话说鲧治水无功，被诛杀于羽山，尸体三年不会腐烂。舜觉得奇怪，亲自前去查看，用剑劈开鲧的肚子，从里面诞生一个男孩。这个男孩就是禹，姓娰，字文命，后来被封于夏，称夏后氏。禹迎风就长，长成一个健壮的男子汉。舜认为这是天意，就让禹去完成他父亲没有完成的治水事业。
禹治水获得了舜的大力支持，他派伯益和弃来协助他。伯益是皋陶的儿子，聪明而有见识。上天也派来了童律、乌木由、庚辰等天神帮助他。就连当年帮助轩辕黄帝战胜蚩尤的应龙和白龙的大儿子赑屃也愿意听他号令。
禹首先在会稽山召开治水动员会议，所有人和神都准时到达会场，只有父亲鲧的老朋友防风氏迟到了。禹想到治水大事，必须先严明纪律，给大家立个规矩，于是禹就命令应龙将防风氏杀掉。
会稽山会议上，禹和大家决定，改变鲧所采用的填堵的错误治水方法，改用疏导的治水方法。治水工作开始了，要疏导河流，就要实地考察山川地形。禹左手拿着准绳，右手拿着规矩，走遍所有高山和河流，实地丈量地形。
在考察丈量地形的时候，会遇到许多怪物和野兽。如长得像犀牛的讋蚔、人面虎身的马腹、长得像牛的犀渠，这些怪兽都会吃人，禹等众人将这些怪兽杀死，为民除害。
他们又遇到了鸣蛇，这种长着两对翅膀，鸣叫声像钟磬一样的怪物出现就会大旱。他们又发现不远的地方有化蛇出现，化蛇人面豺身、鸟翼蛇行，它的出现就会爆发洪水。禹正要前去除去这两个怪物，伯益阻止他说；“鸣蛇和化蛇，一个主旱，一个主涝，它们相遇，必互相残杀。”果然，鸣蛇和化蛇斗起来了，化蛇把鸣蛇吃了。禹又要上前杀取得胜利的化蛇，伯益又阻止他说：“鸣蛇和化蛇，身上都是剧毒，它们无论谁吃了谁，都会被毒死。”果然不久，化蛇口吐白沫，身体不停地翻腾，一会儿就死了。
在涂山附近，禹发现了一只九尾狐。禹想抓住这只九尾狐，上前去追。九尾狐机敏地逃跑，绕过几座山头，九尾狐不见了，却出现一位曼妙少女。禹和少女一见钟情，后来结为夫妻。这位少女就是涂山氏。涂山氏爱着大禹，也支持他治水，跟着他洗衣做饭。
禹在河水边考察时，突然一声轰鸣，水中浊流滚滚，从水中冒出一个人面鱼身还瞎了左眼的怪物，双手托着一块青石板献给禹。禹拿起这块青石板一看，石板上有画，画着中原大地上所有山川的地形，原来是山川社稷图！大禹非常高兴，正要感谢那水怪，可一看水怪已经沉入水里了。原来那水怪正是河伯冯夷所化，自从上次被大羿教训了之后，河伯老实很多了，不再找妙龄少女，兴风作浪了；这次正好大禹要治水，故献上山川社稷图，以求立功。
有了山川社稷图，治水工作的进度大大加快了。禹让大伙疏通原来被堵塞的河道，又让应龙在前面用尾巴划线，开凿新的河道，将四面八方的洪水引入东方的大海；挖出来的土石让赑屃驮运去填平万仞深渊。在治水的同时，伯益和弃还教灾民开垦土地，兴修水利，种植五谷，以免受饥饿之困。
治水工作进行得很顺利，可是在河水流域的洪水总是治不好，今天这里的洪水治好了，明天那里又爆发洪水。一天，有人抓到一只朏朏，一种长得像狐狸的生物。大家正要宰杀朏朏时，朏朏突然开口说人话：“别杀我！我知道河水屡发洪水的原因，是相柳在作怪。”
大家将这事告诉禹，禹让大家放了朏朏，然后就按朏朏说的地方找到了共工旧臣相柳。只见相柳的九颗巨大的头不停地吃河堤的土，洪水就从缺口的河堤上溢出。禹大怒，拿起神斧向相柳杀去，应龙也来助战。禹勇敢作战，将相柳的九颗头都砍了下来。相柳被杀流了很多血，腥臭无比，被他的血污染过的地方，寸草不生。相柳死的地方，形成一片多水的沼泽地，人类无法居住，庄稼不能生长。禹派大家填了三次土，都陷了下去。禹没有办法，只好把这里挖成一个大池塘，池塘恶臭无比，鱼虾不能生存。禹又在池塘边修筑高台，祭祀诸神。
大禹带领大家继续引导河水，却被龙门山阻挡。经过细致的考察，大家决定必须凿开龙门山，让河水过去。于是禹和众人，还有天神们一起开挖龙门山。禹和妻子涂山氏约定，每到正午，他们就敲鼓，你听到鼓声就给我们送饭。
这天，禹觉得开挖龙门山的进度不够快，于是就化为一只巨熊开挖龙门山，挖落的土石正好砸到鼓面上。涂山氏听到鼓声，就去送饭。到了现场不见禹的身影，却看见一只巨熊。涂山氏被吓得变成了石头。等大禹变回人形回来一看，发现妻子已变成了一块石头，又想到妻子怀有身孕，就扑上去抱着妻子变成的石头大哭，不停地说：“还我孩子！还我孩子！”
昊天上帝被感动了，一道霹雳让石头裂开，从里面诞生一个男孩。禹悲喜交加，给孩子取名为启。后人把那块涂山氏所化，开裂生启的石头叫做启母石。
经过五年时间的开凿，龙门山终于凿通了，河水从龙门落下。从此，下游的鲤鱼逆着水流而上，许多鲤鱼过不了龙门，精疲力竭而死；而能跳过龙门的鲤鱼，则会化成龙鱼，这就是鲤鱼跳龙门。
治理好河水，禹又去治理淮水。话说当年颛顼与共工的大战，共工旧臣浮游逃到淮水，沉入水里。他用能言善辩的口才，说服了淮水流域最厉害的怪物无支祁，一起兴风作浪，为害人类。无支祁的形状像猿猴，白头青身，光是头颈就有百尺长，力气比九头大象还大，却又不失猿猴的灵巧。
禹叫天神童律去捉拿无支祁，童律挥舞着长戟飞转，但无支祁步履敏捷，闪挪跳跃，总能躲开童律的长戟。禹命令天神乌木由替换童律，乌木由身躯高大，挥舞大刀砍下有如泰山压顶，但每次乌木由砍来，无支祁总能灵巧地躲开，弄得乌木由累得气喘吁吁。禹又让天神庚辰替换乌木由，庚辰挥舞双剑向无支祁刺去，庚辰比无支祁更敏捷，双方从水里打到地上，从地上打到天上，无支祁渐渐体力不支，被庚辰擒拿。童律和乌木由紧紧按住无支祁，禹命令众神用大铁链锁住无支祁的脖颈，又在它脖子上穿上金铃，镇压在淮阴龟山脚下。而浮游则一直躲在水底，再也不敢出来了。制服了这些水怪，大禹可以安心地疏导淮水入海了。
大禹又去治理江水，他得到巫山神女瑶姬的帮助，瑶姬请来天上的镇星下凡，化为一头神牛撞开巫山，使江水畅通。在江水下游的震泽，为了抵御海潮对田地的侵蚀，大禹带领众人和天神移动柯山挡住海潮。
大禹一共花了十三年时间，治理好了海、河、淮、江、浙五大水系，丈量了全部高山和河流。识遍各地风土人情，除去了许多危害人类的怪物和野兽。完成了人类治水的壮举。人类不但消除了水患，还兴修水利，提高种植庄稼的技术。大禹得到全天下人民的敬爱。大禹忘我地投入治水工作，曾经三次经过家门，听到儿子启的哭声，都忍着没有进去，珍惜宝贵的治水时间。大禹身先士卒，凿山开道，手上全是老茧，身上的腿毛全被磨光了。
