然后，我们便看到巨大的光，那是天主。还有一位身穿白衣的主教，我们预感到他是教宗。其他许多主教、神父、会士、修女都登上一座陡峭的山，山顶上有一支巨大粗糙的干木十字架，好像是用软木和树皮做成的；
教宗在抵达山顶之前，颠簸地走过一座已经有一半变成了废墟的、尚在抖动的城市，他显得十分痛苦哀伤，为在路上所遇到的尸体的灵魂祈祷；在他抵达了山顶，匍匐跪在大十字架脚下时，被一群士兵用枪和箭杀死了。紧接着，其他的主教、神父、会士和修女以及不同阶层和地位的男男女女，也都接二连三以同样的方式而死去了。
在十字架的双臂下有两位天使，他们的手中都提着一个用水晶制成的浇水桶，桶里盛着致命者的鲜血，他们用这些血来浇灌接近天主的灵魂。
一九四四年一月三日于图伊”
当时有一位名叫约瑟夫·拉辛格的主教，与这个秘密同文发表了一篇神学评论，他在评论中写道：
“仔细研读所谓的法蒂玛第三秘密后……曾经对此秘密相当关注的许多人大概都会感到不满和惊讶。因为这里既没有重大谜团被揭露，也没有对于未来的预测。”
之后，他还呼吁人们不要将此讯息看成一个注定的未来事件：“这个秘密的目的并不于显示一场注定不可更改的未来，它的含意刚好相反，它的目的在于动员我们向着正确方向改变这种力量所带来的灾难，因此我们应该完全不去重视宿命论对此秘密的解释，例如称1981年5月13日对教宗的暗杀仅是上帝引导的神圣计划下的手段，而并非自愿行为，或其他这一类的看法和流传。”
接着，他还想人们解释了这些画面所象征的本质：
“秘密极大可能来源于路济亚在一些宗教书籍所看过的画面，这些书籍画面的灵感直觉则来自于长期的信仰。”
至于其中所包含的意思，他解释说：“当我们将自己投射到‘秘密’的文字间时，剩下的内容已明白可见，它是在训诫祈祷者们走上‘灵魂救赎之路’和呼吁‘忏悔与改信’。”
科学家们也对法蒂玛事件表示了极大的关注，对此提出了许多猜想。
之前的许多科学家认为，法蒂玛圣母显灵事件中的目击人中大部分是天主教徒，因此所谓“玫瑰圣母玛丽亚”及其所传递的让人们忏悔的信息都是因宗教的狂热和集体幻觉所致。
然而，少数人产生幻觉尚可解释，七万人集体陷入梦幻，未免过于奇妙了，而且，这里面排除去一些宗教的成份后，也存在有许多疑点，如太阳的变暗，一个圆球发光体的飞行等等。不加研究就认为该事件只是一场集体幻觉未免失于武断。
法国国家科学研究中心研究员，天体物理学家皮埃尔·盖兰曾写道：“对于法蒂玛现象。无论是从心理学或视角来解释，都无法解释下面这样一个事实： 为什么那些离法玛蒂树数十公里远的一些村子里也有很多人看到在法玛蒂方向，“太阳”旋转着弯弯曲曲地下降，继而又升向群山之巅？如果说当地的人们是被一种幻觉所迷惑。那么，难道周围村子的人也发生了幻觉不成？
……
其实，作出以上判断的，无论是精神病科大夫，还是物理学家，都没有认真地去阅读有关法蒂玛事件的材料，这是因为他们连做梦也没想到，法蒂玛竟是一个排除一切宗教解释的圆形发光实体出现的地方。这个发光的圆球，使七万多的目击者错把它当成了太阳来看待，但他们对它的描绘是客观的、也是相当真实的。”
从这段话里可以看出，盖兰除了发出对“集体幻觉”一说的疑问外，还做了一个结论：即这所谓变暗的“太阳”并不是做为宇宙中恒星之一的太阳，而是指使六、七万名目击者错认为是太阳的发光圆球！能够证明这个结论的正确性的证据是，在法蒂玛事件发生的那一天，即1917年10月13日，世界各天文台都把望远镜对准了宇宙空间，可世界各地的天文台都没有关于那天太阳出现什么异常现象的记录。因此，可以确信的是，太阳在那一天并未发生变化。只能说，那天只有法蒂玛村附近的地方出现了那一千古奇观，而其它地方则没有出现。
另外，研究者认为：事件发生时，七万多人由于大雨淋湿的衣服很快地被晒干，只有具备足够大的能量的物体才有可能，而这种物体要又具备有太阳的特征，只有在云层中存在一个直径达几百米的球形发光物体才行。这足以证明盖兰先生的推断。这样看来，这显然是一次万人目击的UFO事件。
1975年7月，法国国家宇航研究中心科学系统和计划局局长克洛德·波欧博士在巴黎举办了一次演讲会。会上，一名着名的天主教徒物理学家，提起了法蒂玛事件并对其做了解释，他将这次事件解释为一种大气对视觉产生的作用，但这种说法经不起任何推敲，人们从太阳、大气与人的视觉之间的关系就可以推出大气对视觉的作用是有一定空间范围的，而法蒂玛事件的目击者的空间范围已远远超出了这个理论范围，因此，这位物理学家的推断是有很大漏洞的。
因为用现有的一些物理观点无法解释这次事件的原因，有人就将这次事件与外星人联系了起来。一般，用现有知识无法解释有关UFO现象时，人们总是自然地就联想起了“外星生物的宇航工具”--“飞碟”。虽然这种想法未必是正确的，然而又不能否认这种想法地可能性。
支持这一观点的人认为，用飞碟观点来解释法蒂玛事件不但可能解释通有关圆形发光体问题，甚至连路济亚所看到的“圣母”一事都有所解释。他们认为智能生物的宇宙交通工具--飞碟使得球形发光。而法蒂玛事件中，路济亚是利用了思维传感来与飞碟上的“玫瑰圣母玛丽亚”互通信息的。
支持此说法的人认为，年仅十岁的路济亚并没有说谎。她说看见了“圣母”的事情如果是说谎的话，那么她的谎也未免太灵验了？从1917年5月13曰起直至10月13曰，她说的话都实现了（除八月十三曰她被抓外）。而那活灵活现的描述也不符合一个年仅十岁的女牧童的口吻。
可是，如果路济亚没有说谎，那么这一切就是真的，“圣母”是真的，路济亚和她说话也是真的。那么又有一个疑问出现了，为什么“圣母”是真的出现过，而其它目击者并没有看见呢？有人以路济亚本身具有潜能，能和飞碟中的智能生物互通信息，而在场的其他人则没有这种特异功能，因此也就不能看到“圣母”来解释。
据他们推论，5月13日，路济亚通过思维传感与一个飞碟中的智能生物-一个类似地球上的漂亮女人的生物相识，路济亚称之为“一位美丽的夫人”，并因为一直以来所受到的宗教的影响，认为那“会飞”的女子就是圣母。以后每到13日，这位“圣母”总是乘着飞碟来到法蒂玛上空与路济亚见面，十月十三日，这位“圣母”乘着飞碟在法蒂玛村上空上下旋转运动着，使得七万人大饱了眼福，然后这位“圣母”就乘着飞碟远走高飞一去不返了。
但是，即使是这样的解释，也还有一些疑问远没有解释清。如“圣母”临走前嘱咐众人要继续“忏悔”，这是什么意思？要么路济亚在这句话中对几万个天主教徒说了假话，要么路济亚的这句话确实是“圣母”讲给她的。若是前者，无非是路济亚受周围这些天主教徒影响较深，为了符合这些人的平常的意愿而说了这么一句教徒们经常说的（是一句假话）。如果是后者，那自然扯到了人类、宗教、及飞碟这三者之间的关系问题上来，那这种对法蒂玛事件的假设及解释就又被引入到曾在欧美风靡一时的厄里希·冯·丹尼肯的假说上了。厄里希·冯·丹尼肯曾通过调查后认为宗教中所谓的上帝，就是外星人的宇航员。
所有的这些推论、猜测，都没有任何实际上的证据来支持，“圣母显灵”的传说到底是真是幻，仍是人类未能破解的谜团。
