1646年八月，在陆续平定了浙江，江西的抗清势力后，清王朝以贝勒博洛为主帅，大举进攻福建。在这次进兵前，清政府在“隐蔽战线”上取得了重大战果，利用同为福建人的洪承畴写信，成功劝降了郑芝龙，清政府给郑芝龙的许诺，主要有两条，一是他在清王朝的官位，绝对会比现在高。甚至拿吴三桂，耿静忠之流做例子“许以破闽为王”，二是保证郑芝龙的商业利益，尤其是对外贸易的利益。价码如此之高，郑芝龙决心“卖”了，他先是允诺清朝，等到清军南下的时候，他会尽可能撤出沿途关隘，给清军打开方便之门。八月，清军的进攻正式开始，当时福建与外界的主要关口，是仙霞关，杉关，分水关，号称福建“三关”，只要守住这三个易守难攻的要地，就是百万清军也进步来，结果郑芝龙大手一挥：放进来！还没等着清军进攻，这三关的守军，就跑的跑降的降，之后清军长驱直入，所过之处，郑芝龙的军队不是避而不战，就是就地投诚，基本算是“打假球”。
郑芝龙打假球，隆武帝是管不了的，但危急之下，他还是要最后一搏，其中办法之一，就是命令郑成功火速率军到分水关迎战，郑成功倒也听命，得令后日夜兼程赶赴前线，但铁心卖国的郑芝龙，干脆连儿子也一起卖，他立刻下令停发了郑成功部的粮饷，结果这支军队在半路上就尽数逃散，只留了郑成功光杆司令，率残兵返回安平。
郑芝龙打假球的结果，就是他的兵尽数都撤到了福建沿海他的老窝地带，而可怜被软禁在延平的隆武帝，这下几乎就是被扔在那里等清兵抓了。危急局势下，隆武帝做出了最后的努力，他一面致书郑成功，请他火速派兵救援，一面集结了自己能集结的几千兵马，打算一举冲出福建，到江西赣州地区发展，值得一提的是，当时赣州地区，也正在进行着惨烈的赣州会战，明清双方数万大军在此拉锯，如果隆武帝能来到赣州，以他“天子”的地位号令群雄，很可能就扭转局势。但人算不如天算，火速救援的郑成功，半路被清军截击，一番恶战后不得不撤退。而一心要冲出福建的隆武帝，也最终在福建丁州被俘，并最终绝食死于清军监狱。九月十九日，清军攻破南明隆武政权首府福州，一度是南中国抗清希望的隆武政权，随着隆武帝的就义而灭亡了。
隆武政权的灭亡，让郑成功尤其激动，从整个事态的发展看，傻子也能看出来父亲郑芝龙要干什么，郑成功不是傻子，所以他气呼呼的找郑芝龙理论。大势如此，郑芝龙也不隐瞒，大摇大摆的承认自己准备“卖”了。这时候清朝博洛贝勒统帅的大军，已经进抵泉州，就在郑芝龙的眼皮底下，意思很明确：不投降我就打！所以虽然知道郑成功忠义，郑芝龙却不慌张：现在大敌当前，整个家族的老少爷们都在这里，不投降也得投降，投降还可以谈条件，不降是死路，你还能怎么地。
可他着实低估了自己儿子的决心。爷俩见面以后，先是理论，从大势，时务说道家族命运，郑芝龙认为，投降了以后，要什么有什么，反正以前也投降过，不吃亏。郑成功却认为，福建地理位置重要，投降了等于拱手让人，而且到时候你本钱全没了，人家还跟你谈什么条件？理论了半天说不到一起去，就开始吵！吵到最后就动手，郑成功哭着愤然拽住郑芝龙的袖子，跪下来苦苦劝，郑芝龙也急了，甩手一巴掌把郑成功打到一边，当场拂袖而去。
不过在郑芝龙看来，和儿子闹的这一场，不过是个小事情。在他眼里的郑成功，还只是个从小读四书五经长大，乳臭未干的娃娃。肩不能挑手不能提，就算你忠君爱国，可现在皇帝都让人抓了，你还忠个头，所谓流泪哭劝，誓死不降，不过是小娃娃使性子，过两天就好了。
但郑芝龙没有想到的是，就在他在儿子面前拂袖而去的那一刻，望着他渐行渐远的背影，擦干眼泪的儿子，脑海里早已经升腾起一个古老的信念：自古忠孝难两全！
虽然“难两全”，但怎么处理和父亲的关系，对从小仁孝的郑成功来说，还是非常纠结的。生养自己长大的父亲，不是说翻脸就能翻脸的。但一件意外事情的发生，却让他不得不翻脸了：和郑成功吵完后，郑芝龙也很生气，回到大营后，就给自己的亲弟弟郑鸿逵说了一句话，大体就是说，这小子要是再闹，我就把他绑到清营去当人质，既能表忠心又不让他添乱，这不是一举两得吗？
但郑芝龙没想到的是，自己的这位弟弟，和他也不是一条心。在他的众兄弟里，郑鸿逵是中过武进士的，崇祯年间就干过锦衣卫，又兼眼光独特，是郑家老一辈里少有的明白人。听了郑芝龙的话，郑鸿逵二话不说，转头就找了郑成功，将郑芝龙的话原封不动转告了。这还了得，郑成功急忙集合部将，拔马逃跑。
逃跑这种事，当年郑芝龙也干过，在日本招呼都不打一声，跟着就开溜，老婆孩子全扔了。但相比起来，郑成功却跑的很负责任。和老婆孩子以及母亲都打了招呼，本来是想躲躲风头，但郑成功的老婆董酉姑更有决心，抱着孩子收拾行李，说一家人要死就死在一起。在郑鸿逵的帮助下，他们一家人成功离开了安平，来到金门一带暂且栖身。至于母亲田川氏，各种史料里没有记录母子话别时候的对话，但对于郑成功来说，这应该是只有他自己知道的，一生最刻骨铭心的一段记忆：这场匆匆的逃跑，却是娘俩之间的永别。
郑成功的逃跑，让郑芝龙很恼火。还没投降儿子就跑了，毕竟是件很没面子的事情，更重要的是，对于降清的决定，本来郑家上下意见就不统一，这下可做出榜样了。放走郑成功的郑鸿逵，也曾多次劝阻郑芝龙。但这时候的郑芝龙，已经吃了秤砣铁了心，外加还是没拿郑成功当盘菜，总觉得小孩子使性子，过几天就好了，因此又像模像样的给郑成功写了封信，谆谆教诲儿子要听话，过两天郑成功回信了，信中有一段斩钉截铁的话：从来父教子以忠，未闻教子以贰。意思很明确：是做叛徒还是做我爹，你只能选一个。
郑芝龙选做叛徒。
十一月十五日，铁心投降的郑芝龙不顾众将劝阻，仅带五百亲兵至福州会见清朝元帅博洛，商讨投降事宜。博洛给郑芝龙举行了盛大的欢迎仪式，亲率文武官员在福州郊外迎接，郑芝龙的车马一到，博洛亲自迎上前去，挽着郑芝龙的手走下来。如此推心置腹，可把郑芝龙感动坏了。他当时检讨自己拥立朱聿键即位，对抗清政府的罪过。博洛则很豁达的说：那都是过去的事情了，以后还要同心协力，共为大清效力嘛。
仪式很隆重，场面很亲热，会晤很成功，至于结果……
从十一月十五日至十七日，郑芝龙每天都得到热情款待，成日宴会不断。胡吃海塞到十七日深夜，郑芝龙突然被博洛从驿馆里叫起来，连同他的五百亲兵都一道给看住了：圣旨说让我立刻回京，跟我一起走吧！
郑芝龙这才明白：上当了，饶是他算盘打的精，现在却被人当猴耍。什么进京面圣，不过就是找机会软禁你。逮着了你，你的十几万大军也就群龙无首，消灭起来还不容易？至于什么入闽为王，封官许愿，也都是空头支票。事到如今，你郑芝龙已经是人家案板上的肉了。
威风了一辈子的郑芝龙，这下算是彻底栽了。曾经啸傲东海的他，此时终于露出了熊包本色，先是可怜巴巴的请求说，我的部将没有我，会做乱的，放我回去吧。见清政府不理他，就干脆逆来顺受，清政府让他写信劝降，他就写，封王闽省算是没指望了，保命要紧。在他的“逆来顺受”下，郑家海商集团的主力军队，包括施天福，洪齐山，黄庭等人都放下武器，之后几日，清政府累计招降郑家主力军队达十一万五千人，曾经称霸东海的郑家大军，一夜之间就全数玩完了。
当然还是有几个不听招呼的，比如郑鸿逵就提前把兵带走，和郑成功一道盘踞在金门，郑彩盘踞在厦门，郑彩盘踞在南澳，不过在清政府看来，这些都是小威胁，不足为患。
确认只剩下“小威胁”的清政府，也干脆撕破脸了，原先还尊重一下郑芝龙，现在也不用尊重了，这个人能力太强，威胁太大，斩草，就要除根。顺治三年十一月三十日，郑芝龙还在押解去北京的路上，清王朝就悍然对郑芝龙的老窝动手了，清军突袭南平，因郑家毫无防备，以致南平全境倍遭屠戮，郑芝龙乃至郑家部将留在南平的家小，几乎被杀戮一空，清军在当地大肆烧杀，奸淫掳掠不恶不作。而郑成功的母亲田川氏，也在这场劫难中遇害。
田川氏的死因，史料上有多种说法，最可信的，却应该是江日升《台湾外记》中的记录：清军由前明将领韩岱率军到安平劫掠，大难之下，田川氏手持利剑，站在郑府大院中央，旁人全她赶快逃跑，她却充耳不闻，清军破门而入时，但见她愤然挥刃，切腹自尽。这是一个刚烈的母亲，用她毅然的牺牲，给儿子上的最后一刻：坚持到底，宁死不降。
田川氏很刚烈，但郑家男人的表现，却相当懦夫，南平周围不是没有兵马驻守，特别是驻扎南澳的郑芝龙之弟郑芝豹，郑芝鹏等人，事发前提前得到消息，却一不通知二不救援，只是慌忙把自己的财产家小卷走逃难，全然不顾别人死活。事后又卖身投靠，步着郑芝龙的后尘降清。得到消息的郑成功紧赶慢赶，从浯屿率军救援，但等他杀散清兵，赶到南平时，却只见得全城满地的死尸，烧杀后的断壁残垣，还有惨死的母亲……
这是郑成功人生中最悲痛欲绝，也是最重要的一场别离，之前的他，虽然忠心为国，宁死不降，但对于家族，尤其是父亲的海商集团，尚怀有幻想，即使是为了抗拒降清，栖身金门，在与父亲的书信往来中，仍不忘了以忠孝大义劝父亲悔悟，但是从此刻起，一切就都不存在了，不再有父子亲情，不再心存幻想，国恨家仇，让清王朝和卖身投靠的父亲，都是不共戴天的死敌。对于他的一生来说，这是一场最彻底的告别。
在厚葬了母亲之后，郑成功还做了一件骇人听闻的事情，以这件事情，来完成这场最彻底的告别。
他穿上自己在南京国子监读书时曾经穿过的儒巾蓝衫，来到自己曾经读书过的南安文庙。那是他儒生生涯里非常记忆犹新的地方，十五年前他在日本开蒙学的时候，母亲用粗浅的汉语，一个字一个字告诉他这些圣人的名字，勉励他将来要像他们一样。七年前他考取秀才的时候，就曾在这里拜领儒服，面对满屋儒家圣人的雕塑，立下匡扶社稷，忠心为国的誓言。
七年后的此时，物是，人已非，繁华的家乡，已是断壁残垣，开蒙学的母亲，早已阴阳相隔。锦绣文章，在兵与火的战乱中不过废纸一张，圣人教诲，更救不了这灾难深重的国。青香绕饶间，二十二岁的郑成功一字一泪，对着那一排排曾经心向往之的圣人牌位，说出了自己从此奋斗终生的誓言。
昔为儒生，今为孤臣，向背去留，各有所用，请先师谅鉴。
然后，他当众手持火把，脱下儒服，在圣人的灵像前缓缓点燃，烈烈火焰中，满面的泪水渐渐烘干，青衣蓝巾，已然换成精钢铁甲，青峰宝剑。这之后，不再有忧怀国事，吟诗弄月。只有金戈铁马，征战杀伐。
配甲，上马，出征。
清朝顺治三年十二月初一，也就是南平浩劫后的第三天，就在清朝征南元帅博洛，在奏折里得意洋洋的向清政府汇报说“海贼尽平，东南从此无事”时，二十二岁的郑成功，在金门烈屿誓师抗清。这之前，他是儒生郑成功，这之后，他是军人郑成功。
