1.曹端《太极图说述解》、《通书述解》上海古籍出版社1992年影印本
2.薛瑄《读书录》、《读书续录》万有文库本
3.吴与弼《康斋集》文渊阁《四库全书》
4.胡居仁《居业录》文渊阁《四库全书》
5.陈献章《陈献章集》中华书局1987年
6.湛若水《甘泉文集》清同治资政堂刻本
7.王阳明《王阳明全集》上海古籍出版社1992年
8.王龙溪《王龙溪先生全集》清道光刻本
9.钱德洪《徐爱钱德洪董澐集》凤凰出版传媒集团凤凰出版社2007年
10.黄绾《明道编》中华书局1959年
11.季本《说理会编》明嘉靖冯继科刻本
12.邹守益《东廓邹先生文集》明嘉靖刻本
13.欧阳德《欧阳南野先生文集》明嘉靖刻本
14.聂豹《双江聂先生文集》明隆庆刻本
15.罗洪先《罗洪先集》凤凰出版传媒集团凤凰出版社2007年
16.王时槐《友庆堂合稿》清光绪重刻本
17.胡直《胡子衡齐》明万历刻本《衡庐精舍藏稿》文渊阁《四库全书》
18.李材《见罗先生书》明万历刻本
19.王艮《王心斋先生遗集》袁承业重编本
20.罗汝芳《近溪子集》、《近溪子续集》明万历刻本
21.耿定向《耿天台先生全书》明万历刻本
22.焦竑《澹园集》、《焦氏笔乘》金陵丛书本
23.李贽《焚书续焚书》中华书局1975年 《藏书》中华书局1974年
24.罗钦顺《困知记》中华书局1990年
25.王廷相《王廷相集》中华书局1989年
26.吴廷翰《吴廷翰集》中华书局1984年
27.陈建《学蔀通辨》聚德堂丛书本
28.顾宪成《顾端文公遗书》清光绪刻本 《泾皋藏稿》清光绪刻本
29.高攀龙《高子遗书》明崇祯刻本
30.刘宗周《刘宗周全集》浙江古籍出版社2007年
31.黄宗羲《黄宗羲全集》浙江古籍出版社1985年 《明儒学案》中华书局1985年
32.陈确《陈确集》中华书局1979年
33.方以智《东西均》中华书局1962年 《通雅》文渊阁《四库全书》 《物理小识》清光绪刻本 《周易时论合编》清顺治刻本 《易余》安徽图书馆藏本
34.王夫之《船山全书》岳麓书社1996年 《尚书引义》中华书局1962年 《读四书大全说》中华书局1975年 《思问录俟解》中华书局1984年 《张子正蒙注》中华书局1959年 《读通鉴论》中华书局1984年 《宋论》上海太平洋书店1933年
35.真可《紫柏尊者全集》《续藏经》第2辑第31—32套 《紫柏尊者别集》《续藏经》第2辑第32套
36.袾宏《莲池大师全集》佛陀教育基金会影印金陵刻经处光绪刻本
37.德清《憨山大师梦游全集》《续藏经》第2辑第32套 《庄子内篇注》《中华大藏经》第106册，中华书局1996年
38.智旭《灵峰宗论》北京图书馆出版社2005年
39.张宇初《道门十规》、《岘泉集》《正统道藏》第53、55册，台湾艺文印书馆1977年
40.《性命圭旨》《道藏精华录》浙江古籍出版社1990年
41.陆西星《方壶外史》《藏外道书》第5册，巴蜀书社1992年
42.林兆恩《三教正宗统论》明万历刻本
43.利玛窦《利玛窦中文著译集》朱维铮编上海古籍出版社2001年 《利玛窦全集》台湾光启出版社1986年
44.沙守信《真道自证》清康熙刻本
45.《灵言蠡勺》《天主教东传文献续编》台湾学生书局1965年
46.《破邪集》日本安政二年翻刻明刊本
47.徐光启《徐光启集》上海古籍出版社1984年
48.《名理探》三联书店1959年
49.《天主教东传文献》台湾学生书局1965年影印本
50.《天学初函》台湾学生书局1965年影印本
