阿布基尔海战结束了，这场战争导致法国的海军几乎全军覆没。
其实，这件事拿破仑是有安排的。他早就写信给布律埃斯伯爵，让他把舰队停靠在科基拉岛一带，海军在那儿更安全，同时还能威胁君士坦丁堡（或者可以叫土耳其的首都伊斯坦布尔）。但是，传令兵赶到时，阿布基尔湾的舰队已经全完了。
拿破仑听说此事后非常痛苦。但是他宽容地评价说：“即使布律埃斯在这场灾难中犯过错误，但是他光荣的牺牲，也足以弥补他之前的过失了。”
但可惜的是，这时拿破仑面临着一个很大的问题，但是他没有意识到。他给布律埃斯的遗孀写了一封诚挚的信，表达了他的悲痛。他说：“我深深地感受到了你的悲伤，永别爱人实在是太残忍了。我们的身体感受到深切痛苦的迸发，灵魂只是在扭曲一切的噩梦中与宇宙交心。”当然，这是拿破仑非常诗意的写法，我也没看懂是什么意思。
这封信他写完后估计也送不出去，这就是拿破仑要面临的麻烦：此时纳尔逊正在封锁埃及，拿破仑想外送信还是挺难的，这也意味着他与法国彻底断了联系。
要知道他此时心情也很坏，上个月他才知道约瑟芬给他戴绿帽子，此时又见到自己的战友、海军将军去世。他把自己心里的那种委屈，在信中发泄了出来。
当然，拿破仑也向督政府进行了汇报，但是他依旧篡改了数据。拿破仑说，他们一共才死了800人，是不足为虑的伤亡。但事实上法军这次死了2000多人，其中一大半都是“东方号”上的水手，同时还有1000多人受伤。法军这次绝对是惨败的一次。
但是，相比他个人的忧虑，拿破仑更忧心的是当时手下的士气以及整个埃及的动荡。因为这一次，阿布吉尔的灾难不仅切断了他跟法国联系，引发了他与法国国内的一种失联状态。更为重要的是，他的资金很困难，因为之前他从马耳他获得的六千万法郎就在“东方号”上，这一次全部沉到了大海中。
拿破仑此时主要的工作重心在于争取埃及当地民心，同时镇压当地叛乱。他给自己的参谋长贝尔蒂埃写了八封信，有一封就写道：要求贝尔蒂埃对于当地的叛乱要非常严厉地镇压。在反叛的达曼胡尔镇要杀鸡敬猴，包括将五个最具影响力的本地居民斩首，并且这五个人中至少得有一位律师。但是他一般会用鼓励和宽恕的手段来调和这种严厉的措施。
当时，开罗、罗塞塔、亚历山大港等地方的埃及总教头领：伊玛目们借口资金匮乏，政局不稳，不想庆祝至圣诞辰。但是正如法军将领德隆所说，他们的真实目的是想欺骗民众，让民众认为是法国人反对他们的宗教才没有庆祝至圣诞辰。拿破仑得知此事后，坚决负担一切费用，尽管他的手头非常紧，但是在8月20号，庆典照常揭幕。节庆期间挂悬彩灯，寺院里乐音飘飘，诗声朗朗，各种表演非常热闹。拿破仑当宣称他是穆罕默德最为尊贵的子民，但是在埃及人民中并没有起到什么作用。
同时，他还在埃及创立了埃及学院，任命法军学者：蒙日为院长，拿破仑则亲任副院长，学院总部位于开罗郊区，地址原是法老卡西姆的宫殿，这个宫殿足以安置他的图书馆、实验室、车间、古董藏品乃至野生动物园。
就在这时，德赛征服上埃及（即埃及南部）获胜回来了。各种石头或珍宝被他送到巴黎，罗塞塔和亚历山大只要能运走东西，它们都会被运到法国的卢浮宫。要知道，现在法国协和广场门口的方尖碑，就是从当时的埃及运过来的。
拿破仑为了防止土耳其人对其宣战，特地与土耳其大帝请求和约，但是失败了。就从这个时候开始，危机来了。
8月20号，也就是至圣诞辰庆祝的那一天，拿破仑听说一支土耳其军队在叙利亚集结，准备来袭，他需要前去迎敌。
当天晚上，开罗全城灯火通明，埃及人还在庆祝。借着“庆祝至圣诞辰”这一幌子，开罗居民突然爆发了起义——这是一次有预谋的内外勾结！他们想把拿破仑赶走。
次日上午，开罗城中大部分地区公开起义。法国驻埃及总督：多米尼克·迪皮埃将军在街上被埃及人一矛刺死。拿破仑的15名私人警卫也遇难，他们尸体甚至被丢去喂狗。这时候，跟拿破仑来的八名副官中四人被杀，两人受重伤。埃及人还弄沉尼罗河上不少的法国船只，导致支援部队只能步行。
埃及反叛者占据的开罗最大的寺院之一：大清真寺，并把它作为叛军总部。有人传谣言说，死去的迪皮埃实际是拿破仑本人。
这时候，更为恐怖的事情发生了：到底拿破仑是不是还活着，法国人也开始有流言。
此时，拿破仑要干的事便是恢复法国人的信心。他立刻上马，带了30名向导和近卫掷弹步兵团，浩浩荡荡地冲进了开罗。他用铁皮喇叭向所有人大喊：“我还活着，你们赶紧停止抵抗！”
平叛开始了。
开罗城的城墙有十英尺高，高高在上。拿破仑立刻下令占领城墙，居高临下攻击城市内的叛军。他还用八门火炮轰击敌军的临时要塞，炮轰了36个小时以上。之后，他毫不犹豫地把霰弹（即之前他平定保王党叛乱时用的霰弹）射入当时作为总部的大清真寺内，之后让步兵猛攻寺院并破坏了它。
2000多名反叛者战死，更多人被处死。拿破仑下令把抓到所有的武装反叛者斩首，并抛入尼罗河。尸体随河漂流以来恐吓其余的埃及人。叛乱者的脑袋被装进口袋里，运到了开罗中央的大广场。拿破仑要用敌人脑袋筑成一座山来威吓敌人，展示武功。这种恐惧是无以言表的。但是，必须承认一点，这招很管用，很长时间内保证了埃及的安定。这也没办法，他不得不用严刑酷法来保证法国人在埃及的安全。
但是，别忘了，这不是普通的叛乱，而是有预谋的内外勾结。土耳其的大军，正在从叙利亚来的路上呢……
