人心本无天理，天理只从人欲中见，人欲恰好处即天理也。向无人欲，则亦并无天理之可言矣。（《无欲作圣辨》，《陈确集》第461页）
天理皆从人欲中见。人欲正当处即是理，无欲又何理乎？（《瞽言四·与刘伯绳书》，《陈确集》第468页）
陈确不是把人欲作为与天理相对的过恶，而是作为人的基本生存需求。理不是某种超时空的永恒原则，而是表示欲不与一般善恶标准相违背。这样的理不是给定的，而是人参照一般标准对特定条件下的行为给予的价值评价。人欲的适宜即是天理。理不是来自人心的立法原则，也没有天道上的根据，理来自现实的生活。陈确曾大胆提出：“饮食男女皆义理所从出，功名富贵即道德之攸归。”（《无欲作圣辨》，《陈确集》第461页）他甚至认为一般人视作洪水猛兽的“酒色财气”也是理之所从出：
“酒色财气”四字，二氏惟恐不远之，若仇雠然。君子则何尝一概谢绝，但无适而非理耳。如不为酒困是酒中之理，不淫不伤是色中之理，不辞九百之粟是财中之理，不迁怒是气中之理。虽指为道中之妙用，奚为不可？……五伦悉是情种，佛则空之；万物皆吾同爱，老则遗之；故曰无。儒者亦云尔乎？（《瞽言四·与刘伯绳书》，《陈确集》第468页）
陈确此类话虽亦有本，如孟子“太王好色，公刘好货”等，泰州何心隐亦有是说。但如此明白显豁直接道出者，并不多见。黄宗羲虽未明斥陈确此语，但在《明儒学案》中评论东林诸君子时曾赞同东林对于泰州颜山农、何心隐“酒色财气不碍菩提路”的批评。黄宗羲实际上不赞成此类观点，因为他认为儒者的修养虽不离欲，却是“刀锯鼎镬的学问”，稍稍把持不住，便有堕入非理的危险。如果没有孔子“从心所欲不逾矩”的功夫，很难在酒色财气中不走作。黄宗羲指出：“必从人欲恰好处求天理，则终身扰扰，不出世情。所见为天理者，恐是人欲之改头换面耳。”（《与陈乾初论学书》，《陈确集》第149页附）东林顾宪成正是有见于当时学者纯任自然，不喜修为；冒认当下为是，不从性命体验上透过之弊，倡“小心”宗旨。东林攻击者，多为泰州后学。而东林之评泰州者，实可转而用之评陈确。
陈确“欲即是人心生意”、“天理只从人欲中见，人欲恰好处即天理”的思想，有取于刘宗周的“生机之自然而不容已者，欲也；而其无过不及者，理也”和“道心即人心之本心，义理之性即气质之本性”，但思想实质绝不同。刘宗周所谓理是内在的，陈确“人欲恰好处即天理”之“理”是外在的；刘宗周的理是就四端说，陈确的理是就七情恰到好处说。刘宗周不就效验上说、结果上说，而陈确则专就效验上说、结果上说。这里的差别相当明显而且重要。
另外，陈确主张君子小人之辨不宜太严。君子小人之辨太严，从立朝说，易激为党争；从个人修养身心说，易流于过苛。他说：
君子小人别辨太严，使小人无站脚处，而国家之祸始烈矣，自东汉诸君子始也。天理人欲分别太严，使人欲无躲闪处，而身心之害百出矣，自有宋诸儒始也。（《瞽言一·近言集》，《陈确集》第425页）
陈确这里当然不是不分别天理人欲、君子小人，而是主张在实行中对待君子小人要稍宽，不可一味严苛。特别是因为君子小人之辨关系国家政局，要有是非善恶评价，但要讲策略，要从政治大局出发，不能凭个人意气。陈确主张宽于君子小人之辨，绝非乡愿，这从陈确不惜放弃乡试机会而上书官府以去虐民贪官，虽遭打击而不稍畏避的态度可以看出来。他之所以有此主张，恐怕是基于两个原因：其一，有感于东林诸君子之惨祸烈毒而发。东林诸君子诚明末国本所系，可以说是“以血肉撑拒，没虞渊而取坠日者”。但由于严于君子小人之辨，不顾政局形势，屡屡攻击朝内大奸，不少姑贷，虽在总体上忠义可鉴，但在具体策略上不无过激之处。东林诸人数被惨祸，“勇者燔妻子，弱者埋土室”，由此激起数十年党争。明末政治，明代国运，实与东林之兴亡盛衰相始终，故东林党人被视为东汉党锢中人物。陈确“自东汉诸君子始”，实影射东林。其二，陈确自认从学刘宗周后，早年勇于意气者屏去不少。许三礼之《海宁县志·理学传》中说他：“自奉教蕺山，一切陶写性情之技，视为害道而屏绝之。其勇于见义，遇不平而辄发者，亦视为任气而不复蹈，惟皇皇克己内省，黜伪存诚，他不暇顾也。”（《陈确集》第1页）这恐怕也是他主张君子小人之辨不宜太严的一个原因。至于宽于天理人欲之辨，历来儒者为纠把捉太严、害心害事之弊，多有此主张。从陈确关于理欲之辨的观点看，他肯定人的基本物质欲求的合理性，主张人欲恰到好处即天理，不像刘宗周直究至心的深微的决定后天念头指向的“意”，不容丝毫姑息。而人欲恰到好处是个限阈较宽的说法，他的所谓理的标准、尺度绝不像刘宗周那样严格。陈确自小“不喜理学家言，理学之书，四十年不阅”。自刘宗周逝世后，才得《刘子遗书》而读。取四十年不阅之书而阅之，但又格格不入。像刘宗周《人谱》论列的许多应该警戒之事，他或不以为然。当时盛行的“功过格”严分天理人欲，对所谓私欲时时痛加惩创，陈确也没有这样做。陈确主要是一个文章之士。他的族弟陈元龙所作的《陈氏理学乾初先生传》说他：“诗文清真大雅，寄托深远。其发明理学，尤多心得。下笔立就，无纤毫障翳。书法直逼钟、王，抚琴吹箫，时奏于山巅水涯。篆刻、博弈诸好无不工。”（《陈确集》第10页）可见他是循孔子志道据德、依仁游艺的路径去做，并不单矻矻向内做功夫。又，陈确精于古礼，凡冠婚丧祭皆从古礼。平时家居虽奉身甚严，但绝无理学家矫情过甚之处。他曾呈请削去儒籍，与乡村野老往还。晚年得拘挛之疾，不出户者十五余年。其不严格奉守理学家天理人欲之辨，且对理学家多有讥评，亦为自然之事。
五丧葬辨
儒家自古就重视丧葬，儒家经典三《礼》中，对丧葬的具体规定和理论说明占了相当多的篇幅。历代儒家著作中多有论葬法的，朱熹的《家礼》中关于丧葬之礼说之尤详。陈确的时代，丧葬中已经有了许多星象迷信阴阳风水等习俗，仪文繁琐，禁忌甚多，厚葬久丧之风盛行。
陈确对此很不满，他写了《葬论》、《葬经》等，对丧葬活动的一系列内容提出了自己的主张。并与乡人立葬社、订社约，期能在丧葬上移风易俗，并周济贫乏。
陈确首先提出了自己对丧葬的本质的看法，他认为，丧葬活动是人的“仁心”的发露，是对死者生时所尽孝心的延续，他说：
葬死，大事也，古人甚重之。……始不忍死者之露也，为之施绞以掩之。犹未安于心也，为之棺以掩其衣，殡之于阼以掩其棺。又以掩之之未固而弗可以久也，为之葬于墓以固掩之。（《葬论》，《陈确集》第476~477页）
这是说，葬的本义是不忍心死者尸体暴露于外。孟子曾说，最先是对死去的人抛尸荒野，后看见蚊蝇嘬之，狐狸食之，而动恻隐之心，将尸体掩埋。所以，葬埋始于“不忍人之心”。葬的本质是藏，《礼记》中就说“葬者，藏也”。陈确也认为，葬埋始于不忍看见死者暴尸荒野，所以用种种方法加以掩埋，仪节用具也越来越完备。同时，丧葬活动也包括对死者生前地位与人格的尊重，故丧葬有等级之分：停丧待葬的时间有长短，衣衾棺椁有厚薄，葬礼的仪文有繁简等等，这都是合理的。但为了求福荫于死人而求风水，为了夸多斗富而大讲排场，为了某些禁忌而久不埋葬，这都是不应该的。其中陈确最反对丧葬看风水，他说：
今天下之异端之为害多矣，葬师为甚，佛次之，老又次之。凡书之言祸福者，皆妖书也，而葬书为甚；凡人之言祸福者，皆妖人也，而葬师为甚。若葬书之倍叛失理，尤非佛老之书之比，而儒者莫之辨。葬书诬矣，葬师又甚矣，而儒者莫之黜，又躬劝为之戒。（皆《葬书下·甚次》，《陈确集》第489页）
他认为，人之死如枯朽之木，无有生气，必不能荫福活人，而葬师侈言利害，谓葬地大有关于活人之祸福休咎，此大谬不然。他从天人关系来论证丧葬与人的祸福无关，他说：
天无私载，故雨露之施不择物。物之材不材，自为枯荣焉，非天有意枯荣之也。地承天施，亦犹是耳。人之善不善，自为祸福焉，非天与地能祸福也。（《葬书上·葬论》，《陈确集》第477页）
天至公无私，故与人的祸福无关；地无识无知，万物各遂其性，自为枯荣。此理甚明，而人为私心求福，以无私之天地万物为有意志，有目的，能故祸福人，此大愚。人的祸福，皆由自取。即使有些人力所无法干预、无法解释甚至无法避免的祸福，也可委之天命，而与葬地风水绝无关系。祸福皆有其理，皆是人行为的结果。信风水而葬，愚诬之甚。祸福之说起于风水师贪贿，故夸大其辞以惑人射利。而愚蠢之人惑其言，竞相推煽，此风于是大盛，至今演为不可遏之势，所遗恶果甚大。他指出，由于迷信风水，“争地而仇乡党，争利而仇同气，速狱连祸，破家亡身者有之。异端之害，未有过此之毒者也，不亦痛哉！”（《葬论》，《陈确集》第479页）
陈确还指出，择地固可，但不为祸福。择地只择高爽无蚁无水、地近便于葬埋便于祭扫，绝不用风水。他提出，择葬地当避五患：使后日不为城郭，不为道路，不为沟池，不为势家所夺，不为耕犁所及，这就够了。若言葬地当择风水，则惑甚。他痛切指出：
若乃家运之有兴废，谋为之有成败，寿命之有短长，息胤之有繁耗，或由人事，或由天命，祸福之机，何可深论！必欲一一准之墓地，则愈惑矣。（《葬书上·与同社书》，《陈确集》第485页）
陈确关于丧葬的主张是：“及时，族葬，深埋，实筑”八字。所谓及时，就是要及时殓，及时殡，及时葬，不迁延时日。应遵照古礼，三日而殡，三月而丧，停丧不能愈三月。有数十年不葬者，有数世不葬者，有数十棺不葬而终不可辨认者，皆非礼之宜。即使家贫无力者，薄葬而速犹愈于久待而欲厚葬。
所谓族葬即合族而葬。陈确对此持之甚力。他曾作《族葬五善》盛言族葬的好处：其一，骨肉完聚；其二，不废耕地；其三，族葬按辈分排定墓穴位置，既速且不争；其四，葬师地主不能牟其利，葬家省丧葬之费；其五，所祭之人在一处，便于祭祀，不渎不烦。陈确还认为，族葬可以互通有无，族中贫无力者可免无葬地之虞。此为在丧葬事上扶危济困。陈确对诗文之类结社不甚积极，以为无益世道，惟积极参与葬社，作葬约。遇有葬事，葬社人员协同葬家办理。丧葬之费由葬社协助。据陈确“葬社启”：“葬者甚多，社事之盛，无过今日。”（《陈确集》第504页）可见收效甚大。
深埋实筑之法，以穴深则阳寒，阳寒则死人之血肉凝而不化，并且狐兔不能穴，蚂蚁不能及，掘墓者不易为，竹木之根不易穿，地上之气候不易影响等。实筑则以石杵实捣，以防水渗漏。
《葬书》是陈确的重要著作，其中论丧葬的性质与斥葬地择风水之非，持论皆有可取之处。表现了他以实事移风易俗的精神。他关于葬法的具体主张和遗留下来的图样，是研究民俗有价值的资料。陈确的著作生前没有刻印，只有少数篇章为友人所观，但他的主要哲学著作《大学辨》则广为同门所知。又因与多人往复辩论，故在刘门中引起不小的波澜。但总的说，陈确的思想在当时没有引起多大影响。他的著作中对于理气心性等当时讨论的重要问题都没有专门涉及，《大学辨》中关于大学诸问题的讨论亦较为肤浅，这在一定程度上减弱了他的思想的价值。他的价值在于敢于怀疑《大学》为圣经贤传，敢于指斥《大学》的谬误，敢于批评程颐、朱熹所作的解释这一点，与明末整个思想界的批判精神相呼应。其理欲之辨肯定人的基本物质需求的合理性，主张宽于义利之辨，反对某些过于严苛的修养方法，也表现了他的开放精神和与世俗社会生活紧密相连的特点。
