晋明帝死后，由年方5岁的太子司马衍即位，也就是历史上的晋成帝。因为成帝年幼，群臣上疏奏请皇太后临朝摄政：“天子年幼，恳请太后应该像汉代和熹皇后一样临朝听政。”太后无法推托，只得受命摄政，王导以司徒身份录尚书事，与中羽令庾亮等人共同辅佐朝政。
曾在平定王敦叛乱中立下战功的内使苏峻，这时，在江北一带坐拥上万精兵，对朝廷的命令毫不服从。成帝咸和二年（327），庾亮不顾王导等大部分朝臣的反对，召苏峻入朝为大司农。苏峻知道庾亮是惟恐自己在外叛乱，不但不应召，还干脆联合了豫州刺史祖约共同起兵，以讨伐庾亮为由，发动了一场新的叛乱。
在祖约的配合下，苏峻率领精锐之师很快就打到了建康城下，守城官军不敌叛军。庾亮见事不妙，立即脱掉盔甲，自顾自带着三个弟弟逃往寻阳。第二年二月，建康失守，朝中官员四散逃去，惟有王导、陆晔等寥寥几位大臣守护着小皇帝。
苏峻进城后，逼死皇太后，放火烧毁了皇宫，并挟持年幼的成帝移驾石头城。庾亮逃奔温峤处，请求他与陶侃联手救驾。其后不久，温峤和陶侃攻破石头城，将苏峻杀死，平定了这一场叛乱，将成帝迎回建康。王导随成帝回宫，因护驾有功，改司徒为丞相，使持节、侍中、领扬州刺史，封始兴公，重掌辅政大权。
王导为三朝元老，年幼的成帝每次见到王导都行拜于礼，以示尊重，每当给王导下诏书时，于诏则写以“惶恐言”，中书则上写“敬问”。就连见到王导到朝时，成帝也行拜见之礼。这令身为皇太后兄长、成帝舅舅的庾亮极为妒忌，因而，总是事事与王导作对，多次图谋欲废其丞相之职。
苏峻之乱平息后，王导还是以丞相身份辅政，而庾亮则出镇武昌。庾亮不满于政事全由王导主理，想要再次废除王导。当王导听说后，却丝毫没有露出惊惧之色，反而气定神闲地表示：“我与元规同辅朝政，休戚相关，悠悠之谈，绝非元规之意。如果真如君言，不必元规费事，吾自辞官，告老还乡，毫无怨恨。”
有人将这番话一字不拉地转述给庾亮，庾亮大感羞愧，从此不再有废导之心，王、庾之争也就到此为止，两人之间渐趋平和友好，携手辅佐幼帝，推进了东晋政权的稳定和发展。
咸康五年（339），王导病逝，终年64岁，谥文献。成帝为他举行了隆重的葬礼，朝堂举哀三日，臣子百姓无不伤怀。
