冯友兰对中国传统文化的认同感是很深厚的，但是国外的听众只把这些东西当成博物馆的展品，没有生命活力。展品的讲解人也仿佛是从古墓里走出来的，也丧失了生命活力。冯友兰的文化自尊心又一次受了伤害，他忍受不了，毅然决定回国。在夏威夷登船以前过海关的时候，查护照的人看见他的印有“永久居留”字样的签证，告诉他保存好证件，随时可以再来美国。冯友兰只简单地说了声“不用了”，便把签证交给了查护照的人。
国内风云变幻，转眼间，南京政府已经风雨飘摇了。冯友兰没有追随梅贻琦再次南渡，他相信他对苏联社会主义的结论——“尚贤”，相信自己在共产党的天下同样可以有所作为。他选择了留下，又做起了清华校务会议主席，迎来了一个新的社会，一种新的生活。
在磨难中寻找新生
北京解放之后，冯友兰等待着被接管。进驻清华的解放军、文管会的负责人张宗麟鼓励校务会议成员好生维持清华，并对冯友兰说：“我们对于你的行动曾经做了估计，现在你的表现跟我们的估计差不多，党中央很重视你。”不久，校务会议被改成校务委员会，仍以冯友兰为主任委员。解放军入城之后，吴晗被文管会派为军代表，实际主持清华校务。南京解放后，清华校务委员会改组，冯友兰不再担任主任委员，依旧还是委员、文学院院长、哲学系主任。不久，冯友兰因曾两次加入国民党而辞去一切兼职。
虽然冯友兰以“无官一身轻”自解，但巨大的失落感还是压抑不住的。他给毛泽东写信，积极下乡参加土改，想让自己思想意识向无产阶级靠近，向自己证明马克思主义千真万确。
1952年，在三反运动中，冯友兰多次书面检讨1949年前后的思想言行。第一次，他狠批1949年前的名位思想，想当大学校长，乐观地认为1949年后有进步。这样不疼不痒、对自己没有杀伤力的批评当然没有通过。第二次，他还是狠批名位思想，又挖出了反共拥蒋的黑暗念头，迟疑地承认1949年后进步不大。第三次，反共拥蒋的黑暗念头成了头号敌人，冯友兰断然认定自己没有进步，名利思想依然根深蒂固，所幸反共拥蒋之心已死。这样折腾了很久，虽检查逐步升级，但冯友兰始终过不了这道检查关。有一次金岳霖去看望他，两位老友悲从中来，不禁抱头痛哭。
这种毁人尊严的自我批判甚至延伸到了国外。1951年在德里大学，印度总统普拉沙德授予冯友兰名誉博士学位，在介绍冯友兰的学术贡献时，他提到了《中国哲学史》及《贞元六书》。外交部获悉后，当即致电访印代表团，说这个介绍有问题，要冯友兰在适当时机给予更正。于是冯友兰在加尔各答讲演时承认：“中国革命成功，我认识到我过去的著作都是没有价值的。”
冯友兰的学术创作基本停止了。他忙于写自我批判的文章，同时献身给理论家们做“学术批判”的靶子。他戏称自己是“臭豆腐”，闻起来臭，吃起来香，他的任务就是“树立一个对立面”，以供批判打击之用。不过风雨经历多了，冯友兰的“政治觉悟”真是“提高”了。1957年反右，北大有关领导有意送他“右派”帽子，多次“启发”他“鸣放”。冯友兰“谦逊”地不吭声，被逼得没法子了，就提了两条小意见，一条说1952年调整到北大后，清华的书没有随调，用书不便；二条说北大住房太小，没地方放书。领导们慎重地分析这些意见，觉得够不上“反党反社会主义的纲”，就没有给他戴帽子。“文化大革命”前期，冯友兰已经视批斗如等闲了。知道要挨批斗了，他就吃饱饭，多穿点衣服，先休息休息，养精蓄锐；斗完回家，拿饺子犒劳自己。翦伯赞自杀后，北大领导去探视冯友兰。冯友兰心知其意，从容拿出已经准备好的“思想汇报”，保证“绝不自杀”，敬请领导放心云云。
但是冯友兰毕竟老了，已经心力交瘁，经不住太多折腾了。1972年开展“批林批孔”运动时，冯友兰感到自己又成了人家案板上的鱼肉了。批孔当然要批尊孔，批尊孔少不得树冯友兰这块靶子。这位老人非常无助，突然之间他想通了：为什么总要站在“与人民为敌”的立场上呢？就不能主动站到“人民阵营”中去吗？冯友兰就写了两篇骂孔子的文章，不料被毛泽东看中了，发表在《光明日报》上。冯友兰一夜之间由“新儒家”变成了“新法家”，然后稀里糊涂地被拉进江青的“大批判组”当了“顾问”，其实只是被当成古书的活辞典使用。这一段“顾问”经历，在冯友兰算不得“附逆”，也谈不上政治污点。他没有政治图谋，他的“野心”，仅仅是想获得原本无需个人代价的人身自由和免于恐惧的自由。在《三松堂自序》中，冯友兰忏悔自己没有做到“修辞立其诚”，所说的话不是自己真诚信仰的，有哗众取宠之心。但即使这种过错，也不应由他个人全盘负责。在那样恶劣的生存环境下，冯友兰要想不被后人诟病，只有“死节”一条路了。1934年的牢狱之灾，已经让他体验过“从容就义”的滋味，他不是贪生怕死之徒，死没什么可怕的，但他还有他的历史使命，必须活下去。知我罪我，留与后人评说。
“海阔天空我自飞”
“文化大革命”一结束，冯友兰又陷入了新的困境，幸而压迫性不如以前那么强了。他被当成垮台的“四人帮”的“帮凶”，反复受到审查。这位对权力泥潭不明究竟的学者，还在庆幸自己总算成了“人民”的一员时，眨间发觉，不知怎么自己又转到“阶级敌人”那边去了。他的行动受到一些限制。1978年11月，卜德率领一个代表团访问北大，要求同冯友兰见面，校方推说冯友兰身体不好不能会客。卜德不死心，往冯家打电话，但接通北大后，却被告知没有他要的分机号码。这两位异国老友，自1949年分别后，已将近三十年不曾会面了，而今卜德跨过了大洋，却跨不过一道无形的屏障，真有“隔花人远天涯近”的悲叹。卜德托人转交冯友兰一封信，说他再也不来中国了。冯友兰将来信和自己的回信译成中文，上交哲学系党总支。
外界的荣辱得失，冯友兰已经不复动心了，久处樊笼，如今他挣脱出来了。否定了万物，只留下自由不羁的心体，屹立于天地间，要去完成它未尽的使命。1977年，夫人任载坤去世，冯友兰写了一副挽联：“同荣辱，共安危，出入相扶持，碧落黄泉君先去；斩名关，破利索，俯仰无愧怍，海阔天空我自飞。”下联真实地写出了冯友兰晚年的精神境界。他曾论证过哲学可以替代宗教，这种为他提供宗教式精神憩息地的哲学，不可能是马克思主义、毛泽东思想，只能是儒学、道学。二十多年来，他身体虽在中国，精神却仿佛被驱逐到了异邦，如今这漂泊的游子回来了，生命和学问，在他身上渐渐融为一体。
冯友兰受过很多误解和苛评，左翼人士批评他认同于“封建的”传统文化，右翼人士又指责他依附于马克思主义。两种批评合在一处，正好表明他念念不忘的“阐旧邦以辅新命”的事业。冯友兰对中国历史、传统文化、传统哲学不断产生新见解，他计划倾尽余生全力，写成七卷本《中国哲学史新编》，苦心孤诣地要“为往圣继绝学，为万世开太平”，从文化上推动中国的现代化。
从1982年到1989年，人民出版社出版了《中国哲学史新编》前六册。在这期间，他耳近失聪，目近失明，还经常住院。有一次在医院，他对女儿宗璞说：“等写完了《新编》，这病就不用治了。”这时期冯友兰生活得很有规律：上午著述，通常他口述，助手记录；下午闭目养神，也构思下一步的写作。有人担心他的身体状况，怕书稿未成人已先逝，就建议他只管勾勒出全书骨架，血肉部分由别人填充。冯友兰不同意，说他的新思想都是在写作中涌现出来的，不亲自写就创不出新意。
冯友兰写前三册的时候，还保留了较多的正统色彩，这也不难理解，毕竟在那种氛围下熏陶了二十多年。况且写书的过程又是个反思的过程，在这个过程中冯友兰不断改造自己。到第四册的时候，他的精神境界和思想境界渐臻化境。他虽然是用早期的“四种境界”学说把握魏晋玄学的精神境界，但因他本人对人生理想的“天地境界”有了更深的切身体认，那种把握当然独见功力。
《新编》第七册讲现代中国哲学，其中既包括熊十力、金岳霖、毛泽东和冯友兰本人的哲学，也包括他对中国现代社会变迁的认识，有许多是政治上敏感的话题。冯友兰多次对朋友谈到，他将不避利害，独抒己见，纵然因与当局的正统观念相左而不能出版，亦在所不惜，他宁愿藏之名山，以待来者。冯友兰提出了一些“非常可怪之论”，其实只在正统的思想背景下才显得“可怪”，对开放的心灵来说是“非常可喜”的。
1990年，《新编》第七册终于脱稿，交人民出版社审查，等候出版。随即冯友兰又住进了医院，但宏愿已了，使命已尽，他坦然极了。同年11月26日，这位世纪老人溘然长逝。原定在95岁生日那天（12月4日），为他举办国际学术讨论会，结果改成了纪念大会。《新编》第七册当时并没能在大陆出版，1991、1992年分别出版发行于台湾和香港。直到1999年，才由广东人民出版社更名为《现代中国哲学史》在国内出版发行。
冯友兰逝世后，《纽约时报》发表评论说：“为什么冯友兰一直坚定地为他留在共产党中国加以辩护，以及为何至少在公众场合始终用马克思主义重新诠释他的思想，对许多人来说，仍是不解之谜。”傅伟勋先生在悼念文章中说：冯友兰“到文革初期为止，既是很爱国的哲学家，同时又是自认忠实的马列毛信徒，这是他的内在真实。只是他仍看不出，讲求独立自主而具批判精神的哲学家与马列毛的忠实信徒之间，是有本质上的矛盾而解消不了的”。冯友兰“本来是个为人单纯的哲学家，他一心一意所要做的，也不过是开发动用内外资源，打开一条中国思想文化的现代化之路。他万万没有想到，自己这么一个性格单纯的学者，只因极端爱国，终于不知不觉卷入政治漩涡，变成现代中国（大陆）知识分子的苦难象征”。
