事前泄密似乎已成为湖北革命党人注定的命运，从辛亥首义以来，不知有多少次举事都功败垂成于举事前的泄密。这一次也未能例外。就在革命党人紧张筹备起义事宜之时，曾因在5月底上海发生的进攻制造局事件中被捕的几名革命党人从江西经湖北解转北京。途中，一名叫文仲达的革命党人变节招供，供出上海派往湖北运动军队的革命党人以汉口《民国日报》社为机关。黎元洪获知这一情报后，于24日派出大批军警，会同租界巡捕将《民国日报》社包围，捕走编辑四人，并搜出文电、布告和名册多件。25日，又有多处机关遭破坏，大批革命党人遭到逮捕。显然，起义已经无法按照原计划举行。
当日晚上，詹大悲等革命党人被迫强行举事，派人在武昌城内多处纵火，发出起义的暗号，却无人响应。只有驻扎在湖北天门、潜江一带的季雨霖旧部、革命党人章裕昆的三十一团二营予以响应，但也因势单力孤，很快溃散。章裕昆只身逃走。黎元洪又相继将革命党人宁调元、熊越山抓获。季雨霖、蔡济民、吴醒汉、詹大悲、熊秉坤等领导人逃往上海，蒋翊武、杨王鹏等逃往湖南。稍后于7月21日，驻沙洋的刘铁一团，高举“湖北讨袁军”的旗帜，传檄各处，自称讨袁军鄂西总司令。黎元洪先后派出三个团又两个营的兵力往剿。刘铁部仅五六百人，寡不敌众，兵败后，刘铁被迫逃亡日本。至此，改进团的第二次讨袁反黎举事也以失败告终。
改进团失败之后，黎元洪再次对湖北的革命党人进行整肃、清洗。据当时的《民立报》、《时报》报道，被杀戮的革命党人有两千人之多。黎元洪“开明谨厚”的声望荡然无存，时人称之为：“屠户之美名，赵尔丰不能独有矣”。
袁世凯镇压了“二次革命”之后，除西南几省与湖北省之外，全国版图悉数落入袁世凯的控制之内。倚仗着北洋军的骄兵悍将，袁世凯基本实现了“武力统一”。接下来所要解决的就是有关“名分”的问题了。
与南方革命党人兵戎相见之后，袁世凯并没有急于解散由国民党人占多数席位的国会。袁世凯之所以还对国会保持着最后一丝宽容，乃是出于他的政治考虑。毕竟，袁世凯名义上只是中华民国的临时大总统，要想成为正式的大总统，还必须经过国会选举，为自己披上合法的总统外衣。为此，袁世凯授意拥袁的共和党、统一党、民主党三党合并为进步党，以便与国会第一大党国民党相抗衡。黎元洪出任进步党的理事长，成为进步党的党魁，为袁世凯当选大总统助阵。
而此时的国会正在起草宪法草案。众所周知，在现代民主国家中，宪法乃是立国之基，所以起草宪法兹事体大，需要慎之又慎。在国会内成立的宪法起草委员会也应遵循慎重的原则，积极而稳妥地工作着。又由于南北方战局的不停变换，以及国民党与进步党人在根本法条上的争执，所以宪法起草进展缓慢。袁世凯最为关心的总统选举法，到1913年的8月中旬才稍有涉及。袁世凯一心想要建立独裁专制的统治，在他的眼中，所谓的民主只是形式而已，宪法也不过是白纸一张，能利用就加以利用，不能利用则抛在一旁，只有权力才是解决一切问题的不二法门。按照法律程序，只有先出台根本大法——宪法，才能继之推出总统选举法进而选举总统。然而袁世凯顾盼正式大总统之心甚为急切，在隐忍了国会一阵子之后，眼巴巴地看着按照正常程序大总统的选举还是迟迟不能举行。于是，他就公然决定变动程序，威逼国会议员先选举总统后订立宪法，视民主国家的根本大法如儿戏。
遥领副总统的黎元洪早已揣知袁世凯的心意。1913年8月5日，黎元洪领衔会同十九省区的都督、民政长致电参、众两院，指责国会：“争议朋兴，党见纷起，根本问题，概未解决，推波助浪，枝节横生。”然后故伎重施地罗列了一大堆内政、外交、财政、军事上的种种“险境”，将之归结为国会迟迟不能敲定根本大法、选举出正式大总统所致。他还逼迫国会“先订总统选举之一则，即从选举总统入手。或将宪法全部从速制定，即行选举总统，两月之内，一气呵成，国本既定，人心遂安”。黎元洪又联络梁启超、汤化龙等进步党的要人，明确表示：“揆察现状，似须先举总统方足以定人心、固国本……公意如以为然，即请急力主持。”紧接着于9月28日，他又再次致电参、众两院，催促快速选举总统，甚至指名推举，属意于袁世凯，盛赞袁世凯“雄才伟略，卓绝一时。再造共和，易如反掌”。由于有黎元洪这位武昌首义元勋的摇旗呐喊，各省手握重兵的都督的助阵支持，进步党的从中帮腔，袁世凯的精心策划；再加上国民党的涣散无力，又经受了“二次革命”失败的打击，根本无力与袁世凯抗衡。在此种情景下，国会民主的形式终于拗不过权力的实在，各党派议员纷纷表示赞同先举总统、后定宪法这一与民主精神相背离的政治举措。9月5日，国会正式通过先选举总统案。10月4日，又匆匆通过仓促而成的总统选举法。
10月6日，正式大总统选举开始。虽然黎元洪一再声明拒绝做候选人，并全力推荐袁世凯，但黎元洪在第一轮投票中仍获得一百五十余票。在前两轮投票过程中，由于袁世凯得票都不足半数，所以第三轮便只能在袁世凯和黎元洪之间决选了，即二人投选其一，此外投选任何人都以废票论。这个选举方法，使袁世凯和黎元洪成为了竞选总统的真正竞争对手。国民党本不愿意选黎元洪，更不愿意选袁世凯，但投别人即为废票，权衡之下又不得不投票给黎元洪，所以会场上一片“投黎元洪，投黎元洪”的窃窃私语之声。选举结束，袁世凯仅以五百零七票勉强当选。而选举副总统时，黎元洪竟然一次通过，票数高达六百一十票，且全场掌声雷动，与袁世凯当选时掌声稀稀落落相比，有天壤之别。据说选举总统时，袁世凯的亲信、总统府秘书长梁士诒惶惶不可终日，随时打探选举消息。袁世凯本人也是急不可耐，几次向梁士诒询问选举的进展情况，梁士诒只得敷衍一番，不敢据实以告。当袁世凯得知最后一轮是在他与黎元洪之间决选时，他“大惊，绕室彷徨，踱来踱去，直到最后揭晓才坐下，并不高兴”。由此可见，袁世凯与黎元洪之间的微妙关系，黎元洪竭力作态拥护袁世凯，恐怕更多是出于自保而非倾心相待。
不管怎么说，黎元洪在拥戴袁世凯当选大总统方面，对袁氏而言算是立下了赫赫功劳。选举大总统过后，国会在袁世凯看来已经再无可利用的价值。相反，国会对大总统权力的限制，逐渐成了袁世凯走向独裁的障碍。袁世凯决意踢开国会，搬掉走上专制之路的绊脚石。当选大总统后，袁世凯开始指责正在修订的宪法草案，称国会公布的总统选举法是违背了《中华民国临时约法》中的“一切法律皆由大总统公布”的规定，又派出八人为“政府委员”，列席宪法委员会草案的修订会议，实际上是干涉宪法的起草。国会在形式上的尊严都被袁世凯褫夺得干干净净。国会被迫反击袁世凯的进攻，不料却正中袁世凯的下怀。袁世凯使出惯用的杀手锏，授意北洋系统的各省都督通电国会，要求解散国会，另行选举。黎元洪作为湖北都督，也不得不摆出与袁世凯沆瀣一气的姿态，通电国会指斥宪法草案的“四不可”，要求国会详加讨论、重行厘定。相对于北洋都督赳赳武夫的无法无天，黎元洪还算是较为克制的。
袁世凯挑起国会与政府之间的矛盾，醉翁之意在于解散国会。11月4日，袁世凯以查获李烈钧与国民党议员来往密电为由，下令解散国民党，收缴国民党议员的证书与徽章，取消国民党议员的资格。由于被收缴证书、徽章的议员达四百三十余人，超过了国会的半数，国会实际上已经宣告解散。与此同时，袁世凯的命令发布后，黎元洪在湖北也不甘落后，于11月7日派军警多人将设在龙王庙后街的国民党湖北支部查封，将抄搜出的国民党牌匾、印章、徽章、党证等予以销毁，将文件名册带到都督府内查验后焚毁。并在通衢大街广贴布告，宣布解散国民党支部。17日又将议会成立前曾列名国民党的二十五名议员驱逐，湖北议会闭会。这样，中华民国正、副总统，一南一北，相继将国会关闭，将国民党解散。
随着当选中华民国大总统并顺利解散国会，袁世凯在通往专制独裁的路上越走越远。政敌逐一被剪除消灭，昔日的“盟友”黎元洪渐渐成为袁世凯卧榻之侧不能容忍的酣眠者。
袁世凯渐渐感到夜不能寐，苦苦思索解除黎元洪权力的良策。
镇压“二次革命”之后，袁世凯的心腹陈宦向袁世凯献策道：“世界副总统无领兵者，美国副总统为上议院议长，今宜请黎入京……各省底平，亦无须副总统坐镇，派一统兵大员足矣。”陈宦的调虎离山之计被袁世凯所采纳。袁世凯正式当选大总统之后，先后四次电邀黎元洪进京。黎元洪当然深谙袁世凯的用心，所以借故一再拖延，不肯离鄂半步。袁世凯借大总统就职典礼之机，再次邀请黎元洪北上观礼。黎元洪惟恐成为蔡锷第二，回电婉言谢绝。黎元洪的副总统就职的时间和地点，又一次成为袁世凯的借口。但黎元洪以自己兼领湖北都督的名义，仿效当年袁世凯不肯南下任职的旧典，把副总统就职典礼安排在湖北举行。眼见一计不成就又生一计。袁世凯极力拉拢黎元洪身边的心腹之人，比如黎元洪的智囊饶汉祥，让饶汉祥劝黎元洪北上。平素对饶汉祥向来言听计从的黎元洪，此次却抱定主意不改变，任凭饶汉祥如何劝说，就是不肯轻易答应北上之事。最后，他索性让饶汉祥全权代表自己北上，与袁世凯“商议一切”。
袁世凯见黎元洪北上几无可能，只好另外想办法。深知黎元洪秉性的他，决意以武力强请黎元洪进京，来个“霸王请客”。于是，他特派自己的心腹大将段祺瑞亲自到武昌请黎元洪离鄂北上。饶汉祥刚从北京回到武汉，袁世凯的电报就到了湖北军政府。告之黎元洪“拟任段总长来鄂替公暂权篆务”，催促黎元洪尽快北上。黎元洪深知段祺瑞的来意，无奈之下只得复电同意。12月8日，段祺瑞到鄂。下车伊始，段祺瑞就催促黎元洪“磋商要政”。黎元洪此时尚抱着或许还能回鄂的心态，将政事都交给参谋长金永炎代理。段祺瑞到鄂的第二天，即12月9日晚，黎元洪在极端秘密的情况下登上段祺瑞南下的专车北上，段祺瑞反而下车留在武昌。就在黎元洪专车北上的途中，任命段祺瑞为湖北都督的大总统令正式下达，黎元洪再回湖北的后路被彻底地切断了。
11日早晨，黎元洪的专车到达北京。在北京车站，欢迎黎元洪的仪式十分隆重。袁世凯用自己乘坐的金漆朱轮双马车前去迎接。当年孙中山派出的迎袁专使蔡元培进京时，乘坐的也是这种金漆朱轮双马车。这次北京政府的内阁成员、袁世凯的总统府的侍从武官长荫昌、礼官黄开文及内阁各部部员代表都到了车站。尤其是袁世凯的大公子袁克定代表袁世凯也前来欢迎黎元洪。车站之外由军警守护，站台上有北洋拱卫军一营，列队持枪致意。
刚到北京，黎元洪就戎装佩剑，入总统府拜见袁世凯。中午，袁世凯在总统府宴请黎元洪，由全体阁员作陪。当时的报纸描述黎元洪、袁世凯二人见面时称：黎“戎服佩剑，行最肃之军礼，态度极为谦谨。大总统则殷勤特甚，仿佛极尊严之长辈见一极可敬之少年。南北两杰久久未晤，今日一堂聚首，其握手之情状，有人比诸明年巴拿玛河开通时大西洋水与太平洋水忽然翕合之奇观，虽拟不于伦，其言却有趣味”。此段描述去除奉迎之辞之外，从中也不难窥见袁世凯、黎元洪两位枭雄貌合神离的实际状态。黎元洪面对诡异总统袁世凯，在备极谦恭的同时怀着十二分的小心。而袁世凯则在殷勤招呼中难以掩饰终于请君入瓮的几分得意。黎元洪的内心是悲怆的，毕竟离开了自己苦心经营多年的湖北地盘，来到北京位高而权不重，看似高就实则如虎入牢笼。何况在身边还有一位“雄才卓绝”的袁世凯，时时窥伺和监视着自己。在《致鄂中父老》的电文中，黎元洪这种“故国不堪回首月明中”的失落心情可见一斑。兹录如下：“今者燕京之行，原因磋商要政。将来驻都回鄂，两难预揣。惟段代督明达精干，军事上尤擅特长，必能补元洪之缺；登鄂民于衽席也。遥望汉江，不禁泪下。”“遥望汉江，不禁泪下”，恐怕是黎元洪诸电文中最为真实的一句。
黎元洪离鄂之后，段祺瑞、段芝贵先后担任湖北都督之职。二人系袁世凯的心腹之将，首义湖北的革命势力被他们铲除殆尽，黎元洪苦心经营起来的一点点基础也随之付诸东流。黎元洪将在他的“瀛台公寓”度过一段十分特殊的岁月。
黎元洪到达北京之后，知道回归湖北无望，家眷于是也随之起程来京。袁世凯将黎元洪家眷安排在南海瀛台，也有一番用意。瀛台乃是前清戊戌政变之后，慈禧太后囚禁光绪皇帝的地方。如今黎元洪成为瀛台的新主人，望着墙上还悬挂着的光绪皇帝幽居之时亲笔书写的条幅，黎元洪难免不在心中产生一种被软禁的囚徒之感。
