1912年2月，依南北议和的条件，袁世凯被选为中华民国临时大总统，应赴南京就职。但袁不愿离开北京，当南京临时政府专使来京迎他南下时，袁秘密指令驻扎在南苑的第三师(即第三镇)师长曹锟，于29日夜纵使士兵在北京城内外哗变，大肆抢劫当铺、钱庄、银号、绸缎店、珠宝行，甚至连民居也不放过，还纵火焚毁现场。据说兵变发生后的第二天早晨，曹锟戎装革履，急急忙忙到袁世凯那里报喜，恰逢唐绍仪访问袁世凯，袁当门而坐，唐坐门侧，这时曹锟破门而入，走向袁请了个安，又向在座的唐请了个安，接着冒冒失失地说：“报告大总统，昨夜奉大总统密令，兵变之事，已办到矣！”袁世凯听后，勃然大怒，当着唐绍仪的面骂道：“胡说！滚出去！”袁世凯之所以这样，是因为曹锟向唐绍仪泄露了他的“天机”。曹锟挨了袁的臭骂后，只觉得是受了段芝贵的骗，既感到憋气又感到窝火，一怒之下，回了天津。事后，袁世凯立即派人带了12尊金佛前去疏通，说明事情的真相，这样，曹锟才平了心中的晦气，心中暗自兴奋地回到北京。
袁借题发挥，重申需留在北方维持秩序这个新理由，作为其拒绝南下就任大总统的口实，从而使身临兵变之境，生命安全受到威胁的南京临时政府派来的专使，不得不向袁世凯让步，取消了坚决让袁南行的要求，并向南京方面陈述袁不能离开北方的原因。这个阴谋得逞了，曹锟因此获得白鹰勋章一枚。3月6日，南京临时参议院通过决议，允许袁世凯在北京就职。3月10日，袁世凯在北京宣誓就任总统，袁世凯终于把熟透了的桃子放到了自己的嘴里。曹锟作为兵变的指挥者，不但未受“严惩”，反而允许其在豫直招兵补员，而且因兵变首功，借着袁世凯这棵大树，步步高升。曹锟继续紧抱袁世凯这条大粗腿，为袁效忠，替袁冲杀。
袁世凯上台后，一手策划了刺杀宋教仁一案。1913年3月20日，正当宋教仁由上海启程前往北京之时，不幸被暗杀于上海车站。宋案发生后，国民党人异常愤怒，纷纷起来，极力讨袁，革命形势再度发展。孙中山见“人心激昂，民气愤然，正可及时利用”，毅然决定发动“二次革命”。南方各省“湘、皖、赣、宁、川、粤、闽各省先后宣布独立；苏、常、锡、镇、清、扬、江北各地皆厉兵待发，海军全体赞成，大势所趋，在南不在北矣。”
4月初，袁世凯一面向五国银行团大举借款，移作军费，另一方面积极开始调兵遣将。从4月底至5月6日经过连续策划，完成了对湘、皖、苏等省的军事部署：李纯所率北洋陆军第六师由信阳向湖北移动；王占元所部北洋陆军第二师尾随其后，进驻武穴，警戒九江和安徽方向；以河南陆军第一师毅军师长赵倜和赵杰所部为预备队，协助李纯进攻江西；以冯国璋、张勋北洋陆军第四、五两师及武卫军为主力联合作战，会攻南京；命曹锟所部北洋陆军第三师进兵岳州，攻击湖南都督谭延闿。一切准备就绪，袁遂在5月6日下达“除暴安良”的命令，下令罢免国民党人李烈钧、胡汉民、柏文蔚三督之职，决定发动内战，镇压“二次革命。”湖南便是袁世凯的一个重要目标。
湖南，虽然国民党占有一定优势，而湖南都督谭延闿是被迫才宣布独立的。曹锟所部北洋军第三师因而几乎没有遇到什么抵抗，即占领岳州。第三师大兵压境，谭延闿旋即于8月13日宣布取消独立。10月7日，袁世凯将其“褫职叛罪”，以汤芗铭代之，汤在湘滥杀无辜，湘人称之为“汤屠户”。
1914年4月，袁世凯任命曹锟为长江上游警备司令，7月18日，又赐“将军”称号，令其继续驻兵岳州，监视南方各省革命势力。此次任命是因为“二次革命”以来，北洋大将人人都有了地盘，唯独曹锟依然是第三师师长，任职数年，资格最老，责任更重大，袁不得不提升他，提高他的地位。
“汤屠户”都督三湘，大肆镇压和搜捕革命党人，屠杀无辜群众，凡是稍有嫌疑，立即抓去，不经审问，一概杀掉，前后达一万人以上，把一个革命策源地的三湘，闹成了一个黑暗恐怖的世界。驻扎岳州的曹锟助纣为虐，整个第三师残暴不仁，处处与湘人为敌，军民之间，形同大敌。
驻岳州期间，曹锟耳濡目染，水涨船高。这时候的曹锟已不是当年的卖布贩，环视宇内，中华民国成了北洋一系的天下，与自己“出生入死”，一块儿打天下闯出来的弟兄们，个个爬上高枝儿，各有各的高官厚禄，各有各的地盘肥缺，唯独参与密务、被袁大总统引为心腹知己、把门看家的自己，早在光绪三十二年(1907年)就当上了第三镇统制，而直至民国数年照旧还是第三师师长，匆匆七、八年，官也未升，地盘也没有，被大总统钉在岳州，替汤芗铭当卫队长，忧心忡忡，甚是苦闷。此时，他已认识到加强军事实力，才能提高自己的权力和地位。一个偶然的事件，使他得到了一位真正替他出谋划策的助手，这人就是前文提到过的吴佩孚，吴此时是第三师师部副官长。1915年，长沙举行一次民众团体大会。吴佩孚受曹委托，代表曹参加，吴佩孚凭着自己秀才的学问和少时卜卦练就的口才，出口成章，引经据典，对三湘历史文化大加表彰，并表示对待湘人决不能施以高压手段，必须行仁义，与民一气，对汤芗铭“督湘”的“功绩”也极尽粉饰。汤对他极为“赏识”。不久，曹锟去长沙，汤称誉吴是个“出类拔萃”、很了不起的人物，并向曹锟提出，要借调吴佩孚到自己的督军府来任职。事实上，汤芗铭一方面是施以笼络羁糜人才之计，以使湖南老百姓人心大快，产生“汤屠户”将改变作风的错觉；另一方面用“借将”方式对第三师实行釜底抽薪。然而，曹锟非但不舍，反而考虑到在此多事之秋，正是选用贤人之时，与其楚材晋用，不如楚弓楚得，况且，吴佩孚早已有人向他举荐过，今天又为湘督器重，更觉“将才难得”，于是决定对吴委以重任。曹锟一回到岳州，即刻将吴佩孚提升为第6旅少将旅长。吴佩孚突然蒙曹赏识，受宠若惊，乃向曹立誓：“今后佩孚决尽心竭力，誓死追随，以报知遇之恩。”以后，曹锟几次找吴密谈，讨论时势，商议对策，吴力劝曹发展军力，整顿军纪，以免任人宰割。从此，曹锟在岳州倾其全力，埋头练军。整整一年多时间，“不惊外务，勤勉奋发，跟吴佩孚并肩齐步”，同甘共苦。这次努力整军，曹锟虽然没有能像其他北洋大将那样升官发财，青云直上，却使他建立了未来事业的基础——北洋第三师成为一支实力不可轻侮、军纪最为“严明”的队伍，成为曹锟真正看家的本钱。
1915年，风云突起。袁世凯不以终身大总统为满足，解散民意机构，废止民元约法，签订《二十一条》，争取日本奥援，以期变更国体，龙袍加身，实现其“万世一系”“承天建极”的皇帝梦。
8月上旬，《亚细亚报》发表了袁世凯的政治顾问古德诺的《共和与君主论》，这是帝制的先鞭。
14日，杨度、孙毓筠、严复、刘师培、李燮和、胡瑛六位知名之士联名通电，发表筹组筹安会宣言。宣言声称：辛亥革命时，全国人民激于情感，仓促成立共和国体，没有一个人敢于出面反对，以至“深识之士，虽明知隐患方长，亦不得不委曲附从，以免一时危亡之祸。”“古博士以共和国民而论共和政治之得失，自为深切朋着，乃亦谓中美情殊，不可强为移植。”筹安会出现，举国惶恐，人人皆知帝制即将产生。
随着帝制锣鼓的紧敲，在袁世凯的另一组织全国请愿联合会的煽动下，全国各地五花八门的请愿团纷纷出笼。其人物上自王公遗老、政府官僚、各省将军、巡按使，下至车夫游民，无所不包，样样俱全。北京的乞丐和八大胡同的妓女也被分别组织起来，成立了乞丐请愿团和妓女请愿团，手持各色旗帜，大呼小叫奔向街头，齐集新华门，跪呈劝进表，请求袁世凯俯顺民意，早正大位。蛙鼓鸦噪处处不绝于耳。
北洋军和北洋附属军本来是未曾参与帝制运动的，可是帝制酝酿时，各省将军却“义”不后人，分别劝进。9月，袁世凯的“干殿下”段芝贵联合广东龙济光、湖北王占元、陕西陆建章、河南赵倜、山西阎锡山、云南唐继尧等14省将军和甘肃巡按使张广建、察哈尔都统何宗莲等封疆大吏，密呈袁世凯，请其速正大位。
值得注意的是在14省将军中却缺乏袁世凯的三双鼎足：王士珍、段祺瑞、冯国璋。北洋集团分裂已见端倪。跟段芝贵同样热心帝制，矢志拥立的曹锟也榜上无名，这是由于他“还不够资格，14省将军都是有地盘的。”况且北洋前三号人物尚存，资历实力远在曹锟之上。但为投袁所好，封侯授爵，曹紧步14省将军后尘，联络张绍曾一起以直隶“代表”名义上书袁世凯，请求改变国体，“速正帝位。”
1913年10月，袁世凯又任命曹锟为长江上游警备司令，率第三师进驻岳州。
11月23日，曹锟再次通电，敦请袁世凯早登帝位。电云：
“窃以维天生民，无主乃乱，我中国数千年君主相承，以安以治。改号一统，权出至尊，宗教相沿，历史习惯，纲常所在，万古不易。改革之始，未及深思，创为共和，难其上理，子兹四载，险象环生。奈今大总统旋乾转坤，戡乱致治，国基始奠。天佑民意，顿启其衰，愿弃共和，思维君主。喁喁望治，额呼观成。顷据各处所电及各报所载，二十二省国会选举投票，解决国体，全国国民代表一致赞成君主，恭戴今大总统为中华帝国皇帝。主权奉之皇帝，承天建极，传于万世。仰见民意所归，如水就下，不可复遏。立国以民为本，中国情形征诸民意，皆谓共和不适用于中国，即共和已无存在之地位；皆谓君主乃可以立国，则君主已至适当之时机。若再稍缓时日，则民意难安。上贻宵肝之忧，下启窥窃之渐。前途危险，更难补故。伏愿群公主持至计，合词劝进，请总统早正帝位，万无再缓，改号建元，与天下更始，以定人心，而固国体，则中国幸甚。锟虽不教敏，敢从其后。”
1915年12月12日，袁世凯宣布承认帝制。13日，袁世凯在怀仁堂接受文武百官觐驾，“义不敢避”地“被全国人民推戴为中华帝国皇帝。”
袁世凯为了笼络人心，针对不同对象，运用不同方法，予以区别对待。
15日，袁世凯册封黎元洪为武义亲王，黎坚辞不受。
21日，袁世凯下达“赐爵令”，对政界军界的亲信党羽和实权派大加册封。
这次大规模的册封，共分公、侯、伯、子、男五等，受特封者128人。虎威将军曹锟同张锡銮、朱家宝、张鸣岐、田文烈、靳云鹏、杨增新、陆建章、孟恩远、屈映克、齐耀琳、杨善德同列一等伯。
辛亥革命虽然以失败而告终，但是，这场革命所播撒的民主主义思潮，已成为不可抗拒的历史潮流。袁世凯的倒行逆施，激起全国各阶层人民的反对，当帝制消息传出后，各界民众愤慨异常，纷纷声讨袁世凯的罪行，要求诛除“叛国之元凶”，以谢国人。袁世凯接受帝位后，1915年12月25日，唐继尧、李烈钧等宣布云南独立，通电讨袁，掀起了反袁护国运动。袁世凯决定以武力镇压。曹锟在袁世凯帝制活动中，是一个积极支持者和拥戴者，一再“劝进”，不甘人后。当护国运动兴起之后，曹锟又受到袁世凯的重用，充当讨伐护国军的主要干将。1916年1月，曹锟受命率军入川，与护国军交战，并暗中监视四川主帅陈宦。
在战争初期，开到泸江的北洋军军事优势明显，护国军处处被动。但是3月17日，护国军组织力量大举反攻，与人民武装力量相配合，曹锟组织北洋军全力防守，双方在泸州外围展开激战，形成对峙状态。
虽说曹锟一直把袁世凯当“干爹”，当靠山，可他不傻，他也长着心眼哪！眼下，他见护国军作战勇猛，全国上下也支持；再看看自个儿的部下，也十有八九反对袁世凯当皇上，打起仗来不卖真力气，再加上队伍里差不多都是北方人，在四川水土不服，哪儿还有打仗的心思？想到这儿，曹锟反倒乐了：打不了仗更好——要是手下的军队都叫护国军给拾掇了，我往后还靠谁吃饭去？与其如此，我还不如给他来个不战不和，不进不退，干脆给他来个“晃荡”起来看！在吴佩孚的劝说下，曹锟决定采取圆滑的两面政策：表面上对袁世凯继续敷衍；暗地里却与各路反袁军联络、疏通，建立关系。
这时，整个形势的发展对袁世凯越来越不利，不仅广西于3月15日宣布独立，北洋军阀内部也分崩离析。1916年3月22日，袁世凯在内外交困和一片反抗声中，被迫宣布取消帝制，废除“洪宪”年号。袁世凯的一场皇帝梦，最后破灭了。
袁世凯在徐世昌、段祺瑞、冯国璋等远离自己而去，皇帝已经做不成的情况下，为了继续保持总统权位，还密电曹锟继续为其出力卖命。但是，困守泸州的曹锟，综观全国形势，却是忧心忡忡，不敢贸然进兵。
1916年6月6日，袁世凯在全国人民的一片唾骂声中，在众叛亲离的困境中，终因肾功能衰竭而结束了一生。1916年6月7日，根据《中华民国临时约法》，黎元洪继任总统。6月24日，北京政府任命蔡锷督理四川军务兼四川巡按使，任命曹锟会办四川军务，曹锟于是率部进驻重庆。袁世凯死后，以反对袁世凯称帝为宗旨的护国战争便失去了目标而无形终止了。7月14日，广东的护国军军务院宣告撤销。南北实现了统一，而北京政府依然是北洋军阀的天下。
