综合诸多史料及穆斯林群众的世相口传，伊斯兰教始传入河州，当在元朝初年。临夏市南关大寺早先即为“连根柱寺”的传说，讲的是这一时期的旧事轶闻；西域来的40位“赛黑古杜卜”和8个“赛义德”在东乡、和政传教的传说，讲的也是元朝的故事。马兹廓先生曾这样说过：“临夏穆斯林究不知来自何时，据可靠方面传述，元时临夏城内已有穆民，并建有礼拜寺。”（《西北通讯》，1948年3卷1期，马兹廓文）这也说明，回族中历来有早在元时已有回回落籍河州的口碑传述。
伊斯兰教在河州得以广泛传播是在明代，主要是在明的中晚期。明初，自邓愈西征将河州归入大明版图后，由阿拉伯来中国的传教者也陆续来到河州境内。起先，伊斯兰教在河州传播并不广泛，一些地方的群众很少知道他们的到来。及至后来，当传教者深入到农村，反复宣传教义、助民济困时，才逐渐为周围乡民所信服，于是，有关传教者的神奇传说便应运而生。
由曾任宁夏护军使马福祥撰写的《重修西乡韩家集三头十方海一大礼拜寺碑记》，是一篇有关回族及伊斯兰教在临夏西乡散居、发展由来的珍贵资料。马福祥（1876-1932)，字云亭，河州西乡韩家集人，回族，一生“文武兼修不倦”。此《碑记》中对明初以来河州西乡韩家集“三头十方”回民散处状况及其逐步发展的记载，应视为信史。《碑记》包含的信息是多方面的，其中有一点很明确，河州西乡韩家集一带，在明代至清初这一时期，穆斯林人口有了较多的增加，礼拜寺逐渐由非常简陋的“以木片代陶瓦”的一个“搭板寺”，发展为“又筑磨川一寺”，伊斯兰教在河州西乡的传播已初具规模。
以上史料也说明，及至明末清初，伊斯兰教在临夏已形成教坊制度，凡是穆斯林的聚居地，少则几户、几十户，多则上百户，以至数百户，即建有礼拜寺，并有相应的宗教活动、教务寺产管理制度。但此时的礼拜寺并未统一称之为清真寺，多以地名或形象俗称（如“搭板”、“连根柱”等）加“寺”或“大寺”称之，且各寺之间互不隶属，各遵规守。诚如一位穆斯林长者所肓：“明末清初以前，临夏境内信仰伊斯兰教的穆斯林，大体上都为逊尼派的格底目。”“格底目”是自唐初时传入中国最早的一个伊斯兰教教派，它在临夏的落足扎根，足见临夏伊斯兰宗教文化源远流长。
在临夏四乡，只要谈及伊斯兰教，人们必定要提到教派与门宦的问题，因为现今中国伊斯兰教中的老教、新教和虎费耶、嘎得忍耶、库布忍耶、哲赫忍耶“四大门宦”，都与临夏这片被称为“中国小麦加”的土地密切相关。与佛教、道教、基督教在传承过程中派生出若干宗派一样，伊斯兰教在穆罕默德去世后，由于政治、宗教及社会主张上的分歧，尤其是围绕四大哈里发的地位与作用之争，也产生了多种教派，其中主要有逊尼和什叶两大派。
逊尼派，意即承认《古兰经》与《圣训》具有同样权威，并承认穆罕默德去世后被选任的四大哈里发都是合法的。“逊尼”一词是“逊奈”的异译，即记录穆罕默德生前言论和行动的《圣训》一书。“哈里发”一词，意即先知穆罕默德的继承者。逊尼派被视为伊斯兰教的正统派。什叶派，意即被选为第四任哈里发阿里的追随者、同党。什叶派认为，穆罕默德去世后，惟有其堂弟和其女婿阿里及其女儿法提玛的后代，才能做穆罕默德的合法继承人，由此而论，前三任非血缘关系的哈里发都是非法的。显然，逊尼派与什叶派之争，反映了治教治国的两种不同理念。
如前所述，明末清初以前，伊斯兰教在临夏只有属于逊尼派的格底目一派，俗称老教。但到了明末清初，在属于逊尼派的又一支派的苏非派教义传入河湟地区后，河州一带的老教穆斯林纷纷创建门宦，一批有影响、有号召力的宗教首领、学者相继出现，他们以其传承教理与释义、规守的差异，在教中自成一派，形成以教主姓氏、始传教主的拱北所在地或道统名号而得名的诸多支系门宦，河州伊斯兰教故有“四大门宦”之称。所谓“门宦”，门者，宗教、学术上的派别也；宦者，官吏、首领也。源于中国古代对高门世家称之为“官宦”、“门阀”、“宦门”等语词的基本义，借以对享有世袭地位的宗教首领所辖领范围的一种特指的、至尊的称谓。门宦是伊斯兰教神秘主义派别（即苏非派）与中国当时社会实际相结合的产物，是对遵古派“格底目”独立教坊制的一种发展。
19世纪中叶以后，临夏伊斯兰教在过去已有格底目（即老教)以及由此而发展起来的“四大门宦”的同时，又相继形成了两个新的教派，一个名为伊赫瓦尼（俗称新教），该教派在民国二十五年(公元1936年)又派生出赛莱费耶一派(俗称新新教）；一个名为西道堂(又称汉学派）因此，临夏又有“三大教派”之说。无论是“三大教派”还是“四大门宦”，在临夏都属于逊尼派，信仰基本一致，均以《古兰经》为根本教法。不同点在于对《古兰经》注释和《圣训》的某些见解有差异，对修持理论和法定干功的认识、遵行各有侧重。
为了进一步加深对教派门宦的认识，我们需要首先对临夏“三大教派”以及“四大门宦”中具有代表性的八个支系门宦始传人那种带有神秘、传奇色彩的研习教理和传教生涯，予以简略的介绍。(有关临夏伊斯兰教教派与门宦的问题，参见1993年甘肃人民出版社出版的《临夏回族自治州志》有关章节）
(一）三大教派
“格底目”(俗称老教）
“格底目”，阿拉伯语意为“古老”，又称“遵古派”，俗称“老教”。“格底目”属于逊尼派的罕乃菲派，传入中国时间最长，约有1300多年。18世纪后，随其他教派的传入发展，“格底目”派中的部分人转人“苏非派”所属的各个门宦，部分人改奉“伊赫瓦尼派”。“格底目”的主要特点是，以五桩天命功课和六大信仰为基本信条，严守老规，重视“舍勒阿提”（法定干功），对宗教仪规亦很重视。人临终要念“讨白”(忏悔），斋月前一月要宰牲念经，转“白拉提”(赎罪），最后要到清真寺“了夜”，进人斋月后的第27日要“坐夜”。葬礼以《古兰经》转“费提耶”（赎罪仪式），人殁后每逢头七、二七、三七、四十天、百日、周年、三年要举行悼念仪式，宰牲赞圣，以搭救亡人，经的念法比较古老。将门宦中品学兼优，真心按经、训传教的人尊为贤者。
“格底目”实行单一的教坊制。教坊在最初含有一定聚居区域之意，在一个聚居区内，通常有一至几个清真寺，后来教坊的含意缩小，教坊变为清真寺的别称，教坊即是清真寺，一个教坊就是一个清真寺。“格底目”的教坊之间，互不隶属，互不干涉，各爿自独立，各行其是。
“格底目”的清真寺，实行“三掌教制”。“三掌教制”之前，在唐宋时期的番坊中，设有管理教务的“筛海”（教长）和管理民事的“嘎锥”（宗教法官），这是穆斯林自选的；还有代表官方处理教务的番长，这是官府任命的。这种三位一体的“政教合一”的组织形式，在当时既是穆斯林聚居区的“番坊”的最高领导，也是番坊清真寺的最高领导，它是“三掌教制”的始祖。“三掌教制”中的三掌名称，往往因地区不同而名称各异，但甘宁青一般都设有掌教(伊玛目）、海推布（教经）和穆安津（呼唤礼拜）三种职别。18世纪以来，改名为开学阿訇、二阿訇、玛金（即穆安津）以及学董和乡老等。开学阿訇是清真寺内的最高宗教首领，他率领教众礼拜、讲经、传教、主持宗教仪式等；二阿訇，除可以代行开学阿訇职权外，主要是给经文大学讲经授课；玛金是呼唤礼拜者。学董、乡老不是教职人员，学董是清真寺事务管理方面的总负责人，一般由中上层教徒担任，负责收学粮、管理清真寺寺产、维修清真寺、筹办各种宗教活动如圣纪等；乡老一般由热心宗教事务的下层教徒担任，是学董的助手。
伊赫瓦尼(俗称新教）
“伊赫瓦尼”，意为兄弟，通称“新兴教”或“新教”。“伊赫瓦尼”于19世纪90年代始创于临夏。创始人为马万福（1853-1934)，经名奴海，东乡族，东乡县果园村人，人称“果园哈智”。他出生于一个贫苦的阿訇世家，22岁时，在东乡北庄清真寺“穿衣”（毕业），他刻苦博学，精通阿拉伯文和波斯文，讲解追本溯源，深入浅出。光绪十四年(公元1888年），马万福去麦加朝觐，留学5年，曾拜见麦加海力巴氏和艾卜·盖勒等着名学者，深受伊赫瓦尼影响。光绪十八年（1892年）学成回国，途中曾在湖北老河口讲学，传播新教教义。一年后回到家乡，在东乡科妥三五斤村清真寺开学，倡导“遵经革俗，凭经立教”。会同河州十大阿訇，从八部阿拉伯文经卷中，择录要点，撰写《布华里咱德经》，系统阐述伊赫瓦尼主张，创立伊赫瓦尼派，同时他结合实际提出该教派十条遵行：不聚众念《古兰经》，主张一人念，众人听；不高声赞圣；不多做“都哇”；不朝拜拱北；不聚众念“讨白”；不纪念亡人日子；不用《古兰经》转“费提耶”；“阿曼里”要靠自己做等。这些主张在州境内迅速传开，信者日盛。光绪二十一年（1895年），马万福参加反清斗争失败后避难外地，翌年回河州后到临夏县漠泥沟何家清真寺开学十余年，继续倡导“伊赫瓦尼”，皈依者增多，引起地方势力马安良的强烈反对，迫离河州。宣统三年(公元1911年)返回故里后，又在街子和南关大寺开学，后被责令不准在甘肃境内开学。民国四年（公元1915年）得到青海军界高官马麒的援助，在西宁继续推行其改革主张。至1949年在河州八坊的16个清真寺中，12个属伊赫瓦尼派，教坊制度亦通过“海乙”制（海一亦称海乙），把互不隶属的教坊统管起来。如临夏南关大寺、韩集磨川大寺、广河南街大寺、积石山乩藏大寺等，均下管几个或十几个寺。伊赫瓦尼教派始传于西北，后传播全国各地，是一个人数较多的教派，全国约有百万教徒。
在伊赫瓦尼（新教）教派中，又派生出塞莱费耶（又称新新教)。“塞莱费耶”，阿拉伯语意为“前三辈”，又称“新新教”，是从“伊赫瓦尼”派中分离出来的，创始人马得宝，他是广河县黄赵家白庄人，故亦称“尕白庄”。1977年殁于八坊，终年110岁。他原是马万福的门生，于民国二十五年（公元1936年）与青海马麒、临夏马以奴斯(又称老阿林)等13人去麦加朝觐。他在朝觐期间，学习瓦哈比耶学说。回国时他同马以奴斯带回六部《圣训》和其他一些经典，边研究边传授，遂成一派。现有的该派清真寺30余处，分布于全州，信徒近万人。
塞莱费耶教派主张的教义，一是不以物配主，不崇拜人和物，不立门宦制度，不崇拜圣墓。二是承认前三辈的教律，对四大教法学派一视同仁。三是承认《古兰经》和被认为是正确的注释，必须遵循圣训。阿訇、满拉为教徒念《古兰经》时不收“也贴”（以钱物方式给的酬谢)。念《古兰经》必须按阿拉伯语意念，不在坟上集体念《古兰经》，一人念众人听。四是在宗教仪式方面，礼拜时要头披“披尔洒尼”（头巾），跟随者低念“法蒂哈”章，还要齐声高念“阿米乃”；礼拜要抬三次手，手与肩平；斋月霄礼塔拉唯亥礼八拜，不给亡人转“费提耶”，念经不点香；送葬不许嚎哭。
“西道堂”，又称“汉学派”
所谓“汉学派”，是指用汉语言讲解伊斯兰教的汉文译着者。清光绪二十九年（1903年）创建于洮州，始传人马启西（1857-1914年），1906年和政台子街阿訇马英贤（又称北阿訇）从临潭传入和政县，先在自己家中设道堂传教，以后发展到和政台子街。民国初曾两次遭到马安良镇压。1944年建立台子街清真寺，文革中被拆毁，1982年重建。西道堂教民有集体经营的生产习惯，民国时办有集体商队、商号、油房、水磨、粉房、砖瓦窑等。西道堂重视汉文化学习，民国初曾办有小学，组织儿童读书，教民中有文化的人较多。其教民分布在和政县城、达浪、卜家庄、大沟和广河的三甲集、买家巷一带。
西道堂和其他门宦一样，教主一职实行“终身制”，但不世袭，在其组织简则中规定：“本道堂掌教人，不能以教主子孙世袭或授受，由全体教民推选贤能者继续服务。”实际上西道堂到1949年为止，只传了三姓四家，这四个教主是马启西、丁全德、马明仁、敏志道四任教主。西道堂提出，“本道堂根据伊斯兰教教义，综述伊斯兰教正统，以宣传金陵介廉氏学说，而以本国文化宣扬伊斯兰教学理，务使本国同胞了解伊斯兰教义为宗旨”。道堂内的宗教活动和其他教派没有多大的差异，除了每年一次规模较大的“圣纪”外，最大的活动要算5月19日马启西被害日和2月7日马明仁的殁日，以及2月2日丁全德的殁日等三次纪念活动，其中以马启西的纪念活动最为隆重。
(二）四大门宦
虎费耶
虎费耶，阿拉伯语意为“隐藏”、“低念”，因其在秘密状态下低念“则可若”(赞主之词）和礼拜、祈祷，亦称“隐密派”，为穆罕默德之后艾卜拜克一支所传承的教门。虎费耶门宦除尊信《古兰经》、《圣训》等经典和遵守天命外，主要功修是静修参悟和默念。虎费耶实行教主集权承袭制，教阶分为“穆勒师德”（得道者）、“海里凡”（办道者）、“穆勒德”（寻道者）。教主精心培养几个“海里凡”，临终前，选择称职者为继承人，赐予掌教印章或衣物为凭证，承袭教主；并且“子袭父职”，世代相传。其次是教主直接委托自己的代理人（热依斯），在管辖内委派或撤换所属各寺坊阿訇，代替由寺坊推选聘请阿訇的制度。教主殁后信徒给其修拱北。“虎费耶”学派，有21个门宦，其中只具有“虎费耶”一个道统的有：华寺、穆扶提、临洮、毕家场、白庄、胡门、高赵家、法门、凉州庄、鲜门、两个刘门；具有“虎费耶”和“嘎德忍耶”双层道统的有：文泉堂、崖头、高赵家、撒拉教、灵明堂、明月堂。其中影响较大的有：
穆扶提门宦始传人马守贞（1633-1722年），该门宦以道统名号而得名。
