2006年张亚勤回国后，微软公司在中国一直执行着“双核系统”，业务和研发由两个人负责。张亚勤负责研发，而业务由微软大中国区的首席执行官陈永正负责。张亚勤和陈永正的“双核系统”合作顺畅，陈永正也打破了微软中国总裁任职不超过两年的“魔咒”，两人的合作打造了微软在中国的“黄金时代”，微软与包括联想、方正、清华同方等在内的主流PC 厂商签署了一系列正版Windows合作协议，这些品牌PC 厂商全线预装微软的Windows 操作系统，采购金额高达17亿美元。短短几年间，微软在中国的销售增长了几乎一倍，大中国区的销售收入突破了10亿美元。增幅超过了全球其他所有地区。
2006年，中国国家主席胡锦涛上任后的首次美国之行，第一站不是首都华盛顿，而是微软总部所在地—华盛顿州的西雅图。胡主席一行不但参观了微软总部，还在盖茨的“木屋”里与盖茨共进“家宴”。在那一刻，这样没有先例的礼遇让微软公司从最遭非议的跨国公司变成了最受“嫉妒”的跨国公司。张亚勤给胡主席作了智能家庭和传感网的演示，当时发改委科技司司长（现深圳市市长）许勤把它称为“物联网”。
就在一切都顺风顺水的时候，又是9月—2007年9月19日上午11点左右，微软中国公司员工收到了一封陈永正刚刚发出的告别邮件。邮件中，陈永正告诉大家，他将辞去任职4年之久的微软大中国区首席执行官一职，转任NBA中国首席执行官。微软公司与NBA的官方声明也次第发出。
关键时刻，张亚勤再次披挂上阵，担负了救火队员的角色，除了担任微软中国研发集团主席外，以微软中国董事长的身份代理大中国区CEO，负责微软大中国区的所有事务。
虽然是代理CEO，但对于搞科技出身的科学家张亚勤来说，他又要开始一次人生角色的转变。从基础研究到产品开发，从在美国时管理上千人的产品部门到管理微软中国研发集团几千人的研发团队，从负责微软移动通信业务到现在负责微软大中国区的市场，张亚勤似乎有着无限的潜能，这也是挑战他“研发”和“销售”两手都要硬的时候了。
2007年9月25日，在联想公司发布PC预装“Office 2007”的发布会上，张亚勤首次以“代理首席执行官”的身份亮相。低调的张亚勤尽管没有接受采访，但以行动表明微软公司对中国的长期承诺。
在合作伙伴的发布会上，媒体之所以对以“客人”身份出现的张亚勤如此敏感，是因为在微软最初宣布张亚勤“代理首席执行官”的消息之后，大家已经习惯性地抹去了“代理”二字—过往长达数十年的成功历史使外界有理由相信，这个位子早晚都是张亚勤的。
张亚勤以微软中国有限公司董事长的身份“代理”首席执行官。一年间，自言不喜欢销售工作的张亚勤一直强调只是暂时代理，但不动声色间，他有效协调与整合了各种资源，进一步推动了微软公司在大中国区的业务发展、市场策略、科研及产品开发的整体布局，微软公司与客户、合作伙伴以及政府的合作也在进一步加深。而由于微软中国研发集团的特殊身份，他将研发与销售业务有效地整合在一起，推动了自主创新，并缩小了数字鸿沟。微软中国在微软公司全球战略中的地位越来越不容忽视。
张亚勤代理大中国区首席执行官的任命并不令人意外，且外界好评如潮，然而，面对媒体的再三追问，张亚勤还是一再表示，自己还是希望在下一任首席执行官人选确定之后，由暂时的单核时代回到双核时代，一个负责研发，一个负责市场，齐头并进。他解释说：“我的兴趣还是在研发，现在中国研发集团占微软全球的研发比例大概是10%，我希望通过我和团队的共同努力，把这一比例进一步扩大。同时，我还要帮助找到下一任首席执行官，微软中国新首席执行官必须是懂中文的。”
2008年11月13日下午，微软公司正式对外宣布，任命原摩托罗拉亚太区总裁、摩托罗拉（中国）电子有限公司董事长梁念坚为微软公司资深副总裁、大中国区董事长兼首席执行官。重新任命张亚勤为微软公司资深副总裁兼微软中国研发集团主席，回归“双核”架构。张亚勤仍然是微软（中国）有限公司董事长和法人代表。
与前几任首席执行官不同的是，微软公司在大中国区首次设立战略决策委员会，领导微软在大中国区的各个组织机构，负责总体战略制定和公司治理。该委员会包括微软公司资深副总裁梁念坚，张亚勤，微软大中国区首席运营官鲍方德以及微软公司副总法律顾问、大中国区副总裁刘凤鸣。
“一年之内找到他，必须要说中文，这是我去年的承诺。那个人现在就在这里。”梁念坚的到来让张亚勤如释重负。
《互联网周刊》：你在1997年31岁时，就获得了美国电气电子工程师协会（IEEE）的院士称号，据说这是近百年历史上最年轻的一位IEEE院士，现在你做微软全球副总裁，主管一个很大部门的产品开发。那么就你个人来说，你更想像现在这样带领一个团队，还是想去老老实实做科学家，在某个领域不断地深入，在将来可能获得诺贝尔奖？
张亚勤：诺贝尔奖就免了（笑）。这是个蛮好的问题。一个是作研究的深度，另外一个是做产品，和市场、用户打交道比较多。但作研究需要和公式、和数学符号打更多的交道，两个我都挺喜欢的。我觉得我可能从根本上讲是喜欢做不同的事情，在每一个阶段喜欢做不同的事情。我的领导曾问我，你将来退休以后会做什么？我想可能还是以研究为主的内容，但在下面的这几年，我想得更多的还是把产品做好。
—《互联网周刊》 2004年11月23日
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“韧”字的领导力
2008年，突如其来的金融危机扫荡全球，几乎所有企业都面临困境，裁员、裁项目、降薪，甚至破产倒闭或被政府接管。微软总部也宣布在全球范围内裁员5 000人。而张亚勤所领导的微软中国研发集团尽管局部有些项目和人员被整合，但整体仍在扩张。“在经济发展遭遇严峻挑战的时刻，作为企业的管理者，我们需要肩负起重振经济、共克时艰的使命和信念，以非凡的韧力和乐观、清醒冷静的头脑以及务实的态度，引领企业向前发展。”
张亚勤拥有一种逆境中的领导力，那就是“韧”。
张亚勤的“韧”可以总结为三个方面：
首先，这种韧体现出一种使命感，有更长远的眼光和责任，对未来进行投资。张亚勤认为：“只有着眼长远的根本性变革，才能引领我们真正走出危机。”
其次，抱有务实的态度和求实的精神。张亚勤喜欢有梦想的人，喜欢创新的人，但在工作中他还提倡一种务实态度，每一项工作都必须仔细分析市场前景，尤其是在作产品研发的时候，研究的产品必须要以客户的需求为导向。如果不能满足客户的需求，必须即时完善，不成功的话立即砍掉。
最后，代表着坚忍不拔的精神和良好的心态，要有恒久坚持的毅力、耐心和信心。
