1943年，三青团召开“一大”，并通过了《发展团务十年计划总纲》。总纲对未来10年三青团的组训、宣传、服务、生产事业等工作提出了一个总的计划。其中关于组训方面，计划由三青团统一组织训练全国各地的知识青年干部，并决定“扩充本团干部训练班为中央青年干部学校”，简称中央干校。中央干校与国民党中央政治学校颇为相似，因为两者都是培养干部的专门学校，所不同的是，干校由三青团中央全权领导，国民党无权过问。
1943年8月11日，中央干校筹备会正式成立，蒋经国被选派为主任委员，负责中央干校的筹备工作。为了筹办干校，蒋经国首先为干校制定了章程、十年教育计划大纲和1944年度教育计划大纲。按章程规定，中央干校校长由三青团团长蒋介石亲自兼任，下设校务委员会，委员由团长选派；设教育长一人，秉承校长并受校务委员会的指导，主持校务。11月，团长蒋介石提名戴季陶、张治中、陈诚、陈布雷、陈立夫、吴铁城、段锡朋、李惟果、康泽、朱经农、蒋梦麟、梅贻琦、胡宗南、吴贻芳、蒋经国15人组成中央干校校务委员会，任命蒋经国为中央干校教育长。12月1日，中央干校在战时重庆正式成立。对于蒋介石为什么要设立中央干校，楚崧秋先生认为：
干校的及时成立，我认为主要是基于老蒋先生重视青年的潜力，应为建国需才早做准备，而那五年期间，党与团的发展自然也有关系。当时在中国国民党一党专政下，民心已有所不满，对青年的号召力江河日下，相反地，在抗战中壮大的中共，却对知识分子具有很大的吸引作用。老蒋先生有感于此，觉得问题相当严重。因此于加强团务之余，多少因袭黄埔建校成功的经验，决定在团之下设置学校，专责培养青年干部，期收一新耳目之效。
1944年5月5日，中央干校于国民政府纪念日这一天举行开学典礼。典礼由校长蒋介石亲自主持，校务委员张治中、陈立夫、朱家骅、李惟果、康泽和蒋经国等出席大会。蒋介石在致辞中说：“干校是革命的学校”，“干校应该实施革命的教育，培养革命的干部”。张治中在开幕式上称干校为“政治上的黄埔”。蒋介石对蒋经国也寄予厚望，他在日记中说：“青年团干部学校开学典礼已在五五节举行，此或经国为国尽忠，继承革命事业之发轫乎。”
实践证明，蒋经国没有让蒋介石失望。蒋经国上任伊始，他即向校长蒋介石上书，陈述建校的各项意见，强调要慎选师资，所选教师必须品行高尚，学识渊博，经验丰富，忠于团长，忠于党国。为了把干校办好，雄心壮志的蒋经国从新生招考、教师聘请、课程安排、学员训练、生活管理、成绩考核到毕业安排等事务，他都亲历亲为，力求创新。为了便利开展工作，蒋经国还将江西支团时培养的一些干部调入中央干校，成为其得力助手。如中央干校首任训导处长、副教育长胡轨，教育长办公室的历届主任秘书谢然之、俞季虞、游鲲，文书组长史朝潭，人事组组长徐炳南等都是蒋经国在赣南的干部。
中央干校首先成立了研究部，招收专科以上学校毕业生。1944年2月，研究部第一期分别在重庆、成都、西安、贵阳、昆明、桂林、衡阳等地设办事处，负责招生。第一期共录取学员297人，实际报到272人，其中包括赣南保送来的王升、徐贵庠等人。
研究部不分科系，学习一年，分三学期授课，每期三个月。第一学期课程，注重基本学科；第二学期注重高深知识的灌输；第三学期注重建国专题的研究及团务实习。第一期于1945年4月毕业，预定这批学员毕业后留校作为建校的干部，即“干校的干部”。因时局变化，有115人报名从军或参加青年远征军政工班训练。剩余的毕业学员以中央团部组员、支区团部组长、科长或分团部书记分发任用。第二期招收学员167人，1946年7月毕业。
1944年4月，中央干校成立专修部，招收高中以上学校毕业生，分科训练，以培养各种技术工作干部，毕业后分派或介绍从事交通、生产、行政、卫生等建设工作。1944年8月，分别在重庆、成都、西安、兰州、贵阳、昆明、桂林、衡阳、曲江、赣县、恩施、建阳、屯溪等处招生，录取530名。其中地方自治科100名，管理科200名，计政科50名，垦务科50名，师范科130名。但因战时交通影响，实际报到者共474人。
除研究部和专修部外，中央干校还办了屯垦人员训练班，招收高中以上学校毕业而有志于边疆屯垦之青年，施以专门训练，毕业后由团分发或介绍至各边区担任屯垦工作；地方团务讲习班，由各支区团分期召集各级现职干部，予以训练；东北青年训练班，招收东北内归的青年，实施训练，以作将来收复东北时的准备。此外，还办理了青年技工养成所，招收小学毕业或同等学历的青年，予以生产技艺的训练。
蒋经国非常注重对中央干校学员的培养和教育。1944年2月，蒋经国发表了致干校研究部第一期考生函，函中激励考生说：
为使青年完成这么一个伟大精彩的人生，三民主义青年团特创办中央干部学校，招考全国青年的精英，予以革命建国的教育。我们深深的知道：青年的中国要青年来建设。我们更深深的相信，新中国的青年，愿意支付自己的青春，来保证民族的青春！
我们希望诸位在此风雨急激的世变中，树立独立自主的人格，砥砺刚正磅礴的气节。我们对自己负责！对社会负责！对民族国家负责！对世界人类负责！把握光荣的现在，创造光明的将来。
亲爱的青年朋友们，我们是中华民族的优秀儿女，民族复兴的花朵孕育在我们的心底里。这远大神圣的事业，请从此时此地展开出去，从我们眼前面前，亲切的做起来。如此我们在人类历史的试验上，是不会交白卷的！
学员报到时，蒋经国亲自拟定了几句警语，并将它张贴于校门口。其中一个写道：“青年朋友！这是革命的学校，想做官的莫进来，要发财的请出去。”这些警语，对初到的青年学子的确有一些当头棒喝之感。
4月15日，蒋经国主持召开了中央干校研究部第一次全体师生大会。在此次大会上，蒋经国以他在苏联经历的一些小故事作为自我介绍的开场白，对新生进行活泼激昂的讲话，他说：
我名蒋经国，现在的教育长，我十六岁离开祖国跑到苏联，人生地疏，单凭手脚生活，曾在工厂打扫清洁，以及洗刷厕所的工作，当我下班游戏，人家问我时，总不好意思说出口。干了一段时间，就请调为机器工作了。
在苏联交女朋友是需要讲究清洁和漂亮的，我因工作原因也有一个女朋友。因为不在一个地方工作，常常约定时间见面，一次我下班时，满身满手都是油，约的时间又到了，真是急煞了我……
参加过共产党，在苏联清党时开除了党籍。最后在苏联当过工厂厂长，学校是军政大学毕业和中山大学毕业。
他的讲话赢得了师生的欢迎和信任。之后，蒋经国经常对干校学生发表演讲。在一次讲话中，蒋经国对在场的新生说，干校是一个以三民主义为中心的革命学校。他要求在场者摒弃升官发财的心理，具备高深学问，“继承国父遗教，发扬校长精神，秉持天地正气，来推翻扫荡恶势力，来完成革命大业”，他常称“这就是干校的精神”。他还号召干校学员要相亲相爱，互相合作：
我们师生大会，连开了几天，各区招生工作也检讨过了，师生彼此都已认识，以后你是昆明区，我是重庆区，或你是江苏人，我是湖北人的这种观念，定要丢去。我们都是中国人，都是干部学校的学生。我告诉全体师生，中央干部学校不是各地旅渝同乡会总办事处。以后我们相亲相爱，互助合作，大家共同来学习，共同来完成革命大业。
在教学方面，蒋经国非常注重德、智、体、群、力并重。他在研究部和专修部的多次讲话中提到干校学生要做到这五点。当时，一般讲教育方针时，都是指德、智、体、美、群五育并重，他去掉“美”字，改用“力”字，应该是有鉴于中国积弱，惟有实力才能抗敌御侮。教学过程中，规定的教学重点有高深的政治素养、高层的领导才能——要识大局、担大任、办大事。训练三能，即能文、能武、能开汽车。简称为“两高，三大，三能”。
在干校大礼堂里，两边写着“敬勇诚毅”、“爱美笑力”八个大字。礼堂讲台两边张贴着“生活之目的在增进全体人类之生活，生命之意义在创造宇宙继起之生命”的对联。在干校操场上有“清清白白的做人”，“切切实实的做事”，“老老实实的读书”，“一心一意的革命”，“建立新的人与人关系”，“三等国民建设不了一等国家”等标语、口号。蒋经国经常引用学校大门两旁台柱上那副“顶天立地，继往开来”的对联来勉励学生，要求干校学生都要培养出具有这八个字的伟大气魄。对于这段难忘的学习经历，楚崧秋先生回忆说：
这段学校生活，蒋教育长喜欢以“爱”、“美”、“笑”、“力”这个颇为轻松而动人的口号来要求大家。他所谓的“爱”就是亲亲切切的心灵；“美”就是真善美的意思；“笑”就是乐观进取的人生；“力”可诠释为力量、能力与力行。本期的同学，在他的耳提面命下，对这四个字的意义有相当深刻的感受，并以此作为日常生活的守则与努力求进之标的。
蒋经国与大家过着集体住校的日子，师生间的气氛因此非常融洽。学校还规定我们每隔一段时间，重新编排寝室的番号与床位，使大家增加熟悉的机会。
蒋经国非常重视干校学员毕业分配和毕业校友的联系。学员毕业分配工作前夕，他一一接见谈话，然后根据他的人事布局和学员志愿分配工作。如东北人员训练班全部去东北各省，担任省中级以上干部；专修垦务科毕业的全部去青海、甘肃、宁夏；专修部地方自治科、生产管理科和交通管理科的绝大部分去台湾和东北工作；师范科毕业的大部分分配到青年中学工作。至于研究部第一期毕业学员大部到青年军各师搞政工，其中有民族关系或乡土关系的，就按其关系分配。二期毕业学员有的分配到青年军任政工，有的分配到各部会或者政府工作。为了毕业的校友能继续保持紧密联系，蒋经国设立了“毕业生通讯处”，创办《青泉》小报，专门报道毕业生情况。1947年9月，中央干校校友会在南京成立，将《青泉》小报改为《校友通讯》，并在各省校友人数较多的城市，设立校友分会。蒋经国在校友会成立大会上致词，他说：
我们干部学校，成立在抗战最后阶段，这个时候正是我们国家民族生死存亡的重要关头。今天我们校友会，也是成立在全国进行戡乱统一建国的艰苦时候。我们都知道，我们的学校学生，都是艰苦时期所产生的学校学生。所以我们要认清我们这一般同学，是我们校长最忠实、最纯洁青年；也可以说是校长对这一批学生抱有最大的希望。
中央干校校友会设在中山路汇文女中旁边，取名“德润庐”，各地校友到南京的可免费在校友会住宿、进餐；有经济困难的可申请补助；想升调的也可提出申请；父母寿诞时，可请蒋经国送一幅寿联等。每逢校长、教育长寿辰，各地校友聚餐表示庆祝。通过这些活动，蒋经国加强了毕业学员之间以及他们与自己的联系，使他们毕业后即使在全国各地，也始终是自己班子里的人。当然，为了避免其他派系的妒忌和攻击，蒋经国要求干校学员必须学会隐忍谦让，他说：
我们组织校友会的目的，主要的是在于发挥同学们的革命事业的理想，千万不能把校友会看作一个排斥异己、攘权争利的政治小团体，如果存在这种观念，那是极大的错误。
绝对不可把校友会当作保障个人工作和生活的小团体，而要著重于互勉互助，使每一位校友都在工作中、斗争中坚强起来，成为强有力的革命斗士，处处注意到做人的态度和工作的精神，决不可以校长和师长的名义，来夸耀自己而趾高气扬，那种作风足以毁灭自己、毁灭学校。干校的学生决不可自傲、自大，决不可露锋芒，必须做到谦虚和大方的基本要求。
蒋经国办三青团中央干校，原是抱有很大雄心的。他计划先办研究部第一期，作为干校的干部，即将研究部第一期毕业的学员全部留校，作为建校的基本力量，以后再办专修部，再续办研究部，最后办大学部。此外还办各种类型的训练班。除了发展总校以外，还曾计划在抗战胜利后，在北平西郊建立分校。可是他的这个庞大的计划却为湘桂战役的战局、抗战胜利后日益恶化的内战形势和党团合并打破。由于整个三青团都并入国民党，这个团办的学校当然也并入了党办的中央政治大学。1946年秋，中央干校进入结束阶段。校本部的工作人员，少数人派往国立政治大学，其余人员被分配到青年军各师和国防部人民服务总队。原中央干校校址重庆复兴关，移交给重庆青年中学。从1944年建校至1946年冬结束，前后共办了研究部两期、专修部一期、东北人员训练班一期，总人数约1000余人。在这些学员中，很大一部分后来成为蒋经国的心腹嫡系，人称“干校系”。
在中央干校，蒋经国不仅培养了一大批新的干部，形成了“干校系”，而且也凭借着三青团中央干校，获得他在江西支团部时所无法企及的地位，他的活动范围由江西一省扩展至全国各地，从而为其今后的政治发展做了极为有利的铺垫。1945年8月，蒋经国接替康泽，出任三青团中央组织处处长一职，从而更进一步地控制了三青团。1947年党团合并，三青团中央干事全部转为国民党中央执行委员，从而使在国民党内资历、地位尚浅的蒋经国顺利地成为国民党中央大员。
