电子显微镜是一种利用电场和磁场来控制电子束以代替光线的显微镜。它是由一个电子源和几组电磁透镜组成。电子源发出的电子通过聚光镜聚成电子束射到标本上，物镜把透过标本的电子聚焦成像，然后再经过中间的一些透镜将影像连续放大，最后在荧光屏上得到高度放大的图像或使胶片感光制成电子显微照片。
电子显微镜能够把物体放大几十万倍甚至百万倍以上，这样就能使各种在光学显微镜下看不见的极小物体如病毒、单个分子、原子以及金属材料的晶格结构等可以直接被“看”到了。
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