负责执行上忍的指令进行作战指挥的中忍，大都从优秀的下忍升级而来。这些忍术技能、身体素质等方面都十分优秀的中忍，大都在任务中起到重要的作用。他们通过丰富的经验和卓越的能力，进行战术部署，协调各个下忍的能力，并根据各下忍不同的实力和专长，将其安排到最适合的位置。
一个忍者家族或组织里，数目最多的就是处于阶级最底层的下忍了。这些下忍，自出生起，就被注入了效忠上忍、保护全族、全组织利益的信念，而且从小就开始进行严酷的忍术学习。经过一番优胜劣汰的考验，才能成为忍者家族或组织里最重要的战斗力量——下忍。
后来随着德川家康统一日本，忍者也正式进入国家政府编制。在江户时代，忍者根据职能的不同，又有以下阶级分支：广敷伊贺者、明屋敷番伊贺者、西山丸伊贺者、小普请方伊贺者、火枪百人组、伊贺组与力、伊贺组同心、甲贺组与力、甲贺组同心、目付配下、徒目付、小人目付、将军直属、御庭番……
在这其中，第八代将军德川吉宗所设立的“御庭番”这个职位，可以说是有史以来忍者最高的官职了。吉宗设“御庭番”官职的主要理由，是因为从家康以来为幕府服侍多年的伊贺及甲贺忍者逐渐丢失了忍者的最主要作用。而继承幕府将军宝座却身为德川家支流的吉宗，为了保证今后所属的纪州家可以世世代代继承将军，所以又将忍者的间谍亲信作用重新应用到身边。设立“御庭番”这个职位，可以说是一举两得，既可以向将军提供不同政见者动向等重要情报，也弥补和强化了将军手中的实际权力。
暗夜中的玫瑰——女忍者
随着谋略在对抗中的不断提升，忍者在军事策略中需求的加大，忍者中出现了一个新的分支——女忍者。女忍者日文“くノ一”（Kunoichi）实际上是代表女性的忍者暗语，使用女色来实行任务被称之为“くのいちの”（女忍之术）。在现在的小说、漫画、游戏中，“くノ一”已经成为女性忍者的统称，普及程度已经相当广泛。
稍微熟悉日语的人可以发现，女忍者的日文写法相当有趣。“くノ一”是把汉字的“女”分解成“く”“ノ”和“一”，而所分解出这三个字，第一字为平假名，第二字为片假名，第三字为汉字。这个“女”字的分解，正是“くノ一”女忍者这个名称的语源的广泛说法。从这个小小的“くノ一”上，中国文明对于日本文化的影响可见一斑。
“くノ一”的语源还有其他几种说法，例如，“くノ一”的正写其实为“九ノ一”（九之一）。人体有眼、鼻、口、耳、肚脐、肛门9个穴口，相对男性，女性则多了一个阴道，因此被称为九之一。不过这种说法也有众多反对的声音，如人体穴口还有尿道，肚脐也非一穴等。另外还有一种说法，“くノ一”本身出自忍者小说家山田风太郎之手，只是文学创作，并没有暗号的意思。
在大众文化中，女忍者常被描述成穿着黑色连身丝袜。这种印象的源头来自忍者与西方骑士战斗所装备的锁帷甲和锁子甲。而连身丝袜除去保护身体和保暖的作用外，还可以衬托出女性的线条美。结果女忍者的锁帷甲与丝袜合二为一，成为女忍者的指定穿着。20世纪90年代根据忍者小说家山田风太郎的作品改编的电影《くノ一忍法帖》中，女忍者外衣与黑色连身丝袜的打扮也因此成为日后银幕上女忍者的原型。实际上，丝袜产生的年代与女忍者活跃的年代完全不符，女忍者穿丝袜执行任务完全是后天的艺术创作需要。
对于女忍者的作用，大众的观点一般都是女忍者主要是“受命于危难之时”——为了扭转败局而派遣出的特殊忍者。与很多人心目中的形象不同，事实上，女忍者大都不是身着传统的忍者装束执行任务的，她们多数是伪装成女佣和侍妾献给目标人物。这使得女忍者能够接近对方以达到刺探机密情报和方便暗杀的目的。
与此同时，为防止女忍者爱上目标人物而作出背叛行为，常常有负责联络和监视的忍者与其共同行动，在察觉到女忍者有任何可能背叛的举动时马上将其杀死。著名的例子，就是传说中安土桃山时代德川家康向政敌石田三成送出的女忍者初芽局。
历史上重用女忍者的大名中最著名的是甲斐之虎——武田信玄，其手下有着被称之为“步之巫女（歩き巫女）”的女忍者集团。
所谓步之巫女，是在日本各地巡回演出以歌舞艺人形象示人，不时献身于男性的流浪妓女。战国时代战乱不断，因此出现了大量的孤儿、被遗弃和失踪的儿童。而在这些小孩中，武田信玄派人挑选身心素质都相当优秀的美少女作为女忍者，交由甲贺流忍术的名族，望月家的后人——望月千代女进行忍者培训。武田信玄赐予望月千代女“甲斐信浓二国巫女头领”的职位，在信州小县郡祢津村的古御馆开设“甲斐信浓巫女道”的修练道场，有超过300名少女在那里学习咒术、祈祷、忍术和护身术，以及当对手为男性时，引诱对手的房中术，最后以步之巫女的身份秘密地放置在各地进行谍报工作。因为步之巫女并无国境限制，全国任何地方都能自由往来。在全国各地步之巫女以唱歌跳舞亦不时卖春来收集各式各样的情报，然后由联络人向信玄逐一报告。另一方面，武田信玄担心别国也使用类似的忍者来进行情报刺探，严禁手下家臣向登门巫女借宿，更严禁与其接触。
（第三节）忍之流派
忍者作为大名诸侯重要的情报搜集单位，在明治维新前，广泛地活跃在各个时期的历史舞台上。尤其在战国至江户时代，可谓鼎盛至极。在这段历史时期中，忍者这一各国大名重要的工具，就如同中国春秋时期思想界那般百家争鸣。因此，忍者重要的谋生工具——忍术，流派之多也着实让后人瞠目结舌。
忍者流派划分
通过史书等一系列资料的统计，实际存在的总的忍术流派，在日本一共有49个之多。而再包括分支与分家，数目更是不止这些。
就地域划分，目前存在忍术流派为以下这些：
伊贺流忍者
伊贺流，可以说是忍者流派中最大最具规模的流派。其所在地正是现代日本的三重县的伊贺市和名张市。伊贺流的忍者表面都是以经商等作为谋生的手段，但只要收到了其所效忠的主君的指令，就会迅速地去往其主君的身边或指定的地点开展工作。
关于伊贺流忍者的起源，有着各种各样的说法，例如，北宋将军说等。通过考证，目前最流行并值得信服的说法还是自身起源说。伊贺地理环境独特，当地土壤大都是黏土，这样的土壤十分不适合耕作，所以伊贺当地人常常将雇佣兵当作谋生职业。伊贺虽然仅是一个面积不大的盆地，但从镰仓时代到室町时代，却始终被当地许多小领主群雄割据，人民也不得不为了保护自己而广泛习武。再加上当地居住着许多拥有“用间”兵法思想的“渡来人”，使得当地人学会了各式各样的游击战术和技巧。伊贺流忍者便随之诞生了。
到了战国时期，伊贺流已经发展成为“伊贺惣国一揆”这一特殊的自治共同体。整个伊贺流的大小事务，完全由其中具有实力的上忍三家（服部、百地、藤林）全权管理，所以整体上伊贺流的一切决定也就是上忍三家的意见了。因此伊贺流与相隔一山的甲贺流不同，逐渐形成了一种不对某一个主君竭尽忠义，而是以“雇佣军”的身份，通过与不同的雇主缔结的金钱契约，来为不同主君效力的风格。
在忍术修炼上，伊贺流对其族人一直保有从幼年时期就开始进行严格训练的传统。并且伊贺流忍术也一直以修炼方法独特而著称，譬如用纸蒙住脸的一半来进行一里以上的跑动训练。
因为伊贺地区人文地理的缘故，伊贺忍者还有着完全不同于其他流派的冷酷法则。每一位伊贺忍者都被要灌输着秉承“即使是朋友也可以立即裁决”的冷酷精神，并以“拨忍成败”作为流派信条。因此，伊贺流对于所派遣忍者的叛变和逃脱是绝对不会姑息和纵容的。不过，这个状况到了江户时代就为之一变，因为国家稳定的原因，忍者的俸禄大为降低，所以脱离忍者回乡务农这样的事情也变得可以接受了。
甲贺流忍者
所谓甲贺流，是与伊贺流并列为日本实力最强的忍者流派。在名称上，这一忍者流派是因“甲贺”这一词的误读而来。
现在的日本滋贺县甲贺市、湖南市，正是甲贺流忍术的发源地。和伊贺流忍者一样，甲贺流忍者表面上也是以农业商业为谋生手段，而在需要的时候，则以忍者的身份活跃在战场上。比较特殊的是，甲贺流忍者尤其擅长药物的使用。或许由于这个原因，现在甲贺地区有着相对众多的制药公司。
有关甲贺流忍术的起源，有这样一个传说。伊贺与甲贺忍术原都是出自一门，之所以后来分为两门，是因为在一次师兄弟争夺掌门人选的过程中，失败的一方被迫离开伊贺。后来这个失败的忍者到一山相隔的甲贺开创了一个新的忍术宗派，这个宗派正是甲贺。虽然这只是传说，但伊贺和甲贺之间确实有着紧密的联系。相隔一山的地理环境，同属于当时“渡来人”广泛的居住地，甲贺地区出现忍者也就不奇怪了。
在忍术的修炼上，甲贺与伊贺有着很大的不同。两者之间很类似金庸先生的《笑傲江湖》中华山派剑宗和气宗的关系。伊贺忍者重视个人能力，所以在修炼中着重于个体的训练，强调独立作战能力和各种武器武技的修炼。而甲贺忍者则重视团队协作，修炼中在个体间的配合上下足功夫，在武器训练方面只注重最实用的剑道。所以甲贺忍者的手臂相比伊贺忍者普遍要粗一些，这正是常年练习剑术的结果。
在整个流派的内部运作上，甲贺忍者在当时颇为另类。虽然和伊贺流一样，也同样形成了一个称为“惣”的组织，但在内部职能的设定上，甲贺流与伊贺流，甚至是整个日本，都有着很大的不同。甲贺流并没有其他流派内的核心上忍，处于最高等级的反而是中忍。
在整个甲贺流内部，分为同级的甲贺五十三家。甲贺的“惣”在内部大小事务的处理上，采取的是多数人表决的原则，根据甲贺53家的投票来作出决策。这种决策方式在当时日本全国来看，都是极为新奇的事。以至有这样的一个看法，甲贺流有世界最早的民主议会，在时间上要比大革命后的法国还要早。
甲贺的“中协商”，分为以下三种：
郡中
从53家中选出10家作为代表，通过投票表决来决定协议的通过与否。由于这样没有门第之间的身份偏差，事务完全被平等处理。
地域联合
甲贺53家中通过战功而被守护代六角氏重视的其中21家，分成各自的“柏木三家”“北山九家”“南山六家”“庄园内三家”四地区，每地域残余的各氏族跟随相应的，根据协议投票决定有关各自地域的议案。
同名中
甲贺53家中的各氏族选出相应的代表，不论是本家还是分家，根据多数表决决定每氏族的行动。
“龙与虎”——伊贺与甲贺
在诸多忍术流派中，最具影响力和知名度的，自然是伊贺与甲贺了。也正因为这两个流派的显赫地位，现代众多忍者题材的小说及影视作品中，几乎到处都能看到伊贺忍者与甲贺忍者的登场与活跃。而有意思的是，在这些忍者题材的杜撰作品中，对伊贺和甲贺好似“龙与虎”的对立关系有着各式各样的设定。其中“伊贺忍者是正义的伙伴”和“甲贺忍者是邪恶的帮凶”这类观念深入人心。可是，这个印象正确吗？
现代的三重县伊贺市和滋贺县甲贺市，正是历史上作为伊贺流据点的伊贺和作为甲贺流据点的甲贺的所在。在地理位置上，这两个城市一山相隔。所谓“同行是冤家”，所以作为同业者的伊贺和甲贺，一般认为在历史上即使没有互相敌对，也不存在着因为“邻居”友谊所筑成的合作关系。
那么，为什么处于一山之隔关系的伊贺和甲贺被认为是互相敌对呢？这个观念要追溯到战国时代。当时的伊贺忍者，在其上忍领袖服部半藏的带领下为德川家康效力。另一方面，甲贺忍者在丰臣秀吉对德川家势力的监视中起着重要的作用。丰臣和德川，随着本能寺之变中织田信长的死去，就围绕着统一全国进行着旷日持久的争夺。伊贺和甲贺的对立关系也就因为各自的主君德川和丰臣的关系而建立了起来。或许是“成王败寇”的关系，德川家康在历史中不断美化自己以及己方阵营的形象，于是就给大家留下了“伊贺忍者是正义的伙伴”和“甲贺忍者是邪恶的帮凶”这样的印象吧！
也正是如此，在各种各样的艺术作品中，将伊贺和甲贺的对立关系作为题材的作品经常出现。这类知名的作品有很多，《忍者ハットリくん》便是在日本最被各个年龄层耳熟能详的国民级漫画作品之一。随着近些年忍者主题的电影和动漫的风靡，山田风太郎的《甲贺忍法帖》讲述的伊贺和甲贺两族忍者之间恩怨的男女爱情悲剧红遍整个东南亚，被许多忍者迷们所熟知。
抛开艺术层面的杜撰，实际上伊贺与甲贺之间虽然谈不上相辅相成，也是有着藕断丝连的微妙联系的。真正将忍术的理论与技能进行系统化总结并成为忍者修炼基础宝典的《万川集海》，正是在伊贺与甲贺无数代忍者传承下来的忍术理论和技法的基础上，经过加工和凝练创作出来的。
斗转星移，忍者依旧以不同形式活跃着。伊贺与甲贺，这两个最大也最具实力的忍者流派，共同将忍者推上了历史舞台的最高峰，也为忍者文化的形成与发展起到了不可磨灭的作用。正因为这两大流派，使得忍术这一武术瑰宝得以传承。
