丘逢甲从小就确立了爱国忧民的思想和以天下为己任的大志。26岁时，丘逢甲考中进士，弃官回台，锐意桑梓教育，先后在几个书院讲学，宣传维新，影响很大。中日甲午战争后，丘逢甲归返大陆，痛定思痛，从切身的体会中更加认识到搞好教育，培养和造就人才的重要，再次走上育才救国的艰难征途。丘逢甲内渡17年，不辞劳苦，长期奔波于潮、嘉、穗等地，积极倡导新式教育，主持创办过多所学校，其中以“岭东同文学堂”最为著名。丘逢甲培养了数以百计的有用人才，建树颇丰，为近代中国教育事业作出了卓越的贡献。他的教育思想也成为近代教育史上一份宝贵的遗产。
19世纪晚期，中华民族危机日益严重，帝国主义瓜分殖民地斗争激烈，我国领土成了帝国主义瓜分的对象。台湾孤悬海外，为我国东南七省门户，各国无不垂涎。在这种背景下，丘逢甲痛感民族、国家祸患重重，日益关心中外事变。他接触了西方文化，“慨然有维新之志”，“毅然以天下为已任，恒为大吏陈国家大计”。他虽然中了进士，被任命为工部主事，但他深感清王朝腐败无能，无意做官。他认为不如“专意养士讲学，或为民间仗义兴笔，反有意义”。于是在光绪帝接见后，他即告假归台省亲。回到台湾后，福建省台澎道唐景崧对他很赏识，请他出来做官，被他谢绝，他只允任《台湾通志》采访师。1889年丘逢甲开始走上教育生涯，任台中衡文书院主讲，同时在新竹五峰乡创办山庄书院，不久又任台南府罗山书院、嘉义府崇文书院的主讲。他讲的是新学，要学生在课余，勤读报章，关心国事，激发他们的爱国感情和民族意识。
正当丘逢甲在台湾发展教育时，中日甲午战争爆发，清朝战败，中日签订割让台湾的《马关条约》。消息传来，全国哗然。丘逢甲愤然召集台湾乡绅联合致电清政府抗争，要求清廷废约抗战，保卫国土，但无效。激于义愤，他倾尽家资，在清政府不顾台湾人民死活、台湾人民无主可依的情况下组织和率领台湾健儿，组成五万余人的抗日护台大军，与日寇浴血奋战。他与道员林朝栋协守台中，他们于新竹一带与日寇血战20余昼夜，在牺牲的将领中有不少是他的学生，如姜绍祖、丘国霖、徐骧、吴汤光等烈士。经过浴血奋战，终因弹尽粮绝，丘逢甲于同年7月底，在部将劝谏下，乃挥泪内渡大陆，归返祖籍广东镇平县文福乡淡定村。回乡后他筑念台精舍培栽后进，把全部精力投入了教育事业中。
丘逢甲在劫后余生回到家乡后，痛定思痛，认为抗日护台失败的主要原因，在于人民缺乏应有的教育，不懂什么是国家、民族利益及其与自身的关系。他在1900年与另一革命志士唐才常会面时曾谈到台湾抗日失败的教训，他说，当时“台南北留下壮勇，不下四五万；台中义军虽属新募，犹肯死战。乃彼久练之兵，一与遇敌，土崩瓦解，真令人不胜愤懑，以后革命必先练学生军乎？”他深刻认识到不造就一批具有爱国革命思想的新军，就不足以使革命成功。这也是他归返大陆后大力倡导教育，创办新学，开发民智的主导思想。
丘逢甲内渡后于1897年应潮州地方官之聘，出任韩山书院院长，从此重又踏上“育才救国”的道路。在韩山书院他提倡新学，着重介绍西方学说以启民智，但遭旧势力的反对，辞职离去。
1898年至1899年冬，丘逢甲主讲于潮阳县东山书院、澄海县景韩书院，仍以新学保士。在连年讲学活动中，他认识到旧式书院不能很好灌输新知识，若想造就能振兴国势的人才，就必须创办新学。于是他约同好友共同创办了东文学堂。不久，八国联军攻入北京。为了救国救民，丘逢甲加速了创办新学的步伐，1901年春，他联络了粤东开明士绅，在广东汕头创办了岭东同文学堂。该学堂模仿天津北洋学堂分班教学的做法，除聘中文教员外，还聘请了在汕头的英、日籍学者以及归国留学生为教师，课程设有经、史，还开设了算学、物理、化学、生理卫生、外语（日、英文），还有“兵式体操”。学堂坚持“取欧西法教育青年，以维新鼓舞士气”，来学青年不少是倾向新思想、要求革命的青年。
丘逢甲在《缘起》一文中指出办岭东同文学堂的主旨。他说：“西人已以学强其国，于是侵凌远东。日本志士，相与奋发，不三十年亦遂以学强其国。而在东方，土地、人民十倍于日本之中国，乃鄙夷西学不屑道，以驯致以贫弱而危亡。”他办同文学堂，就是为了尽速地通晓日本维新之道和西方的学术，他认为“学西文非十年不能道，学日文则一年而可成”，“且西人有用之书，东人多译之”，“为求其速效，不能不先借径东文，此本堂之宗旨也”。
丘逢甲在岭东办学，不过十余年，就见效果，“岭东民气蓬勃奋发，国民军起，凡光复郡县，莫不有岭东人参与其间，皆此校倡导之力”。
除了在岭东办学之外，丘逢甲还在广东各地办学。为培养小学教师他办了“镇平初级师范讲习所”，还办了不少小学、中学，“单以创兆名校之丘氏族学，闽粤之间不下十数”。
丘逢甲在内渡大陆后数年间，致力于办新学，取得了显著的成绩，成为广东省乃至全国有声望的教育家。1906年他被两广总督聘为学务处视学，及广府中学堂与商业学校监督（校长），1908年又被教育界同仁公推为广东省教育总会会长。
他的教育思想主要体现在以下几个方面：
1.兴教育为救国。丘逢甲毕生献身于开发民智、培植人才的教育救国事业，是以他强烈的爱国主义思想作为基础的。可以说，丘逢甲一生的教育活动都与救国强国的远大目标紧密联系在一起。他认为民力的强弱与民智的高低是判定一个国家强弱的标准，而兴学校，启民智，育人才是强国的关键。“国何以强？其民之智强之也；国何以弱？其民之愚弱之也。”“西人已以学强其国”，故“欲强中国必以兴起人才为先；欲兴起人才必以广开学堂为本”。兴教救国不仅是丘逢甲教育思想的核心，也是他坚持不懈从事教育事业的动力。
2.反对封建旧学，锐意创办新学。封建科举制度与旧文化愚弄和禁锢着人们的思想。丘逢甲坚信要开民智、育人才，必须废除封建科举制度，创办新学。
丘逢甲早年在台湾讲学时，就感于括帖之无用，不能匡世济弊，培植人才。于是他着重讲授历史事态，要求学生关心国事，勤阅报章，密切注视西方列强对中国的阴谋，而毋为科举所累。内渡大陆初期，丘逢甲在韩山书院讲学，他坚持以实学训士，以时务、策论、诗、古文辞课士，摒弃八股试帖，并开岭东新学先河。但他仍感以书院旧制，新知识灌输有所未尽，毅然退出书院，致力于创办新学。丘逢甲抵制住地方封建保守势力的攻击，克服极度缺乏人员物资的困难，通过自办、鼓励别人办、派得力门生到各地活动等各种形式，先后劝办学校以百数，大大促进了韩江上下游教育事业的发展。
在丘逢甲创办的学校中，尤其值得称道的是他于1901年创办的“岭东同文学堂”。由于它能开风气之先，注意教学的改进，善于奖诱和汲引学生，许多有志富国强兵的青年纷纷到这里求学，并取得显著成绩，成为立志改革的新人。这所学堂在近代教育史上的地位足以和当时康有为在广州创设的“万木草堂”以及梁启超、谭嗣同在长沙创设的“时务学堂”相媲美。
随着学堂的大量兴办，师资力量明显不足，丘逢甲认识到设立师范学堂，培养教师乃是兴新学、培养人才的重要前提。1904年至1906年他先后创办了镇平师范学堂和员山创兆学堂附设师范传习所，专门为闽赣两省地方培养小学师资，在促进这些地区的教育兴盛方面发挥了不小的作用。
不仅如此，丘逢甲在倡议兴办女学方面也做了一定的工作。“吾国旧而不化而求新以自振，胥男子，女子而学焉是也。”1909年，他作为粤省咨议局副议长，参与咨议局所做出的关于振兴教育事业的九宗议案中，就有一项关于“振兴女子小学”的议案。在中国传统男尊女卑思想的压制下，这项议案对女学的发展起了一定的促进作用。
3.中学为体，西学为用，改革教学内容。丘逢甲虽然反对封建科举制度和旧文化，但不排斥中华民族的优秀文化传统。他主张重视“国学”，此外还提倡学习西方的“有用之学”。
丘逢甲在阐述岭东同文学堂办学宗旨时明确宣称：“国之强弱，民之智愚，关键是视其学有用无用。”与此相适应，在同文学堂开设了许多新式课程，包括物理、化学、生理卫生和算学等从西方引进的自然科学。其中，丘逢甲最重视算学，他认为“算学所用最广，天文、地理、历律、兵、法、制器，一切测量之法、绘图之法，莫不根于算。”
为了适应革命形势的需要，求军学以为国备，同文学堂还特设兵式体操课，聘请留学英美的毕业生及日本“东亚同文会”的退伍军官为教员。学生每次练兵操，丘逢甲都亲临督课。
同文学堂非常重视外语的学习。丘逢甲认为包括日语、英文在内的外语，是学习外国科技知识的工具，不但要学，而且必须学好。
在闭关锁国，只偏重文科的中国封建社会，这些新式课程无疑为青年人开辟了一条接触西方先进科学技术和民主思想的渠道。
4.积极改进教学方法。在平常的教育和教学过程中，丘逢甲非常重视培养学生独立思考和分析的能力，调动学生学习的主动性。为了活跃学术气氛，更好地实现因材施教，同文学堂实行“分班教授，而学生外另设一班，曰讲习班。凡未为学生而愿与本堂切磋者，均可先行挂号，时到堂中，研究一切”。对于教师，丘逢甲要求他们不仅要博学，还要做到四个心明，即对教学内容的心明；对与教学内容相应的教学方法的心明；对学生的能力和程度的心明；对教育效果的心明。只有做到这些，才能实现教育目的，不断提高教育效率。在当时，丘逢甲能提出这样难能可贵的进步观点，与他长期进行教育改革实践，不断摸索总结是分不开的。
丘逢甲经常教导学生要抛弃传统的读死书、死读书的陋习，要求他们明确学习的目的是为了报效民族和国家，“况当兹国危民困，我望汝辈树捍卫国家民族之勋业耳，不望汝辈只做博士也”。
在教学实践中，丘逢甲经常采用下述教学方法：（一）循序渐进，由浅入深。他说一个人要学到很多知识，只能是量力渐进而不是平步登楼。《同文学堂章程》规定：“在堂诸生多在25岁以下者，所出之题，皆浅而解者”，学习“当编定功课，每日何时读何书，日日不辍”。
（二）多疑善问，勤于思考。丘逢甲主张学生要肯动脑筋，努力钻研问题，有自己独特的见解。学生“每日课程但随所看之书有不能尽解者，可相质问”。
（三）重视自学，学思结合。丘逢甲要求学生写读书笔记，规定“看书时心有所得或有所疑，随意书之”，还要求他们“读而未晓则思，思而未晓则读，反复玩味，久之必有自得”。
丘逢甲所实施的教育和教学方法，反映了一定的客观规律，具有一定的科学性和参考价值。
有人用“读书之外无嗜好，教育之外无事业”来评述丘逢甲的一生，颇为恰当。他为国兴教育才的主张与实践符合当时社会的发展趋势，指出了近代教育的发展方向。为了解决民族危机，富国强国，他不惜艰苦奋斗一生，任劳任怨地兴学育才。丘逢甲满怀炽热的爱国热情和坚持不懈的工作精神，在潮汕地区积极兴办新式教育，培养造就了一大批爱国志士，对当时和以后革命形势的发展，都产生了相当大的影响，客观上为孙中山领导的资产阶级民主革命的兴起和发展准备了一定的条件。
丘逢甲的祖先本是中原人，为躲避战乱而南迁，在宋朝时迁居于福建邵武、宁化、上杭一带。上杭开基第八世丘梦龙，是南宋著名理学家朱熹的再传弟子，对理学很有研究。丘梦龙之子丘文兴随文天祥起兵抗元；文天祥兵败被俘后，丘文兴举家再移居广东梅州石窟（明镇平县，今蕉岭），以丘梦龙为镇平开基祖。丘文兴后改名创兆，在蕉岭建“相公祠”和“宋思亭”，祭祀英雄文天祥。这些丘氏先祖忠爱国家，历史文化与抵抗异族入侵的光荣事迹，后来成为丘逢甲的文化意识渊源。
丘逢甲在青少年时代即撰有《读作》，对岳飞精忠报国的事项，深表景仰。他并写有许多讴颂岳飞、文天祥的诗文，以这些客家先贤的文化意识与爱国志节自励，并想效法以往圣先贤恭忠体国的胸怀与志节。
清朝乾隆中叶，丘逢甲的曾祖父丘仕俊随着广东省镇平地区的客家乡亲，不顾险峻，渡海来台，谋生定居。当时台湾西部平原大都已被福佬人开垦定居，丘仕俊遂到东势角（今东势）落脚，展开丘氏家族来台垦地发展之历史。传了两代之后，到了丘逢甲的父亲丘龙章，放弃学习祖父之家传武学，转习文事，寒窗苦读十余年。原来清朝统治台湾之后，重文教兴儒学之风并未随明郑之灭亡而趋于寂灭，在科举考试制度下，台湾学子对功名之热衷有增而无减，加上官方有意及有计划的提倡，使得儒学大为兴盛。透过学校教育与民间的提倡，官学与民间儒学并起，官学则有中央的国子监，地方则有府、州、县、厅等，这些统称为儒学。台湾在清领时期，文化与教育事业蓬勃发展，许多客家人一仍旧贯，重视文教，努力传承客家意识与文化，对于儒家学术与知识的启蒙，为学与做人的熏陶等方面，可说十分重视。清康熙时期，蓝鼎元即指出朝廷应在台湾“多设义学，振兴教化。集诸生讲明正学，使知读书立品，共勉为忠教礼让之士。”在历任的驻台各级官吏眼中，除官学外，小至穷乡僻壤皆有设立义学，奖励后进并照顾贫寒子弟，透过对经典的阅读与实践，明白义理能移风易俗，是他们治绩的表征。因此官方在台湾设立初级学校，除为培养人才外，教化百姓也是官方设学的宗旨。学校本来就有教化的功能，透过教育来化民成俗，达到风俗善良，社会安定，这是为政的目标，也促进了台湾人注重文教风气的形成。
