但是，红军很快又出现一次失利，3月15日彭德怀、杨尚昆不打周浑元的建议没被采纳，鲁班场战斗失利。16日，红军三渡赤水。20日前敌指挥部出敌不意，折而向东，21日夜四渡赤水，将敌军甩在赤水河西。运用声东击西，佯攻贵阳，红军渡过金沙江，四渡赤水战役也就结束了。毛泽东也曾对陈毅说，四渡赤水是他一生中的“得意之笔”。31日，渡过乌江直逼贵阳。5月3日至9日，中央红军全部从皎平渡口过金沙江。从此，红军跳出了几十万敌人围追堵截的包围圈。
（二）会理会议，遵义会议的延续，毛泽东最终获得承认
渡过金沙江之后，不久在会理又发生了一次差点让毛泽东下台的事情。杨尚昆和聂荣臻在回忆录中说的比较清楚。
当时，遵义会议后红军为了保存实力，只是寻机歼敌，碰到强敌多是避开。但是，为了避敌就要多走路。杨尚昆后来对四渡赤水时部队的情绪曾作了这样的描述：“那时候迂回曲折走得很苦，两条腿都走痛了，有的人连爬都爬不动了。这段时间，红军的情绪是不高的，四渡赤水，今天过去，明天过来。部队里骂娘骂得厉害。那时不像现在，有个什么行动要先说清楚，目的地在哪里，怎么走法等等，那时军事紧急，下个命令要走就得走，下大雨也要走。同样，下个命令要后退就得后退，没有说要问问为什么。当时，行动的目的不仅是师一级的干部不知道，我那时是军团政治委员，也不完全知道。反正天天听命令，让走就走，大体上只知道是要甩掉敌人。”四渡赤水，是红军在长征中为了摆脱敌人而走得最频繁的时候，不仅白天走，晚上也走，天又接连下雨，部队非常疲劳，又不了解领导意图，怕部队给拖垮，怪话很多。战士们说：不要走了，打仗吧。时间长了，广大指战员就有意见了。不满情绪不但在战士中，在上层领导中也强烈地表现出来。过了金沙江，敌军被我们甩在江南，大约相距一个多星期的路程。主力红军在会理附近休整，三军团奉令攻打会理城。
会理是川滇间的交通要道，守敌是国民党“川康边防军”湘军的一个旅。红军刚到，北面的西昌国民党军就派一个旅来增援。敌军死守待援，三军团攻了几次没有攻下来。
5月12日，中央决定在会理开会。主持人是张闻天，参加者有毛泽东、周恩来、朱德、王稼祥、林彪、聂荣臻、彭德怀、杨尚昆等人。会场设在一个打麦场上临时搭的窝棚里，晚上就在窝棚里打地铺。因为军情还很紧急，这个会只开了一天，张闻天在报告中肯定毛主席的军事指挥，严厉批评部分同志的右倾情绪，特别指出林彪给中央写信，对毛主席的军事领导表示怀疑和动摇。会议还印发了林彪给军事三人团的一封信。一军团政委聂荣臻比较熟悉其中情况。他回忆说：四渡赤水以后到会理期间，在中央红军领导层中，泛起一股小小的风潮，算是遵义会议后一股小小的余波。遵义会议以后，教条宗派主义者们并不服气，暗中还有不少活动。忽然流传说毛泽东同志指挥也不行了。要求撤换领导。林彪就是起来带头倡议的一个。本来，我们在遵义会议以后打了不少胜仗，部队机动多了。但也不可能每仗必胜，军事上哪有尽如人意的事情。为了隐蔽自己的企图和调动敌人，更重要的是为了甩掉敌人，更不可能不多跑一点路，有时敌变我变，事后看起来，很可能是跑了一点冤枉路，这也难免。但林彪一直埋怨我们走的尽是“弓背路”，应该走弓弦，走捷径。还说“：这样会把部队拖垮的，像他这样领导指挥还行？”我说：“我不同意你的看法。我们好比落在了敌人的口袋里，如果不声东击西，高度机动，如何出得来！”在会理休整时，林彪忽然给彭德怀同志打电话，他煽动彭德怀同志说：“现在的领导不成了，你出来指挥吧。再这样下去，就要失败。我们服从你领导，你下命令，我们跟你走。”他打电话时，我在旁边，左权、罗瑞卿、朱瑞同志也在旁边。他的要求被彭德怀同志回绝了。我严肃地批评林彪说：“你是什么地位？你怎么可以指定总司令，撤换统帅？我们的军队是党的军队，不是个人的军队。谁要造反，办不到！”我警告他说：“如果你擅自下令部队行动，我也可以以政治委员的名义下指令给部队不执行。”林彪不肯听我的话。他又写了一封信给中央三人小组，说是要求朱、毛下台，主要的自然是要毛泽东同志下台。他还要求我在信上签个名，被我严词拒绝了。我对他说“；革命到了这样紧急关头，你不要毛主席领导，谁来领导？你刚参加了遵义会议，你现在又来反对遵义会议。你这个态度是不对的。先不讲别的，仅就这一点，你也是违反纪律的。况且你跟毛主席最久。过去在中央根据地，在毛主席领导下，敌人几次“围剿”都粉碎了，打了很多胜仗。你过去保存了一个小本子又一个小本子，总是一说就把本上的统计数字翻出来，说你缴的枪最多了。现在，你应该相信毛主席，只有毛主席才能挽救危局。现在，你要我在你写的信上签字，我不仅不签，我还反对你签字上送。我今天没有把你说服了，你可以上送，但你自己负责。”最后，他单独签字上送了。
杨尚昆也说：中央同志责问彭总，你既然不同意，为什么不向中央报告这件事？当时中央“负总责”的张闻天是跟三军团走的。这又成了问题，好像林彪、彭德怀、张闻天3个人有意隐瞒事实，一起反对“三人团”。涉及到三军团的还有两件事：一件是我和刘少奇同志联名，向中央发过一份电报。那是在土城战斗失利后，中央知道下面指战员中有意见，主要是希望建立根据地，希望打仗，就派少奇同志到三军团、陈云同志到五军团了解情况，传达遵义会议精神。那时，三军团打得最苦，下面讲怪话的人最多。少奇同志将从部队中了解到的情况加以综合并加上自己的意见，拟了一份电稿，交彭总和我签发。彭总认为下面有些意见，主要是对上面的战略意图不理解，加强思想教育就可以解决了，所以他没有在电报上签字。电报是我和少奇同志签发的。二是在土城战斗中担任主攻的三军团第四师政委黄克诚，在和少奇同志交谈中表示，这一仗打得不合算，既没有达到目的，又造成很大伤亡。后来他直接向中央写了信。还说在会理会议上，我们电报里反映的事例和黄克诚的意见及信，都被批评为“右倾情绪”和“右倾言行”。我作为三军团的政委，在少奇同志来以前，没有及时向中央写报告，被批评为右倾，是自然的。会上，毛主席非常生气，讲话很多，主要是批评林彪，最代表性的话就是：你是个娃娃，懂得个啥。在当时这种情况不走弓背走弓弦行吗？林彪同彭德怀的性格很不同，彭德怀是有话就讲，林彪是有话不讲，不吭气，别人也不知道他怎么想的。
杨尚昆思考，毛泽东为什么发这么大的火呢？林彪给彭总打电话中彭总本人已经说清楚，聂总又给作了证，并且说左权等都可证明。毛泽东为什么还要对彭总、甚至张闻天同志这样不满呢？
杨尚昆说，这件事他很长时间内不理解，又不好打听。直到延安整风才逐渐弄明白。原来在四渡赤水的过程中发生过几件事，毛泽东内心很不平静。一是土城战斗没有得手，本来毛泽东也总结了三条教训，但是博古却嘲讽说：看来狭隘经验论者指挥也不成。二是此前讨论攻打打鼓新场时，张闻天根据被少数服从多数组织原则，作出打的决定，毛泽东丢掉总指挥，要彭德怀暂代前敌司令员。这件事又间接牵涉到彭德怀，认为彭自己当时可能并不知道。三是据任弼时同志转报，中共中央上海局在上一年遭到严重破坏，中央决定派潘汉年去上海。红军过北盘江前，中央讨论再派一位负责同志出去，恢复白区工作，设法同中断半年的共产国际恢复联系，张闻天同志曾自告奋勇愿意去，大家没有同意。后来，派了陈云同志去上海。
杨尚昆认为，把这几件事联系起来，可以看到：遵义会议后，毛泽东刚出来担负重任不久，中央领导层和主要战将中，就有人嘲讽，有人想离开红军，有人发展到正式上书要求改换军事领导人，这确是相当严重的事情。所以毛泽东恼火是可以理解的。
杨尚昆说，会理会议后，部队中开展了一次反右倾的思想教育。这次会议积极意义是克服了党内和部队内的涣散情绪，那个时候，如果上下动摇是很危险的。会议上问题很快得到了解决。会议的缺点是批评的有些事实没有核实或弄清，把一时思想认识的错误上纲为右倾机会主义；同时，大家在当时的严峻形势下没有在具体事实出入问题上当场申辩。但是，毛泽东听了个别同志的猜测和错断，认为林彪的信是彭德怀煽动起来的，而迁怒于彭总。对张闻天，毛主席虽然没有明说张到三军团和彭结合起来反对自己，但话中已表露出这种意思，并且说了你是个书生，根本不懂得革命战争。因此彼此心存芥蒂，长期存在着误解。关于会理会议，张闻天在1943年说：“会理会议基本上是正确的，同当时干部中离心倾向及一些动摇情绪作斗争是必要的。但我以为斗争方式是过火的。因为这些同志的错误，实质上不过是个别的错误，只要加以适当的批评与解释，错误就会改正的，不必用机会主义大帽子去压他们。”
1943年9月，延安整风时，因为毛泽东、张闻天存在误解，毛泽东又批评张闻天“当时挑拨军队领导同志林彪、彭德怀反对三人团”。张闻天为此专门进行了一番调查，终于弄清原来是有位同志信口开河地乱说的。因此，他在《整风笔记》中写明了事实真相，并且附了“林、彭二同志关于此事的正式声明”。
林彪这人，内向、深沉，但当时可能还是年轻，不理解他就写信也是他从井冈山就有的习惯。这人不说则已，一说就闹个大的。这也符合他的性格。彭德怀心地坦荡，有关林彪要他出来指挥部队这件事，他在会上只申明了一句：“我根本没有同意”，内心认为“事久自明啊”，“等他们将来自己去申明”。对于林彪的信，彭德怀后来再次表示了自己的态度。他在自述中写道：“我也批评了林彪的信：遵义会议才改变领导，这时又提出改变前敌指挥是不妥当的；特别提出我，则更不适当。”彭德怀“没有去向主席申明此事，也没有同其他任何同志谈过此事”。只有在1945年1月七中全会主席团的一次座谈会议上，毛主席诚恳征求意见，彭总说了两点意见：一是富田事变的处理方式不妥，基本上是地方干部与军队干部的隔阂，客观上不都是AB团；二是会理会议上对彭成见很深。但也没有多作说明。
1959年庐山会议时，毛泽东又重提此事，林彪当场申明“那封信与彭德怀同志无关”，“写信彭不知道”，这时彭德怀才出来说明原委。但是，彭德怀被打成“反党集团”成员时，此事又成了一大罪状。所以庐山会上时彭德怀才认为：“从现在的经验教训来看，还是应当谈清楚的好，以免积累算总账；同时也可避免挑拨者的利用。”毛泽东一直没有放下这事。到1959年为止的24年中，毛泽东对这件事提到过4次。
会理会议最后决定了停止进攻会理城，挥师北上，渡大渡河，迅速同四方面军会合。
可见，遵义会议后到会理城这段时间，毛泽东的军事权威还没完全树立起来。在生死存亡的危急关头，能打胜仗，保存党中央和红军是最高的目标。军事决定一切，毛泽东开始指挥的战役也出现一些失利，因此出现一些不满也是正常现象，毛泽东获得的广大红军指战员的认同也需一个过程。限于当时形势的危难和毛泽东的军事指挥的基本正确，大多数红军指战员，甚至李德、博古都不同意再换领导，所以林彪的计划不可能得逞。大多数指战员愿意在刚组成的新的中央领导的领导下，摆脱险境，走向成功。会理会议后，遵义会议后确立的张闻天、周恩来、毛泽东、朱德为常委的中央领导集体得到了进一步巩固。
