事实上，蒋经国在“传子”部署受阻后，已开始从未来台湾政局多元发展的趋势着眼，筹划集体接班事宜，并精心布置了防范在他身后出现“军政府”的措施。
首先，他打出蒋纬国这张牌，让这位闲置多年的弟弟在政权交接的关键时刻出任“国安会议”秘书长，担负起“护国大将军”的重任。蒋纬国有“民主将军”之名，与军队中的主流派——“黄埔系”无缘，又已多年未亲自带兵，他本人“不能也不会”出头搞“军政府”统治，这是人所共认的。但是，以蒋纬国的身世背景再加上他在军中的潜势力——很多高级将领曾是他的部下或学生，让他来发挥一种震慑和制衡作用，使“敢冒天下之大不韪”者有所顾忌，则是蒋纬国不难做到的。
“国安会议”被称为“太上内阁”，根据台湾国民党现行体制，它可以成为最高决策机构。但该机构成立后，蒋介石、蒋经国父子对其一直是“备而不用”，重要决定仍通过党的中常会或行政院院会做出，而蒋纬国之出任国安会议秘书长，也可说是一种“备而不用”的安排。平常时期，蒋纬国既非民国党中常委，又不是“政务委员”，不能参加重大决策，所以他的新职并不意味蒋经国要搞“家天下”，但若突然发生重大变动，蒋纬国便可以“国安会议”秘书长的身份名正言顺地发挥他的作用。
与此同时，蒋经国任命文人汪道渊接替军方人士宋长志出任国防部长，力图将军方纳入制度化的轨道，并以“文人节制军人”来防范在他身后出现“军政府”统治的可能。
其次，蒋经国打出李焕这最后一张“王牌”，让他接任国民党中央秘书长的要职，以确保“政治革新”的“强力推进”。李焕是蒋经国的心腹爱将，在国民党内素以开明派著称，力主“本土化”、“年轻化”、“民主化”政策，曾负责为蒋经国选拔“青年才俊”，培养干部，一度身兼国民党中央组织工作会主任、“中国青年反共救国团”主任、“革命实践研究院”主任三大要职。1977年因“中沥事件”而受到国民党内保守派的攻讦，蒋经国被迫“挥泪斩马谡”，让李焕去职。此次蒋经国重新启用李焕，就是要借重于李焕的资历、威望、才识克服国民党内保守派的阻力，强力推进政治革新，并把他作为集体接班的主要班底人物。
至此，一个以蒋经国钦定，“法统”继承人李登辉为首脑，蒋纬国、李焕为主要辅弼的集体接班的政治格局已基本形成。为了却身后事，蒋经国决意向“政治禁区”突进。
1986年10月10日，蒋经国在台湾社会各界庆祝“双十节”大会上致词，讲到末尾时，突然激动起来，提高声调说：“我们要不屈不挠，奋勇前进，我们有这个信心，也有这个决心，一定可以获致我们最后的成功，这样我们才能对历史、对国家、对10亿同胞、对全体华侨都有个交待，我们确信必定会有一个交待。”
5天之后即10月15日，蒋经国做出了他的“交待”。当天国民党中央常委会开会，在蒋经国主持下，一致通过12人“革新小组”提出的两项革新议案，原则决定解除台湾地区戒严令，另在“宪政”体制下，制定“动员戡乱时期国家安全法”，以保障台湾的安全及社会安定。同时，将取消党禁，修正《非常时期人民团体组织法》和《选举罢免法》，以规范政治团体和各类民众团体的活动，并使取得合法地位的政治团体候选人，在不同政治立场上，以平等地位从事公平的政治竞赛。蒋经国在两项革新议案通过后，发表即席讲话，他说：“时代在变，环境在变，潮流也在变，因为这些变迁，执政党必须以新的观念、新的做法，在民主宪政体制的基础上，推动革新措施，惟有如此，才能与时代潮流相结合，才能与民众永远在一起。”
10月25日，去美十多年的宋美龄返回台湾。官方公布的消息说宋美龄回台主要是为参加蒋介石百年诞辰纪念活动，民间报刊的分析则认为宋美龄回台有两大目的：（一）蒋经国的身体已到了随时会“发生不测”的地步，作为蒋氏家族的大家长，宋美龄必须回台以备应付变局；（二）对蒋经国在其生命最后旅程中所进行的“返宪革新”，受到欧风美雨熏陶的宋美龄乐观其成，并深知这是为蒋氏家族增光添彩的最后机会，她愿助“经儿”一臂之力，回台劝说党内元老支持革新。
在一切准备工作就绪之后，蒋经国开足马力，在1986年至1987年连闯3关：解除戒严、开放党禁以及开放大陆探亲。这三大举措是国民党在台湾40年统治史上最具历史意义的政治变革，是向民主和统一方面迈出的实质性步伐，在台湾岛内外引起极大的震动，获得普遍的赞誉。这是蒋经国“向历史作出的交待”，而蒋经国的历史也将由此而重新改写。惜乎天不假命，蒋经国未及将这最后一章写完就撒手人寰。
1988年1月13日，蒋经国去世，时任中共中央总书记的赵紫阳发表谈话，对其去世深表哀悼。
蒋经国晚年一身多病，台湾朝野人人皆知。台北荣民总医院留下的蒋经国病历厚得可以堆到腰际那么高。从1972年当行政院长始，蒋经国就经常光顾“荣总”，荦荦其大者，就有3次眼科手术和1次前列腺手术，这些均是公开的秘密。蒋经国健康的主要矛盾，是糖尿病日渐恶化，行动维艰，从1987年起，不得不以轮椅代步。虽然“荣总”的医生们早已告诫过蒋经国节制工作，以免引起其他并发症。无奈蒋经国是台湾的头号强人，长期事无巨细，大权独揽，党、政、军、特要务集于一身，欲罢而不能。1987年12月25日“行宪纪念日”时，蒋经国身体极弱，仍抱病主持大会。会上，民进党代表突然发难，要求全面改选“中央民意代表”，蒋经国深受刺激，病情急转直下。
1988年1月13日夜晚，时针指着8点45分，围坐在家中的台北市民们正沉浸在电视连续剧《在水一方》的高潮之中。突然画面中断了，眼前一片令人窒息和茫然的空白，数秒钟之后，荧屏上出现了僵直、肃穆的字幕：
蒋总统经国先生，今天下午15时55分不幸与世长辞，举国哀悼。
1988年1月13日上午7时30分，蒋经国起床时突然感到身体不适，并有轻度恶心呕吐现象。经医生检查，血压为110/70毫米汞柱，脉搏每分钟70次，体温36度。由于未进早餐，随即以静脉点滴注射补充营养。不料于下午13时55分，突发大量吐血，迅速引发休克及心脏呼吸衰竭，医疗小组立即以人工心肺复苏术挽救无效，延至15时55分心脏停止跳动，瞳孔散大，而告逝世。
蒋经国逝世的当天晚上19时30分，台湾行政院长俞国华在国民党总部宣布了这一消息，3家电视台都播发了这一消息。俞国华在宣布蒋经国逝世的消息时，台湾当局的高级领导人都排列在俞的两侧，各广播电台中断正常节目，改播哀乐。随即台湾当局宣布哀悼期为30天，在此期间不得举行聚餐、集会、游行及请愿活动。台湾国防部军事发言人宣布，从1月13日晚上20时开始，台湾三军部队全部取消假日和休假，以加强戒备。
晚上20时8分，台湾副总统李登辉宣誓就任第七任中华民国总统。宣誓典礼由司法院长林洋港监督。
蒋经国逝世后，台湾当局发布了蒋经国于1月5日立下的遗嘱，全文如下：
经国受全国国民之付托，相与努力于以三民主义统一中国大业，为共同奋斗之目标。万一余为天年所限，务望我政府与民众坚守反共复国决策，并望始终一贯积极推行民主宪政建设。全国军民，在国父三民主义与先总统遗训指引之下，务须团结一致，奋斗到底，加速光复大陆，完成以三民主义统一中国之大业，是所切嘱。中华民国77年元月5日王家骅敬谨记述。李登辉、俞国华、倪文亚、林洋港、孔德成、黄尊秋、蒋孝勇。
王家骅是蒋经国的机要秘书。在遗嘱上签名的李登辉是副总统，俞国华是行政院长，倪文亚是立法院长，林洋港是司法院长，孔德成是考试院长，黄尊秋是监察院长，蒋孝勇是蒋经国的小儿子。
遗嘱是1月5日立的，但签名却是在蒋经国死后才进行的。“司法院长”林洋港后来向报界透露：13日早上，他出席中常会，由于蒋经国未出席，于是就轮到他主持会议。会后，他因为关心，还问秘书长李焕：“总统已经三次没有参加开会，是不是身体不太好？”李焕回答：“不会吧，昨天上午总统还到总统府上班，下午又召我到官邸垂询今天开会事宜，我还建议总统多多休息，因为一星期后有重要的议题要讨论，总统要亲自主持。”到了下午4时20分，总统府的武官突然打电话来，要他赶忙到达总统府去，说话时语调十分悲伤，当时他就有不祥的感觉，立即赶到总统府，武官见到他，悲伤地说：“总统去了。”他听了宛如晴天霹雳，立即赶到会客室，“副总统”李登辉、“行政院长”俞国华、“总统府秘书长”沈昌焕及蒋纬国等都已到了。不久，“五院院长”都已到齐。将近6点钟，“五院院长”在蒋经国的遗嘱上签名，然后即到“总统”卧房瞻仰遗容。
1月14日，时任中共中央总书记的赵紫阳在北京发表谈话，对中国国民党主席蒋经国的不幸逝世表示悼念，并重申和平统一祖国的方针不变。谈话全文如下：
中国国民党主席蒋经国先生不幸逝世，我们深表哀悼。蒋经国先生坚持一个中国，反对“台湾独立”，主张国家统一，表示要向历史做出交待，并为两岸的缓和作了一定的努力。
当此国民党领导人更替之际，我们重申，我党和平统一祖国的方针和政策是不会改变的。我们希望新的国民党领导人，从中华民族根本利益出发，审时度势，顺应民心，把海峡两岸关系上开始出现的良好势头推向前进，为早日结束我们国家分裂局面，实现和平统一做出积极贡献。
台湾人民有着爱国的光荣传统，盼望统一，反对分裂，近年来同港澳同胞、海外侨胞一起，为推动和平统一，促进国共两党和谈做出了努力。我们愿与台湾各界人士共商国是，完成统一祖国、振兴中华的大业。
我们由衷地期望台湾局势稳定、社会安宁、经济继续发展、人民安居乐业。
同日，中国共产党中央委员会致电中国国民党中央委员会，吊唁蒋经国逝世。电文如下：
台北
中国国民党中央委员会：
惊悉中国国民党主席蒋经国先生不幸逝世，深表哀悼，并向蒋经国先生的亲属表示诚挚的慰问。
中国共产党中央委员会
1988年1月14日
中国国民党革命委员会中央名誉主席屈武也于1月14日致电台北蒋经国夫人蒋方良女士，吊唁蒋经国逝世。唁电说：
昨夜惊闻经国老弟病逝，悲痛无已，竟夕难眠。经国一生爱国，正期再展长才，共竟祖国和平统一大业，不意遽尔长逝，痛惜何似！我与经国，两世交谊，情同手足，当年苏联同窗，溪口话别，此情此景，历历在目。虽两岸睽隔，音问久疏，然思念之情，无时或已。近见开放探亲，正庆把臂话旧有期，讵料经国先我而去，竟成永诀，遥望云天，不知涕泗之所以矣。谨电致唁，敬希节哀，善自珍重。经国灵前，尚祈为我馨香祝祷安息。临电神驰，未尽欲言。
蒋经国的表侄毛彭初、毛椒初，外甥女王珠凤，14日也分别给蒋经国夫人方良女士发去唁电，对蒋经国逝世表示哀悼。毛彭初、毛椒初的唁电说：“今悉表叔不幸逝世，悲痛之余，特电悼念，敬请节哀，并向诸表弟致意。”王珠凤的唁电说：“舅父病逝，噩耗传来，不胜悲痛，特电悼念，敬请节哀，并祝全家平安。”
蒋介石死后，其灵柩至今仍置于慈湖一间中国式的建筑内，并未下葬。蒋经国的遗体也采用“奉厝”的方式，显示其长期目标也是希望能够移灵家乡安葬。
1月20日下午，蒋经国治丧委员会第二次会议在博爱大楼举行，由李登辉主持。会议决定有关蒋经国葬礼的如下事项：
1月30日，蒋经国大殓奉厝日，各机关学校停止上班上学半日，以便哀悼和追思；
奉厝日上午9时启灵时，全国民众默哀一分钟，警报器将施放一分钟。行人在原地点肃立默哀，火车及公共汽车照常行驶，但由服务人员通知乘客默哀，私用汽车及计程车自行默哀，各教堂、寺庙亦鸣钟一分钟；
大殓时，将给蒋故总统灵柩覆盖“国旗”及中国国民党党旗。党旗将由谢东闵、黄少谷、薛岳、沈昌焕、李焕、吴伯雄、于懋时、郑为之等8位覆盖；“国旗”将由李登辉、俞国华、倪文亚、林洋港、孔德成、黄尊秋、陈立夫、王世宪等8位覆盖。
22日移灵及30日奉厝之过程由各电视台及电台现场实况转播。
1月30日上午，在台北圆山“忠烈祠”举行了蒋经国丧礼仪式。由李登辉主祭，17位治丧委员陪祭，台湾各级官员、民意代表、侨胞代表及各政党代表等2950人与祭。蒋经国的继母宋美龄没有参加。
上午8时，首先举行追思礼拜，由一位牧师宣读祭文，然后唱蒋经国生前自己写的一首歌：
如果人们怀疑你，
让他们怀疑去吧，
你要相信自己！
这个按照基督教仪式举行的追思礼拜历时40分钟。
追思礼拜结束后，即举行中国传统的大殓仪式。在哀乐声中，李登辉率全体与祭人员向蒋经国献花、行礼、致敬。蒋经国的次子蒋孝武代表家属向蒋经国的遗体三叩头。
低回的哀乐声后，读祭文，接着举行大殓，蒋经国的夫人蒋方良率领家属亲视灵柩，蒋经国生前的二位侍从人员恭谨地揭起蒋经国灵柩上的玻璃罩。灵柩里，蒋经国身着长袍马褂，胸前佩带彩玉大勋章。
8时48分，灵柩棺盖轻轻地落下，李登辉和其他高级官员身穿蓝色或黑色长袍，把国民党党旗和“国旗”覆盖在蒋经国的灵柩上。
9时整，鸣放礼炮21响，各地警报器同时施放一分钟，教堂、寺庙的钟也敲响一分钟。
礼炮毕，蒋经国生前的12个侍从人员将灵柩举起，随着哀乐声，将灵柩移上灵车。灵车前面是蒋经国的巨幅画像和用大黑体字写的他的遗嘱。
灵车在三军乐队和仪仗队的引导下，以每小时8公里的速度缓缓开出“忠烈祠”，向大溪镇方向驰去。沿途，很多人按传统习惯在人行道上磕头。很多头发剃得光光的和尚身着黄色或黑色袈裟在马路两旁念经。沿途约有100万人观看送葬队伍。灵车经过上百个祭坛，于下午13时抵达大溪陵寝。
陵寝用黑色大理石筑成，蒋经国静静地躺在那里。离他不远的地方，是他父亲蒋介石的“奉厝”地。
蒋经国的逝世，标志着一个时代的结束。他和他父亲所书写的蒋家王朝的历史到此已是一个句号。
