拥有超高度科技的世界，十五年前由存在于这个世界的怪兽人偶，发生了实体化异常，爆发了超级太阳耀斑，各种实力强劲的怪兽纷纷出现。
由地球防卫队组建的xio，针对未知敌人的防卫部队，统称为吉奥队。保卫着这个世界。拥有将怪兽玩偶实体化的超高科技。
在吉奥队的总部，大家习以为常的过着平常的生活，一个黑发青年与一只长的像螃蟹的怪兽还有一个女科学家观察着哥莫拉人偶，这个黑发帅气的青年叫大地，同样也是艾克斯奥特曼，由艾克斯终端融合变身。因为十五年前的奥特耀斑，所以自己无法实体化，所以才把意识藏在大地与吉奥队员通讯的终端通讯仪里。
中午时间飞快的就到了，“我们去买煎饼果子吃吧”吉奥队员贵岛隼人满脸笑容的说道，说完，几个人围在一起开始石头剪刀布起来，开心的氛围弥漫着整个基地。突然，基地警报开始闪烁起来，N2-M3地区，大熊山里出现怪兽，B形态体长大约六十米，吉奥队一名女队员看着屏幕说道，一名男队员紧接着说道“马上掉出画面。”说完屏幕上出现了现场的画面，队长站了起来，说道“隼人，阿渡，立马驾驶空战马斯凯迪阻止怪兽入侵！其他队员立马驾驶阿拉米斯前往现场。”赶到现场后，一名队员看着怪兽辞海说道“火山怪鸟巴顿，不仅性格暴躁，嘴巴还能喷火，嘴巴也是个强力的武器。”说完空战马斯凯迪对巴顿进行着攻击，巴顿实力非常强劲，根本抵挡不住巴顿朝市区前进，巴顿张开翅膀飞到天空中，马斯凯迪在后面追击，刹那间，巴顿消失了，所有队员都在寻找着巴顿，突然巴顿从地底钻了出来，“在下面”隼人大声说道，但是巴顿速度太快，把马斯凯迪击落了下来。“大地，快融合吧，没时间了。”艾克斯在终端里说道，大地随身回答，“好，那就上吧！”将终端放到身前，按下终端按钮。终端迅速张开成x形状，弹出艾克斯玩偶，“艾克斯！”大地大声叫道，正在与艾克斯奥特曼融合，终端发出声音，一个胸前乘x形状能量灯的奥特战士出现在地面上，摆好战斗姿势，和巴顿纠缠了起来，但是巴顿的嘴是强力的武器，很快艾克斯就处于下风，基地内，“博士能不能将怪兽的嘴巴控制住”副队长说道，怪兽博士立马查看电脑说道“瞄准他嘴上的颊囊。”明日奈用火箭筒瞄准着怪兽，巴顿头三百六十度旋转一个火球差点击中明日奈。吉奥队在寻找着机会，找到机会一下就将巴顿的颊囊击破。大地将哥莫拉的卡插入到终端中“虚拟哥莫拉，正在载入”哥莫拉震动波，直接一套将巴顿打爆炸。
大地正准备变回原型，突然，一团黑雾在眼前冒了一下，一束激光直接就将艾克斯打出几十米远，基里艾洛德人二代，一个队员看着辞海说道，怪兽博士站了起来，说道：“什么，基里艾洛德…人，快提醒艾克斯小心，这个敌人很强。”艾克斯站了起来，摆好战斗姿势，基里艾洛德人变成力量形态，身体肌肉暴增，两人一个对拳，基里艾洛德人一手抓住艾克斯的手，一个过肩摔将艾克斯重重的摔在地上，用手臂的刀刃按着艾克斯，说道“愚蠢的人类”艾克斯胸前的计时器不停的闪烁筋疲力尽的躺在地上。
正当吉奥队们束手无策的时候，天空中出现一个黑洞，一束光芒穿梭而来，直逼基里艾洛德人，光芒在飞行中渐渐散去迪迦一个飞踢就将基里艾洛德人从艾克斯身上踢飞。回头看了一眼艾克斯，段小波心里着，“这是…，先不管了。”然后回过头来将女孩放在地面上，转过身看着基里艾洛德人，基地内，怪兽博士惊讶的说道“超古代战士，迪迦！他怎么会出现在这里！”迪迦摆好战斗姿势，基里艾洛德人很是生气，迪迦变成红色形态，一记重拳将基里艾洛德人打倒在地，就在迪迦准备释放迪拉修姆光流的时候，基里艾洛德人消失在一团黑雾中。
陆地上，女孩儿看着段小波战斗的身姿，心里想着“小波又变了。”
此时，正好明日奈小跑过来，朝着女孩儿喊到“这里很危险，快入避难，”说完就拉着女孩儿的手朝着阿拉米斯上跑去，段小波看到女孩儿又被带走，化成一束光束就变化成人形，追了上去，而大地责一脸懵逼的站在原地心里默念“刚刚那也是奥特战士吗，是敌还是友”。便解除融合变回了大地。
段小波一路跟着阿拉米斯，跟到了基地，基地很大，他在里面迷了路。自己不能再让她受到危险了。段小波瞎跑居然跑到了吉奥队的总部，队长看到这个陌生人，掏出了奥特手枪，对着段小波说道“你是什么人！”段小波没说话而是四处张望，副队长将队长的手枪压了下来。正当针锋相对的时候，明日奈带着女孩儿走了过来，段小波一个箭步冲过去，捏着女孩的手紧张的问道“蕊，你没事儿吧？”女孩儿笑着说“没事没事，这个姐姐特别好的”队长问道明日奈，他们俩是什么人，为什么会在这，段小波回头看了一眼队长，没有说话。明日奈把事情的经过解释了一遍，队长听了过后安排明日奈送段小波和女孩儿离开。
路上，女孩儿问道：“这是哪个世界？”段小波回答：“不管是哪个世界，我都要阻止另一个我的阴谋！”女孩儿点了点头，段小波继续说道：“别害怕，我会保护你的。”女孩儿笑着说：“嗯！我相信你。”。
