海商的活动，对台湾的直接影响，一是开发了台湾，自从林道乾驻扎台湾后，许多海商们都纷至沓来，比如同时期的林国显，许栋，何亚八，刘香老，杨四等人，或大或小的，都在台湾岛设立了自己的据点，并迁移人口定居开荒。最早认识台湾“经济潜力”的，也是他们，他们开始发现，原来台湾的物产是这么丰富，庄稼种什么长什么，年年大丰收，经济作物也多，台湾当地的橡胶，鹿皮，香料，拿到“国际市场”上，转手就能卖高价。值得一提的是，这些“海盗”们虽然良莠不齐，但是在台湾岛大多还是守规矩，比如林道乾修筑赤嵌，他的那块土地就是花钱从台南高山族同胞手里买来的，盘踞台湾期间，每个月他们都要和当地高山族同胞开“乡集”，双方公平交易买卖，虽然之间也小有摩擦，也有个别不讲规矩的人，但总的来说还是很和谐。而且为了保护自己的经济利益，许多海商还担负起“保卫台湾”的责任，帮助当地的原住民部落打跑窜犯的倭寇。确实是“增进了两岸人民感情。”他们对台湾的另一个影响是：当时台湾的橡胶，鹿皮等土特产，经他们的手输入到菲律宾，印尼等西方殖民地，引起了西方殖民者的贪馋，后来荷兰，西班牙侵略台湾时，主要就是掠夺这几种作物。
但是比起同时代得到政府支持的西方海商们，这些中国的海商大多数时候都被称为“海贼”。而他们的军事力量，也确实是明帝国海防的威胁。其实他们的发迹，更多的是拜明帝国传统的“海禁”政策所赐，明朝过去禁止私商贸易，政府垄断海外贸易的做法，直接的后果，不但使沿海商人损失颇多，沿海乡民也因此贫困。在大航海时代下，海禁已经越来越“过时”，海商们其实就成了润滑剂。随着嘉靖晚期倭寇的渐渐平息，怎样处理海商问题，也成了明帝国的难题。到了嘉靖皇帝临近去世的嘉靖四十五年，许多有识之士也提出废除海禁，这在当时的明朝不是小事，中国封建王朝最重“祖训”“祖制”，海禁政策是朱元璋钦定的，如果擅自修改，势必承受舆论压力。
明朝最早要求废海禁，是在明朝嘉靖二年，之后的四十年里，明朝政局变幻，官员换了一拨又一拨，争论却始终未停，坚持海禁的，大多是些顽固老臣，尤其是那些学理学出身的大臣，而主张废海禁的，越来越多的是当时新兴起的“心学”门派的大臣们，他们受王阳明思想影响，观念新颖，许多人也曾在东南沿海为官，亲眼看到当地“士民纷纷下海”的实情。在嘉靖皇帝去世后，是年十二月，新登基的明朝隆庆皇帝朱载垕，为了海禁一事再次召开廷议，两派大臣还是争论不休，反对开海禁派依然拿着“祖制”压人，这时候明朝户部侍郎王国光一句“昔撤澎湖巡检司，亦祖制也。”一句话反驳了反对派们：既然当年朱元璋裁撤的澎湖巡检司都可以恢复，那么海禁为什么不可以？中央驻台湾军事机构的重设，无意中竟成为中国打开国门的钥匙。是年正月，明王朝正式宣布：废除海禁，允许沿海商品自由贸易。在大航海时代已经绵延近百年的时候，中国的大门，终于主动向世界敞开了。
“海禁”的废除，史称“隆庆开关”，是明朝历史上一件大事，关于它的“伟大意义”，世人说的比较多的，无不是“促进了商品经济发展”“增进了中外经济关系”“制造了明朝东南经济的繁荣”，外加公认的事实是，在明末海外贸易最繁荣的时期，世界市场上三分之一的白银都流入到了中国。但是世人关注比较少的，却是对于台湾的意义。
海禁废除，对台湾的直接好处，就是增进了两岸的沟通交流，大量的中国沿海商民出海贸易，台湾成了必经之地，许多船只都在台湾补充淡水，购买货物，台湾与内地之间的经济往来日益增强，而内地先进的生产方式特别是农业生产，也在台湾本岛原住民中广泛传播。也有越来越多的大陆人开始渡海移居台湾，甚至在当地娶妻生子。与海禁废除相关的，就是明王朝对“海商”们态度的变化，特别是在名臣殷正茂提督两广军务后，对沿海的海商改成了招抚为主。赦免其罪过。比如那位“创造历史”的林道乾，他在移居泰国之后，也曾经多次组织兵力侵扰沿海，几次和明朝的交锋都互有胜负。
到了隆庆四年，他终于接受了明朝两广军务提督殷正茂的招安，被安置在潮州地区，但是他最终没有得到明王朝的信任，到了万历元年，因为他和明王朝之间常年的相互猜疑，最终他还是决定离开，当时他召集了大批战船，意图离开中国到东南亚自立为王，结果明王朝召集重兵围攻，经过浴血奋战，林道乾还是突围而去，再次到了泰国地区定居下来，继续当他的泰国驸马爷。可这次明王朝却不想放过他，为了剿灭林道乾，明王朝动用了“外交压力”，要求泰国国王除掉林道乾，察觉风声不对的林道乾提前行动，结果再次在敌人动手前逃脱。关于林道乾的结局，明朝的说法甚多，有说他后来摆弄火器，反而误把自己给打死了，也有说他逃到东南亚自立为王。但他确实是一个值得后人纪念的人，为台湾。
在“隆庆开关”以后，中国东南沿海大规模的海商团伙，暂时转入了低潮，有些招安的海商，为明朝带来了精良的武装和先进的战船，在后来的抗倭援朝战争中还成为了主力。有些海商却演出了悲壮的最后一笔，比如曾与林道乾同属一个团伙的林凤，虽然在中国的知名度不高，在西方国家，这却是一个很有名的中国人。与台湾的渊源同样颇深。和林道乾不一样的是，他家世代就是做海盗的，到他这一代到了极盛，嘉靖晚期，他一度盘踞在澎湖列岛，就在元朝“澎湖巡检司”的故地建立了据点，一度竟拥有战船三百多艘，垄断了从日本到东南亚的贸易，在明朝嘉靖四十年，名将俞大猷发动进攻，端掉了林凤设在澎湖的据点，将其部下驱赶，后来的明朝，才得以在澎湖重设巡检司。兵败之后的林凤，游走于福建，广东两地的岛屿中，和明朝打起了游击战。甚至一度在海南建立了据点。
明朝隆庆元年，经过多年休养生息的林凤“反攻大陆”，一举攻陷与台湾岛隔海相望的南澳岛，之后又大掠澄海等地，甚至一度兵逼广州，成了林道乾之后明王朝最头疼的人，后来在遭到明朝反击后，他与明朝隆庆元年冬退守台湾，驻扎在基隆地区，他的到来，是继林道乾后又一次大规模的移民，这次他带到台湾来的部下近万人，战船六十多艘。之后他虽然一度侵扰福建，广东，但势力日衰。到了明朝万历元年的时候，林道乾不知所终，他留在台南垦荒的几千部下，也就成了“没娘的孩”，考虑到明朝此时已经在福建部署重兵，随时可能东进台湾，林凤索性决定，去菲律宾开辟新殖民地。第二年，他带走了在台湾的六十多艘战船以及五千五百多人，除了作战部队之外，里面还包括许多农民，工匠，这支远征军到达了菲律宾，一度包围马尼拉，击毙了西班牙驻菲律宾的总督戈伊特，值得一提的是，林凤虽然是“海匪”，但很少滥杀，他在远征菲律宾时，采取了温和的待民政策，不但菲律宾华侨纷纷迎接，就连当地的本土百姓也相继归附。
后来西班牙调集重兵增援，寡不敌众的林凤遭到兵败，万历二年八月四日，林凤遭到西班牙优势兵力包围，在菲律宾彭加斯苦苦坚守了四个月，眼看着覆灭在即，却巧妙的用“声东击西”之计，用小股兵力引开西班牙舰队，自己率领主力舰队成功突围出来。一个月后，林凤带着剩下的四十艘战舰重新出现在台湾岛，没过了多久，他又集结起了一百五十多艘战船，近万人的规模。在台湾海峡和明王朝周旋。但这个时候，他的内部却出现了分化，常年跟随他出生入死的许多亲信部下，比如他团伙里的老二马至善，老七李成等人，都主张不愿意再打了。这时候的林凤，也已经年过花甲，进取之心大沮。结果，马至善和李成率领一千多人向明王朝投降，其余的军队，包括当时住在台湾的大部分部下，都被林凤一股脑打包带走，他率领着船队一直向西，临走前只说自己要“至西番国”。然后就不知所指了。关于这支舰队的下落，至今历史界争论颇多。有人说他们沉默于大海，有人说他们去了印度地区。然而，在明王朝已然解除海禁的局面下，继续的与政府武装对抗，已经渐渐失去了生存土壤。在台湾大航海时代的早期，这些海商无意中成为了探路人，此时他们已经走过了属于自己的时代，也注定要退出历史舞台了。
“隆庆开关”之后，台湾进入了一个经济的高速发展期，与大陆之间的往来越发的频繁。我们说过，明王朝在“隆庆开关”之后，一度世界上三分之一的白银都进入中国，而在中国这时代的“出口创收”中，台湾的市场份额占了很重的比例。比如在明朝的《食货志》中就有记录：大陆的商人在台湾收购土特产，一面转卖内地，一面远销国外，获利颇丰。台湾原住民经济发展也很迅速。比如和大陆交往密切的“台窝湾”部落，在大陆的影响下，已经开始推广牛耕。毫不夸张的说，在经过了早期“被搬家”折腾，和几十年东南沿海的战乱之后，在这个大航海时代里，隆庆开关后的台湾，正迎来一个欣欣向荣的时代。
这个欣欣向荣的时代，一直延续到明朝万历二十一年，台湾很和平，经济很繁荣，往来很频繁，一切看着都是那么好。却突然有一艘船，从台湾岛的北面进入台湾的鸡笼，淡水地区。那船的样子，和到来的方向，老一辈的台湾原住民们再熟悉不过了，从船上下来的人，凶神恶煞的样子，五短的身材，高山族原住民们更熟悉，那些人的行为，更是特别特别的熟悉：见人就杀，见东西就抢，嘴里吼着听不懂的鸟语——船开来的方向，来自日本，船上下来的人，是久违了的倭寇。
倭寇！在嘉靖末年大规模围剿倭寇后，中国东南沿海，竟然再次出现了大股的倭寇，只是这一次来的倭寇，似乎不是一般的倭寇。
说他们不一般，一是他们的成分很纯粹，就是传说中的“鬼子”，没有杂七杂八的中国海商和欧洲人。二是他们的衣服很统一，穿着统一的日本政府军军装，不再是过去那种七拼八凑的海盗团伙。他们不是土匪，是政府军，是日本政府侵略台湾的政府军！
这场起于万历二十一年春天的倭寇入侵，波及到台湾淡水，基隆等地区，沿海居住的高山族人，跑的慢的大都被杀，村庄被屠戮，不得不躲入深山之中，而在当地移民定居的大陆百姓，也大多遭到屠杀。最后当地百姓躲入深山之中，凭险要地势和硬弩毒箭拼死抵抗，终于打退了倭寇。可就在他们拍拍屁股走人没多久，又一艘日本船来了，这次下来的不是军队，而是使者，送来了一封信，信的内容很猖狂：“我乃梦日而生，太阳化身，受命于天，我既能生长万物，也能枯竭万物。”言下之意很明显：我是上天派来的主人，台湾要服从我，不然，我就让你枯竭。
赤胆忠心的台湾原住民是不怕“枯竭”的，事情火速禀报了明朝政府，明王朝也立刻做出了反应：在澎湖增派士兵，陈列精锐战船四十艘，士兵数千人，严密监视台湾海峡，一旦有倭寇敢来，就打他娘的。
只是，这个狂妄的人是谁？他想干什么？
这个人就是日本此时的实际统治者——大名鼎鼎的日本关白丰臣秀吉，他想做的，不止征服台湾，还要征服全中国，甚至是全世界。
从这个狂妄的人开始，在这个欣欣向荣的时代里，一块新的战争阴云，却已经沉沉的压在了台湾的头上——日本。
