叶三对西大营的改造不光体现在兵器和灵活机动上，还完善了西大营的建制，大量的文职官员也是它的特点之一，从传令到军法执行，都有一整套体系。兵符是飞豹形状，因为叶三认为豹是世界上跑得最快的动物，不光是速度，还有夜战的能力，而且非常机警。兵符在西官厅和武将手里各执一半，比较有效地保障了指挥系统的严密性。同时与之配套的还有口令、命令文件密文等等。密文是叶三提出的，由翰林院为兵部研制，分为两种密文。第一种是字形不同类似于篆文，但又有很大的变化，普通人根本就不认识，只有西官厅从事专职的文吏才认识，保密性很高。同时还有一种密文，虽然使用汉字，但是军用词汇用其他词语代替，需要翻书对照，叶三认为此书就相当于密码本了。加上传统的漆封、印信，保密工作是做到了极处。
由于军中有大量的文职人员，这一套体系也就能够有效地施行。除了指挥体系，还有完善的监督、军法体系。西大营一改以往主帅执行军法的常列，在西官厅组建了专门的执法司，在各大营都有分司，对于将士的赏罚，不再有将领的私人因素掺杂其中，而由文官根据法令和取证来执行。这支部队结构复杂，恐怕没有哪一国的蛮夷能够搞懂，整个构思，都是出自叶三。
叶三做这些事完全是为了新政做准备，为了新政能够成功，他几乎绞尽脑汁不择手段，除了布置这支中央特种精锐，他最近在吏治上也有大的动作。他为了获得尽可能多的官员支持，颁布了对文官非常优越的政策，这些政策有的已经和儒家的道德规范背道而驰，但是他实在顾不得那么多了。其中就包括从律法上保障一些腐败收入，送礼、火耗等原来见不得光的东西现在完全合法了。他还做出处处为官员着想的姿态，对于一些清水衙门，给予国库补贴。现在大明朝廷也就形成了这样的状况：油水衙门可以在允许的范围内正大光明捞钱发财，清水衙门靠朝廷补贴致富。这个政策还没有颁布的时候，就受到了户部乃至六部大部分大臣的反对，因为中央财政本来就十分困难，如果施行这样的政策，那以后能够收进国库的银子就更少了。
但是叶三一意孤行，不管朝廷大臣们的反对，坚决颁布了这项政策。他的解释是，新政推出后只要可以有效实行，完全就不存在财政问题，让大伙利益均沾，可以减少阻力。在一次廷议的时候，叶三又透露了另一项优惠地方官的政策，就是将税赋分成两份，一份收入国库，一份由地方开支。军政两方面，叶三都做好了比较周全的准备，预计年初他就要推出新政。
此时此刻，叶三独自站在德胜门的城头，看着远处校场上的硝烟，回头就是京师的繁华，视线开阔，他却有种喘不过气来的感觉。他站在寒风中，有种难以自持的感受，仿佛很容易就会被风吹走一般，当一切都准备好的时候，叶三又有些怯意，真的是怯意，那是一种面对太宏大东西的无助和惶恐。新政是对的吗？连他自己也不清楚。也许像天顺朝那样，保持现状节约开销，还能勉强支撑下去，但是一旦采取激烈的政策，后果将无法预料。
新政的危险很大，因为现在朝廷的政权有些名不正言不顺，本身就有漏洞。叶三知道一些藩王，尤其是襄樊的宪王正在等待机会出手，而关外的蛮夷也虎视眈眈，敌人都在等待时机。但是，叶三知道自己无法收手了，他为此准备了这么久，而且万事俱备，新政的条件都已经具备。比如内廷的完全支持，外廷的大权独揽，这都是推行改革的必要前提。具备了这样的条件是可遇而不可求的，当叶三有了这样的条件，就是心中再有怯意，也实在无法放弃。
正月里的好一场大雪，整整下了四五天才停。二月初，新年刚过不久，各个衙门陆续开始开印办公，一切都按照规则在运转，虽然运转的并不好，但是并没有出现地方强于中央甚至胁迫中央的局面，中央集权依然有效，朝廷政令也比较通畅。大明帝国可以控制的地方，就不算弱，难道真的要灭亡了？
当白雪慢慢消融的时候，乡间的麦子绿油油一片的时候，春天的气息扑面而来，二月春风似剪刀，正是此时的写照。如此带来希望和活力的景象让叶三的心中少了一番怯意，心情渐渐开朗起来。或许人不应该只顾自己，特别是站在高处，被世人仰望的时候，他应该带领大家看到希望。
叶三怔怔地站着，表情凝重。乾清宫西暖阁内，内阁和六部大员在朱见深面前开始了一场御前廷议。西暖阁里的青色基调依然那么阴沉，帷幔随风飘舞，犹如飘摇的大明皇朝，零落的大明帝国。但是，叶三却情绪激动，他那充满热情的脸，火热地燃烧着所有的低沉，他的声音很平缓，但是却带着真挚的颤音。
“诸位一直想知道我的新政是什么样的，但是却不便多问，而我深知这件事牵连太广，也不愿意过早泄露。今天，我想告诉大家，新政是这样的：第一，不仅摊丁入亩，而且税赋按照地价的比例来收取，谁有土地就找谁收税，地价高税收就高，无地者免税，此法同样适合商业税中登记造册的商铺、资产。第二，为了防止缙绅权贵勾结的假借、诡计、虚冒等逃税手段，取消一切免税制度，包括皇家、王公贵族，一应缴税。第三，重开税厂，将中央税赋衙门独立出来。希望各位同僚支持叶某人，一起供图国家大计！”
“叶阁老，万万不可！”内阁首辅王翱这样中庸的、唯唯诺诺的人竟然第一个站出来反对，而且态度十分坚决，他吹胡子瞪眼道：“叶阁老啊！您这新政说起来简单，其中有多少火坑啊！万望叶阁老三思！”
兵部尚书、工部尚书也纷纷劝说起来：“叶阁老，您是智者，应该也想得到，首先新政牵扯禁区太多。再者，重开税厂，和前朝的税吏有什么区别？就算是皇上下旨办的事儿，不也是闹的天下沸沸扬扬？如今再这么做，指不定会发生什么大事！”
“最严重的是，影响了所有人的利益，谁会支持新政？阻力该有多大？叶阁老慎重啊！”
叶三默默地听众大臣说劝着，他知道，这些大臣都是出于好心，因为他们是依靠叶三才坐上高位的，一旦叶三倒台，他们也讨不着好。
议论纷纷之后，渐渐安静下来，大家都看着叶三，希望他能表个态。西暖阁里很安静，皇帝朱见深也没有说话，看着塌下怀有怯意的一众大臣。叶三瞪圆了双目，好似要高声言语，但是最后依然保持平静，他冷静地说道：“皇上，诸位同僚，要知道我叶三提出新政是为了什么？我缺高官厚禄吗？”他长身而立，清风缓缓吹动着他的绯红官袍，补子上的仙鹤仿佛要从官袍上跃起。在此时，叶三那颀长的身影仿佛更加高大起来，就像站在一个山坡上，面对着追随他的亿兆百姓。叶三怔怔地看着众人：“吾意已决，不成功则成仁！在站的诸位都是大明的精英，手握国器权柄，当此国家危难之际，如果为了社稷，为了亿兆百姓，要有人去呐喊，要有人去流血，我愿与诸公同赴黄泉！如果诸位认为我有负于国家黎民，请皇上赐尚方宝剑，当面杀臣于殿下！我死无悔，在国家没有中兴之前，我愿先以血祭天！”
当叶三说出如此慷慨豪言之时，心中没有了丝毫怯意。
