么庞大的一个市场，需要一个统一的研发机构来进行步调一致的部署。
其三是微软公司在中国的研发已经有将近10年的历史，并且已经做出了不少瞩目的成就，“现在整合的条件已经成熟了”。
张亚勤坦诚地对记者说：“回到中国完全是我自己的意愿，和这件事（李开复跳槽）没有关系，微软公司已经并且今后还将继续增强对中国的投入，这其实是微软公司对中国市场的信心和重视，也是对中国优秀人才的肯定。我出生在山西省，在国内接受教育，我对中国的感情就是一个普通中国人对祖国的感情。两年前从中国去总部做移动通信是一段十分难得的经历。现在回来也是很自然的一件事情，我庆幸自己有机会回国。”
事实上，张亚勤称“这是最大的机会”，《IT经理世界》当时的一篇报道这样写道：
“7年前，微软公司已经进入了一个关键的战略转型期。微软公司在向数字娱乐、互联网、移动计算等领域进军。中国研发集团是微软公司海外机构最完整、业务布局最全面、研发投入最大的研发机构。我们在做可产品化的研究，这是最大的不同。7年来，我可以说微软亚洲研究院已经成为世界一流的基础研究机构，但在产品研发上还不是。而这正是我要努力的方向。”
事实上，他所说的这个方向已经关乎微软公司的未来。迄今为止，微软公司的Windows操作系统与Office办公软件虽然仍然拥有令人称道的市场占有率，但是，这一成功似乎从来没有被总结成“技术创新所带来的广阔市场”。提到技术创新，通常人们第一反应就是Google、开源软件或者某个互联网新贵。
张亚勤似乎一开始就是来接受这个挑战的。这位被人称为“全世界的财富”的科学家，7年以来一直埋头低调地改变着微软研究院的模式，帮助这艘航空母舰为驶向蓝海而努力突围。当张亚勤讲到现在蒸蒸日上的微软移动与嵌入式产品部门和7年来从微软中国研究院已经发展成为微软全球第二大研究基地的中国研发集团时，他的脸上闪过一道灿烂的笑容。
这是一个能够让盖茨放心的笑容，就像盖茨经常对张亚勤说的那样，“Go do it!(你去做吧!)”8月，张亚勤会带着这一切再回到北京，他的梦想是在中国做出征服全世界的产品。这一次，盖茨已经不用再嘱咐他“Go do it”。
“韩信带兵，多多益善”，真正能够担当大任的人，是从不会感到害怕承担重担的。张亚勤喜欢挑战。真正坐在希格玛六层的办公室里，他感觉自己心中的那个梦想也渐渐清晰起来。张亚勤给微软中国研发集团定位了三大使命：
第一要成为微软公司全球范围内基础科研、技术创新及产品开发的核心基地。
对这一点，张亚勤很有信心，因为在这之前的七八年时间里，他所带领的微软亚洲研究院做出的成绩已经一次次让盖茨惊喜。而现在研发集团的建制则可以获得总部更大的支持。张亚勤计划今后每年至少对研发集团投资1亿美元，并在3~5年内使研发集团的员工人数由目前的800人扩充到3 000人。
第二要加强与中国产业同仁的合作与交流，为中国培养出一批兼具国际化视角和大型项目管理经验的科技创新的领军人物。为此，研发集团还特别成立了战略合作部，专注于与国内优秀的IT企业建立战略合作伙伴关系，如软件外包、技术转让及产品合作等。
第三要深入开掘以中国为代表的新兴市场需求。针对新兴市场独特的应用模式作出高度本土化研发，进而将技术和产品成果推广到中国和世界其他区域。在张亚勤的意识里，只有为中国市场设计产品，带动了中国IT行业的发展，微软公司在中国的研发才算成功。“我们的研究考虑的是全球用户，但同时我们要注重中国的用户，做到研究本土化。微软中国研发集团也将进一步关注与国内科技、教育及产业界的合作，共同探讨适合中国发展的产品开发及科研项目，尤其是在移动技术及嵌入式系统、互联网服务和数字娱乐领域等方面的协作。”
微软中国研发集团的成立，也正式开启了微软公司在中国的“双核”架构。张亚勤和微软大中国区首席执行官陈永正各司其职，研发和业务并进，开始打造微软在中国的“黄金时代”。这也是微软公司第一次在美国以外的国家同时拥有两位全球副总裁，可见微软总部对中国的重视。
有了使命，下一步就是确定航向。张亚勤锁定了五个领域：
