12月1日清晨，中共地下党组织分析了严重的局势，决定通知学生暂停对外宣传，以防发生不幸事件。同学们都留在校内，加强戒备。
也就在这天清晨，反动军警和特务们向手无寸铁的学生们发动了进攻。先是中法大学、联大工学院遭受特务的袭击，接着云大校门被包围，由于云大校舍居高临下，特务们被赶跑了。联大新校舍是“罢联”的所在地，门口更是如临大敌，一批批的军警特务被运来。同学们也从四面八方涌向校门，用一堆各式各样的家具把校门顶住。大家手持各种武器：板凳腿、铁锹、粪勺……，高呼着“中国人不打中国人！”把敌人从外面扔进来的石头再扔出去。一名女同学攀上墙头，向外高喊：“中国人不打中国人！”结果被敌人的石头打得鲜血直流。敌人吹着哨子，用大木桩把校门撞开了一个大缺口，钻进来好几个。同学们则呐喊着冲上去，逮住了一个，其余的全被赶了出去。丧心病狂的特务暴徒们大叫着“打呀！”“杀呀！”又向同学们冲来。一个特务竟掏出手榴弹，拉开了弦要往校门里面扔，这时，南菁中学的青年教师于再正好路过此地，他挺身而出，拼命拦阻特务，但被特务推倒在地，随着一声爆炸，于再倒在了血泊中，当晚在医院中去世。特务们行凶之后慌忙带着军队离开了新校舍。
联大师院也遭到了便衣特务的进攻，特务们横冲直撞，见壁报就撕，见东西就砸，见人就打，气焰十发嚣张，联大师院的同学们奋勇抵抗，隔壁昆华工校的同学闻讯也赶来支援，终于把暴徒赶出校门。特务们疯狂撕打，同学们誓不相让。突然，一颗手榴弹在学生们中间炸响，昆工同学荀极中（本名张华昌）应声跌倒，血浆迸裂，这时被炸倒的还有师院同学李鲁连。手榴弹没有吓住后面的同学，大家继续向特务冲去，一边冲一边喊：“中国人不打中国人！”又一颗手榴弹向人群中扔来，冲在前面的师院女同学潘琰被炸伤胸部，手指也被弹片削掉，但她仍高呼：“中国人不打中国人！”奋不顾身地去抢救其它同学。……在运送潘琰、李鲁连等受伤同学往云大附属医院救治的路上，特务也是一路追打，李鲁连在担架上就咽了气，潘琰也于当天下午死于医院。临终时她还用微弱的呼声喊出：“同学们，团结呀！”张华昌也于当天在医院中走完了他短短的人生旅程。
总计当日死亡师生有：于再、潘琰、李鲁连、张华昌等4人，重伤11人，轻伤14人；教授袁复礼，马大猷等也遭到特务殴打。
——这就是震动全国的“一二·一”惨案。
惨案发生后，联大学生群情激愤，社会各界也对学生寄予了深刻的同情，反动派在惨案发生后慑于社会舆论，已有些着慌和心虚。中共地下组织分析了形势，决定加强领导，把学生反内战、争自由的斗争进一步广泛深入地开展起来，集中火力向反动派大举反击，开展一场更大规模的争取民主自由的斗争。
12月2日，《罢联通讯》登载了题为《我们决不退下》的宣言，上面写道：
我们都是学生，没有权势，也没有枪杆，但我对于国家对于人民的事却不能不问。……我们的农民正呻吟……我们的工人在挨饿；……这一切，我们能不问吗……？告诉这些人，虽然我们挨了打，虽然我们受了伤，虽然我们进了监狱，我们却绝不会退下来的。
在党的领导下，在“我们决不退下”的号召下，联大同学及昆明的全体同学更加坚定地团结在一起，连那些平日不参加政治活动的同学也踊跃到罢委会要求工作。在罢委会领导下，昆明学生宣布无限期罢课。罢委会又发表新的罢课宣言，在要求条件方面，增加了这次血案部分：一、严惩祸首关麟征、李宗黄、邱清泉和直接凶手；二、抚恤死者，举行公祭、公葬，在云端公园立纪念碑，医治伤者，并赔偿一切公私损失费；三、解散行凶的特务机关。昆明学生向反动派展开了坚决的反击。一方面，各校在校内开展肃奸运动，公开检举三青团特务，三青团员成了各校中的过街老鼠；同时在中学生中间展开留校运动，粉碎敌人“提前放假”的阴谋。另一方面，罢委会对外发动了强大的宣传攻势。全市学生组织了强大的宣传队，到街头演讲，散发传单，演出街头剧《匪警》、《潘琰传》、《凯旋》、《审判前夕》等反内战剧。宣传队还深入工人、市民中进行大规模访问宣传，使反内战家喻户晓。地下印刷厂铅印出版的《罢委会通讯》这时的发行量达到了3、4万份。在“一二·一”运动期间，罢委会宣传股共印发中英文各种宣传品70余种，共110余万份。反内战的呼声传遍了全国。
12月 2日下午 3时，罢委会领导下的“一二·一”惨案治丧委员会”举行4烈士入殓典礼。烈士灵堂设在联大图书馆，里面陈列着烈士们的血衣、遗物以及近千幅挽联、挽诗。一进入灵堂，人们就可见到悬挂着的“党国所赐”4个大字；有的挽联上写着“国民党还政于民，秋波未去，丢下数枚炸弹；中央军奉命来省，春风乍到，杀了几个学生。”“踏着烈士的血迹，走上民主革命的大道；诵起人民的呼声，听到独裁政治的丧钟。”这些挽联、挽诗不仅寄托了人们对烈士的哀思，而且表达了他们对国民党反动派的无比愤怒。成千上万的人怀着万分悲愤的心情前来吊祭。
学生的斗争在社会上得到了广泛的同情和支持。
在进步教授的推动下，联大教授会在惨案发生后不久，议决罢教一星期。以抗议政府的残暴行为，并且组织法律委员会控诉关、李等人的罪行。12月4日起，全市大中学教师400多人宣布“无限期罢教，直到学生复课为止”。
昆明市郊各工厂，商店的职工群众也纷纷成立声援学生的机构，响应学生的反内战斗争。公共汽车工人主动协助学生散发传单，并将醒目的标语贴在车上周游全市。昆明7大周刊联合发表声明，抗议当局暴行，《时代评论》等皆出专号以示声援。人们还以捐款、签名、慰问、吊唁等方式开展声援活动。
总计在半个月内，先后到灵堂吊唁者达10余万人，捐款达3000余万元。
“一二·一”反内战运动已经超出了学生运动的范围，成为整个昆明市的全民运动。
不久，冲破国民党的重重新闻封锁，“一二·一惨案”的真相首先通过《新华日报》和《解放日报》迅速传遍了全国，引起了一场席卷各大城市的反内战的全民运动。延安、重庆、成都、上海等地都先后开会追悼4烈士。周恩来同志在延安纪念“一二·九”10周年大会上指出：“我们处在新的‘一二·九’时期，昆明惨案就是‘一二·九’。”重庆在昆明惨案发生后曾举行三天公祭，……这一切，又都表明，联大等校的学生运动得到了全国人民的有力支援。
在汹涌澎湃的“一二·一”运动面前，反动派陷入了一片惊慌之中。惨案发生后，国民党遭到各方责难，关麟征、李宗黄互相推诿责任，双方特务竟至当街殴打起来。为了软化学生，关也曾亲往联大向学生道歉，并派人送去一对花圈，50万元国币，两口棺材，但被学生拒绝。随后，又举行了“公审”及枪毙假“凶犯”的戏剧，并诬称手榴弹为学生方面扔出，杀人乃异党分子指使，等等。这些把戏都被群众一一揭穿。关麟征终于被迫“自请处分”离开昆明；李宗黄也被迫调离云南省政府主席一职。学生斗争显示了一定的威力，取得了部分胜利。
这时国内形势的发展，也使蒋介石集团感到发动内战的时机尚未成熟，部署尚未就绪，被迫同意召开政治协商会议。对学生运动，也由高压政策改为公开让步、暗中分化的政策。从12月中旬起，先后派傅斯年等人至昆明“调停学潮”，他们软硬兼施，目的在于使学生在12月17日复课。迫于国民党内的压力，联大教授会也通过了要学生在12月17日无条件复课的决议。甚至联大常委梅贻琦、云大校长熊庆来准备如果学生不按期复课，即提出辞职。
在这种情况下，中共地下党组织决定转变斗争的方式，一方面坚决抵制反动当局让学生按期无条件复课的命令，另一方面修改复课条件，以便在斗争取得一定胜利时正式复课。12月16日在联大举行了反内战茶话会，会后2000多人参加了校内游行。学生也在教师中间普遍开展访问活动，通过做工作，也使梅贻琦、熊庆来等人转变了对学生罢课的看法，进而支持学生罢课。反动派离间师生的阴谋破了产。
经过近1个月的斗争，云南反动当局被迫口头公开接受了罢委会提出的复课条件。斗争取得了相当的胜利，鉴于此，12月25日，罢委会正式发表了复课宣言；27日，正式复课。
1946年3月17日，昆明市学联举行了“一二·一”4烈士的大出殡。这天清晨，在“自由钟”的引导下，3万余人参加了送殡的行列。队伍的前面，学生们高举着“民主使徒”、“你们死了，还有我们”大字木牌，悲愤地唱着挽歌：
安息吧，死难的同学，
别再为国担忧。
你们的血照亮着路，
我们会继续前走。
冬天有凄凉的风，
却是春天的摇篮。
现在是我们的责任，
去争取民主自由！
昆明市万人空巷，10余万人齐集街头，向烈士告别。烈士们的遗体被安葬在联大新校舍的东北角。墓后有大的浮雕，墓前的柱子上刻有闻一多先生书写的《一二·一惨案实录》。举行公葬典礼时，几万人在墓前庄严宣誓：“我们要集中所有的力量，向反动的法西斯余孽痛击。我们今天再次喊出我们的要求，我们的进军方向：民主！”
至此，“一二·一”运动宣告胜利结束。
“一二·一”运动前后持续了4个多月，联大学生始终站在斗争的前列，充当着核心角色。青年学生在运动中喊出的“反对内战，争取民主”的口号，反映了全国人民的要求，得到了群众的热烈响应；在斗争中，青年学生团结在共产党组织的周围，与教师亲密合作，结成了统一战线，使运动走上了胜利发展的道路。“一二·一“运动是抗日战争胜利后国民党统治区人民运动的第一个高潮，它有力地揭露了国民党的内战政策，推动了国内政治生活的发展。“一二·一”运动虽然是整个昆明市大中学学生共同参与，并肩作战的一场学生运动，但是联大学生在运动中所起的中流砥柱作用，使它与西南联大的历史密切地连在一起，“一二·一”运动为西南联大的学生运动史填上了光辉的一笔。
