政治体制改革既是关系到要不要预备立宪、如何预备立宪的大问题，实际上也是一次政治权力的再分配，牵涉到所有官员和集团的切身利益，自然会引起各方面的关注，产生不同的看法。而袁世凯的野心之大，更激起较为正直的官员们的愤怒。
反对官制改革，特别是反对设立责任内阁的官员，约而言之，可分为两类：一为守旧派，一为改革派。
守旧派的主角为军机大臣铁良和荣庆。如成立责任内阁，不得兼职，荣庆肯定只能专任学部尚书，地位下降；铁良如出任副总理，其财政权（户部尚书）、兵权（练兵处会办）将同时失去，亦不甘心。在讨论官制改革的会议上，铁良声言：“立宪非中央集权不可，实行中央集权非剥夺督抚兵权、财权，收揽于中央政府则又不可。”此时改革方案尚在讨论之中，责任内阁是否建立，袁世凯能否当上副总理大臣，均是未知数，他当然不愿交出兵权、财权，因此首先出面反对，坚持说：实行中央集权“固非不可；但以中国现在情形论之，其事可言不可行”。双方唇枪舌剑，互相非难，各不相让，常常形成僵局。守旧派均把袁世凯视为眼中钉，纷纷上折条陈立宪之非，不遗馀力地攻击袁世凯等人，有的要求撤销编制馆，饬令袁世凯速回本任。
改革派则是从袁世凯的政治野心和主张假立宪出发加以反对，其中以御史赵炳麟为突出代表。赵炳麟在拜命御史的隔日，即1906年10月8日，上折指出：君主立宪国的责任内阁之所以不能专权，由于有下议院进行监督。中国现在一时难以成立下议院，如果一切大权皆授诸二三大臣之手，而又缺少议院监督，日子长久，“内外皆知有二三大臣，不知有天子”，“流弊必至陵君”，“此所谓大臣专制政体也”。四天后，赵炳麟又针对内阁官制草案上折，进一步揭露了袁世凯的阴谋，强调指出：“若据此推行，恐大权久假不归，君上将拥虚位，议院无期成立，下民莫敢谁何，颠覆之忧将在眉睫”。“无论如何，必使上下议院与责任政府同时设立，以免偏重。”赵炳麟的奏陈击中了袁世凯的要害，同时将文章作在权臣将要颠覆大清帝国上，也最能打动独裁者慈禧太后的心。
皇室中的王公、贝子、将军等得知袁世凯提出不让他们干预政事，十分气愤，共同怂恿年轻的醇亲王载沣与之为难。据传，在一次会议上，载沣从腰中拔出手枪，直抵袁世凯胸前，大声说：“尔如此跋扈，我为主子除尔奸臣！”幸亏奕劻适时赶来，出面排解，载沣方始息怒。
太监们听说袁世凯提出要裁去太监，也恨之入骨。一天，袁世凯刚下朝，便被百馀名太监截住，后来越聚越多，围攻不放，有的出言谩骂，有的愤欲饱以老拳。袁世凯急得团团转，只好大呼奕劻为之解围。经奕劻百端劝解，并担保绝对不裁太监后，众太监方撤围而去。
排袁的空气一天浓似一天，京中谣言四起，纷传袁世凯甚不可靠，将不利于皇室。
袁世凯觉得不妙，接连上疏，然而皆被留中未发。在召见时，他又面奏令守旧大臣退休，慈禧太后予以严厉斥责，并将一些参劾他和奕劻的弹章交给他俩同看。直到这时，他才深感处境恶劣至极，恐惧万分，借阅新军秋操为名，急急请训出京，时议比之“宵遁”。
在反对派的抵制下，慈禧太后害怕责任内阁成立后会失去君权，疑忌袁世凯权势过重，没有同意设立责任内阁，仍旧保留了军机处。袁世凯没有捞到副总理大臣，反而因中央官制改革而辞去兼职，失去许多权力，正像俗话说的“偷鸡不着，反蚀一把米”，其懊丧之情可以想象了。
但袁世凯对于设立责任内阁仍不死心。1907年7月25日，他奏请“赶紧认真预备立宪”。如何预备呢？他说：“东西立宪各国，皆用责任内阁之义，使其君主超然为不可侵犯之神圣，故万年共戴一尊。盖立宪国之宪法，恒使国务大臣代任君主之责”。“今日改官制而去内阁制度，舍其本而末是图，主脑既差，精神胥失”。“如改设新内阁而采用合议制，枢臣部臣日相讨论”，“议决于协赞则疑沮不生，事集于众擎则举行自易”。“立宪关键，此其先务。”又奏请设立资政院，“使全国舆论丝联绳贯，若网在纲，采群言以作公言，资群力以厚国力，则气象必有大异于前者”。并云：“预备立宪之方，莫亟于此。”一望而知，他重弹的仍是去年官制改革时的老调。三天以后，他又奏请派遣大臣赴德国、日本考察宪法，派王公近支赴英国、德国学习政治、兵备。
袁世凯所主张的立宪根本不是立宪派所要求的真正意义上的资产阶级立宪，只不过袭取它的名称和形式，实行变相的封建内阁专制罢了。御史赵炳麟发现袁世凯又故伎重演，再次上疏揭露了他的阴谋，指出其带来的严重后果，从而撕掉了他“甚非所以预备立宪之义”的伪装。
清政府否决了袁世凯迅速成立责任内阁的意见，但对设立资政院和派员前往德国、日本考察宪法，则接受采纳了。
任直隶总督期间，袁世凯还派人编刊了《宪政纲要》，创办《政法丛报》，分发本省下属单位和士绅学习，使他们增长宪政知识；并按照朝廷要求，搞了地方自治和司法独立两项试点，这两项试点都选定在天津府和天津县。
奉命试搞地方自治是在1905年8月。其后，袁世凯令天津府设立自治局，进行筹备。自治局首先开展宣讲工作，使人了解自治的利益和方法。又设自治研究所，令所属各县选送绅董入内研究学习。1906年11月，袁世凯令自治局在天津县试办议事会和董事会。自治局组织了有各界代表在内的自治期成会，讨论通过了试办章程。1907年4月开始划分选区，开展选举的宣传活动，继之进行了初选和复选。8月18日，天津县议事会宣告成立。袁世凯派人代表自己在成立会上发表演说，大吹：“今日为天津议事会成立之日，可以为天津贺，并可为直隶全省贺；不但为直隶一省贺，可为我中国前途贺！”同月30日，袁世凯奏请以天津县自治为模范，计划全省自治，三年一律完成。另外，还饬令分期分批组织各州县士绅赴日本考察地方自治。天津的试点为全国推行提供了经验，此后各省举办地方自治多以天津为榜样。
试搞司法独立始于1906年。次年3月成立了天津府高等审判厅、天津县地方审判厅和四处乡谳局。袁世凯没有一点近代司法知识，搞的司法改革有名无实。当时除新设几个审判机关外，其他衙门照旧审理民事、刑事诉讼案件，行政、司法依然权限不分。设审判厅，必须同时设立相应的检察厅，以监督审判官。袁世凯则不设检察厅，仅设检事官，并将其作为审判厅的属官；乡谳局连检事官也不设。至于辩护，那就更没有了。近代资产阶级司法制度的三个主要环节——审判、检察、辩护，袁世凯所施行的实际上只有审判一个环节，仍是封建主义性质，根本无司法独立可言。
仿行宪政的基本国策宣布时，立宪派人士以为国家、民族从此前途无量，欢欣鼓舞，热泪盈眶。但在官制改革之后，他们目睹预备立宪进程缓慢，措施不力，颇感失望。同时，也逐渐认识到，搞好预备立宪，不能单纯依靠那些身居政府要职的封建官僚，必须发动人民，开展立宪运动，促进政府实行，于是立宪团体纷纷建立。
1907年9月5日，即袁世凯上任军机大臣兼外务部尚书的次日，慈禧太后召见了他，沉重地对他说：“内乱外患，日急一日，究竟如何是好？有云立宪即可安靖者，有云立宪必有大乱者，真无法可施！”这个向来极有决断的女强人，由于缺乏宪政知识，不明世界潮流，在各派官员的激烈争论下失去了主见，不知如何是好，竟至难过得流下了眼泪。
袁世凯则回答说：“与其坐以待亡，不如立宪，即使无益，可免后悔。”表面看来，他对立宪的热情不减，而其骨子里想的仍是操纵朝政，一如往昔。所以，半个月之后，他又奏请速设责任内阁，妄想与奕劻共同执政。但因许多官员反对他出任副总理大臣，主张先建资政院，他的目的仍未能达到。
当袁世凯开始奏请立宪时，立宪派人士不了解其内心的真实打算，受到蒙骗，曾颂扬过他对促成预备立宪所做出的贡献。但假的真不了，真的假不了，时间一久，人们就可以从对其言与行的综合观察中分辨出来了。袁世凯担任军机大臣和外务部尚书没几天，立宪派便从他在江浙人民力争铁路商办问题上“倒行逆施，坚执其强硬主义而不悔”，认识到他假立宪的真面目。《时报》就此写道：“此种举动，直欲以挫抑民权、摧荡民气为预备（立宪）著手之方耶？不意以赫赫有名之外务大臣，且方欲组织责任内阁，以期宪政之实行者，乃翻然揭假面以示于天下也！”
9月20日，朝廷宣布成立资政院，为以后建立议院打下基础。25日，正副都御史陆宝忠、伊克坦、陈名侃奏请改都察院为“国会”，以立下议院基础，下议院议员由都察院官员简充，并由各省督抚保荐二三人组成，三四年后再将资政院、“国会”改为上下议院。这种无知妄说可谓荒唐透顶，而在奉旨讨论时，袁世凯居然表示同意。御史们以为陆宝忠等人所奏大失立宪精义，联名上折痛驳。袁世凯的意见终被会议政务处否决。
由宪政讲习会负责人杨度鼓动倡议，从1907年9月起，各立宪团体就认为资政院不能代表民意，推选代表人都请愿，要求迅速建立国会，确定召集国会年限，力争人民参政。1908年掀起一次高潮，湖南、河南、安徽、江苏、吉林、直隶、山东、北京等省市，政闻社、预备立宪公会、粤商自治会等立宪团体，以及北京的八旗士民，或推选代表上京请愿，或直接致电政府，都提出同样的请求。一个群众性的政治运动勃然兴起，立宪派的思想也大为解放，放言议论国事，批评朝政，形势越来越好。
作为政府的领导人，如果有立宪的诚意，对人民的民主意识的觉醒理应感到高兴，加以鼓励，进一步扶植，使之与立宪的政治制度逐渐适应。可是，袁世凯既不这样想，更不如此做，相反，他对群众运动怕得要死，对社会舆论恨得要命。1908年2月，他提出制定禁止人民集会、结社和演说的条例，制定限制言论、出版自由的报律，企图打着法治的旗号，采用专制的手段，将人民的参政意识和民主运动扼杀于萌芽状态之中。
不过，此时他又做了一件令人意想不到的事，这就是同张之洞一起推荐从日本留学归来的立宪派巨子杨度进人清政府预筹立宪的专门机构宪政编查馆工作（4月20日，朝廷赏加杨度四品京堂候补，命在宪政编查馆行走，后任参议），并让杨度给满族亲贵讲解立宪的好处。他这样做，目的在于掩饰自己的假立宪面目，欺骗迷惑世人。
对于立宪派发起的国会请愿运动，袁世凯内心是坚决反对的，故暗中阻止都察院将人民的请愿书上奏朝廷；而在立宪派的首领面前又大耍欺骗手腕，说他是十分赞成的，只是朝廷不同意，他也没办法。自己阻挠破坏，反而诿过于朝廷，自己落好人，何等狡猾！
在请愿运动中还发生了一件事，1908年7月下旬，法部主事、政闻社社员陈景仁电请三年内召开国会，将诬蔑攻击人民请愿、要求民权视为“疯狂”、“几同乱党”，阻挠立宪的考察宪政大臣于式枚革职，以谢天下。慈禧太后以其臆度率请，附和比昵曾犯重案之人（指康有为、梁启超），下令革职。
按说，对一个无罪的人予以这样严重的处理，此案完全可以了结了。可是袁世凯仍不肯罢手，他衔恨于康有为、梁启超和政闻社总务员马相伯秘密联合肃亲王善耆及其他亲贵排斥自己，觉得如此了结不足以解其心头之恨，又进而面奏慈禧太后，说政闻社系康、梁所组织，大进谗言，同时力促张之洞向慈禧太后“举发康、梁乱政秘谋”，挑唆慈禧太后加重打击。8月13日，清廷再次发布上谕，说政闻社“内多悖逆要犯，广敛资财，纠结党类，托名研究时务，阴图煽乱，扰害治安”，着即查禁，严惩社员。政闻社是个用和平手段、以实现君主立宪为目的的群众团体，既无越轨行动，更未“阴图煽乱”。如果袁世凯是真心实行立宪，为国家、民族前途命运着想，如他自诩的那样，建立“利国”的“公党”，那么，进步团体政闻社无疑应该是他的友党，政闻社社员无疑应该是他志同道合的同志；他理应赞助政闻社的行动，奏请慈禧太后撤销早年所发的严拿康有为、梁启超的谕旨，让他的同志回国，共同携手致力于立宪事业。即使要报复康有为、梁启超个人，也尽可找其他由头，不能在陈景仁电请速开国会这个有关预备立宪的根本问题上大作文章，捏词诬陷，置立宪团体政闻社于死地。然而，事情恰恰相反。这不仅说明他气量极度狭小，专修个人恩怨，睚眦必报，不顾国家大局，更重要的是彻底戳穿了他建立“公党”的谎言，撕破了他积极倡导立宪的伪装。
查禁政闻社的上谕大失人心，舆论纷纷评论说：这简直是“揭其假面而与天下相见以干戈矣”！立宪派对政府愈益不满，批评抨击愈益猛烈无忌。袁世凯、奕劻之流深恐民气激昂，演变为暴力革命，乃不得不奏请朝廷在8月27日颁发了钦定《宪法大纲》和《逐年筹备事宜清单》，宣布从1908年算起，预备立宪期限为九年，届时召开国会，公布宪法。
罢官回籍
袁世凯进入军机时，慈禧太后已是老态毕现，身弱体衰，常常生病。他更加勾结奕劻，作为奥援。当军机大臣没几天，慈禧太后召见时问他：奕劻是否“要钱”？他极力为之辩护说：“蔡钧、盛宣怀为著名之大运动家，庆王尚不为所运动，以此证之，足见其清廉矣。”他们拉帮结伙，党同伐异，争权夺势，肆无忌惮。张之洞在醇亲王载沣（1907年6月19日在军机大臣上学习行走，1908年2月2日授军机大臣）、民政部尚书善耆、陆军部尚书铁良、军机大臣鹿传霖等人支持下，与袁世凯明争暗斗，两派各不相下，常起冲突。
1907年10月26日，梁鼎芬再次上奏说：“时局危迫，美、日有争我长江商权，英、俄等国有谋我铁路及大借款之协约。挽回之法，莫急于严禁贿赂请托。自徐世昌授东三省总督，驻奉天日本领事荻原守一报其国政府，谓此辈以贿进，不足畏。世昌本袁世凯私人，又夤缘奕劻、载振父子，得此权位。杨士骧、陈夔龙等以贪邪而任兼圻，梁如浩、蔡绍基、刘燕翼等以行贿而任关道，纲纪荡然，恐自是以后，人知有奕劻、袁世凯，不知有我皇太后、皇上矣！臣于若辈夙无嫌怨，实见外人势力日张，大清国衰弱已极，奕劻、袁世凯贪私，负我大清国至此已极，但有一日之官，即尽一日之心。奕劻、袁世凯若仍怙恶不悛，臣随时奏劾，以报天恩，祸福不动其初心，强权或屈于清议。”奏折上后，遭到朝旨申饬；但11月直隶提督马玉昆参劾袁世凯时，慈禧太后又为之动容了。
