在伍兹霍尔，摩尔根的父母及妹妹每年夏天也到这里。但此时，父亲查尔顿已在美国税务署谋到他的第一个固定职业，因此他只能在此逗留一个很短的假期。在这期间，他和儿子之间似乎比以前处得要和睦一些，他为人们如此对待摩尔根的态度而感到自豪。摩尔根也总是把他介绍给伍兹霍尔的一些南方人。年龄稍大的孩子都能记得这位喜欢他们的高贵的祖父。但查尔顿在列克辛敦卧病不起时，最年幼的伊莎贝尔还只是个婴儿。 4个月后，即 1912年10月10日，这位曾为南部邦联奔杀疆场的老战友与世长辞了。在次日为他举行的葬礼中，很多南部邦联的老战友都前来参加了他的葬礼。
父亲死后，摩尔根的母亲与妹妹内莉与摩尔根的家庭关系更为密切了。莉莲对婆婆与姑姑也一直很有耐心，倍加呵护。她们母女俩身体都很娇弱，但她们都与摩尔根一样有一双充满魅力的蓝眼睛。她们带着装满漂亮衣裳的箱子来到这个不舍穿戴的家庭，还带来了一些美丽的传说和故事，包括其家族中的权威人物约翰 ·亨特 ·摩尔根那段家喻户晓的传奇式经历。
父亲死后，摩尔根与弟弟小查尔顿之间的关系也有所变化。孩子们都喜欢这个很少为人提起的神秘的叔叔。他曾在亚巴拉马州的伯明翰经营一家洗衣店。他与未婚妻玛丽·廷克莱帕曾订婚 20年，直到廷克莱帕的患病妈妈去世，他们才结婚。小查尔顿于 1935年3月即婚后不久便让廷克莱帕成了寡妇，撒手人寰。
1925年1月15日，摩尔根的母亲病逝。当地报纸对她的死作了报道，并当之无愧地称她是“淑女”。讣告则这样赞扬她：“摩尔根夫人在列克辛顿所度过的一生中，素以南部邦联战士及其家属的朋友和慰勉者见著。她是一名虔诚的基督教徒。她几乎完全献身于她丈夫为之奋斗、一家人曾因之受累的事业。她是南部邦联妇女联合会首任主席之一。”
摩尔根与莉莲闻讯，双双专程回列克辛顿奔丧。肯塔基的一些亲戚，这才第一次见到托马斯 ·亨特 ·摩尔根。
母亲死后，小内莉就成了住宅房的房东，她靠这些房租过完了她独身的一生，直到 1956年1月24日去世。
莉莲在只有两个孩子的时候，总是没法在实验室工作几小时。她作了一个安排严密的时间表，把家务事托付给三四个仆人。但到 40多岁。已有 4个孩子时，她便退出了实验室。但她仍坚持天天阅读科学文献，并密切关注着果蝇实验工作的进展。她的大部分精力都用在使摩尔根尽量免受家庭和生活本身的干扰，她还承担着教育孩子的大部分责任。她教姑娘们缝衣服；教霍华德做木工活，她自己在未嫁摩尔根时，曾为别人设计过各种家具。她让两个年幼的女孩小莉莲和伊莎贝尔在家里一直待到 9岁和 7岁，才开始上小学三年级。为什么这样做，莉莲认为，在那寒冷的冬季，将孩子们整日关在房子里真太可怕了。孩子们全都上私立学校，莉莲鼓励所有的孩子学音乐，尽管她认为这些孩子们没有音乐天才。她自己则一直坚持每星期都拉小提琴，而且还有一位朋友为她钢琴伴奏。
摩尔根一家的生活一直是很舒适的。除了薪金、著作版权收入和讲课所得的报酬之外，摩尔根夫妇均有股票和债券的收益。但摩尔根从不炫耀他优裕的经济状况。他常常衣衫褴褛，甚至连一些慷慨的义举也往往隐姓匿名，只重实质效果与作用，而抛弃一切形式的扬名。他的家庭虽然富裕，仆人众多，但持家十分节俭，如摩尔根为孩子们购买圣诞礼品时，常常是已到了圣诞之夜，因为只有到那时，圣诞礼品才削价便宜些。
1920年，摩尔根得到了有生以来的第一个休假年。这使他们全家第一次有了一个长时间、远距离的外出旅行。在太平洋园林，阳光似乎显得格外灿烂，家中往日那份严格的作息时间表不管用了。在这里，他们还买了家庭第一辆小汽车。霍华德与母亲对照着指导手册的说明，开始学开这辆奥弗兰牌轿车。霍华德很快就成了一名合格的驾驶员。摩尔根对此却没兴趣，在他看来，完全可以让他的妻子或学生开车将他送到他想去的地方。
小汽车对莉莲和孩子们来说，是一种梦寐以求的自由。在这一休假年中，他们住着租来的房子，按照新的时间表作息，进行了一系列的野营旅行。可摩尔根在这其间只参加过一次，他总是借口说手头的工作放不下。孩子们发现，只有他保持着在家时的生活习惯：晚饭后，点上一支雪茄，躺在摇椅上，先是浏览杂志，到夜深人静时，他便挑灯写论文。
1921年，他们回到纽约，一切生活规矩照旧，可莉莲感到，这下她要少操劳多了，因为 4个孩子都已上学，家里的一切都已由仆人们料理得好好的。自此，她又回到实验室。
莉莲每天几乎要在实验室工作 5小时。早晨，孩子们上学走后，她便与摩尔根一道步行上谢默霍恩实验楼。中午回到家里，同两个最小的孩子在一起吃午饭。
在实验室，有些事情使莉莲和哥伦比亚大学生物系的女研究生们感到不是滋味。她们不被允许在果蝇室里间工作，而是在外面的外围地带工作。由摩尔根主持的星期五生物学夜读会也不允许女研究生参加。莉莲在实验室里，并没有她真正的位置。她不是学生，也不是摩尔根的助手，也难说是摩尔根的同事，这种处境使她难免有点尴尬。她的工作没有报酬，但她有自己独立的研究课题，这种课题与摩尔根及其他研究室成员的研究项目有着密切的联系。
这时，莉莲已年过半百，从外表看，她已成了一位相当严峻的妇女。她常常留着朴素而向后梳的头发，戴着一副夹鼻眼镜。许多学生对她有点诚惶诚恐，不知该在实验室里与她如何相处。但渐渐地，学生们发现她的事业心颇强，心地也很善良，为人大方。莉莲与摩尔根不一样，得通过一段时间的熟悉，才能与她热乎起来。后来，大家发现，她就像母亲一样照顾着一些学生的妻子，尤其是那些外国学生的妻子。由此大家也便发现，她是很多学生的好朋友。
她凭着女性特有的细腻，在那个乱哄哄的果蝇室里起着积极的作用，有一次，大家发现显微镜下一种新的果蝇突变种突然不见了，于是便在地板上四处寻觅。可莉莲很快在窗口找到了这只果蝇，因为她断定这只果蝇是被麻醉后苏醒过来的，因为果蝇有趋光性，所以她毫不犹豫地来到窗口边寻找。她找到的这只突变种果蝇，在后来的实验中证实了布里奇斯的性决定平衡理论，这一理论并不只是看X或Y染色体的存在，而是还要看受精时 X染色体与常染色体之间最终的平衡情况来决定性别。莉莲对这一发现当然是感到颇为兴奋的。
由于一直喜爱并参加体育运动，所以，摩尔根的身体一直很健康。 1931年秋天，当他 65岁时，在一次车祸中，一块汽车挡风玻璃碎片刺进了他的背部，一位过路医生立即将这块碎片在伤口里固定住，从而减缓了出血。在此后的两个月中，他经受了疼痛、出血和被迫休息的痛苦，直到次年年初，才重新回到实验室。
摩尔根患有十二指肠慢性溃疡病。但他对病痛从不抱怨。莉莲常常根据他的食欲好坏来判断他在实验室里工作的劳累程度。他紧张的工作与生活，常常导致他体内的各种不适，这种不适直接会引发病痛，这一点，摩尔根及其全家都很清楚，但他们从来不加议论。
1945年，病魔更加猛烈地侵袭着这位科学家的身体，但他不把它当回事。作为一名科学工作者，最可贵品质要素恐怕就是实事求是了，但摩尔根违心地拒绝承认自己有什么病痛或可能会有什么大毛病。但在这年 11月，他开始胃出血时，他被迫住进帕萨迪纳的亨廷顿纪念医院，并召回他所有的孩子。 12月4日，摩尔根动脉破裂，一代遗传学巨星陨落了。
摩尔根去世后，莉莲忍住了自己的悲痛。她不断抽出一些时间去看望每一个孩子。此时，霍华德和伊迪丝都已成家。伊迪丝返回学校，并成了一名理疗专家。二女儿小莉莲嫁给了科学家亨利 ·W·谢尔顿，她自己是一位社会医务工作者。小女儿伊莎贝尔完成其微生物学博士学位论文后，在巴尔的摩从事有关脊髓灰质炎课题的研究。 1946年，她证明使猴子对脊髓灰质炎具有免疫能力是可能的，这是一个重要发现，它表明人类用免疫法预防这种疾病是可能的。后来，伊莎贝尔嫁给了科学家约瑟夫 ·蒙顿。
不久，莉莲回到加州理工学院对面的家里，并继续做她的实验工作。 1952年，她被确诊患了肠癌。她在病床上写完了最后一篇论文。当她在人间弥留的最后几分钟里，医生问她还有什么说的，她说：“没有了，我想人人都会理解的。”
在近代遗传学的研究中，摩尔根成了当然的领袖人物。作为一名遗传学家，他将被世人永远铭记，这是毫不为怪的，但他却自认为是一名实验动物学家。在博物学上，他能鉴定所见到的任何标本。但由于他的主要时间用在了遗传学研究中，因此他无暇为胚胎学的研究奠定更多的基础。但他在胚胎学研究中，发展了梯度学说，辨明了再生的两种过程；发现了神经组织的存在对再生是必要的，并阐明了再生不是一种适应的现象；他还研究了影响卵细胞的各种因素等。对于给科学家的评价与定位，摩尔根反对“贴标签”式的做法。对于他本人被世人明白无误地贴上遗传学家的标签，他并不满意。他认为，这种“贴标签”的效力非同小可，以至于他作为遗传学家的种种见解，即使是错误的，也往往被人们不加深究地接受；而作为一名胚胎学研究者的种种合理见解，却往往被人们简单地加以摈弃。
摩尔根在评价自己成功的要素时，提到一个具有优越条件的班子，对事物持怀疑的态度和勤奋。事实上，他还有两点很可贵的品质，一是认准重要问题而撇开任何无关紧要问题的能力。他曾说：“（获得这些惊人的发现）靠聪明运用假设。所谓聪明，就是如果找不到决定性的证据去证实这样的假设的话，那就赶紧放弃它，寻觅有利的材料。”显然，摩尔根这种对纷繁材料的取舍，靠的就是具有“撇开任何无关紧要问题”的能力；二是他执意要办似乎办不到的事情的毅力。他在实验中遇到很多问题，在讨论交流时，很多人认为办不到或很困难的事，他居然都能想方设法去办。用他自己的话说，那就是：“不错，是困难的，但并非绝不可能。”
另外，摩尔根特有的个性，在他取得如此辉煌的业绩中，也应是一个不可忽视的因素。这种特有的个性形成了他独特的魅力。他不事虚饰，头发乱蓬蓬的，有时用细绳缚短裤，想做的事就立志要做到，绝不屈服于他人的见解，态度平易，作风民主，幽默大气等等。这为果蝇室内的工作，创造了良好的团结协作，互相提携的气氛。
在中国人看来，摩尔根所具有的西方人的科学思想，是他取得重大科学发现的必要前提。摩尔根取得令人激动的发现时代，正值我国大清光绪统治时期。这一时期，中国的传统科学已从鼎盛的金字塔尖走向衰落，其中原因固然很多，但一条已为大多数人所接受的，便是中国传统自然科学发展取向上的“实用性”，严重制约了这种传统的自然科学向近、现代科学的飞跃。如中国古人研究天文，乃是先看到了某种自然灾害，为了避灾，就来研究各种天象。于是，他们又将各种天象附会成各种说法，要人们根据“天公”的喜怒哀乐来行事。进而，“天”又被附会成“天子”，于是，便自然生成“天人感应”的一套“理论”。也即，研究天文，要么为农业生产，要么为社会统治，具体而实用。这与西方人研究天文、在行星发现上，追寻“天堂的音乐”之类的带有极强娱乐式的抽象假设有着本质的差异。如摩尔根在科学研究中，曾做过这样一个实验，一只蟹的背上粘着另一只蟹，任其到处爬行，中间还放有一块镭的碎片。摩尔根可能是想用镭来引起某种突变。可要是在中国，这种实验会被绝大多数人看成是一种无人能领悟其宗旨的游戏。操作者不是科学家、学者，而是精神上或许有点毛病的不正常的人。
再如，摩尔根发现被截断的蚯蚓会重新长出被截断的部分，进而想弄清原委，于是进行了一系列的再生研究并取得重大发现。要是在中国，很可能被简单地认为这与皮肤被划破后能结痂愈合是一个道理，并也仅此而已，一答了之。
再如对卵细胞与精子的研究以及长寿问题，这是东西方都很热衷的研究课题。摩尔根写道：“当一个动物长到它这一种类的特定大小时，它就停止生长了，好像其体内的细胞已丧失了再生长的能力。但很多动物能长出其丧失的部分，这表明生长的停止并不是由于丧失生长能力的缘故……是什么促使它生长？又是什么促使它停止？改变这些条件，会不会可以延长其生命？”由这个提问，摩尔根开始研究外界环境因素对细胞发育的影响，而且也取得了一些可喜发现。
而中国人对“延长生命”的研究，则炼了几千年的丹，练了几千年的气功。炼丹中有一种用少女初潮之物制成的“红铅”，说饮服了“红铅”，便可延寿。现代科学研究的结果表明，这几乎是一种无稽异想。
过于强烈的实用思想，导致了科学思想方面的形象性和具体性，而近代科学技术的发展是离不开抽象的理论做指导的。因此，就与摩尔根同时代的中国人而言，不仅很难从他那个角度提出遗传学问题，更难走出他那条特殊的“实验”之路。
由此我们认为，摩尔根给人类留下的，不仅是生物遗传学和胚胎学方面的宝贵遗产，他独特的科学思想，也是后人，尤其是中国人值得深入研究的宝贵财富。
避开科学研究与科学思想不谈，摩尔根是个守旧的人，在他的一生中，他似乎没有意识到这种守旧与他的研究有什么关系。当人们为庆祝第一次世界大战休战纪念日而纵情狂欢时，果蝇室的同事们都与市民一道，去市中心参与焚毁德皇模拟像的活动，而摩尔根却留在实验室里，他似乎仍刻骨铭心地记得其父亲为战争曾经付出的代价，他可能赞同战略指挥家谢尔曼将军所说的“战争就是地狱”的思想。他的朋友罗斯 ·哈里森曾请求他参与签写一份请愿书，要求释放被关在狱中的德国老百姓，其中包括遗传学研究同仁理查德 ·戈德施米特，却遭到摩尔根的拒绝。
但被他视为分内之事的实验生物学、从事纯研究等，他却是不遗一丝余力的。这一点使得他在那个神秘主义、狂热幻想家辈出的年代里，成为一座科学研究的诚实性的灯塔。他只信奉那些基于观察的假设，这使他揭示了自然界的许多奥秘。摩尔根凡事不失其文雅的风度、谦逊的态度和热忱的情怀，以及他经久不衰的幽默与欢快，这些使得他的那点守旧与消极，成为碧玉之瑕，难掩其光耀千秋的丰功伟绩。
