他在地上回奏说：对东虏议抚的事，原来很是机密，奴婢不大清楚。如今泄露出来，奴婢才叫番子们多方侦查……侦查的结果如何？启禀皇爷，事情是这样的：马绍愉将一封密件的副本夜里呈给陈新甲。陈新甲因为困倦，一时疏忽，看过之后，忘在书案上便去睡了。他的一个亲信仆人，看见上边并未批‘绝密’二字，以为是发抄的公事，就赶快送下去作为邸报传抄。这也是因为陈新甲治事敏捷，案无留犊，成了习惯，他的仆人们也常怕耽误了公事受责。方士亮是兵科给事中，所以先落到他的手中。第二天五更上朝时候，陈新甲想起来这个抄件，知道被仆人误发下去，赶快追回，不料已经被方士亮抄了一份留下。这个方士亮像一只苍蝇一样，正愁没有窟窿蕃蛆，得了这密件后自然要大做文章。京师臣民们如何议论？京师臣民闻知此事，自然舆论大哗。大家说皇上是千古英明之主，断不会知道与东虏议和之事，所以大家都归咎于兵部尚书不该背着皇上做此丧权辱国之事。崇祯沉吟片刻，叹息说：朕之苦衷，臣民未必尽知！曹化淳赶快说：臣民尽知皇上是尧、舜之君，忧国忧民，朝乾夕惕。纵然知道此事，也只是一时受了臣下欺哄，不是陛下本心。崇祯说：你下去吧。略停片刻，在乾清门等候召见的锦衣卫使吴孟明被叫了进来，跪在崇祯面前。他同曹化淳已经在进宫时交换了意见，所以回答皇帝的话差不多一样。崇祯露出心事很重的神色，想了一阵，忽然小声问道：
马绍愉住在什么地方，你可知道？微臣知道。陛下要密召马绍愉进宫询问？去他家看他的人多不多？他原是秘密回京，去看他的人不多。自从谣言起来之后，微臣派了锦衣旗校在他的住处周围巡逻，又派人装成小贩和市井细民暗中监视。他一家人知道这种情形，闭户不敢出来。崇祯又小声说：今日夜晚，街上人静以后，你派人将马绍愉逮捕。他家中的钱财什物不许骚扰，嘱咐他的家人：倘有别人问起，只说马绍愉因有急事出京，不知何往。如敢胡说一句，全家主仆祸将不测。吴孟明问道：将他下入镇抚司狱中？崇祯摇摇头，接着吩咐：将他送往西山远处，僻静地方，孤庙中看管起来。叫他改名换姓，改为道装，如同桂褡隐居的有学问的道士模样，对任何人不许说出他是马绍偷。庙中道士都要尊敬他，不许乱问，不许张扬。你们要好生照料他的饮食，不可亏待了他。要看管到什么时候？等待新旨。吴孟明恍然明白皇上的苦心，赶快叩头说：遵旨！崇祯召见过曹化淳和吴孟明以后，断定这件事已经没法儿强压下去，只好把全部罪责推到陈新甲身上。于是他了一道手谕，责备陈新甲瞒着他派马绍愉出关与东虏议款，并要陈新甲好生回话。实际上他希望陈新甲在回话时引罪自责，将全部责任揽到自己身上，等事过境迁，他再救他。
陈新甲接到皇上的手谕后，十分害怕。尽管他的家中保存着崇祯关于与满洲议和的几次手谕，但是实际上他不敢拿出来彰君之恶。他很清楚，本朝从洪武以来，历朝皇帝都对大臣寡恩，用着时倚为股肱，一旦翻脸，抄家灭门，而崇祯也是动不动就诛戮大臣。他只以为皇上将要借他的人头以推卸责任，却没有想到皇上是希望他先将罪责揽在自己身上，将来还要救他。陈新甲实在感到冤枉，而性格又比较倔强，于是在绝望之下头脑发昏，写了一封很不得体的奉旨回话的奏疏，将一场大祸弄得不可挽回了。在将奏疏拜发时，他竟会糊涂地愤然想道：
既然你要杀我，我就干脆把什么事情都说出来。也许我一说出来，你就不敢杀我了。在奉旨回话的奏疏中，他丝毫不引罪自责，反而为他与满洲议和的事进行辩解。他先把两年来国家内外交困的种种情形陈述出来，然后说他完全是奉旨派马绍偷出关议和。他说皇上是英明之主，与满洲议和完全是为着祖宗江山，这事情本来做得很对，但因恐朝臣中有人大肆张扬，所以命他秘密进行，原打算事成之后，即向举朝宣布。如今既然已经张扬出去，也不妨就此向朝臣说明原委：今日救国之计，不议和不能对外，也不能安内，舍此别无良策。
崇祯看了此疏，猛然将一只茶杯摔得粉碎，骂道：该杀！真是该杀！尽管他也知道陈新甲所说的事实和道理都是对的，但陈新甲竟把这一切在奏疏中公然说出，而且用了奉旨议和四个字，使他感到万万不能饶恕。于是他又下了一道手谕，责备陈新甲违旨议和，用意是要让陈新甲领悟过来，引罪自责。
陈新甲看了圣旨后，更加相信崇祯是要杀他，于是索性横下一条心，又上了一封奏疏，不惟不引罪，而且具体地指出了某月某日皇上如何密谕、某月某日皇上又如何密谕，将崇祯给他的各次密诏披露无遗。他误以为这封奏疏会使崇祯无言自解，从而将他减罪。
崇祯看了奏疏后，从御椅上跳起来，虽然十分愤怒，却一时不能决定个妥当办法。他在乾清宫内走来走去，遇到一个花盆，猛地一脚踢翻。走了几圈后，他回到御案前坐下，下诏将陈新甲立即逮捕下狱，交刑部立即从严议罪。
当天晚上，崇祯知道陈新甲已经下到狱中，刑部正在对他审问，议罪。他忽然想到自己的多次手诏，分明陈新甲并没有在看过后遵旨烧毁，如今仍藏在陈新甲的家中。于是他将吴孟明叫进宫来，命他亲自率领锦衣旗校和兵丁立即将陈家包围，严密搜查。他想着那些秘密手诏可能传到朝野，留存后世，成为他的盛德之累，情绪十分激动，一时没有将搜查的事说得清楚。吴孟明跪在地上问道：
将陈新甲的财产全数抄没？财产不要动，一切都不要动，只查抄他家中的重要文书。尤其是宫中去的，片纸不留，一概抄出。抄到以后，马上密封，连夜送进宫来。倘有片纸留传在外，或有人胆敢偷看，定要从严治罪！吴孟明害怕查抄不全，皇上对他生疑，将有后祸，还怕曹化淳对他嫉妒，他恳求皇上命曹化淳同他一起前去。崇祯也有点对他不放心，登时答应命曹化淳一同前去。
当夜二更时候，陈新甲的宅子被东厂和锦衣卫的人包围起来。曹化淳和吴孟明带领一群人进人宅中，将陈新甲的妻、妾、儿子等和重要奴仆们全数拘留，口传圣旨，逼他们指出收藏重要文书的地方。果然在一口雕花樟木箱子里找到了全部密诏。曹化淳和吴孟明放了心，登时严密封好，共同送往宫中，呈给皇帝。
崇祯问道：可是全在这里？曹化淳说：奴婢与吴孟明找到的就这么多，全部跪呈皇爷，片纸不敢漏掉。崇祯点头说：你们做的事绝不许对外声张！曹化淳和吴孟明走后，崇祯将这一包密诏包起来带到养德斋中，命宫女和太监都离开，然后他打开包封，将所有的密诏匆匆忙忙地看了一遍，不禁又愧又恨，愧的是这确实是他的手迹，是他做的事；恨的是陈新甲并没有听他的话，将每一道密诏看过后立即烧毁，而是全部私藏了起来。他在心中骂道：用心险恶的东西！随即向外间叫了一声：
魏清慧！魏清慧应声而至。崇祯吩咐她快去拿一个铜香炉来。魏清慧心中不明白，迟疑地说：
皇爷，这香炉里还有香，是我刚才添的。你再拿一个来，朕有用处。魏清慧打量了崇祯一眼，看到他手里拿的东西，心里似乎有点明白，赶快跑出去，捧了一个香炉进来。崇祯命魏清慧把香炉放到地上，然后把那些密诏递给她，说：
你把这些没用的东西全部烧掉，不许留下片纸。魏清慧将香炉和蜡烛放在地上，然后将全部密诏放进香炉，点了起来，小心不让纸灰飞出。不一会儿，就有一股青烟从香炉中冒出，在屋中线绕几圈，又飞出窗外。崇祯的目光先是注视着香炉，然后也随着这股青烟转向窗外。他忽然觉得，如果窗外有宫女和太监看见这股青烟，知道他在屋内烧东西，也很不好。但侧耳听去，窗外很安静，连一点脚步声也没有，放下心来。魏清慧一直等到香炉中不再有火光，也不再冒烟，只剩下一些黑色灰烬，然后她请皇上看了一下，便把香炉送出。她随即重回到崇祯面前，问道：
皇爷还有没有别的吩咐？崇祯将魏清慧从上到下打量了一番，不禁感到，宫里虽有众多妃嫔，像这样机密的事却只有让魏清慧来办才能放心。魏清慧心里却很奇怪：皇上身为天下之主，还有什么秘密怕人知道？为什么要烧这些手诏？为什么这样鬼鬼祟祟，害怕窗外有人？但是她连一句话也不敢问，甚至眼中都没有流露出丝毫疑问。崇祯心头上的一块石头放下了，想着魏清慧常常能够体谅他的苦心，今夜遵照他的旨意，不声不响地把事情做得又快又干净，使他十分满意。他用眼睛示意魏清慧走上前来，然后他双手拉住了她的手。魏清慧顿时脸颊通红，低头不语，心头狂跳。崇祯轻轻地说：
你是我的知心人。魏清慧不晓得如何回答，脸颊更红。突然，崇祯搂住她的腰，往怀中一拉，使她坐在自己的腿上。魏清慧只觉得心快从口中跳出，不知是激动还是感激，一丝泪光在眼中闪耀。这时外边响起了脚步声，而且不止一个人的脚步声。魏清慧赶紧挣开，站了起来，低着头不知如何是好。这时帘外有声音向崇祯奏道：
承乾宫掌事奴婢吴忠有事跪奏皇爷。崇祯望了魏清慧一眼，轻声说：叫他进来。魏清慧便向帘外叫道：
吴忠进来面奏！崇祯一下子变得神态非常严肃，端端正正地坐着，望着跪在面前的吴忠问道：
有何事面奏？吴忠奏道：启奏皇爷：田娘娘今日病情不佳，奴婢不敢隐瞒，特来奏明。如何不好啊？今日病情十分沉重，看来有点不妙。崇祯一听，顿时脸色灰白，说：朕知道了。朕马上去承乾宫看她。在太监为他备辇的时候，崇祯已经回到乾清宫西暖阁。发现在他平时省阅文书的御案上，有一封陈新甲新从狱中递进的奏疏。他拿起来匆匆看了一遍。这封奏疏与上两次口气大不一样。陈新甲痛自认罪，说自己不该瞒着皇帝与东虏暗主和议，请皇上体谅他为国的苦心，留下他的微命，再效犬马之劳，至于崇祯如何如何密谕他议抚的话，完全不提了。崇帧心中动摇起来：究竟杀他还是不杀？杀他，的确于心不忍，毕竟这事完全是自己富谕他去干的。可是不杀，则以后必然会泄露和议真情。正想着，他又看见案上还有周延儒的一个奏本。拿起一看，是救陈新甲的。周延儒在疏中说，陈新甲对东虏暗主和议，虽然罪不容诛，但请皇上念他为国之心，赦他不死。又说如今正是国家用人之时，杀了陈新甲殊为可惜。崇祯阅罢，觉得周延儒说的话也有道理，陈新甲确实是个有用的人才。留下他？还是不留？崇祯一面在心中自问，一面上辇。
在往承乾宫去的路上，他的心又回到田妃身上。知道田妃死期已近，他禁不住热泪盈眶心中悲叹：
难道你就这么要同我永别了么？他的辇还没有到承乾宫，秉笔太监王承恩从后面追上来，向他呈上两本十万火急的文书。他停下辇来拆看，原来一本是周王的告急文书，一本是高名衡等封疆大吏联名的告急文书，都是为着开封被围的事，说城内粮食已经断绝，百万生灵即将饿死，请求皇上速发救兵。
