时间一晃过了三年，这三年，是云阳进入宇宙以来最充实的三年，也是技术提升最快的三年，球形战舰的能源、武器、护盾系统已经融入了地球号、半生号和改造后的十艘护卫舰，与之前的技术融为一体。护卫舰中的无人机编队在融入了水晶文明的技术后，性能、火力和防御得到了全面的提升，而作为进行切割战术主体合金刀，在加入了水晶文明的磁荡技术后，增加了一层电磁振荡膜，电磁振荡膜不但可以加速传统的物理切割，对于合金刀的磨损及对无人机的后坐力已经减小到了可以忽略不计的地步。
本着不浪费的原则，云阳在征得小希同意后，把其中一艘球形战舰拆散，为小希造了一艘与地球号同等配置外观一致的座驾，这艘战舰被小希命名为希望号，其余的球形战舰，则同样拆散，造出了七艘护卫舰供希望号进行集群控制，配置和云阳的护卫舰一样，必要时可以与云阳一同作战，而八艘飞船合体后依旧叫做希望号。半生小弟也让云阳按照小希的标准，造出了五艘护卫舰供其控制，由于希望号与合体后的太一号的形状就像一对镜像，两者合体后是标准的三棱锥，而二十二艘护卫舰则停靠在三棱锥外部的专属凹槽中，半生号依旧作为护甲存在，保护所有的飞船。而地球号，希望号和半生号合体后，可以共享护盾和能源系统，并且护盾系统可以进行强度叠加。而所有的飞船合体后，依旧叫做太一号，平时的样子还是模拟成一艘普通的星际货轮。·
小希利用水晶权杖，为云阳提升了大脑利用率，达到了20%，小萝莉也被小希利用水晶文明技术改变了身体结构，变得更加接近人类，就算是被解刨也不一定能发现小萝莉是机器人了。云阳、小萝莉和小希，则每天对练智脑综合水晶文明体术后改进的武术体系，战斗力是一路飙升。而小希把权杖和霸王枪融合，给云阳和小萝莉打造了两把专属武器，平时可以作为护臂套在右手手臂上，战时可以迅速变为霸王枪，在安装了水晶后，与云阳和小萝莉的思维进行联系，可以进行简单的精神类攻击。也就是说，除了原有的物理和能量攻击外，还增加了精神类攻击，真是居家旅行，保命防身，杀人打架必备神器。
智脑大哥和半生小弟，在融合了部分水晶文明的技术后，也进行了升级，大哥的计算能力变得更强，半生小弟的学习能力也有了突飞猛进的提升。在融合了水晶文明的技术后，智脑大哥为云阳、小萝莉和小希造出了三具新的护甲，除了原有功能外，还增加了水晶文明的护盾技术和能源系统，而更为神奇的是，平时如衣物般的护甲在进入作战状态后，可以化为三米高的机甲，战斗力是成倍的增加！小希在对战甲安装了水晶后，通过思维控制，云阳和小萝莉发现对战甲的操控更加随心所欲，仿佛战甲就是他们的身体一样，同样的，战甲内置系统对于战场的信息收集和反馈能力更是一路飙升。
在融合了水晶文明的空间跳跃技术后，太一号的超空间引擎终于可以稳定的长时间运行，折算后速度达到了50光年/小时，但只能使用十次，之后就必须更换超空间核心。在超频状态下，可以按60光年/小时速运行10小时，之后必须更换超空间核心后才能继续进行超空间飞行。而飞船原有的超光速引擎，已经被云阳划为备用引擎范围，能不用就不用。
在清除海底的痕迹后，利用升级后的扫描系统对整个星系周边10光年内进行扫描，确认没有玄派飞船后，太一号开启超级隐形模式，缓慢飞出星球大气层，之后立即跳跃到之前布置在光之文明星系旁的小型数据中心进行数据同步，升级数据中心和探测器后，直接飞向了塔斯文明星系，同样的，在同步数据后也升级了探测器，最后飞向了新塔斯文明所在的星系。在新塔斯，云阳看到了反玄派力量的壮大，新塔斯文明在这几年内，逐渐吸收了部分被玄派控制的文明中觉醒的生物，科学技术突飞猛进，队伍逐渐壮大，对于情报收集和地下作战，开展得有条不紊。同步数据后，云阳离开了新塔斯，在小希的指引下，继续寻找水晶文明的遗迹，抢在玄派之前，能利用的则利用，不能利用的也不给玄派留下一丝的机会。
不久后，50光年外，一艘玄派的球形战舰正在对一颗星球进行探测，突然遭到了大量集火攻击，护盾在三次集火攻击后破裂，飞船立即派出攻击艇进行还击，但是所有的攻击艇只有一个下场，被残忍的切割成两半，然后就变成了两朵大烟花。小希穿着战甲飞到球形战舰前，手中的权杖发出幽幽紫光，随后整个战舰能源中断，木星号带着机器人战队进入球形战舰，在按照惯例，打晕所有人形智慧生物后，云阳和小萝莉在舰桥遇到了一个妖人，随即三人开始大战，对抗云阳和小萝莉的攻击，妖人依旧游刃有余，不落下风，在不男不女的妖人发现他的精神类攻击对云阳和小萝莉无效后，顿时进入暴走状态，权杖水晶光芒爆发，整个精神类攻击力出现了暴涨的情况，而此时的精神类攻击，不是那种空间压缩，而是空间切割！云阳和小萝莉的护盾一次就被割破两层，随后云阳和小萝莉也进入了机甲作战模式，两人相互配合，打得妖人无法还手，在小萝莉利用巨大的机甲力量，把妖人生生压在地上摩擦后，云阳看准时机，一个挑枪将妖人右手斩断，权杖脱离后，妖人攻击力爆降，被小萝莉直接一掌拍晕。随后，战斗机器人迅速将一个特殊的护罩牢笼将妖人罩住并保持在昏迷状态。
小希进入舰桥后，也是一口就把权杖顶部的水晶直接吞噬，然后立即接管飞船的控制系统。而太一号，则在战斗开始后，直接进入星球大气层，将星球表面的重要遗迹通过传送系统直接传送到仓库内，没有回收价值的，则统统炸掉。在完事后迅速停泊在球形战舰的太空港，然后整个球形战舰周边空间一阵扭曲，随后消失不见。此次作战，整个过程不超过一个小时，而得益于云阳提前布置的干扰器，球形战舰所发出的求救信号全都被拦截。
球形战舰出现在一处偏僻的宇宙空间，周边没有任何星球，最近的星系也在100光年之外，而云阳一早就在这个区域布置了大量的干扰器和隐形设备，在将所有人形生物转移到柯伊伯号的生物休眠仓后，十几万工程机器人迅速拆解球形战舰，把能用的资源都搬到希望号上，没有利用价值的，云阳也不可惜，全用丢入转换炉变成能量，随后回收所有的干扰器、隐形设备和工程机器人大军后，迅速随机跳跃三次，最后回到新塔斯，将球形战舰上的人形生物交于新塔斯政府。在进行了五次这样的操作之后，收编了不少玄派飞船交于新塔斯文明进行改造，新塔斯对接收和同化战俘已经轻车熟路。而云阳也停止了这种闪电战。改为将探测器发射到其他被玄派控制的文明星系进行情报收集。随后云阳跳跃到了猎户悬臂外围的一个偏僻星系，开始消化这段时间的战斗收获。
小希在希望号的折叠空间中单独开辟了一个空间，把收集到的水晶文明遗迹存储在其中并进行修复，顺利的恢复了大部分功能。小希通过水晶种植技术，修复了一个水晶文明的小城镇并将球形战舰的能源模块成功接入后，城镇逐渐恢复生机，发出淡淡的紫色水晶光芒。同步数据后，小希得到了七个奇怪的坐标。在将希望号暂时交于太一号控制并给了云阳这七个坐标后，小希就打开了城镇中心的祭坛，在一系列复杂的操作后，一个紫色的水晶茧将小希包裹起来，之后除了祭坛之外，整个城镇都进入了类似休眠的状态。
猎户悬臂靠近银心三分之一处的一个星球上，在一所古老的庙宇内部，数十名妖人的全息投影正在开会，针对五艘球形战舰及其他附属战舰神秘失踪一事交换情报，争论得面红耳赤。就在众妖人吵得不可开交的时候，一团人形流体物质凭空出现在了会场中心，然后争论的气氛就降到了冰点，空气瞬间凝固……
