同治三年七月十一日，南洋水师成立，总署设在广西北海。下辖两支舰队，第一舰队驻扎在广西北海，第二舰队驻扎在缅甸仰光港，由水师总署统一节制。
水师总署署长邓世昌：祖籍广东汕头，自幼在教会学校学习数学和英语，后其父见他对船舶机械尤其感兴趣，不顾宗族的反对，支持他远赴西洋留学，学习船舶制造，在学习过程中，他还对西班牙，荷兰和英吉利的海军建设和教育产生浓厚的兴趣，专门进行系统的学习，在西洋海军操练和治军方面颇有建树。
第一舰队司令官，肖劲光少将，巡防近海海域主要是广西、琼州岛、西沙群岛和南沙群岛海域，将兵八千余人。
第二舰队司令官，陈绍宽少将，巡防南洋水域，包括马来半岛区域和东印度洋水域，将兵六千余人。
广西北海是南洋水师第一舰队所在地。官兵八千人，第一舰队主要舰艇名称：云南舰、广西舰、贵州舰、四川舰、西藏舰、新疆舰、青海舰、外蒙舰等八艘吨位上千的舰艇，另有三百到八百吨不等吨位的舰艇二十余艘，总吨位一万八千余吨。
第二舰队驻防仰光。官兵六千人，战舰三十余艘，补给船五艘，吨位近两万吨。原在广西防城港驻防，随着缅甸战事的结束，为保护往来商船贸易，后驻防仰光。
第二舰队舰艇编制：定远舰、镇远舰、致远舰、来远舰、济远舰、经远舰、平远舰、靖远舰，又称八大金刚。这八艘吨位就占了舰队一大半吨位，达到一万两千余吨。
此时的战舰都还是木制舰艇，动力系统是鼓风机和人力，航速在十节左右。而纯正的铁甲舰还要半个世纪后出现。
这两支舰队也是掏空福康安的老本才打造出来。十六艘千吨以上吨位的船舰，每艘都配置有四十门到六十门口径八英寸的火炮，每艘造价高达五十万两白银，分别是英吉利、荷兰制造，历经三年建造后由邓世昌带着水师官兵去接收。
福康安信奉拿来主义，既然西洋人在机械制造和火炮技术方面已经领先，直接拿来为我所用就好，可以在他们的基础上做进一步的开发。任何技术和产业都可以借鉴，而不是想象中那么难。难的是坚持这样做，而不像一些人今天说东，明天说西，团团转不知所以然，反倒一团糟。
这两支舰队总造价高达两千多万两，吃掉了两年的工业利润。好在买来的舰艇都足够先进，舰炮多是八寸以上口径，射程达到五公里左右，远超出一般武装舰只六英寸炮三公里的射程。不过射程远也要能瞄准才行，所以每个季度都会安排海上演习，除了舰队排兵布阵，还要操练火炮实射演练，不仅能打响，更要能打得准！不然招式再好，没有稳准狠的实战技能，也都是花架子，而且是挨打的花架子。
付出才有回报。有了这两支舰队，海上贸易通道才能畅通无阻，更多的货物从西洋经印度洋，来到缅甸的港口，然后转运到内地以及其他国家，大大缩短运输航程，加快货物的周转。而且，日本、朝鲜的商船也纳入南洋水师的保护范围，沿途驱除海盗，保护商船安全，每年也有上百万两的收入，舰队装备的维护和更新换代有了出路。不过南洋水师官兵的收入还是由南院财政拨款，不能随便掺和，不然这水师都会变味，成为某人某社团的看家护院。南洋水师不是一家之私，并不是为了看家护院，或做海运保镖，更多是要蛟龙出海，成为捍卫三百万平凡公里海疆的无敌舰队。
想当年七宝船队是何等辉煌：一艘巨舰长五十丈，宽十五丈，舰楼高达七层之多，可以承载三千人的队伍，还有大量的粮草和货物，吨位达到五千吨。郑七宝造船的图纸原在江宁府存放，后被莫名其妙的大火烧了，所有的造船图纸都化为灰烬。有人讲是禁海派所为：数万人的队伍每次远洋出海都要花费上百万两银子，只是为了耀武扬威，博人眼球而已，于国体民生毫无裨益，徒劳民伤财。为了防止后世他人远洋浪费民脂民膏，索性把造巨舰的图纸一把火烧了。可以说这把火，让华夏文明倒退了一个世纪。
大清没从前明那里学到什么本事，不过这海禁倒是传承了下来，尤其是康熙以来，由江浙福建和广东四地广泛通商贸易，到雍正爷开放四个定点口岸（江、浙、福、广），再到老头子开放广州一处口岸，顺利的完成了“闭关锁国”的政策。
扯远了，却说北院十五阿哥看到南院在组建水师，也不闲着，将吉林水师、山东水师和广东水师兵合一处，称北洋水师，另采购荷兰、西班牙的舰艇，各类作战舰艇、补给舰五十多艘，吨位合计两万多吨，甚至一度比南洋水师更强大，毕竟大清水师家底大多在北洋水师。不过北洋水师的排兵布阵却差强人意，一半放在天津大沽口，拱卫京畿要地。余下放在葫芦岛，守卫龙兴之地。至于江南和广东一带，放了几艘吨位不过三五百吨的舰只。自此，人称北洋水师是一支与世无争的佛系舰队：他强任他强，清风拂山岗，他横由他横，明月照大江。如果真有兵戎相见的一天，希望西洋舰队在对待这只佛系舰队下手时候干脆利落点，免得让他主子饱受内心煎熬和精神折磨。
