二月，御史王聚奎劾刑科右给事陈启新缄默溺职；上切责之。都御史李先春议当夺俸，上不怿。谪聚奎，并罢先春。先春为编修林增志荐入，遂追责增志；增志亦引罪。
三月，左良玉大败河南贼于内乡。上闻其步兵淫掠，责之。
召参议郑二阳于平台，问练兵、措饷之计。对曰：『大抵额设之兵，原有额饷。但求实练，则兵不虚冒、饷自足用；是核兵即足饷也。若兵不实练，虽措饷何益』？上问措饷；对曰：『诸臣条例尽之矣，在得人。得人，则利归公家；否则在私室』。又曰：『臣见州县多破残，宜下宽大之诏，收拾人心』。上称善，擢佥都御史。
四月，抚治郧阳戴东旻免，以王鳌永代之。
谕释轻系。时上颇于内庭建设斋醮。给事中张埰上言：『宗社之安危，必非佛氏之祸福。正德初年，遣太监驱驰西域，可为监戒』。不听。
京城浚濠，广五丈、深三丈。给事中夏尚絅上言：『连年塞垣失守，门庭无恙。若使堑水足拒，则去年通德、沧济，其为广川巨浸何限？而扬鞭飞渡，如入无人。则控扼险要在人、不在险明矣。掷此百万于水滨，孰若用之于岩疆，使敌骑不得躏入哉』！不听。
五月，出帑金三十万济饷，仍命后偿之。山西按察副使魏士章请遣京官搜括天下钱粮充饷；从之。
六月，礼部尚书林欲楫请核僧道赡地、毁淫祠，括绝田充饷。
张献忠复叛于榖城，罗汝才九营并起应之。既而二贼合于房县，左良玉追及之，大败而还，失其符印。事闻，革熊文灿职、降左良玉职，戴罪杀贼。初，文灿与大学士杨嗣昌深相结纳，嗣昌冀文灿成功，以结上知。文灿既偾，嗣昌内不自安；因请督师南征，上甚慰劳之。
安庆巡抚史可法以忧归。
考选科道左懋第等、给事中詹时雨等、试御史吴昌时等并各部主事。昌时首拟吏部，疏上，上自手定先后，示不测。昌时得礼部主事，谓薛国观所为：恨之。
七月，以司礼监太监张荣提督九门。
戒午门、端门诸内臣延接朝士，戒中外官馈遗请托。
八月，故庶吉士郑鄤磔于市。先是，吴宗达揭后，中书舍人许曦奏鄤不孝渎伦，又与温体仁疏合，命逮下狱。刑部尚书冯英会问奏称：『据原参谓郑鄤假箕仙幻术，蛊惑伊父郑振先无端披剃；又假箕仙批词，迫其父以杖母，亦未尝真指鄤之杖母也』。又称鄤有才名，语近回护。上怒，责其徇私，着吏部议处。法司再定鄤罪拟辟；上命加等，故磔于市。鄤初选庶吉士，有直谏声；文震孟、黄道周皆与之游。当事欲借鄤以倾震孟、道周，谳驳逾重；而鄤居乡多不法，遂罹惨祸。
命大学士杨嗣昌以兵部尚书督师讨贼，赐尚方剑并「督师辅臣」银印；给金四万，赏功牌千五百，蟒紵绢各五百。
九月，杨嗣昌陛辞，上宴于平台后殿；手觞嗣昌三爵，赐诗。命会兵十万，给本、折色银二万两。出师之隆，莫盛于此。
免各州县田租有差。时中外交讧，上念穷民罹灾，己卯、庚辰之间蠲贷屡下；而有司骫法，侵蠹如故。
十月，彗星见。谕停刑。
杨嗣昌至襄阳，入熊文灿军中；逮文灿入京论死，弃西市。
拜左良玉为平贼将军。良玉所部多降将，嗣昌谓可倚以办贼，为请于上，故有是命。
辽将黄得功、川将杜先春屡战却贼，贼每避其军。
贼多购蕲、黄人为间，或携药囊、蓍蔡为医卜，或谈青乌、姑布星家言，或缁流黄冠，或为乞丐戏术，分布江、皖诸境觇虚实。时时突出焚掠；相持逾年，流毒四境。
十一月，庶吉士张居请行铜钞；从之。
是年，两京、河南、山东、山西、陕西旱，饥。
十三年（庚辰）春闰正月，纪录卓异诸臣。苏州知府陈洪谧多逋赋不预，寻削籍；松江知府方岳贡亦以逋负，夺官。
命巡城御史煮粥赈饥，发帑金八千赈真定、发帑金六千赈山东。
杨嗣昌奏辟永州推官万元吉为军前监纪；从之。
二月，给杨嗣昌万金；赐斗牛服，又赐海骝马一、枣骝马一、金鞍二。嗣昌驻襄阳，调兵会剿；以陕西兴安一路失期，斩其监军殷太白。
令会试贡士先廷对日习射。
风霾亢旱，诏求直言。
三月，赈京师贫民各钱二百。给事中左懋第上言：『去岁彗见，下诏停刑，而彗即消；何今日之不应也？夫停刑之诏，特其具耳；令之斋醮，犹其文也。臣知皇上先以文，即继以实；此时得无实尚未见而天不之信乎？臣敢以实进。练饷之派，以益军实；今兵汰而饷犹未免，恐贪者借以饱其私。惟陛下诏宽加派之数，使天下明知之。至于刑狱之轻重，宜一一得其实。停刑可以消彗，岂明刑不足以返风乎』？已而分赈畿南三万金，是日雨。
杨嗣昌次荆门，立大剿营，以新募湖南杀手二千人隶之；更以戏下骑兵为上将营，新抚降丁皆隶焉，以副将猛如虎将之。日望撤各镇内监还京。
策贡士于建极殿，赐魏藻德第一。先是，上召贡士四十八人于文华殿，上问『边隅多警，何以报仇雪耻』？藻德对曰：『使大小诸臣皆知所耻，则功业自建』。娓娓数百言。藻德，通州人；更自言戊寅守城功。上心识之。至是，遂拔第一。
四月，命考选大典湏科贡兼取，以收人才之用。已而吏部考选不列举贡，特命贡士并岁贡二百六十三人俱补部寺司属、推官、知县，不为例。
令朝臣及抚按各举将才。
黄道周以前召对忤旨，谪布政司断事。巡抚江西佥都御史解学龙荐举之。上以道周党邪乱政、学龙徇私，俱逮下理，廷杖论戍。户部主事叶廷秀请宽之，并杖，削籍。监生涂仲吉上言：『黄道周通籍二十载，半居坟庐，稽古著书；一生学力，止知君亲。虽言尝过戆，而志实忠纯。今喘息仅存，犹读书不倦。此臣不为道周惜，而为皇上天下万世惜也。昔唐太宗恨魏征之面折，至欲杀而终不果；汉武帝恶汲黯之直谏，虽远出而实优容。皇上欲远法尧、舜，奈何出汉、唐主下？断不宜以党人轻议学行才品之臣也』。通政司格之不上，仲吉并劾通政使施邦曜遏抑言路。上怒，下狱杖之，论戍。
四月，罢郧抚王鳌永，以袁继永代之。
五月，召廷臣于平台，问守边、救荒，安民三事。通政使徐石麒对曰：『守边在农、战互用，救荒在劝民输粟，安民在省官用贤』。上是之。
罗汝才、过天星七股尽入蜀，监军万元吉扼夔门。已而贼陷大昌、犯夔州，石柱女帅秦良玉发兵授夔州，万元吉与之合。
副将军贺人龙所将陕兵骁勇善战而多拥降丁，思得总兵名号以统辖之；川抚邵捷春为请于嗣昌。初，嗣昌以左良玉兵强，足破贼；表佩平贼将军印。良玉进止多不从节制，嗣昌乃密疏于朝，请以人龙易之。后不果，人龙始怨。
黄梅贡士吴卿上言：『流贼奸宄出没，尤善侦走；尝日驰二百里，酗酒耽色，渴睡不醒。若将勇敢衔枚夜袭，贼不能觉也。今兵不杀贼，反以仇民。穷乡男妇匿林逃难，割首献功以愚主将、主将以愚监纪；监纪不知，遂奏其功。此弊踵行久矣，所当痛惩者也』。
六月，大学士薛国观免。初，国观以温体仁援，得入阁；上颇用之。至是，拟谕失旨议处，致仕。上尝语国观：『朝士婪贿』。国观对曰：『使厂卫得人，朝士何敢黩货』！时东厂太监王化民在侧，汗出浃背；于是专侦其阴事，以至于败。国观既削籍，给事中袁恺再疏劾之，言国观纳贿有迹并及尚书傅永淳、侍郎蔡奕琛等，俱下镇抚司讯。又下都御史叶有声于狱；亦以通贿国观也。时株连颇众。
七月，发帑金二万赈顺天、保定。
八月，发仓粟赈河东饥民。
九月，免汝州十年前田租。
谕灾荒停刑。又恐人心肆玩，其事关封疆及钱粮、剿寇者，限刑部五日具狱。
命有司祭难民、瘗暴骸。
御史魏景琦论囚西市，御史高钦舜、工部郎中胡琏等十五人已论辟，忽内臣本清衔命驰免，因释十一人。明日，景琦回奏，被责下锦衣卫狱。盖上以囚或有声冤者停刑请旨，景琦仓卒不辨也。
加福建参将郑芝龙署总兵。芝龙既俘刘香老，海氛颇息；因以海利交通朝贵，寖以大显。
冬十月，出帑金万两市旧绵衣一万，给京师穷民。
十一月，工部主事李振声请限品官占田。如一品田十顷、屋百间，其下递减。下部议。
是岁贼寇横流四境，虽时有斩获、屡报招降，然降党未经解散而饥民复相煽聚，势若燎原，莫可扑灭。
十四年（辛巳）春正月，故大学士辨国观奏辨袁恺诬劾出礼部主事吴昌时之意；上不听。
山东土贼李廷实、李鼎铉陷高唐州，一时啸聚响应，所在皆贼。东平州吏胥倡乱，迎贼入城；巡抚王国宾檄刘泽清击破之，复其城。河南土贼艾一、侯二、侯四啸聚数千人，封丘知县击破之。
二月，河南土贼瓦礶子、一斗榖诸盗尽归于李自成，合攻开封。
东寇益炽，徐、德数千里白骨纵横。又旱荒大饥，民父子相食，行人断绝。
三月，革山东巡抚王国宝职，命杨御蕃、刘泽清会兵剿曹、濮贼。
四月，召前大学士周延儒、张至发、贺逢圣入朝。至发辞不出，逢圣出不久以病归；惟延儒受事。初，延儒既罢，丹阳监生贺顺、虞城侯氏共敛金，属太监等冀乘间得复相。至是召用，主事吴昌时之力居多，延儒德之。
六月，两京、山东、河南、浙江旱，蝗。
八月，故大学士薛国观赐死，籍其家。国观性偏刻，因温体仁荐，自佥宪骤登政府，欲结于上。会上忧用匮，因导以借助；曰：『外则乡绅，臣等任之；内则戚畹，非出自独断不可』。微以李武清为言。遂密旨借四十万金，李氏尽鬻其所有，追比未已；戚畹人人自危。皇子病，众倡为九莲菩萨之言，云上薄待外戚，行夭折且尽。上大悔惧。国观又忤太监王化民，遂败。
诛中书舍人王陞彦，籍其家。初，国观以王升彦通赂免官，命伺其卯，则王升彦至，执之下狱。升彦为吴昌时甥，临刑呼曰：『此舅氏所作，我若有言，即累名教矣』。时国观事发于东厂，佥云昌时实启其机。
上幸大学，以重修告成也。先期，司礼监太监王德化奉命率群臣习仪；时比之唐鱼朝恩讲经、元李邦宁释奠事。
九月，改东厂提督京营者，亦称总督。
冬十月，特设裕国足民、奇谋异勇科，谕朝臣谘访征辟，称朕破格旁求之意。
十一月，禁朝臣私探内阁、通内侍。于是待漏俱露立，毋敢入直舍。
襄城守将李万庆没于贼。万庆，乃降将射塌天也；累功至副将。至是，闯贼陷襄阳，杀之。诏赠都督同知、荣禄大夫，立祠襄城。
十二月，黄道周、解学龙遣戍。初，刑部尚书刘泽深拟道周瘴戍，再奏不允。因上言曰：『道周之罪，前两疏已严矣；过此，惟有论死。死生之际，臣不敢不慎也。自来论死诸臣，非封疆、则贪酷，未有以建言诛者。今以此加道周，道周无封疆、贪酷之失，而有建言受戮之名；在道周固得矣，非我皇上覆载之量也。且皇上所疑者，党耳；党者，见诸实事。道周具疏空言，一、二臣工未始不相与也。今且短之、继而斥之，乌有所谓党而烦朝廷之大法耶？去年行刑时，忽奉旨停免；今皇上岂有积恨于道周？万一转圜动念，而臣已论定，噬脐何及？敢仍以原拟上』。上从之。
谕停内操。
敕内臣毋干外政，申戒廷臣毋交通近侍。
十五年（壬午）春正月辛未朔，上朝毕，召大学士周延儒、贺逢圣、谢升入殿；曰：『古圣帝明王，皆崇师道。卿等，朕之师也；宗社奠安，惟诸先生是赖』。命东向立，上降座西向揖之；各愧谢。
山东盗平，擒李青山入京。青山，本屠人；乘机啸聚万人，屡寇兖州。给事范淑泰、鲁府左相俞起蛟拒战，擒之。
罢提督京营内臣。
御史杨仁愿上言：『臣稽高皇帝初无所谓缉事，臣工不法，止于明纠，无阴讦也。臣待罪南城，所见词讼，多假番役，妄称东厂，诱人作奸，挟仇首告；惟恐其不为恶，又惟恐其不即罹于法。揆之皇上泣罪解网之仁，岂不伤哉？伏愿先宽东厂；东厂宽，则刑法可以渐省。臣更有请：臣子获罪，槛送阙下可也；若缇骑一出，有资者家门破散、无资者地方敛馈，为害匪浅』。上是之。谕东厂所缉，止于谋逆乱伦；其作奸犯科，自有司存。并戒锦衣校尉奉使需搅。
二月，发帑金二万赈山东。免省直十二年以前税粮，有司混征者罪；百姓欢呼称庆。
四月，给事中倪仁祯上言：『臣初拜官，例候阁臣谢升；言及兵饷事，忽曰「皇上自用聪明，察察为务，天下俱坏」。陞位极人臣，敢归罪天子如此』。上怒，命削陞籍。
清兵再入内地，上特命周延儒以阁部督师，断其归路，务期尽剿，无令生还。然清兵势大，畏不敢逼；适天气渐炎，清兵大肆劫掠而还。延儒侦知之，奏捷，加封太师，赐归。有山人题诗讥之曰：『虏畏炎囗〈高炎〉归思催，黄金红粉尽驮回；出关一月无消息，昨日元戎报捷来』。既而台省交章论列延儒受贿，纵敌出口。上颔之。
宥马士英，起兵部左侍郎兼佥都御史，提督凤阳。士英初抚宣大，以总监王坤论罪。至是，故太常少卿阮大铖为营救，故得起用。
五月，革贼陷无为州，士民投河死者无算。颍州参将李栩侦知之，伏兵东南二十里。左至，栩以骑兵迎战；伏兵起绕其后，奋击败之，斩首千余。
六月，免开封、河南、归德、汝州去年田租。谕各省直停刑三年。
以蒋德璟、黄景昉、吴牲入阁办事。且谕责吏部：『会推大典，自当矢公矢慎。今称诩徇情，如房可壮、张三谟、宋玫并与推举，岂大臣之道』？
