偏偏进了1649年，福建沿海横遭天灾，粮食减产严重，几乎到了“斗米千钱”的地步，拿钱都买不到粮食。而这时期，也是郑成功在战场上连战连捷的时候，从是年正月开始，郑成功先以施琅为将，率军攻克漳浦，这是郑成功自起兵以来，攻克的第一块大陆根据地。之后又攻克了云霄镇，在经过数年海岛蛰伏后，他的触角终于在大陆开始扩展了，却偏偏此时，粮食问题拖了后腿，之后与清军的几次战斗，皆因为粮食供应不利而退兵。困境之下，一心恢复的郑成功，却干出了一件自断臂膀的错事：南攻潮州。
潮州，是当时东南地区的粮仓，此地物产丰富，储粮充足，按照当时清王朝福建总督陈锦的估算，该城的储量，足够养活十万大军，虽略有夸张，但养活郑成功是没问题的，但问题是，此时的潮州，是南明永历王朝的地盘。
郑成功要攻潮州，首先是因为私怨，此时镇守潮州的守将，是南明重臣李成栋的亲信郝尚九，这个李成栋算是郑成功的“老熟人”了，他本是农民军的一员，后来投奔了弘光政权，弘光政权败亡后，又投降了清王朝，做了清王朝平灭隆武政权的急先锋，后来因为内部矛盾，又和清朝翻了脸，摇身一变成了南明永历政权的重臣，对这样的人物，郑成功自然是向来鄙视的，双方摩擦不断。作为李成栋的亲信，又是郑成功的邻居，郝尚九自然也和郑成功不对付，郑成功在与清军作战时，曾多次遣使，向郝尚九讨粮，皆被他拒绝，最后激的郑成功大怒：你不给，那我就自己来拿。
然而打潮州的另一个重要原因，就是潮州重要的战略地位，如果得到了潮州，也就等于在陆地上，得到了一个重要的粮食产地。对于一直苦于地盘的郑成功来说，此事自然是极为重要的。
可纵然是再重要，郑成功还是忘记了一个原则问题，李成栋纵然千般卑鄙，此时却已是他的同僚，郝尚九再怎么不对付，却也是他的友军。一旦开战，就是内讧，后果自然是严重的。
但郑成功是管不了这么多的。1649年四月起，郑成功开始不断侵扰潮州，先是派人到潮州征粮，遭到郝尚九痛击，这下给了他开战口实，从七月开始，郑成功动用兵力上万，数次攻打潮州，郝尚九也以硬对硬，率领主力和郑成功鏖战，双方在海阳，惠阳，揭阳，普宁等地大打出手，绕是郝尚九勇猛，却还是架不住郑成功更狠，打到次年二月，已被郑成功攻城掠地，凭潮州坚城苦苦支撑。期间郝尚九曾多次向南明永历政府上奏诉苦，请求政府为他做主，可南明政府又哪里管得了，只好不断的派大臣调停，甚至加封郑成功为“延平公”，请求郑成功收手。但得胜不饶人的郑成功不管不顾，非要灭了郝尚九不可。结果郝尚九一跺脚，那我就找个给我做主的。一找，就找到了早在一边看热闹的清王朝了。1650年2月，正当郑成功猛攻潮州的时候，清军由尚之信，耿继茂率领，大举进犯广东，郝尚九闻讯后火速归降，结果在清军夹击下，强弩之末的郑成功再度败退，不得已退回福建，恶战半年，反而给死对头做了嫁衣裳。
潮州之战的结果，无人对郑成功本人，还是对南明永历政府，后果都是严重的，作为粮仓的潮州，最终落到了清王朝手中，随后清王朝大举南下，逐步吞并广东各地，把永历王朝赶到了大西南地区，和郑成功之间的联系也因此隔绝。原本大好的形势从此一片恶化。但更重要的是，郑成功性格中最重要的弱点——偏狭，也因此暴露无遗，仅仅因为贪图一点粮食，外加一些私怨，就不管不顾的冲动行事，最终葬送大好局面。“冲动是魔鬼”的错误，在他起兵后是第一次犯，但绝不是最后一次。
攻打潮州的“冲动”，给郑成功带来了“魔鬼”一般的后果，损失大量兵马是小事，清军趁机大肆攻打广东，导致永历政权几乎崩溃。但冲动之后，郑成功还是做出了一个冷静的决定：取厦门。
和潮州一样，厦门此时也是南明的地盘，而且掌握在同是郑家宗族的郑彩手里。怎么看也是不该取的。但郑成功此时取，却是正确的，首先，这个郑彩不是什么好东西，他以专横暴虐著称，在当地横征暴敛，民愤极大。第二，厦门掌握着当年郑芝龙对外贸易的重要航线，郑成功所在的鼓浪屿，比起来只能算旁支。最重要的是，夺取了厦门，也就等于将原本分散的郑家力量，完全整合到自己的手里。抗清的底气，也就壮了。
当然吸取潮州之战的教训，这次郑成功不敢轻易动兵了，他选择的是智取，趁着1650年中秋节，厦门守将郑彩外出，城中只留了部将郑联等人，郑成功假装前来拜访，进了厦门后，郑军士兵来了场快速的特种兵斩首行动，当场杀死郑联，控制厦门城，远在千里之外的郑彩闻讯，虽愤懑却也无奈，又怕郑成功来打，只得主动低头，将手中兵权悉数交出，自己归家养老，整个行动从开始到结束，前后不过三天。而给郑成功献上智取之计的，正是此时他最信任的部将施琅。
厦门的获得，对于郑成功来说，可以说是“失之东隅收之桑榆”，没得到潮州这个粮仓，反而得到了厦门这个贸易航线，以及原本隶属于郑联，郑彩的大批船队，从此开始才可以说，他继承了父亲郑芝龙海上贸易霸主的地位，晚明开始形成的日本——福建——东南亚的海上航路，从此开始畅通无阻，郑芝龙当年的“保护费”事业，也被郑成功继续做了下去，他的水师重新遍布东亚海洋，控制航路。他的“仁义礼智信”五路舰队，被他扩充成“海路五行”，从1650年夺取厦门起，每年郑家出海的商船，总数在五十艘以上，原本由郑芝龙控制的东亚海洋航线，从此正是由他掌握。也正是这一条，在后来收复台湾的战争中，起到了极其关键的作用。
然而另一件决定后来台湾命运的事情，也在随后发生了，原因还是郑成功的冲动。
郑成功从1646年起兵后，连续的征战，之所以能屡获战果，固然有他个人的军事才能，却更与麾下的精兵猛将分不开，其中之一，就是施琅。比起其他部将来，施琅更像一个智将，不但作战勇猛，更兼眼光独到，当年攻克漳浦，就是他用计智取，轻取厦门的战略，也是由他制定，仅此两条，对于郑成功事业的拓展，就是意义非凡。
但意义非凡的施琅，在郑成功军中并未获得非凡的地位，原因之一，还是他的“叛徒”身份，郑成功从小受忠义思想训导，虽然治军时也强调公正待人，但从内心里说，对叛徒还是歧视的，偏偏施琅就是个多次做过叛徒的人，最早是郑芝龙的部下，后来又投靠了清朝，再后来投靠了他，这样的人，想让郑成功喜欢是很难的。
外加郑成功比较爱冲动，更兼气量偏狭，偏偏施琅也是个极有性格的人，此人最大的毛病就是恃才傲物。两个有性格的人碰一起，摩擦也就不断了。
但两人真正的交恶，却是源于1651年四月的厦门失守。
这一年在厦门站稳脚跟的郑成功，又意图拓展广东地区了，他和叔叔郑鸿逵一道带兵南下，留另一个叔叔郑芝莞留守厦门。对这个决定，郑军上下大多同意，惟独唱反调的还是施琅，他看的很清楚，此时清王朝在广东屯有重兵，不是郑成功说打就能打的，可几番反对，除了被郑成功臭骂一顿，勒令留守厦门外，几乎毫无作用。事实再次证明了施琅的判断：郑成功前脚刚走，后脚清军泉州总兵马得功部就窜犯厦门，厦门守将郑芝莞吓得拔腿就跑，危急时刻，施琅仅带六十余人奋勇拼杀，击毙马得功之弟，硬是杀退清军，但郑家囤积在当地的财富，乃至部分家眷，都尽数被清军掳走，消息传来时，正在广东奋战的郑军官兵闻讯，军营里居然一片嚎啕大哭之声，足见损失惨重。
损失很惨重，郑成功很愤怒，被人摸了老窝不算，更愤怒的，却是郑家老一辈的那群混人，而对于郑成功有提携之恩的郑鸿逵，也因临阵犹豫，未能追击清军，而遭郑成功怒骂。一辈子很有眼光的郑鸿逵这次也识趣，连忙交出兵权，学郑彩的样子回家养老去了。对郑成功来说，这也算是因祸得福：从此郑家的所有军队，已经全部掌握在他一人手中。郑成功仍然余怒未消，在回来后大骂道：“家门如此，与掳何干”。
愤怒的郑成功决定整顿，先是临阵脱逃的郑芝莞，虽有众人说情，还是被郑成功一刀砍了，此举立刻震慑全军，此外开始整顿军队纪律，在厦门设立“五军制”，加强管理，陆军分为七十二镇，海军分为二十镇，在厦门周边的铜山，南澳，闽安诸岛设置防御，形成连环防御地带。苦心一片下，郑家军纪焕然一新，战力大震。
但如此苦心，却还是犯了个看似微不足道的小错误，最后捅出了斗大的风：对施琅的处理。
在厦门之战中，施琅是有功的，不是他率军力战，恐怕清军不止是劫掠，估计当年南安惨案一幕也要重演。但如此大功，郑成功却只赏了二百两纹银，从心里，他对施琅还是不待见。如此赏罚不明，施琅自然心里憋气，偏又出了一件小事：施琅的一个亲兵曾德违反纪律，施琅本要处罚，但这个亲兵实在不是省油的灯，偏跑到郑成功处告状，一向处事公正的郑成功，这次却犯了大糊涂，他轻信了曾德的花言巧语，反而赦免曾德无罪。这事要搁在别的将领身上，估计也就忍气吞声了，但施琅怎是能忍的人，他二话不说，带兵冲进营帐，当场将曾德绑起来砍了，等着郑成功派人传令赦免的时候，看到的却只是曾德的脑袋。面对郑成功的怒气，施琅本人也理直气壮，他昂首回答说：您不是说要纪律严明吗？我就是照您说的做的。
这事要搁在有胸怀的将帅身上，也就不算事了，但郑成功并不是个有胸怀的人，眼见施琅如此“有性格”，郑成功勃然大怒，竟当场将施琅一家逮捕。按说事情到这里也尚有转换余地。施琅作战勇猛，在士卒中威信很高，和蓝登等部将也交好，事发后，诸将纷纷为他说情。但施琅本人却受不了这个气，趁着郑军防备松懈，竟然偷偷跑了。跑出去没地方呆，干脆一跺脚投奔了清军。这下事情就彻底无转换了，为了杀一儆百，郑成功干脆把施琅的父亲与弟弟一并杀害。从此，这两个有性格的人，走上了彻底的决裂与对立，而他们俩人都没想到的是，对立一辈子的结果，竟是在台湾岛上殊途同归。
台湾的事情算是后话，在当时，施琅的叛逃，并未给郑成功的事业带来太大影响，起初清政府并不信任施琅，仅给了他同安副将的官职。而郑成功在经过厦门浩劫后，事业却依然蒸蒸日上。厦门，金门这两块根据地的巩固，不但让他有了稳固的根据地，更借机通商世界，依他的部将冯世成的建议，他正式修书日本，双方签署了长期贸易协议，贸易网络北至日本，南至菲律宾，印尼。除了他个人名下的贸易外，他还大力鼓励私人贸易，给私人船只发“商牌”，征收商业税。并保护私人商业利益。经济上收获颇丰的同时，政治上他也获得了重要收获：屡遭败绩的鲁王监国政权，在走投无路后向他投诚，寄居在厦门地区。这个王爷的到来，也让他有了一张扩展势力的招牌。散步在浙东沿海的抗清势力，也因此和他搭上了线。
