在《两岸投资协议》耗时两年的磋商中，双方的关键争议之一便是台湾对大陆投资的保护。在台湾仍未对陆资实质性开放、两岸投资结构严重不对称的背景下，这一争议又转换为是否应促进陆资赴台的问题。
最终双方协商的结果是，《两岸投资协议》规定了有条件的准入后阶段国民待遇。该规定的特点在于：一方面，《两岸投资协议》明确授予两岸投资者准入后阶段的国民待遇。鉴于当前世界各国仍将准入阶段作为外资监管的重要一环，而只有美国、加拿大等极少数发达国家接受了准入前阶段的国民待遇标准，因此，《两岸投资协议》明确，一方投资者只有就其投资的营运、管理、维持、享有、使用、出售等方面在另一方享有不低于其投资者的待遇，投资的设立和扩大等则不在此限。另一方面，即便就准入后阶段而言，《两岸投资协议》也并未授予投资者以完全的国民待遇，须受制于既有不符措施的约束，且这些不符措施应逐步减少或取消，其修改和变更也不得增加对投资者及其投资的限制。
值得注意的是，尽管《两岸投资协议》将最惠待遇延伸至投资准入前阶段，即一方投资者在另一方投资的设立和扩大阶段所享有的待遇不得低于在相似情形下第三方投资者及其投资的待遇，但根据《两岸投资协议》第3条第5款的规定，投资者享有的最惠待遇同样受制于既有不符措施的约束，其固有的“多边传导效应”受到协议的明文约束，换言之，大陆投资者仍然无法通过最惠待遇享受外国人在台湾地区所能获得的准入待遇。但就在大陆投资的台商而言，由于大陆早就赋予其最惠待遇，因此，上述限制性规定对台湾投资者并无实际影响。
（三）关于投资者人身保障
传统BIT对于投资者的人身保障普遍着墨不多，仅在解释公正与公平待遇和充分保护和安全条款时有所涉及。例如，在美国-墨西哥总求偿委员会于1926年审理的Neer案中，委员会认为，公正与公平待遇要求东道国采取合理审慎（due diligence）措施以保护外国人及其财产免受实际侵害。尽管如此，无论是国际法上的最低待遇标准还是充分保护和安全，都是针对东道国责任而言。面对国家责任中归责原则的严格要求，传统BIT在投资者人身安全保护方面的薄弱不言而喻，并与对投资者财产的高标准保护形成鲜明对照。
具体到两岸相互投资而言，大陆方面已经在立法层面加强对包括台商在内的境内人员的人身安全保护，但台商在大陆人身安全问题仍然是大陆台商投诉的重点之一。据海基会统计，截至2012年8月底，海基会接获人身安全投诉案件2757件，显着超过财产法益类案件投诉数量（2272件），其中，因案限制人身自由的投诉高居榜首（811件）。尽管《海峡两岸共同打击犯罪及司法互助协议》（简称《两岸司法互助协议》）于2009年6月25日起生效后，台商人身安全投诉案件数量逐渐下降，但由于两岸对协议本身及两岸内部规定理解不同，台湾方面要求进一步强化人身安全保护的呼声依然强烈，大陆方面也从加强台商权益保护和促进两岸关系的角度展现出极大的善意。在此背景下，《两岸投资协议》创造性地在投资待遇条款中纳入投资者人身自由与安全保护专门条款。本部分的特色主要包括：
首先，在时限方面，《两岸投资协议》原则上限定为自限制人身自由（包括刑事拘留和行政拘留）时起24小时内。此前，台湾方面强烈要求大陆在24小时内通知台湾的家属。对此，有学者表示，大陆幅员辽阔，情况复杂，要求每个案件都能在24小时内通知台湾家属确实有困难。此外，全国人大于2012年3月刚刚修正的《刑事诉讼法》也规定，应在被拘留人受羁押后24小时以内通知其家属，但无法通知，涉嫌危害国家安全犯罪、恐怖活动犯罪而通知可能有碍侦查的情形除外。最终，双方都做作出让步：一方面，大陆方面原则上同意，对另一方投资者及其相关人员自限制人身自由时起24小时内通知，再次展现了大陆方面保护台商合法权益的莫大诚意与善意。另一方面，台湾方面也接受了“依据各自规定”这一前提性条件，换言之，对于大陆方面因有碍侦查而不予通知的部分，将透过《两岸司法互助协议》的既有通报机制，及时向台湾方面刑事警察局通报，再由台湾警方循其管道通知在台湾的家属。
其次，在通知对象方面，《两岸投资协议》实行有别于《两岸司法互助协议》的“通知”机制。《两岸司法互助协议》在重大讯息通报方面实行两岸主管部门之间的联系机制，《两岸投资协议》则引入还将实行主管部门对个人的方式，即如果另一方投资者及相关人员被依法采取强制措施或限制人身自由，采取措施的主管部门还将直接通知其在一方境内的当事人家属或所在企业，从而保障了信息传递的及时性和迅捷性。
最后，在具体做法方面，《两岸投资协议》采用“通报”与“通知”相结合的方式。具体而言，采取措施的主管机关应优先通知当事人在一方境内的家属。如家属不在一方境内的，就通知其在境内的所属企业。如家属及所属企业都不在境内的，为避免跨境执法的疑虑，将透过《两岸司法互助协议》的管道尽速进行主管部门之间的通报。
（四）关于争端解决
对外经济贸易合作过程中可能产生的投资争端主要有三类，包括：（1）投资者之间在履行投资合同过程中发生的争端，（2）私人投资者与投资所在一方的争端，以及（3）投资协议缔结双方之间的争端。鉴于两岸关系的特殊性和敏感性，《两岸投资协议》同时对上述三类争端进行规定，其中前两种争端的解决机制呈现出有别于传统BIT的特殊之处。
1.投资者之间的争端解决
传统上，基于当事人意思自治原则，投资者之间在履行投资合同与协议过程中发生的争端往往留待其自行解决，因此，传统BIT的争端解决机制主要针对两种类型的争议，即一方投资者与缔约另一方之间的争议，以及缔约双方之间的争议。
但考虑到当前两岸关系的不稳定性，两岸投资者之间的投资争议很可能被过度渲染，甚至可能存在被恶意用于某些政治需求，因此，《两岸投资协议》明确纳入了关于投资者之间争端解决的条款，这本身便是该协议的又一项重大制度创新。此外，投资者之间可约定解决争议的解决方式和途径，可以在订立合同时或争议发生后协商订立仲裁条款或提交仲裁解决，且允许当事双方选择两岸的仲裁机构及当事双方同意的仲裁地点。此处“两岸的仲裁机构”应被解释为“两岸四地的仲裁机构”，从而与1999年《台湾同胞投资保护法实施细则》中规定的“中国的仲裁机构”保持相符性。
2.投资者与投资所在一方的争端解决
对于投资者与投资所在一方的争端，传统BIT一般倡导双方经磋商友好解决。在一定期限内协商不成的，争端一方可将争端提交另一方有管辖权的法院。为避免投资所在地法院在审理案件时有所偏袒，近年来BIT还普遍引入国际仲裁程序，允许争端一方诉诸包括根据《解决国家和他国国民之间投资争端公约》设立的“解决投资争端国际中心”仲裁解决，或者寻求依据联合国国际贸易法委员会仲裁规则设立的专设仲裁庭，以及其他双方合意选择的仲裁机构或仲裁庭解决。
在《两岸投资协议》的协商过程中，台湾方面一直强烈要求采取国际仲裁机制或第三方仲裁，大陆则表示不便采用国际仲裁机制，否则会让两岸问题国际化，问题会更复杂，反而使争端不易解决。经过较长时间的协商，两会最终决定在合理借鉴BIT中类似争端解决机制的基础上，引入协调、协处等方法，建立两岸特色的争端解决机制。该机制的主要内容包括：
首先，《两岸投资协议》为投资者与投资所在地一方之间的投资争端提供了多元化的解决方式，包括争端双方友好协商解决，由投资所在地或其上级的协调机制协调解决，由《两岸投资协议》第15条所设投资争端协处机制（即两岸经合会投资工作小组）协助解决，由两岸投资争端解决机构通过调解方式解决，以及依据投资所在地一方行政复议或司法程序解决。可见，《两岸投资协议》共规定了协商、协调、协处、调解、行政及司法复审等5种解决方式。其中，协调和调解是解决投资者与投资所在地一方之间投资争端的特色机制。
其次，作为具有两岸特色的投资争端解决机制之一，协调的作用通过《两岸投资协议》得以强化。自1991年海协会成立以后，两岸两会就有了一个受理、承办台商台胞求助陈情的工作渠道。1995年《台湾同胞投资保护法》实施后，国台办成立了专门的台商投诉协调处。2000年，这两个部门合并组建国台办经济局台商投诉协调处。2005年，国台办专设投诉协调局负责台胞权益保护工作。2007年1月，正式成立了包括中央和国务院33个部委在内的“台商权益保障工作联席会议”，并建立了台商权益保障重大案件联合督办工作机制。此外，各地各级台办也牵头推动建立健全地方各级台湾同胞投资权益保障联席工作机制，努力推动涉台纠纷调处工作。据不完全统计，2000年至2010年，大陆各级台办共受理各类台胞投诉、求助案件28215件，协调解决24084件，结案率达85.4%。
最后，《两岸投资协议》还专门设立了投资者与投资所在地一方之间投资争端的调解机制。根据协议及其附件《投资补偿争端调解程序》的规定，该机制充分借鉴商事调解的普遍实践，如合意原则、保密原则、自认证据规则，授权两岸分别指定“两岸投资争端解决机构”，受理投资者与投资所在地一方之间的投资补偿争端。为敦促当事双方及时解决争端，协议还规定了调解请求权的时限，明确调解书的执行力，并赋予两岸经合会投资工作小组对调解机制的监督职能。
四、《两岸投资协议》的实施前景
《两岸投资协议》是ECFA后续四项谈判议题中最先达成的一份协议，它为两岸双向投资流动提供了外部保障，但对其有效性仍需从经济和政策两个层面分别评估。
（一）《两岸投资协议》的经济有效性
可以想见，两岸的评论家们一般会根据《两岸投资协议》正式生效后两岸相互投资尤其是陆资赴台数量的增长来衡量该协议的有效性。但笔者认为，对此问题应保持平常心，不可高估《两岸投资协议》在促进两岸投资方面的有效性。
首先，从全球BIT的一般实践来看，近年来实证研究表明，BIT在相当程度上并未实现缔约方吸引外资的预期。世界银行在其《2003年全球经济展望》中即指出：“即使是BIT中相对强有力的保护措施，看来也没有增加向签署协定的发展中国家的投资流动。”《2005年世界发展报告》进一步明确：“迄今的实证研究尚未发现，缔结BIT与其后的投资流入之间存在密切联系。”此外，近年来的定量分析也多倾向于认为，BIT与投资流入国内部制度存在相互补充而非替代的关系，亦即BIT对外资流入并无决定性作用。事实上，私人的投资决策主要取决于市场、基础设施、金融环境、劳动力素质、原材料供应、法治建设和社会稳定等诸多因素，其中投资协议的权重微乎其微。因此，作为一份内容与传统BIT高度相似的文件，要求《两岸投资协议》的引资作用在短期内充分显现可能不太现实。
其次，从《两岸投资协议》的具体内容来看，它仍是一份立足于“保护”并以“保护”带动“促进”的协议。从下表可以看出，《两岸投资协议》的核心条款，如受保护的投资形式、最惠待遇、征收与国有化、汇兑与转移以及争端解决条款，在大陆此前颁布的相关法律法规中均有类似规定，甚至包括对台湾地区投资者及其投资的优惠待遇。因此，《两岸投资协议》在很大程度上是将两岸各自内部的保护型规范上升至双方协议的层面，旨在保证法律政策的稳定性。至于在鼓励和促进投资方面则进展有限，如仅规定有条件的准入后国民待遇，投资准入阶段则仍受制于两岸内部规定；在减少或消除投资限制、促进相互投资方面仅规定了“最大努力”型的软法义务。
最后，从台湾方面的相关规定看，陆资赴台的现实可行性在根本上取决于台湾当局的后续开放程度。如前所述，尽管《两岸投资协议》明确授予两岸投资者有条件的准入后国民待遇和最惠待遇，但对大陆投资者而言，上述规定本身并不授予实质性的市场准入权利。迄今为止，台湾当局依据“先紧后宽、循序渐进、有成果再扩大”的原则，采用“正面表列”的方式，已经分三阶段逐渐开放陆资赴台的投资业别项目，其制造业、服务业和公共建设对陆资的开放比例已经分别达到96.68%、50.95%和51.19%。而早在2005年底，除了几个涉及根本安全利益和公众健康方面的部门外，台湾99%的制造业部门和95%的服务业部门都已经开放给海外投资者。可见，大陆投资者在台湾仍远未享受到国民待遇，甚至比外国人所能享受的开放程度也有一定差距。
