就在秦晓，没有因为自己的私心，而带领着，那剩余的镇云铁骑与敌人展开殊死一战。
而是选择自己殿后，然后找准一处敌人包围的薄弱环节，重点进攻，突围出去的时候。
场景再一次变换，他不再是深陷重围，也不再浑身染血。
他换成了一身儒衫任兵部尚书一职。
朝堂上他一再要求驰入居庸关以保证安全，但另外的政党不准。
他认为一清云谷地势高，无泉缺水，清云谷之南十五里处有河，被匈奴铁骑占据。
如果一旦敌军断了水源我军将士饥渴难耐，挖井二丈仍无水。可是他据理力争，最终也没能让皇帝收回旨意。
事情果然按照秦晓设想的来，不久他们的军队被匈奴铁骑包围在清云谷。
匈奴铁骑也先遣使诈和，并主动撤离，以麻痹他们的大军。
那皇帝不但不怀疑有诈。反而有一种本该如此的感觉，他派遣曹鼐起草诏书。
并且大将下令移营就水，当皇帝率领的龙运大军移动时，饥渴难忍的军士一哄而起，奔向河边，乱成一团。
他们到底不是，纪律严明的镇云铁骑，一瞬间就不成编制，这时候匈奴铁骑伏兵四起，趁机发动总攻。
这时候，仓促应战的龙运大军，一瞬间就被打的溃不成军，被打得大败。
这次所谓的御剑亲征，皇帝率领二十余万人有三分之一战死，中伤居半。
泰宁侯，高灏远驸马都督王朝纯，平乡伯陈翔，襄城伯贤昨宗，遂安伯陈埙，修武伯沈荣，都督梁成、王贵，户部尚书王佐，兵部尚书邝埜，吏部左侍郎兼翰林院学士曹鼐，刑部右侍郎丁铉，工部右侍郎主永和，都察院右副都御史邓栗，翰林院侍读学士张益，通政司左通政龚全安，太常寺少卿黄养正、戴庆祖、王一居，太仆寺少卿刘容，尚宝少卿凌铸，给事中包良佐、姚铣、鲍辉，中书舍人俞拱、潘澄、钱禺，监察御史张洪、黄裳、魏贞、夏诚、申祐、尹竑、童存德、孙庆、林祥凤，郎中齐汪、冯学明，员外郎王健、程思温、程式、逯端，主事俞鉴、张塘、郑瑄、大理寺副马豫，行人司正尹昌，行人罗如墉，钦天监夏官正刘信，序班李恭、石玉这五十二名跟随皇帝远征的群臣皆死于混战中。
皇帝的护卫将军郑毅句愤怒至极，抡起长剑砸碎了不少当时阻止秦晓的人的脑袋。
这时，“命直留守”的是四朝老臣郑世佳，郑世佳的官职当时是吏部尚书，位居六部之首，加上是四朝元老，深得百官敬重，可以说郑世佳的影响力当时远远在秦晓之上，他的一言一行都能左右当时的局势。秦晓不过是个文官没有什么资历。
从局势的发展来看，郑世佳所做的决策都是正确的。他听从了秦晓的建议。
首先，郑世佳听从秦晓那句，帝都失守，和谈国家。他坚定地选择反对南迁，并没有听信当时逍遥子那个庸人的“星象有变，帝星陨落，皇室当南迁”的说法，然后又率群臣请当时皇上的弟弟摄政，“劝王即位，以安反侧”。瞬间就恢复了当时混乱的局势。
其次，郑世佳身为朝臣中职位最高、威望最重的人，在危难之时能够认清自己的长处和短处，“朝臣议屡上，皆直为首”。
但郑世佳却有自知之明和识人之智，认为自己不如秦晓。
“今日虽百王直何能为“，将权力让给秦晓，由他负责处理具体的事务，而自己“雍容镇率”的名义将权力转让给了秦晓。
当前方军事失利的消息传到京师后，举朝震动，城内人心惶惶。
六月初六日皇太后命皇帝异母弟弟监国，召集朝臣商议战守大计。
以韩红旭为首的一些大臣主张还都向南撤退。
而主张抵抗从郑世佳老兵部侍郎那里接过官职的秦晓则以历史上赵氏南迁的故事为反对迁都，并对皇太后晓以迁都的利害，征得皇太后的支持。
同样吏部尚书的郑世佳老先生、内阁学士陈循等人都赞同秦晓的策论，廷议乃决定固守。
八月十五日，秦晓等人针对当时的危急局面，采取了一系列措施，首先，诛除宦党，平息民愤。朝廷将清云谷失败的的罪魁祸首和主要将领抄家灭族，打击宦党的气焰，初步稳定了内部。
其次，八月二十日，文武百官请皇太后改立监国摄政的隋唐演登记称帝，史称隋代宗或隋景帝。遥尊被俘的隋唐宗为太上皇。
当时，也害怕匈奴挟隋唐宗作为攻城略地的政治工具。
秦晓则是提出了“社稷为重，君为轻”的口号。拥立杨云超即位，是为隋演帝，这样即使匈奴用皇帝威胁的阴谋也不能得逞。
再次，举荐人才，调兵遣将，妥善安排。原大同副将孟庭苇在“清云谷”中战败，单骑逃回，被贬官下狱，准备问斩。
秦晓认为，世界上没有常胜将军，而且战败的主要责任不在他。于是将其释放，并委任以京师总兵官的重任，统一指挥京师步兵部队。
在后来的京师保卫战中，孟庭苇指挥有方，英勇作战，战果显著。“论功，庭苇为最多，升任为晋侯”
同时，另以名将指挥京城的火器部队、骑兵部队和镇守大同、宣府、居庸关、紫荆关等重要关口，并严惩了一批贪生怕死、玩忽职守的将校。
另外，秦晓还改革了军制，把传统的“三大营”改为十个个团营，使其更加适应防御作战的需要。套用了镇云铁骑的编制。
经过一个多月的整军备战，秦晓手中兵精粮足，士气大振，严阵以待。
按照当时的体制，兵部尚书是不能直接指挥军队的。
为此，隋演帝专门下令，授权秦晓“提督各营军马”的重任，命在京的各营将领皆接受其节制。将士凡有违抗军令者，秦晓有先斩后奏之权。哪怕是皇帝言论有错，秦晓也可以立即训斥。
于是，秦晓担负起了全权指挥京师保卫战的重任，其地位仅次于皇帝。
