九月二十六日，斩决重罪二十人，内田吉、倪文焕、吴淳夫、梁梦环、李夔龙，皆逆案也；杨镐、渠家祯、张翼明，封疆失事也；高道素，殿工侵欺也。故事，部开决囚单，必民犯、强盗、叛逆及真正人命，列于前，听上勾决几名而止。若官犯，则列名于后。是年上御笔独将后开逆案诸人勾决。先是，中宫以皇子大庆，请免行刑。上曰：生子固大庆，诛有罪亦是大庆，当并行不悖。旨下，政府揭救、面救再三。上曰：不杀此辈，则逆案为无名。政府曰：此辈不过患得患失之鄙夫耳。上曰：既是患失，便可以无所不至。政府乃不敢言。时方久旱，行刑后甘雨大澍。
高道素督造桂王府第，侵欺钱粮无算，诸工俱潦草塞责，即栋梁皆极不堪者。一夕大风雨，后殿数〈厂外带内〉俱倾，压死宫眷百余人，以后每遇风雨，王必露立庭中，深惧覆压之患也。上以是勾及之。阁臣以为请。上曰：朕若出就藩封，就是这榜样。高道素监造府第，使数百宫人死于非命，即寸斩之，尚未蔽辜，又何请焉！道素自谓必无虞，沈醉出狱门，临刑方醒，仓皇不能出一语，但连呼如何、如何而已。
囗兵从长城下大安口，直抵遵化。时新令汰冗兵，被汰者阴谋作乱，囗至城下，开门迎入。遵抚王元雅死于乱军中。同死者知县徐泽，以新任推官何天球已升未去，保定推官李献明以查盘至，教谕田毓龄、守备刘联芳，时十月二十一日也。遂破三屯营，总兵李国栋自缢，山海总兵赵率教帅兵赴援，兵营于七家岭，猝遇敌，全军覆没。将攻蓟州，袁崇焕亲率部将督辽兵万骑，自山海关直入蓟城守护，囗因舍蓟而掠三河、丰润、玉田、三屯、马兰诸处；有内守不坚而残破者，有邑令严守而无恙者；其死难蒙恤者，良乡令党还醇、香河令任光裕也、固安令刘伸，莅任方十日，闻报先运藏仓库，身带印篆出走，家人被杀者二十口，竟以城陷不殉问大辟，监固安狱中，十年方得遣戍。
命满桂为武经略，总理援兵，诸镇悉听节制。桂战安定门，袁崇焕战广渠门，杀其王子一人。初，袁自关门入援，中外注望捷音，迨驻兵郊外，讹言繁兴。上意方急退敌，待之有加礼，召见文华殿，自起慰劳，呼以督师，问御敌之策，赐御膳，解上貂裘赐之。又与祖大寿各赐盔甲一副，及东便门之战，杀伤相当，敌锋少挫，督师兵亦疲甚，有入城休息之请。先是，郊外彻侯中贵之园囿坟墓为囗兵践踏毁拆，各中贵因环诉督师卖奸，不肯力战。上已心疑矣，及奏入，上惧然心动，复召对诘问良久，言及援兵入城。上声色俱厉，遂缚崇焕下狱，阁臣谓临敌易将，兵家所忌。上曰：势己至此，不得不然。袁既下狱，关兵之在城外者，哄然称乱，几欲矢集城上，命兵部从狱中出崇焕手书慰止之，祖帅亦竟拥其重兵扬去。
杨士聪曰：己已之变，崇焕初至，一战人心始定，迨后钤制诸将，不为无见，而袁为人疏直，于大珰少所结好，毁言日至，遂罹极刑。厥后满桂一战而败，安见钤制诸将为非宜哉！及京城小民亦群然以为卖国而詈之矣。
袁既下狱，辽兵东溃，皆言以督师之忠尚不免，我辈在此何为。上乃出谕暂令解任听勘，而先入言深，竟难解矣。
当本兵王在晋被谴后，上召对群臣，升工部侍郎王洽为兵部尚书。洽，山东人，抗直无私援，相貌极雄伟。上私语云：好似门神。有术士即下其在任不久，以门神一年一易也。至是，囗入，十一月十六日，召对群臣，多言中枢备御疏虞，调度乖张，先既不能预授方略，今又不能整搠兵马。简讨项煜又引世庙庚戌故事云：斩一丁汝夔，将士悚震。上遂下洽于狱，以左侍郎申用懋代之。升口北兵备梁廷栋为顺天巡抚，起旧帅杨肇基为蓟镇总兵，又起旧帅王威、尤岱、杨御蕃、孙祖受、出罪帅马世龙于狱，俱以原官立功。起旧辅孙承宗，督师通州，仍入朝陛见。以十月十五日至宏政门，上即召入，谕曰：守御百无一备，卿如何为朕调度？承宗曰：臣闻袁崇焕驻蓟州，满桂驻顺义，侯世禄驻三河，此为得策。又闻尤世威回昌平，世禄驻通州，似未合宜。上曰：卿欲守三河何义？承宗曰：守三河可以阻西奔，可以遏南下。上曰：卿即为朕调度京师。承宗曰：皇上当缓急之际，不恤军卒性命，而使之饥寒，恐非万全策。上曰：卿言是。卿不须往通。面谕首辅草敕赐敛出朝，即周阅都城，揭回奏毕，次日出阅重城，乘月巡濠堑，度险阻，质明又奉后命，囗报逼通，星驰通州料理。盖上意谓守近不如守远，故仍行守通初命也。时，仓场总督孙居相、保定抚解经传，皆驻通州，不受调度。都城已传通州、三河等处皆失，孙到通州，遣人赍奏至，上始喜曰：通州固无恙乎！即奉旨大小官员俱听督辅臣节制。
孙承宗奏：初三日通州城守者，纔兵纷纷南下。初四日，知祖大寿全军东溃，自通之南二十里，以趋张家湾渡河。臣以手字慰大寿，并传一檄以抚三军。令游击石国柱飞骑追之，极力开谕，军校亦多流涕。但曰：主将已戮，又将以大炮尽歼我军，故不得已至此。国柱又前追，而大寿已远去矣。时讹言大寿且与囗合，反戈相向，承宗因密奏：大寿危疑既甚，又不肯受满桂节制，乘一军惊骇，有放炮洗营之说，激而东溃，非诸将卒尽欲叛也。辽将大半为马世龙部曲，臣谨遵便宜行事之旨，密遣世龙往抚，苟见世龙，必有解甲而归者。又密札谕大寿，教以急上自列朿兵，杀敌以赎督师之罪，仍许代为别白。大寿得谕大哭，其部曲皆哭，乃如其指还报，而前军已过永平矣。
祖大寿率所统兵至山海关城南教场列营，署镇朱梅同监军道王楫赴营劝其反戈自劾。言未毕，众兵拥大寿上马，夺关而出。随有马世龙捧旨由正关出，招谕多时，大寿乃率诸将叩头，世龙即谕之：诸将既感圣恩，当鼓全旅进关，再选未去马步万余以继后，用保宗社，则圣恩可酬、督师可生，汝等可成千古人品；否则终于大义未安。委曲抚导，诸将皆悦。大寿乃受约束，暂归汛地，承宗亟使马世龙报命，随遵旨移驻关州防守。
满桂勇悍敢战，而矜己自用，督诸将出阵，军无号令，不能约束。以十二月十六日誓师而南，十八遇敌于芦沟桥，一战而全军歼焉。桂与孙祖寿皆死之。黑云龙、麻登云掳去，黑后于四年九月反正逃归，上独念满、孙二将血战捐躯，命礼部官出城致祭，并查子孙优恤。
庶吉士刘之纶、金声，俱上疏请缨自效，并荐奇士申甫可为大将。上即升之纶兵部右侍郎，为戎政副协理。申甫特授副总兵，捐内帑十七万，听其调度召募。改金声为御史，监其军，然甫实游谈无实，所习仅役鬼之术，所募兵皆无赖子。十六日，统兵至良乡，与敌遇，所造器不可用，试术亦不验，所统七千余人俱败没。事闻，命棺敛给恤，金声以未出城，得免于难。之纶以三年二月帅师至遵化，遇敌自永平回，合兵冲杀，前兵既衄，敌即遣官招降，之纶不屈，力战而死。
上以城守潦草，下工部尚书张凤翔于狱，管工司官长洲管玉音、昆山许观吉、四川周长应、上海朱长世，俱廷杖八十。临时阁臣合词祈请宽宥。上曰：目下与敌止隔一墙，宗庙社稷，都靠这墙；这墙一倒，宗庙社稷都没有了，岂可不重处！时许；周、朱俱毙杖下，张、管赎徒。
山西巡抚耿如杞，率兵五千入援，皆劲卒也。最先抵都城下，兵部即调守通州，明日又调守昌平，又明日调守良乡。功令：兵到初日，不准开粮，西兵连调三日，皆不得粮，既馁且怒，遂沿路劫掠。耿以不戢军士，逮问大辟。至次年弃市。耿在天启年间，官蓟州兵备，以不拜逆珰生祠，为抚臣刘诏诬劾问辟，幸遇上登极，赦罪复官，即超升巡抚，仅越两年，复得罪死西市，深可痛也。自如杞逮后，五千余人哄然各散，溃归山西，而晋中流贼，从此起矣。
内外城守，以囗退往三河一带，方少宽。二十六夜，刑部狱囚尽逸，几为大患。次日，城门复闭，为捕囚也。刑部奉旨，时方戒严，狱囚逃逸，典守官所司何事！尚书乔允升、侍郎胡世赏、提牢敖继宗俱革职，着锦衣卫监禁。
元年枚卜一事，以乌程讦虞山故，遂高阁不行。至是，蒲州将乞休，力请点用。十一月初六日，遂钦点大命成基名（改名靖之）入阁，已又于十二月二十一日特用宜兴周延儒、会稽钱象坤、桐城何如宠。蒲州忠厚拘谨，不能仰副圣恩。囗骑既退，中书原抱奇遂出疏参首辅与袁崇焕通谋误国，左庶子丁进以升转愆期，亦出弹章；工部主事李逢申继之；蒲州遂请告回籍。其礼尚从优厚云。抱奇固赀郎，不足言；丁与李皆蒲州已未所取士也。丁奉旨以阴阳闪烁，降二级；李以监督火药失事，下狱遣戍。蒲州后以壬午冬北兵破城死难，其事未详，故失记。
三年庚午正月，上锐意功业，本兵申用懋，老成持重，无所作为。梁廷栋，智巧人也，初自边道超升巡抚，旅晋尚师，督师蓟通，为上所倚任。三年正月初五日，内旨申用懋着解任回籍，梁廷栋回部管事。囗兵虽东归，复破永平、滦州，盘踞不退。永平乡官曰养粹首先迎降，献女以在媚，孙阁部率师东行，严檄各将共攻滦永，有旧永平兵佣张春，素得民心，曾练有乡勇二万，皆精锐可用。逆珰时，张春被劾罢归，乡勇皆散。至是复起。春为太仆少卿，整饬永平兵备，永民闻之，皆率先来迎，向所练乡勇，亦皆来会，军声大振。四月，永宁兵备刘可训甫破安酋奏捷，遂率胜兵入援，兵部司务丘永嘉，以监军入祖大寿幕，激以忠义，于是各帅启营，直薄滦州，张春、刘可训、马世龙等皆身被矢石，誓不返顾。囗见势逼，遂开东门而出，而滦州告复；永平城中闻滦州既复，咸有叛志，囗已掳掠满志，复见城中心变，一夕屠城而去，所存者十之四五而已。大兵入城，白养粹已死，其母尚存；张春先至，尽封所有而出，绝无染指。世龙尽取之，大寿至，空无所有，遂将白母用严刑，乃尽出积藏，盖几百万云。饷司陈此心、乡绅郭巩，俱以剃发投降逮问。巩固逆案问徒，向以首媚魏珰，为周忠毅参论者也。至是始以大逆论斩。先是，遵化之破，有原任兵部贾维钥，率众投降，即授伪巡抚之职。至是，亦同擒治正法凌迟，并同事十人，俱传首九边。
隆、万以来，除海忠介外，从未有以乙科跻节钺者。庚午恢复滦永后，升四川副使刘可训巡抚顺天，兵部司务丘禾嘉巡抚山永（系新设），前屯兵备孙元化巡抚甘肃，皆乙科也。一时共得四人。丘以九品末郎，直跻中丞，尤属异数。自后超用甚多，至陈新甲直正中枢之席，然究无一人见功立节、副破格之特恩者。
二月初十日，册立皇太子。上以戒严免升殿，百官听宣敕于午门，行十二拜礼，赐三品以上及日讲官各花朵红一疋，三品以下昏半红花枝用角，日讲官红全疋花枝用银，加恩辅臣、督臣、皇亲周奎及司礼监有差。礼部尚书李腾芳加太子少保，仪制司郎贺世寿升光禄少卿。
袁崇焕逮后，御史高捷疏参钱龙锡，即指袁疏中辅臣钱某相商之语，指为同谋。时同志者，劝钱于办疏中当痛言一番，明主可为忠言，而钱竟不能从也。引罪疏甫温旨，随即入阁。高捷再疏，遂得旨着致仕。至是，方悔不用前言，则已晚矣。
御史史〈范上土下〉、高捷、袁宏勋三人，昏附杨维垣，力持党局。方珰势初败，维垣既斥，三人连疏参刘鸿训之持正票拟，又力阻旧辅韩爌之召用，以此得罪公论，奉旨革职。时主票拟者，钱龙锡也。迨刘以改敕事败，冢宰王永光遂力为三人求复官，科道交章论之。上方注意。因言用〈范上土下〉、捷二人，宏勋则令俟勘问事结另拟（时宏勋又以贿卖举人事，被参劾也）。适遇边警，袁崇焕以通款下狱。二月，遂与永光合谋，借崇焕以报龙锡，因钱以及诸臣，亦成一逆案，为翻前案地，温体仁主之欲发自兵部，而尚书梁廷栋初以外任被特简，惧上英明，不能遽起大狱，不敢任其事，韩卒以此去，钱竟逮下狱问辟。
刑部越狱之变，奉旨拿尚书乔允升、侍郎胡世赏、提牢敖维荣于锦衣卫，时以内外戒严，故上怒甚，欲重惩之。至次年三月初十日，御讲筵，讲臣文震孟进讲「君使臣以礼」章，劝上培养士气，推心感人，勿徒峻刑法，以启猜疑，语极剀切。上为改容倾听，讲毕退，上传谕讲臣暂留，初疑有所召对，后殿门俱闭，退至阁中，则圣谕已宣付阅中，解诸臣，送刑部，乃知谕留阁臣俾即见诸施行也。
诸臣既下刑部，尚书韩维恩复以勘问从轻革职矣，更命都察院易应昌定众易拟，以法止当杖，屡旨驳问，易执奏再三。上大怒，下易锦衣狱，司官徐元嘏杖五十棍，后部拟乔以年老笃疾，准遣戍。胡拟杖，敖亦遣戍。易即下狱。锦衣卫奉严旨打问两次，以为觔法庇私，无人臣礼。令法司从重拟罪，部拟易罪，以宽拟乔允升。今允升已从宽论戍，应昌之罪亦不能加于此。又奉严旨，以允升自以老疾减等，应昌违旨徇私，当依律加等论，不得借以求宽。再驳再问，竟坐大辟。系狱时，京师雷雹大震，会审之日，雷击审官案。于是，上警悟，缓其狱，并停天下行刑。至次年，始以天旱斋祷，方得释放。
