在平乱的同时，武则天更担忧的是李显。叛乱就是因为自己废黜了李显而引发的，所以李显的表现就成为武则天是否让他留在世上的关键。武则天派出了武三思去房州“看望”李显，看一下他的反应。这时候的李显已经对母亲惧怕到了极点，只要是听说京城来人，就吓得想上吊自杀。而韦氏却还算是镇定自若，劝李显静观其变。武三思到了房州，一看李显那个害怕的样子知道就是给他三个胆儿也不敢造反。据说，心机很重的韦氏借着这个机会，利用色相把武三思争取了过来。她知道武三思的话在武则天那里还是有很大作用的，所以让他多说些好话，自己和李显可能还能过上几天安稳生活，甚至脱离苦海。而武三思也没有让韦氏失望，回去一个劲儿地说李显忠于武则天，没有非分之想。这下武则天的心真的放下了。
血腥清洗，从军队开始
在扬州之乱平定后，武则天意识到只有牢牢抓住军权才是巩固自己地位的关键，而自己恰恰忽略了这个事情，也可以说武则天还没精力去认真对待这件大事。在一切都平静后，武则天开始着手对军队进行改造。而改造的第一步就是清洗她认为不可靠的将领。当时左骁卫大将军、并检校左羽林军的程务挺成为了第一个目标。
程务挺曾靠战功屡次升迁，后仰仗裴炎的推荐当上了手握重兵的大将。在废立李显的过程中，程务挺带领羽林军帮助武则天成功实现了目标，立下了大功。在突厥势力再起后，武则天任命程务挺负责西边对突厥作战的指挥官。而与此同时，扬州之乱发生，武则天准备处决裴炎。程务挺得知此事后，立即上表武则天替裴炎求情，并以自己的身家性命为担保，保证裴炎不会谋反。这下武则天有点不放心程务挺了，害怕他也跟着造反，腾出手来就派人将程务挺赐死了。当时突厥人非常惧怕这位英勇的将军，听说程务挺被冤杀，大喜过望，认为是天助突厥，消灭了劲敌。
另外一个与程务挺曾经共患难的将领王方翼也被武则天猜忌，生怕他因为程务挺被杀而发动叛乱。为此武则天将王方翼召回长安，关押起来审查。审来审去，找不到一点儿定罪的证据。无可奈何之下，武则天只好将其流放到崖州（今属海南）。王方翼莫名其妙地遭到了这样的迫害，到达崖州不久就去世了。
接下来武则天的矛头直指平乱有功的李孝逸。李孝逸虽然平定了扬州之乱，但是武则天对他是最不放心的。她之所以让李孝逸去平乱主要是从政治角度考虑。而李孝逸平乱也有一个潜在目的，即通过平息叛乱，以期达到敦促武则天早日归政于李旦。可是武则天的目标是要当皇帝，因此两人的意见注定无法统一起来。武则天越发意识到不能让李家的人掌握军权。平乱后的第二年，武则天便授意武承嗣、武三思诬告李孝逸与李氏贵族来往过密，解除了他的军权，派往地方做刺史。而李孝逸这时候也看出了武则天的意图，只恨自己平乱太卖力气。后来武则天借口李孝逸有篡位之嫌，将其贬到儋州（今属海南），李孝逸最后郁郁而亡。
四色铜匦与“酷吏政治”
685年武则天又改新年号为“垂拱”。这个年号来自《尚书》中的一句话，即“惇信明义，崇德报功，垂拱而天下治”。武则天一统江山的想法已经昭然若揭。在清洗完军队后，武则天继续她的改革，为日后称帝做好准备。因为有扬州之乱的教训，武则天意识到，现在的政局虽然表面上看似风平浪静，但是很难说大家甘心服从于她的统治，这是一块心病。而如何将深藏的谋反之人挖出来，则是武则天的当务之急。武则天很快就在法家代表人物韩非子的著作里找到了办法，就是挖掘人性的恶，再加上高压手段，人们就能服从统治。武则天深感这种论点可行，就立即着手开始。
垂拱二年（686），一个叫鱼保家的人向武则天进献一个铜匦。这是个结构非常复杂、奇特的东西，类似现在的意见箱，只是比意见箱的威力大多了。这个铜匦共有四个面，内部分成四部分，外面有四个小门，分别涂成青、红、白、黑四色。青匦在东，名曰“延恩”，专门收集对农事的建议和自荐的帖子；红匦在南，名曰“招谏”，收集评论当政者得失的建议；白匦在西，名曰“申冤”，收集百姓的冤情；黑匦在北，名曰“通玄”，收集预测天象灾祸和军机密计的帖子。武则天决定采取鼓励告密的方式来获取不利于她的情报，并以此加强对国家的控制。为此，武则天专门设置了“知匦使”，专门负责收集、整理和处置铜匦中的柬帖。
为了显示自己重视此事，武则天下令凡有告密者，官员不得过问，沿途还要为告密者提供驿马，提供五品官员标准的伙食，来京后安排住宿，就连乡下的农夫来告密都有武则天亲自接见的机会。这还不算，武则天还规定，只要是告密之事查证属实，就会按照不同的等级授以官职，而且就算是诬告也不问罪。有这样诱人的政策，人们的积极性一下子就被调动起来了。全国各地的人蜂拥而至，向铜匦里投检举信、告密书，一时间人潮涌动，争相告密，好不热闹。
而铜匦的创制者鱼保家，没想到自己先成了铜匦告密的牺牲品。原来，鱼保家是个心灵手巧的技术天才，经常能做出做工精良的新鲜东西。可是此人当年竟然给造反的徐敬业制造过优质的刀剑弓弩，给官军造成了重大损失。因为当时没有人告发，没有人追究，鱼保家也就安然无事。有了铜匦以后，鱼保家的这点陈年旧事儿立即就被人捅了出来，被逮捕入狱。经过调查，情况属实，鱼保家最终被判处腰斩。告密铜匦的创制者最终却死于铜匦，真可谓“作茧自缚”、“玩火自焚”。很快，武则天就尝到了告密的甜头：天下的事情，无论大小，基本上都掌握在她手中。不过她也发现了一个问题，反应的问题这么多，怎么才能达到自己高压打击的目的呢？而且，她还认为现在的官吏手段太过绵软，无法深挖内幕，所以决定任用一些“有用”的人。索元礼适时地满足了武则天的需要。索元礼是个胡人，为人残忍，对待审讯的案件动辄就是大刑伺候，很多人因为无法忍受酷刑而屈打成招，这正好迎合了武则天当时的意愿，“不求对只求狠”。索元礼有了武则天撑腰，自然胆大妄为起来，每审一人就要牵连数百人，冤假错案也不在乎。除了索元礼，周兴、来俊臣等人也采取酷刑的方式审案。武则天只要得到了密报，就派他们去审。周兴、来俊臣等人为了让手下制造更大的“战果”，还编写了几千字的《罗织经》，来教他们如何把小案做成大案。当时满朝腥风血雨，大臣们惶惶不可终日，称索元礼、周兴等人为酷吏。利用酷吏的力量，武则天铲除了不少反对自己的人，基本上树立了自己的个人权威。
称帝倒计时
在政治上使用强硬手段的同时，武则天还采用了怀柔的手腕。武则天进一步抓了官吏的治理工作，对现有的官吏队伍加强管理。她亲自编写了《臣轨》一书，下发给大臣们学习。另一方面，武则天急需大量忠心、能力强的人为自己出力。为此，武则天破天荒地采取了自举的方式，凡是九品以上官员及百姓，认为自己有才能的，就可以自己推荐自己当官。这一政策的诱惑力太大了，原来一些无法参加考举或者不想参加考举的人，都绕过了考举这个大门，得到一官半职。但是这也不是谁想当就能当的，没有本事一样砍头，所以还是掂量掂量自己吃几碗干饭再自举。不过通过自举的方式，用人的道路一下拓宽了许多，而且也达到了武则天对队伍换血的目的，这一举措也收到了令人满意的效果。
接下来，武则天需要为自己登上皇位制造舆论环境了。垂拱二年（686）二月，武则天突然宣布要归政于李旦，这是考验李旦态度的尝试。李旦虽然身居深宫，但是很明白母亲的想法，还政只是借口，看自己有没有野心才是关键。李旦立即表示自己没有亲政的意愿，希望武则天继续临朝。武则天得到了满意的答复，继续决断国家大事。到了垂拱四年（688）武则天又提出修建“明堂”的建议。明堂主要是帝王做祭祀、朝会的地方。武则天修建明堂的目的很明确，为日后自己当皇帝建个场面的办公室。而明堂的建设就交给了薛怀义——武则天的情人。关于薛怀义，在后文会详细介绍。
想要当皇帝，祥瑞之兆是少不了的。到了垂拱四年四月，有人向武则天进献一块刻有“圣母临人，永昌帝业”字样的石头，并称这石头是在洛水中打捞上来的。这不就是天降祥瑞吗？《周易》上的“河出图，洛出书，圣人则之”这句话的威力是惊人的。既然在洛水中发现蕴涵着让武则天登基的石头，说明上天已经表明武则天是天子之命。这是武承嗣搞出的新花样，就是为武则天增加君临天下的气氛。得知此事后，大臣们就是明知是假的，也不敢揭穿，立即上表祝贺。武则天也顺水推舟地把这块石头封为了“宝图”，而且下诏准备亲拜洛水、到南郊祭天，感谢上苍的保佑，并下令召集李氏宗族、封疆大臣等人在明堂举行仪式。而群臣们也心领神会地拥戴武则天加新尊号——圣母神皇，谁都能看出来武则天做皇帝就是个时间的问题了。
李氏诸王最后的挣扎
在武则天的高压政策下，李氏皇族寝食难安。特别是武则天一再表现出篡位的想法，李氏皇族明显感觉到，心狠手辣的武则天一定不会放过他们。
就在这个时候冒出来一个谣言，说是武则天将于洛水授图之日召集李氏宗族，进行屠戮。这就是上面说的武则天准备在明堂举行的仪式。这个消息就像病毒一样在李氏贵族中传播，而且政治谣言就像催化剂，本来没有想法的人也有了反心。
黄国公李给越王李贞写信暗示武则天将改朝换代，韩王李元嘉也看清了武则天的意图。为了能召集更多的王爷参与到与武则天对抗的阵营中，李还假造了皇帝李旦的玺书，送到了琅琊王李冲那里，伪书的内容为“朕被幽禁，王等宜各发兵救我也”。李冲知道是假的，但是自己觉得这个办法不错，也跟着效仿起来，造了一封“神皇欲倾李家之社稷，移国祚于武氏”的诏书。并将两份假冒的诏书分别送往韩、鲁、霍、越、纪各王，让他们起兵。
而各王收到“诏书”后，也分不清真假，于是纷纷打算起兵。王爷们就这样合起伙儿来，准备和武则天争个鱼死网破。而这些王爷里忙活得最起劲的就是越王李贞和琅琊王李冲这父子俩。其实李贞想作乱已经酝酿很长时间了，早在李治去世时他就想折腾一下，可是总觉得时机不合适。这次武则天真的要当皇帝了，李贞可是坐不住了。他听从范阳王李蔼的计划，准备约各位王爷同时起事，以造声势。李贞立马给各地的王爷发去密信，定了个时间准备一起发难。结果诸王接到通知以后，却有点儿怯了，磨磨蹭蹭地不像是发兵的样子。只有李贞和李冲忙活着招募勇士，准备大干一场。
垂拱四年（688）七月，明堂建好了，武则天召集宗室到明堂集合。李贞父子一看再等下去就错失时机了，于是决定不等其他的王爷了，率先起兵。而李贞、李冲父子当时在两个地方，一个在山东，一个在河南。李冲首先发起了进攻。武则天听闻李氏宗族竟然发动叛乱，立即派丘神带领大军征讨。
但是这样的叛乱注定是雷声大雨点小。这些王爷都养尊处优惯了，对于军事基本上靠蒙，手下也就是一群乌合之众。李冲想进攻济州（今山东聊城），半路走到武水县时，原来自己下属的一个小县令也不听自己的号令了，就是不肯开门放李冲进城。李冲一看这态势，决定先拿这个小县城练练兵。李冲想用火攻来对付城里的人，结果风向没看好，火是烧起来了，可是烧的是自己人。本来就少得可怜的五千人，一下烧死了不少，没死的一看这位爷太不靠谱了，顿时跑了个精光，只剩下几十个家奴跟随着李冲。
李冲一看情况不妙，就想逃回自己的封地博州，暂时避一下风头。没想到，刚进城门，就被守城的手下砍了脑袋，七天的造反日记就这样结束了。这时候丘神还在路上紧赶慢赶呢，还没赶到，地方叛乱就结束了。但是丘神为人太不厚道，当博州的官员献上李冲的首级后，都被丘神斩尽杀绝了，早知道这样还不如以死相拼呢。而在儿子李冲死了两天以后，李贞才在豫州（今河南汝阳）起兵，而其他的王爷仍然按兵不动。李贞倒是还取得了一些战果。武则天于是派出中央军准备一举击破李贞。但是李贞一听说儿子死了，心气就没了大半，竟然想去给武则天上表请罪。就在他踌躇的时候，武则天的军队已经把他围在了豫州。李贞一看这架势，连搏一搏的胆儿都没有，立马带着一家老小服毒自杀了，造反的时间也就只有十七天。
估计武则天自己都没有想到，这叛乱平定得也太容易了，简直就像过家家。不过她也清楚地意识到，李氏宗族还是有不少人和自己不是一条心。武则天果断地决定利用这次叛乱，深挖蓄谋叛乱的不安定分子。这个任务交给了周兴。周兴也意识到这是一个升迁的机会，立刻将与此事有关的韩王、鲁王等人抓到洛阳审问。而对于这些皇亲贵戚来说，周兴的酷刑基本上与地狱画等号。案件很快成为了铁案，所有参与谋反的王爷都被迫自杀。
武则天听到有这么多皇室成员参与了，颇为震怒。她一面下令将参与谋反的宗室之姓全部改为虺（毒蛇的意思），一面下令将涉案的王爷们的亲族党羽全部诛杀，以解心头之恨。经过这次大清洗，武则天通向皇帝的道路彻底打通了。
