就在大阪城完成的1585年，也就是秀吉五十岁那一年，他改姓藤原，升任代表朝廷最高权势的“关白”一职。这“关白”一职，自古以来，都由藤原氏所独占，特别是藤原家的近卫、鹰司、九条、二条、一条，称为“五摄家”因此秀吉乃先认前关白近卫前久为干爹（近卫亦为藤原一族），然後才晋升关白。
至于，为何秀吉不担任“征夷大将军”而去当朝廷的“关白”一职，虽然有种种说法，但其实当时的战国武将，一听到朝廷要赐给他们虚有其名的官位，都会感动得流泪。所以秀吉晋升“关白”，自然会感到无限的光荣。晋升关白後的翌（1586）年，就在後阳成天皇即位的那一天，秀吉晋升律令制度下的最高官位“太政大臣”
“关白”一职虽然代表最高权势，但从正统的律令制度来看，仍属“令外之官”，从此看来，秀吉拟依律令制度的官位重建天下秩序。另一方面，或许秀吉认为藤原这个姓太过老旧，无法显现出他是历史上最大的伟人，因此秀吉又获得天皇的许可改姓丰臣，象征统治者的丰臣秀吉于焉诞生。
战国时代，人民拥有大量的武器，动不动就以武力来抗争，因此连战国武将都感到害怕。1588年，秀吉下达一道命令，禁止百姓拥有长短刀、长枪、火枪等武器，这就是有名的“刀狩令”虽然在这之前，也有其他的武将实施刀狩令，但不像秀吉的刀狩令那么彻底，而且是属于全国性的。
当时的农村究竟拥有多少武器，我们从加贺国江沼郡所没收的武器即可一窥端倪：武士刀一千七百零三支、腰刀一千五百四十支、长枪一百六十支、耙刀五百支、小刀七百支。另外出羽国仙北郡则没收武士刀二百五十支、腰刀二千七百三十支、长枪三百三十六支、火枪二十六支、弓七十六把、盔甲十二具、头盔五顶。农民的暴动固然可以用“造反有理”来解释，但反过来说，一个农村拥有这么多的武器，不造反也很难。
在秀吉的“刀狩令”实施之後，农民的武力可以说遭到去势。在史上，有所谓的“太阁检地”，这太阁当然是指丰臣秀吉，而所谓的“检地”就是重新测量土地的面积，并调查作物生产量的意思。秀吉在1591年12月辞去“关白”，由他的养子秀次继承“关白”，自己则成为“太阁”“太阁”是“关白”禅让之後的称呼。就在秀吉成为“太阁”这一年，开始作全国性的检地，因此称为“太阁检地”
其实，秀吉从1583年起就开始检地，在这之前，其他的战国武将为了想要重建业已崩溃的土地制度，因此也曾经做过检地的工作。“太阁检地”之所以具有特别的重要性，那是代表丰臣秀吉已经完成了的统一工作，同时，也表示他为了将来出兵朝鲜而预先作国力调查。此外，经过秀吉的严格检地之後，每块田地的收获量都统计得很清楚，农民具有耕作权，同时必须担负缴纳年贡的义务，农民与之间的剥削阶级（豪农）从此消失。
基督教是于1549年随传教士沙必略传到的，三十三年後的1582年，的基督徒已经到达十五万人，可以说是一百个人当中就有一个基督徒，可见基督教的传播速度非常快速。然而在1587年，丰臣秀吉却发出一道命令，禁止基督教传教士进入。其最大的原因是，丰臣秀吉唯恐基督教大名（诸侯）将领地捐献给教会，再度出现类似一向宗信徒暴动的局势。
在禁令中的第一条提到，是神国，这表示开始吸收欧洲的文明，已经不在印度、中国的圈子里。有人说，这是最早的“脱亚论”就在长久的战乱接近尾声，人们欢欣鼓舞地迎接和平的日子来临时，1592（文禄元年）正月，丰臣秀吉突然发布出兵朝鲜的命令。秀吉的野心不止于朝鲜，他最终的目的是要征服明朝，甚至想要将帝国的版图扩大到印度、东南亚。虽然有人说秀吉出兵朝鲜的动机，是由于他丧失了最心爱的三岁大的儿子鹤松（1591年），但是在这之前，他已经向传教士说过要出兵朝鲜，所以这个说法是不成立的。
比较可靠的说法是，没有一个封建领主不想扩大自己的领土，而且丰臣秀吉统一了之後，已经没有领地可以犒赏有功的将领。如果占领了中国，当然不愁没有领地可以分发。就在出兵朝鲜的前後，秀吉分别写信给琉球（1590年）、菲律宾（1591年）、高山国（，1593年），要求服从朝贡。当时的正是中国等海盗的根据地，是军事、贸易、交通的要冲。秀吉的军队在攻打朝鲜二十天後，已经攻陷汉城，可谓势如破竹，日军的致胜关键在于拥有先进的欧式火枪。
就在秀吉得意忘形之际，朝鲜的游击队开始在各地反击，名将李舜臣更率领朝鲜的水军，以龟甲船及船炮震天雷大破的军队，控制了制海权。进入严寒的冬天之後，明朝的救援军队又赶到朝鲜，日军在饥寒交迫中牺牲惨重，厌战气氛弥漫。秀吉本来想要谈和，但是1596年9月1日看到明使的国书，上面写着要封秀吉为国王，并将当作明朝的属国。秀吉看了之後暴跳如雷，当天晚上发布命令，再度出征朝鲜。
这次的出兵军队只有十四万，而且仅能占据朝鲜的最南端。在第二次出兵的前後，日军对朝鲜民众的残害更加激烈，而且日军为了争取战功，将战死的朝鲜军队的鼻子、耳朵割下，用盐醋防腐寄回给丰臣秀吉，由于以数量记功，所以很多无辜的老弱妇孺都受到残害。这些鼻子与耳朵埋葬在京都方广寺大佛的西侧，今日则称为“鼻冢”
至今，人一提到丰臣秀吉，莫不咬牙切齿。秀吉的军队除了杀害朝鲜军民之外，又强行押解五、六万朝鲜俘虏到耕作。除了农民之外，日军还强押大量的陶艺、印刷、刺绣等师匠到来，使得的陶艺水准大举提高。陶活字的传来，更带动了日後江户时代的出版风潮。朱子学者姜沆则带给的朱子学莫大的影响。这是侵略战争无意中的文化产物。
在征服朝鲜的军队陷入苦战之下，如同前面所述，丰臣秀吉将自己的“关白”一职让给外甥秀次，自己则引退，成为退休的“太阁”可是在1593年8月，也就是秀吉五十八岁那年，爱妾淀殿又再生下一子，秀吉欣喜若狂，取名为“拾”，亦即後来的“秀赖”就在秀吉为如何替儿子的未来铺路而伤脑筋时，秀次为了讨好朝廷，献上大量的金银财宝。秀吉得知之後，即以谋反的罪名命他切腹，并将秀次的妻妾子女三十馀人斩首，据说当时鲜血染红了京都的鸭川。
1594年，秀吉五十九岁时，关白秀次的文书官在日记中记载，秀吉在晚上睡觉时尿床而不自觉。为了防止肉体老化，秀吉乃命令朝鲜的将士捕捉老虎给他进补。尽管吃了大量的虎肉与老虎的内脏，然而秀吉的健康状况仍然没有好转。
到了1598年，秀吉的身体情况稍好，乃于3月15日在山城的醍醐（位于京都市伏见区）举行盛大的赏花大会。其规模远比十一年前在北野（位于京都市上京区）举行的茶道大会还盛大。然而与北野的茶道大会不同的是，当年的茶道大会，贩夫走卒都可以自由参加，而这次的赏花大会却是戒备森严，彷佛暗示着世人对丰臣政权的不满。到了七月一日，秀吉梦到织田信长来对他说：“藤吉郎，你的时候差不多到了，我来迎接你。
秀吉回答说：“藤吉郎替主君报仇，是为了报答主君的恩惠。请主君再稍等一段时间。”信长猛拉着秀吉说：“不！我的孩子被你害得很惨，一想到这件事，我就等不下去了，快点过来！”秀吉醒来，发觉自己已经爬离床位了。自从作了这个梦之後，秀吉自己知道来日不多，他最担心的仍是爱子秀赖的未来。八月五日，秀吉将五大老（德川家康、前田利家、毛利辉元、宇喜多秀家、上杉景胜）叫到床边，不停地说：“拜托各位一定要照顾秀赖。”八月十八日，秀吉终于在伏见城内结束他那波涛汹涌的一生，享年六十三岁。他留下一首辞世歌：“随露珠凋零，随露珠消逝，此即吾身。大阪的往事，宛如梦中之梦。”
