前已叙述，在佛教传入日本列岛伊始，虽然所谓的崇佛·排佛之争把佛和神置于对立的位置，但是从佛被称为“蕃神”（外来神）这一点可以看出，佛与神之间从一开始起就存在相互融合的可能性。律令制国家成立后，佛教成为镇护国家的宗教，佛与神同被放在护佑国家的位置上。另一方面，随着佛教在民间的广泛传播，佛与神有了更多的直接接触的机会。这些都为神佛融合提供了前提。
8世纪以后，各地开始出现神宫寺。所谓的神宫寺，是指设在神社近旁的、供奉神的寺院。成书于8世纪后半叶的《藤氏家传》中记载了位于越前国（今福井县）的气比神宫寺的由来：
改和铜八年为灵龟元年，公（藤原武智麻吕）尝梦遇一奇人，容貌非常。语曰：“公爱慕佛法，人神共知。幸为吾造寺，助济吾愿。吾因宿业，为神固久，今欲归依佛道修行福业，不得因缘，故来告之。”公疑是气比神，欲答不能而觉也。仍祈曰：“神人道别，隐显不同，未知昨夜梦中奇人是谁者，神若示验必为树寺。”於是神取优婆塞久米胜足置高木末，因称其验。公乃知实，遂树一寺。今在越前国神宫寺是也。
即，越前国的气比神某日托梦给藤原武智麻吕，表达欲脱离作为神的宿业，归依佛道的愿望；为此，藤原武智麻吕在越前国建立了神宫寺。毋庸说，上述记事中含有传说的成分，但是脱离神身、归依佛法的思想，在不少神宫寺建立的缘起中都有所体现。例如，位于若狭国（今福井县）的若狭比古神愿寺的缘起，养老年间（717—724），“疫疠屡发，病死者众，水旱失时，年谷不稔”，若狭比古神对和赤麻吕讬言：“我禀神身，苦恼甚深，思归依佛法，以免神道无果斯愿致灾害耳。汝能为吾修行者”；于是，和赤麻吕建道场、造佛像，号称神愿寺。又如，位于伊势国的多度神宫寺的缘起亦是与神讬言有关，根据延历20年（801）成书的《多度神宫寺伽蓝缘起并资财帐》，多度神宫寺由僧侣满愿于天平宝字七年（763）建立。其时，满愿禅师居住在多度神社以东的道场，敬造阿弥陀佛像，有人来称神讬言：“我多度神也。吾经久劫作重罪业，受神道报，今冀永为离神身，欲归依三宝。”于是，满愿禅师在多度神社所在的多度山的南边，建造小堂，供奉神像，称之为多度大菩萨。
为希望脱神归佛的神建立神宫寺的说法，实际上是僧侣们借助人们对神的信仰以达到传播佛法的目的，即在佛教的传播中融合了神祇信仰的因素。如，前述的若狭比古神愿寺是为“大神修行”；多度神宫寺则是“种种所修功德，先回施于多度大神，一切神等增益威光，永隆佛教，风雨顺序，五谷风稔”。
神佛的融合不仅体现在供奉神祇的神宫寺，而且还表现在欢喜佛法、守护佛法的诸神的出现。其中，最为有名的是宇佐八幡大神。宇佐八幡神是诞生于丰前国宇佐（今大分县宇佐市）地区的神，镇座于宇佐八幡宫。根据成立于承和十一年（844）的《宇佐八幡宫弥勒寺建立缘起》，由于祭祀宇佐八幡神的小山田社“其地狭溢”，神龟二年（725），始造宇佐八幡宫，同时在宇佐八幡宫之东建造弥勒禅院；天平三年（731），宇佐八幡宫正式成为官币社。天平十二年（740），藤原广嗣之乱时，朝廷派往九州平定反乱的大将军大野东人曾向宇佐八幡神祈愿胜利。翌年（741），为了感谢神的护佑，圣武朝廷不仅称宇佐八幡宫为“八幡神宫”，而且向宇佐八幡宫奉纳了“秘锦官一头，金字最胜王经、法花经各一部，度者十人，封户，马五疋”及“令造三重塔一区”。显然，从赋予神宫以佛典、三重塔、得度人数等来看，宇佐八幡神已被朝廷定义为欢喜佛法的神了。天平胜宝元年（749）十二月，宇佐八幡宫的神职——祢宜尼大神社女乘坐紫色轿，参拜东大寺的大佛，孝谦天皇、圣武太上天皇、光明皇太后一同前往；同时，朝廷还授予宇佐八幡神一品的品位，理由是在东大寺的大佛建造出现困难时，宇佐八幡神讬言：神我率领天神地祇佑助大佛造立完成。8世纪末，八幡大神被授予大菩萨称号，成为既是神又是佛的佛神——八幡大菩萨。
宇佐八幡神宫的周边也建有神宫寺，例如前述的弥勒禅院。天平十年（738），弥勒禅院移建至宇佐八幡宫的境域之内，成为八幡宫弥勒寺。根据弥勒寺建立由来的传说，天平九年（737），宇佐八幡神讬言：“我当来导师弥勒慈尊，欲崇，迁立伽蓝奉安慈尊，一夏九旬之间，每日奉拜慈尊者。”于是，依照大神的愿望，奏报朝廷，于翌年（738），将弥勒禅院移至宇佐八幡宫，由此弥勒寺成立。显而易见，八幡宫弥勒寺的由来传说，没有宣扬脱神归佛的思想，而是强调宇佐八幡神对佛的守护。因此，神佛融合的形态并非是单一化的，有些神宫寺甚至与神社无关，只是与自然神信仰相结合。
进入9世纪以后，神佛融合进一步发展。贞观元年（859）二月，朝廷派遣的奉币八幡大菩萨使前往宇佐八幡宫，奉纳币帛、财宝、神马，告知清和天皇即位。同年（859）四月，奈良大安寺的僧侣行教奉太政大臣藤原良房之命参拜宇佐八幡神宫，在八幡大菩萨前不停地诵读佛经3个月，行教返回平安京后，奏请朝廷，声称八幡大菩萨向他讬宣：“吾深感应汝之修善，敢不可忍忘，须近都移坐，镇护国家，汝可祈请者。”于是，朝廷下令在男山（位于今京都府西南部）造立六宇宝殿。翌年（860），宝殿造成，安置八幡神像，石清水八幡宫成立。在男山，原有一所寺院，名为石清水寺，佛堂面朝东向，石清水八幡宫成立后，朝东的佛堂被改造为面朝南向，寺名则更改为护国寺，成为石清水八幡宫的神宫寺。石清水八幡宫，在创建之时，没有设置神职，宫寺的事务由僧侣掌管，至贞观十八年（876），始置神主，但是实权依然掌握在僧侣的手中。此后，如同石清水八幡宫与护国寺一样的神社·寺院一体化的宫寺盛行，成为神佛融合的重要标志之一。
