拿破仑获得了军事上的胜利，但是，他并不满足，他要统治埃及，他要开始下令改革整个埃及。
他每到一处，都进行整个的政治改革，这种行政改革的经验也成为了后来他能够统治法国的一个原因。
开罗的16个行政区开始成立国务会议，并且以当地的贵族担任议员，而且每个区的会议要推选一名代表出席大国会议，由亲法的西和沙尔卡维先生担任会议主席。拿破仑授予国会一些司法权与行政权。他希望最终能让埃及权贵适应议会与整合理念。在大国会议开会的时候，氛围非常轻松，一名慕斯林历史学家还记载到：拿破仑兴高采烈，同聚集的人们融洽相处，和他们谈笑风生。
拿破仑还靠下令完成了下列任务：他开始添置一套完整的邮政体系，开始引入路灯，引入道路清洁，他在开罗和亚历山大之间安排了公共马车，他还设立了铸币厂，还规定了合理的税收制度，比起那种传统中世纪的敲诈勒索似的税收，有完善而健全的税收制度，会让农民很高兴。他还废除了当时的封建体系，让国务会议成为新的权力机关，并成立了一家完整的法国商业公司。他修建了近代的医院，他还在开罗印刷书籍。要知道，这些东西在埃及历史上都是第一次啊！拿破仑印刷的这些数还是三种语言的。
拿破仑非常骄傲地完成了一系列对埃及近代化的改革。在公元前332年，亚历山大大帝入侵埃及，参拜了埃及的神庙并进行了祷告。拿破仑认为这个举措是非常卓越的政治手段，这非常有助于统治埃及。从公元七世纪以来，埃及一直***教国家，所以拿破仑要做的就是结好当地的教会：慕斯林，尤其是***教的慕斯林。
但是，拿破仑过于自信了，以至于他浑然不知自己做的根本不足以博得信任。他还不如他当时称之为傻瓜的梅努将军。梅努将军为了彻底融入埃及，他开始迎娶埃及女子，改信***教，还取了一个中间名字：阿卜杜拉，几乎成了一个埃及本土居民。
20年后，有人问过拿破仑，他是否也曾经真心归顺过***教？拿破仑笑道说：“军人的信仰是战斗而不是宗教，我对此矢志不渝。其他宗教什么的都是女人和教士勾搭。用我自己的话来说，我到了哪个国家，我就信仰哪个国家的宗教。”
拿破仑对于宗教展现出了非常大的宽容以及尊重，他认为《古兰经》不仅是宗教作品，也是民事和政治方面的杰作，而《圣经》只宣讲道德这种空话。他欣赏慕斯林，欣赏***教在当时当地的统治方式。他本人不去侵犯他们的生活习惯，比如说一夫多妻制，他并不觉得这个事是值得他去侵犯的。他自己也说：“如果条件许可，男人们都更想娶各种风采女人。”
即使拿破仑不信仰任何宗教，但是他还是摆出一副改信***教的样子，还试图用法兰西科学家的科学去折服当地的宗教人士。然而，不管他怎么做，实际上效果都不太好。不管他如何尊重***教的意识、称呼、语言还是习惯，随后的慕斯林教会仍然宣布对埃及的法军发动圣战，这意味着他们以后的日子将不太好过。
拿破仑其实是不得已，或者说他也愿意去尊重***教，甚至说假意改姓，他享受这种装模作样的感觉，而那些***教的宗教首领们也喜欢。但是这种相互之间的尊重，也保证了拿破仑在一定程度上的成功，他不想遭受太多的当地人民的反抗。
就像之前的意大利战争中，拿破仑开动了他的宣传机器，大肆地为他去宣传，当然不免有点谎话连篇的感觉。其中有一个政论家的杂志报道说，当地人歌唱赞美诗称颂这位新亚历山大大帝。而埃及人发行的埃及邮报说，他就像穆罕默德的继承人一样平易近人。
有一天，他例行地去埃及各地到处转转，突然突发奇想，去攀登了大金字塔，观赏了斯芬克斯像。当然，这里一定要纠正一点：拿破仑并没有用炮兵轰掉斯芬克斯像的鼻子，那鼻子绝对只是由于风化而塌下来的，拿破仑不背这个锅。再说了，法国炮兵也从来没有奉命炮轰斯芬克斯像，想打也打不中啊，火炮也没什么准头的。
拿破仑还在那里与穆罕默德等三位伊玛目交谈。埃及当地的报纸也有这些公告，就记录了他们讲话。拿破仑谈话的核心就是表示对于***教的尊重，他们之间讨论关于金字塔发掘的事情（说白了就是盗墓）。拿破仑对这事儿表示非常愤怒，他说：“这是恶魔竹篮打水一场空，他们不但什么都得不到，灵魂也会堕入地狱。”第一位伊玛目：穆罕默德称赞道：“嗯，这是智慧之谈。”拿破仑还说：“我要向真主致敬，至今只有一位真神，而穆罕默德是他使者，而我一定是他在欧洲的友人。”这时候，另外一位伊玛目：苏莱曼也说：“向你致敬，你是无敌的将军，穆罕默德的宠儿。”拿破仑又称赞了古兰经，称赞了阿拉伯先知，称赞了穆罕默德，但是他提到：“首先我一定要消灭马穆鲁克，和埃及人一起结束他们的野蛮、压迫式的统治。”第三位伊玛目：易卜拉欣说：“希望胜利的天使为您的道路扫清尘埃，张开翅膀庇护你，真主会让毁灭天使跟您解放埃及的土地。”最令三位伊玛目震惊的是，这位将军竟然能大片地引用《古兰经》的誓言或者《古兰经》的片段。其实拿破仑在乘船抵达埃及之前，就已经认真阅读过阿拉伯相关的一些记载，以及《古兰经》和各种著作。他对于阿拉伯世界有一定了解，他可以非常熟练地运用当时埃及人的至圣：穆罕默德的名言。拿破仑的表现引起了那些伊玛目们的支持。三人中的苏莱曼不断地称道说：“拿破仑宽大仁厚。”
当时有三位埃及学者前来代表全埃及学者拜见拿破仑。这三位学者都是历史学家，分别叫做阿布德拉·赫曼·贾巴尔·提（我们简称为贾巴尔），第二位叫哈丰阿尔，第三位叫尼古拉·图尔克。
但是他们对于法国态度完全不一样。贾巴尔认为，侵略军是真主对马穆鲁克和土耳其人统治埃及所降的惩罚。他把法军看做新十字军，他毫不讳言地表达了自己对于法国先进科学技术的崇拜。他钦佩法军的武器、战术，以及医疗、科研等，而法国学者对埃及的历史、地理、文化也很感兴趣。贾巴尔自己也非常喜欢和法国学者来往，他佩服拿破仑这个人，他不讲排场。
但是哈丰阿尔认为拿破仑不讲信用，是一个野蛮的无神论者。拿破仑对于宗教的信仰，并没有真正使得埃及的高层人士容忍他的所作所为，或者说把他真正当做自己人。而且哈丰阿尔后来非常高兴，因为他们伟大的苏丹准备宣布要对异教徒（拿破仑）发动圣战。其实这个时候，法国人和埃及人还是有矛盾的，他们最大冲突不是在于他们的理想和宗教。诚然，法国大革命的教条和《古兰经》有非常多的矛盾，但实际上法国底层和埃及底层人们还是可以和睦相处的，但是近代化的法国文化和中世纪的第三文化之间有着严重冲突。但是贾巴尔还是说服了哈丰阿尔亲近法国人，哈丰阿尔之后还非常称赞法国人，说法国人修理工程时善待当地工匠。他还仔细地模仿了他们的化学和工程实验，对此大为惊叹。他还对于法国士兵在露天市场砍价失败的事觉得挺好玩儿的，他认为这些事儿就是为了赢得民心。但是有一件事儿让他非常讨厌，他说：“法国要企图违背***教律法，允许那些最低贱的科普特人、叙利亚人、东正教徒和犹太人骑马佩剑，这点让我很受不了。”这也不能怪拿破仑，因为毕竟当时的埃及是个等级森严的社会。不过哈丰阿尔还是站在了贾巴尔这边，支持拿破仑。
但是贾巴尔和哈丰阿尔的朋友哈桑阿塔正好相反。他很担心被埃及人作为通敌者，他拒绝了法国学者们的邀请，他不去参观法国的图书馆和实验室。但是，他还是对拿破仑抱以称赞的，他说：“拿破仑是个聪明幸运的人，他瘦小苍白，右臂比左臂长（他是怎么知道的？他量过吗？），他朴实无华，平易近人，要不是信仰不同，我很愿意成为他的密友。”
拿破仑取得了大部分埃及上层人士的支持，但是埃及老百姓对他的态度不一而足。有称赞的，有指责的，有喜欢的，也有反对的。但是不得不承认，这时候拿破仑控制着埃及。
可是，拿破仑的好日子很快结束。因为，他的海军出事儿了……
