第四，独立学院的办学体制机制尚未真正确立。许多独立学院的办学体制与机制仍是母体高校办学体制与机制的直接延伸，有的独立学院是从办学之初即套用了母体高校的相关制度，有的则是在办学过程中本着“拿来主义”的精神对母体高校的办学体制与机制不断地学习、借鉴和实施运用，比如许多独立学院使用的教学管理系统、学生选课系统等就是母体高校相关管理系统的直接拷贝，学院的决策体制、财务预算体制等与母体高校其他二级学院也没有明显区别。如在领导体制上，虽然承认独立学院具有独立法人资格，但往往以董事长来替代院长作为法人代表，名义上独立学院实行董事会领导下的院长负责制，但在实际中有的由母体高校党委代行董事会职能，对于院长的任命，有的由母体高校党委任命，有的由母体高校党委提名、由董事会讨论决定任命。这就使母体高校控制了其领导权，独立学院院长职务形同虚设。独特的办学体制机制如果没有良好的管理体制机制作保障，那么任何特色办学因素都是不可能发挥有效作用的。显然，在这样的体制和机制下，独立学院还缺乏主动适应市场、创建办学特色的有效制度保障。
综上所述，一方面，独立学院与母体高校的关系是天然的，也是割不断的，正是因为其善于依托母体高校长期积累的优质教育资源，才有现在快速的发展壮大；另一方面，尽管独立学院有母体高校的基因，但决不能成为母体高校的克隆，独立学院必须正确处理与母体高校之间的关系，形成对母体院校地位上的平等，结构上的补充，才能真正找到一条独立的特色发展之路。
（三）独立学院自身特色与定位不明
发展定位是一个学校办学理念的具体体现，是凝聚各方力量实现办学目标的行动框架。在此基础上形成的办学特色与定位，就体现在办学的思想、目标定位、学科专业、人才培养等诸多方面。
根据国际教育标准分类和我国的实际情况，我们可以把中国高等学校划分为三种基本类型：一是综合性研究型大学（相当于5A1），它们遵循“本科（学士学位）→硕士（学位）→博士（学位）”的顺序提升其学习层次；二是多科性或单科性专业型（应用性）大学或学院（相当于5A2），它们依循“本科（学士学位或文凭）→专业硕士（学位或文凭）→专业博士（学位或文凭）或进入研究型博士”的学习阶梯；三是多科性或单科性职业技术型（或技能型）高校（相当于5B），它们走“专科（副学士学位或文凭）→职业本科（学士学位或文凭）→进入专业硕士”的培养阶梯。每一种类型都有重点高校，都可以办出自己的特色而成为国内（省内）知名、国际（国内）有影响的高校。这样，高等教育的发展就可以各就各位，避免大家都追随研究型大学的办学路子。
那么，独立学院的目标定位是什么呢？若按照前文所述的分类标准，按照学校主管单位行政等级分类，独立学院应该属于省属或地（市）属学校；若按照研究与教学的分类方法，独立学院应属于以本科教育为主的大学。可见，目前独立学院属于以本科教育为主的多科性或单科性专业型（应用性）大学或学院。它在学科专业、人才培养等方面与当前的普通高等学校和高等职业技术学校既有类似之处，也有区别。也因为如此，独立学院的发展定位常常与普通高等学校、高等职业技术学院的发展定位相混同。
首先，从独立学院与普通本科、高等职业技术学院的各项指标比较，可以看出，普通本科和高等职业技术学院是国家投资办学，受政府的直接干预程度较大；而独立学院是由社会组织或个人投资，资金由董事会管理，利用普通本科高校的教学和管理资源联合办学的新的办学模式，因此社会开放程度较高，国家只是起着宏观调控的作用。独立学院是市场经济的产物，办学机制灵活，其历史性包袱轻，体制运行新，这给独立学院本身发展的多元化、多样化提供了可能。
但与此同时，在当前高等教育机构中“重学轻术”、“重理论轻应用”的思想影响下，众多高等学校追求的是越来越单一化的发展目标。比如普通本科学校中许多单科性学院纷纷向“学科齐全”的多科性高等学校发展，并且追求成为学术性研究型大学，而高等职业学院则越来越以“专升本”为努力目标，甚至一经被批准升为学院，也开始追求成为学科齐全的学术性研究型大学。在这样的大环境下，独立学院作为具有较高起点的本科教育为主的学校，也从一开始就力求“上进”，甚至早早地就喊出了办成中国的哈佛大学的口号。虽然其志可嘉，但不顾主客观条件，互相攀比，造成当前独立学院定位不当，缺乏特色，发展方向似乎明确而实际模糊。这种定位不明、定位不当不仅不能促进独立学院的发展，还会导致独立学院与普通本科、职业技术学院发展目标与模式的趋同，影响其多元化、多样化发展。
其次，从办学机制和培养目标来看，由于现实办学条件和教学侧重点的不同，三类学校的办学机制和培养目标区别较为明显，具体表现在培养标准、就业取向、成功标准、职业定位的不同。普通高校由于普遍具有完备的学科体系和递进式层级式培养阶梯，加上长期形成的重科研与学术研究氛围，更多地将学生的培养目标定位于以学科体系为本的学术研究型人才，即使是本科人才的培养目标也是重理论基础的、宽口径人才。高等职业技术学院是培养高级的技术型实用人才，重视实用性基础知识和实际操作技能的应用。而许多独立学院经过几年的发展和调整，大多把未来的发展目标定位在实施本科教育、培养应用型人才的教学型学院。也就是说，独立学院无论从生源还是培养目标正处于普通本科与高等职业技术学院二者之间，虽然有普通本科高校的学科基础资源，却又是培养应用型人才为主，但是在对理论知识的掌握方面的要求又高于高等职业技术学院。这符合生源质量水平，也充分体现了面向市场的原则，在目前情况下不失为明智之举。但是这样的定位也使独立学院的分类与分层过于单一，似乎仅仅成为高等教育大众化的一个过渡产物，也不利于独立学院未来的多元化、多样化发展。人才培养特色对独立学院至关重要，是独立学院生存与发展的生命线，再次，从培养对象来看，独立学院在人才培养上没有针对自身特色进行定位，明晰其人才培养特色。一方面，独立学院的学生来源与其他种类的高校相比，具有一定的特殊性。独立学院招生对象在现行的高考招生体制下安排为三本录取，生源主要来自于一批未能进入公办本科高校而又希望接受本科教育的学生（其中包括一部分达到二本分数线的学生）。这一分数段的学生跨度非常大，加上独立学院是教育经费自筹，学费比普通公办学校有所提高，不少学生来自于相对比较富裕的家庭环境或来自于城市，独生子女也占有相当大的比例，而这样的孩子从小就容易有机会接受到各种各样的特长训练，个体差异特征显著，发展的多元取向更加显著。但是，大多数独立学院的教育方式和培养模式都是以母体高校普通本科培养方式为蓝本，在培养目标与方式上盲目追求与“二本”一致，教学计划全盘照搬，在直接套用的过程中还有诸多的不适应，更不用说探索出适应独立学院学生状况的“因材施教”的特色培养方式。这样，只会束缚独立学院学生的个性发展，使其逐渐丧失自身优势与特色，最终培养出的也将是母体高校的“克隆”产品或“次品”。另一方面，独立学院的管理者缺乏人才培养目标定位意识。不少管理者唯恐独立学院被指为人才培养质量差，影响母体学校的声誉，所以他们就以考研率、计算机等级考试和英语四、六级考试通过率等来佐证自己的人才培养质量不低，这些都体现了独立学院的培养目标定位不准确甚至是定位缺失。
可见，大多数独立学院在教育理念与人才培养模式上，仍然是移植母体高校的精英式、学术人才培养模式，在培养目标上也与母体高校基本雷同；在专业设置上，一般不缺乏一些低成本的“热门”或“短线”专业，结构单调，很少学院有自身的特色专业，或者说是品牌专业：在课程设置方面，绝大部分独立学院更是照搬母体高校的培养目标和专业教学计划，而没有根据自身的实际情况，构建符合学院实际和学生特点的课程体系；在教学内容与方法上，由于大量直接使用母体高校的师资队伍，因此进行高深专业知识教育的做法也不可避免地在独立学院中得到继承。
因此，对于独立学院来说，十几年的发展已经具备了基础和条件，有能力有必要明晰发展定位，办出特色，才能在竞争中获得长足而稳定的发展。
四、内生资源与管理体制的薄弱
管理体制是指管理机构的设置和管理权限划分等一整套管理制度体系和运作机制。从内容上，大学管理体制的基本设计包括组织设计制度、管理制度和工作制度等；从内外关系上，可以分为内部制度和外部制度。与制度相联系的还有两个概念，即“结构”与“机制”，结构是关于组织机构设置、隶属关系和权限划分等方面的体系和规定总称，反映制度静态的一面；而机制是系统内各构成要素之间的相互关系、作用和调节方式，反映制度动态的一面。
独立学院的管理体制与其他高等院校一样，都受到外部制度的影响，受到社会对其存在和发展规律的认识变化影响。因此，这里探讨和关注的不是其外部制度，而是在如政府管理制度、社会参与制度等外部制度的影响下形成的独立学院的内部管理体制，究竟形成了怎样的内部管理结构和运行机制，能否最大限度的利用外部资源，挖掘并生成其内生资源，从而实现可持续的发展。
独立学院的内部管理体制主要是指内部管理体系和内部管理制度，体系表现在机构设置及其相互关系上，制度表现为规章、规定、条例等。独立学院的内部管理体制是指学院内部领导体制、机构设置、职能分工、管理权限及其相互关系的根本性组织制度，包括董事会（理事会）议事规则、财务制度、学籍管理制度、教学制度、人事管理制度等。它也是与独立学院办学体制相联系的内部管理结构与过程的组织制度，体现了独立学院有特色的内部管理机构与人员地位作用、权责范围及相互关系，是学校内部带有整体性、全局性的制度，直接支配着学校的全部管理工作。
随着独立学院办学规模及办学时间的日益增长，其内部管理的脉络也日渐清晰，逐步建立起包括独立学院领导体制、人事制度、财务管理、教学与学生管理等各方面规章制度，并且在实际运作中不断加以完善。但是，与办学历史较长的普通本科高校甚至是与高等职业技术学院相比，独立学院在内生资源和管理体制方面还相当薄弱，有的完全依赖母体高校，根本没有掌握内部管理的主动权，徒有“独立”之名，显然违背了教育主管部门对独立学院的定义与要求；有的虽独立掌控内部管理，却照搬母体高校的管理体制，未能形成适合自身发展的内部管理体制；有的虽然在探索、实践中尝试建立自身的独特有效的内部管理体制，仍面临难以克服的巨大困难以及发展中的不平衡，直接体现在教学管理和教学基本建设两方面与普通高校的差距上，影响了独立学院办学水平和教育质量的提升。
（一）内部管理体制
1.管理机构设置：机构设置与责任划分不匹配
管理机构支撑着管理活动的有序进行。当前我国教育机构的内部管理体制多种多样，如“校长负责制”、“党委领导下的校长负责制”、“董事会领导下的校长负责制”、“校务委员会领导下的校长负责制”、“联合管理制”等等。教育机构内部的权力结构是由行政权力、学术权力和其他利益群体权利等多方面要素共同构成，不同的内部管理体制的设计和建构体现了各种教育组织内部权力结构及其利益，同时也遵循国家的相关法律和政策框架。
独立学院是按照民办机制运营的教育机构，举办者为国家机构之外的单位或个人，利用非财政性经费办学。因此，按照教育部《若干意见》规定，母体高校要对独立学院的教学和管理负责，并保证办学质量。独立学院必须受到母体高校大系统组织目标的制约，接受学校的宏观调控，尤其在教学、管理以及保证办学质量方面更是如此。但是，独立学院又不能简单地依靠母体高校或是投资方的现有资源，其发展也不能单纯地按照传统思维模式，而是要真正地面向市场，遵循“市场”和“教育”两方面的规律，要按照“经营”和“教学”双重管理活动来构建自身的组织框架，要按照《若干意见》的有关规定，在合作各方协商一致的基础上确定，其在内部管理机构的设置上，必须体现上述原则和需求。
但是，独立学院投资主体、集资方式和办学者的不同，直接影响着民办高校的管理体制和管理模式，目前我国独立学院的内部管理体制呈现多样化的特点，形成了“董事会领导下的校长负责制”、“主办单位指导下的校长负责制”、“校长主持下的校务委员会制”、“教职工代表大会基础上的校长负责制”、“校长负责制”和“党委领导下的校长负责制”等多种模式。这种多样性反映了民办高校董事会目前仍处于探索之中，组织形式各异，运作方式不一，取得的实际效果差异很大。
