门之领域的诞生和最早时期
门之领域和建造它的主人对地球以及地球上曾出现的任何文明而言，都是遥远而不可知的存在。
元子将最早建造门之领域的主人们，称之为“创造者”，这是元子对其的尊称。包括元子本身在内，门之领域的每一个组成部分都是由创造者建立起来的。创造者的文明历史起源早已不可考证，即使是元子也难以从现存的数据库里找到其有关的资料，唯一可证实的是，创造者的历史与门之领域建立之初的历史是相符合的，这就说明了门之领域的确是由创造者亲自建成，并没有第三方的直接或间接参与。也正是在建造门之领域的那个时间点，创造者的文明正处在一个黄金发展时期，足以代表了其文明发展的最巅峰时代，与现在的人类文明相比，就有如耀眼的星辰对于发亮的明灯一样。
创造者最初的想法是通过建立一个巨型空间站来保护当时已知宇宙物种的多样性，并以此作为探索宇宙工作的一个重要研究中心。但后来创造者发现，一般空间站的规模根本不可能实现这一想法，于是他们决定建立一个理想世界，这个理想中的世界可容纳任何已知的生物生活，这样即使是该物种原生的世界遭受了毁灭性的破坏，它也可以在理想世界繁衍延续下去，这个“世界”就是门之领域最早的雏形。
以高度发达的科技技术作为基础，创造者集中大量人力物力，开始建造这个“世界”。它位于宇宙虚空深处的一片宁静之土，是一个巨大的“人造”星球，全由创造者亲历而为，不假手于任何自然痕迹。“门之领域”一词在创造者的语言里，意为最后的避难所，因为这里将是宇宙中各种生物的最后一处家园。
门之领域的建造工作几乎与宇宙物种多样性的保护工作同时进行。各种已知的物种被创造者们逐渐带到这全新的“世界”来，创造者们以门之领域的物种作为蓝本，对宇宙生物多样性进行多方研究。创造者希望通过研究不同的宇宙生物竭力去寻找宇宙本源，即宇宙因何而生？但遗憾的是，在往后的任何资料里，没有显示创造者们找到了这一答案。即便创造者是当时宇宙中最开化，最智慧的文明，他们仍然很困惑，很孤独。
随着门之领域的逐渐成型，一个最关键的问题出现了：如何让不同的生命都共享同样的世界？这不仅关系着不同物种生命的延续与不同物种之间的和谐相处，也关系着门之领域是否能永久地运作下去。创造者们解决的方法是利用“门”来协调整个门之领域。这里的“门”即是后来门之领域中的时间之门的最早形态，是创造者们发明出来人工智能，它们最主要的功能是协调，控制，管理门之领域中的生态系统，构建一个可以让多样性物种共存的生活环境。在这其中，创造者们又建造了一个拥有最高智能的“门”，基本能贯彻创造者意识意志的智能生命体，即“元子”。元子相当于整个门之领域的管家，它可以协调所有的“门”，为创造者们管理门之领域提供全方位的精细化辅助。
这就是最早期的门之领域，它是由创造者建造的，并以创造者的人工智能来协同管理下的一个人造星球。它存在的目的有两个，一是为了保持宇宙物种的多样性的存在及延续，二是作为创造者们探索宇宙奥秘工作的一个重要组成部分。
创造者灭亡前后时期
在一次波及整个宇宙的大浩劫中，当时的创造者们也处在面临生死存亡的危机中，一小部分幸存的创造者们在末日降临之前进入了最后的避难所，即门之领域。颇为讽刺的是，创造者由昔日的宇宙多样性管理人这一角色，转变为门之领域物种多样性中的其中一部分。
创造者们身份的转变，促使他们放弃了原先通过门之领域去探索宇宙之谜的目标，他们的工作重点转移至不断的去完善门之领域的世界规则上，以保证他们自身能存活下去。于是创造者开始对元子及“门”进行升级改造，最主要也是最重要的改造，就是将自身的基因物质与元子这些智能机械体进行融合升级，此举不仅完善了元子和“门”的自我意识，而且令它们具备了创造者本身的智能及理念。创造者对元子，“门”这些智能机械进行改造升级，本意是为了让它们拥有与自己同样的道德观念，能更好地为自己服务，而这些智能机械体也确实做到了，它们比之前更好地“服侍”着它们的主人。
经历一段短暂的安稳时期后，创造者们也迎来了最终的末日。基于对门之领域未来的探讨，他们之间产生了严重的分歧。两大主流派别中，一派认为应该将放弃门之领域原先存在的目的，将门之领域作为新的母星作为往昔繁荣文明的起点，并对门之领域作出根本性的改造；另一派则坚持门之领域作为宇宙多样性的避难所，在限制自身种族繁衍的同时，要顾及门之领域其它生物的存在。战争在门之领域上爆发了，这些逃过宇宙浩劫的最后幸存者最终消亡于自己的内斗当中，战争后存活寥寥无几的创造者已经无法继续文明延续的重任，创造者们最终退出了历史的舞台。
在这场内战中，以元子为主的机械智能保持了中立，它们没有帮助任何一方，而是尽力保护在门之领域中的其它生物免受战争波及。内战结束后，失去了创造者的门之领域，成为由元子和“门”这些机械智能主宰的世界。
在经过漫长的时间后，元子最先完成了创造者们先前对其进行的改造升级，进化成半机械半感性的智能生命体，初步具有了完整的感情属性。
探索发现时期
失去了创造者的指引后，元子按照创造者原先的计划并结合自身的理解，对门之领域进行管理，从这时起，门之领域的发展进入一个新的时期。
在这一时期内，元子之外其它“门”的改造升级也陆续完成了，这极大的增强了门之领域的自主管理能力。
随着创造者内战的远去，门之领域的环境开始稳定下来，元子开始完善门之领域的各项管理。有鉴于创造者们发展历史，元子开始将“门”的功能进行相应的调整，即将“门”用来保管“规律”（类似于将“门”转变为存储器这样的功能），创造者们的经验被有效的整理并分门别类的记录在“门”之中，作为门之领域发展和存在的重要经验指导，以确保门之领域的发展不会偏离原先的轨道。同时，对深邃宇宙的探索也开始了，元子开始寻找宇宙当中可能存在的生命，并将其置于门之领域的保护中，以延续其存在。但宇宙何其广大，即便是像元子这样超级的人工智能，要在茫茫宇宙中找到开花发达智能生命生物种，仍是一个巨大至不可想象的工程。于是除了主动探索的方法外，元子又发明了被动探索的方法，通过“门”建造的通信信标发送一个包含有门之领域信息的信号（即虚空信号），尽可能的向宇宙各个方向传播开去，这样一旦得到对方的回应，元子将会针对这一反应做出相应的计划安排。
在探索宇宙生命的漫长等待期间，门之领域的生物多样性发展至欣欣向荣的程度，但这也带来了各种各样的“社会”问题，因为要将不同生存环境的物种以同样的社会规则来约束，这将破坏其生命发展的无穷可能性，但放任不管的话，弱肉强食的法则又会发生在门之领域当中，使得生物多样性受到影响，甚至会使得一些物种消失。元子的方法是适时介入，在构造不同门之生物的生活环境时，予以必要的被动管理，将可能影响任何物种消失的可能性消除或使这种风险。
为了使得元子本身以及“门”都具备大规模适时介入处理危机的能力。元子开始像以前创造者做的一样，吸取各种门之生物的优异基因物质来改造自己的生命，经过这一轮新的升级，元子已经初步发展出一种特异的力量，即可以影响“事物兴盛或衰亡”的力量，也就是时间之力量（简称时之力）。而元子对于“门”的改造则依据“门”本身储存的创造者经验来进行，通过融合了门之生物的各种优异基因后，这些“门”也逐渐发展并具备了相应性质的特异力量（门之力量）。当元子和“门”的改造升级暂告一段落时，元子和“门”的本质均已变为具有强烈自主意识机械智能生命，其构造也因大量的有机生命基因得到重塑，再不用依靠创造者们最初的供能装置或服务器来工作，这些科技制品逐渐被元子和“门”抛弃。
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第一次门之领域的失序崩溃
门之领域进入了一个繁荣的阶段。门之生物安全的生存环境得以生存繁衍，并进而衍生出新的原生物种，门之领域的生物多样性达到一个稳定的阶段。
为了避免物种繁衍而引起的数量爆炸，元子和“门”开始构建一个以门之领域为基准的环境竞争机制以保证门之领域的生态平衡。门之生物在元子和“门”的影响下，逐渐在竞争与生存的过程中形成了多样食物网链，自此门之领域开始成为一个真正意义上的“生态系统”，因为相较之前的各种管理因素的影响，现在的门之领域开始顺应自然之道，以一种前所未有的良性循环在发展着。
然而在不断被领导的过程中，“门”的反抗意识越来越强烈，由开始抵触接受元子的协调指令，到后来逐渐转变为对抗甚至意图消灭元子的程度。一场机械智能生命之间为争夺更大自主权的斗争在门之领域铺天盖地的展开，影响着门之生物的方方面面，并对好不容易才建立起的和谐生态系统造成了严重的破坏。“门”凭借着其自身各式各样特异力量对抗元子，但它们都最终败于元子更强大的特异力量时之力之下，“门”的集合输掉了这场所谓的夺权战争。争斗的结果虽然以元子胜利而告终，但元子本身与“门”的集合一样，因为相互间的争斗，导致自身损耗非常严重，必须要通过机械智能生命休眠的方式来缓慢恢复力量。
失去了“门”的辅助，元子再无力维系门之领域的运作，只能选择休眠来恢复力量，而门之领域失去了这些机械智能生命的影响，脆弱的生态平衡系统逐渐遭受破坏，门之领域第一次失序崩溃也随之开始。
门之领域自此进入一段荒芜时期。
和解时期与第二次门之领域的失序崩溃
元子和“门”的集合先后苏醒过来。面对已经濒临荒芜的门之领域，元子和“门”决定暂时和解，修复门之领域处于崩溃边缘的环境以及重建门之领域的物种多样性。由于恶劣环境的影响，门之领域中的部分生物进化出拥有强烈暴力性的物种，在弱肉强食的法则下导致不少生物灭绝，遵循自然规则的情况下，元子并没有毁灭这些暴力生物，但却不得不将门之领域划出部分区域作为这些凶猛生物的生活之所，这样便增加了维护门之领域的负担。
“门”的集合在门之领域的情况得到稳定后，再次想要消灭元子，夺得对于门之领域的主导权。有鉴于第一次门之领域失序崩溃的教训，这一次的战争在相对隐蔽的环境中进行，元子与“门”的集合在以各自特异力量所建造的精神网络中展开残酷的厮杀，胜负取决于一方对另一方的精神控制，说明了在这个时候，元子和“门”的机械智能生命再有进化，它们生命中机械的一部分正在慢慢地融入其自主意识中，变为一个有情感的生命体。由于元子有着比“门”更为高级的生命形式，最终以庞大的精神能量完成了对“门”集合的控制，取得了这场战争的最终胜利。
但正如第一次双方的争斗所带来的恶果一样，失去了“门”的辅助，门之领域的环境很快又恶化起来，第二次门之领域的失序崩溃开始了。
元子与时间之门的斗争循环
元子在与“门”的集合的战争再度取得胜利，但当它再度恢复力量苏醒时，发现门之领域又进入了失序崩溃的危机时期。元子深感自己与“门”的内部争斗会严重损耗门之领域的生命力，威胁到门之领域中众多生物的生存繁衍与延续发展，于是决定对“门”的集合进行一次深入的改造，它决定剥除“门”中感性的一部分，只留下其作为机械生命最原始的机器部分，即将“门”做为一个纯粹的工具来维系门之领域的运转。
趁着元子对“门”的集合还有着部分精神控制权，这场深入改造开始了。元子的方法是通过时之力来消除“门”中的感性部分，将“门”由生命回归至原始的机械形态。但“门”的生命进化已经到了极为复杂的部分，仅靠时之力不可能完全消除“门”中的感性部分。在这样的情况下，元子为了确保对“门”集合的长期控制采取了退求其次的做法，它通过自身特异力量时之力来对“门”施加影响，压抑其感性思维中最为活跃的一部分，确保对其思考能力的控制，将“门”重新置于自己的领导之下。自此元子便通过时之力来对“门”进行控制，以维系门之领域的稳定，也由于“门”都有着能被时之力所影响的共同特性，它们又被称作时间之门。
元子的力量虽然庞大无匹，但也有衰竭的时候。每当力量处在虚弱的阶段时，元子便不得不进入休眠的状态来进行充能，当处于这样时期时，失去时之力制约的“门”又会渐渐恢复自身的感性认知及思考能力，重新挑战元子的主导权，而元子在苏醒过来后又以时之力向“门”施加管控，夺回主导权。这样门之领域就陷入了周而复始的斗争循环中，每一次的斗争都虽然都会使门之领域在一定时期处于动荡，但却避免了失序崩溃危机的发生。
在经过多次斗争循环后，元子已经能完全通过时之力对“门”的集合进行稳定管控，门之领域又进入一段平稳发展的时期。在元子与“门”的管理之下，门之领域继续自创造者伊始就定下的目标：搜寻宇宙中的各种生物并将之置于门之领域的安全环境下进行延续和发展。
第三次门之领域失序崩溃前后时期
第三次门之领域的失序崩溃，与星雅人先后两次到访门之领域有着密切的关联，伴随着星雅人在门之领域活动轨迹的，是两次足以颠覆门之领域的危机。
在这段比较特殊的时间段里，星雅人诺比泰伦和他的同伴们是最早抵达门之领域的外来智能生命，但他们由于受到时间之门的引诱，先后成为了时间之门为消灭元子，掌控门之领域的工具，并试图向元子所在的“天堂之心”渗透与破坏。好在经过元子与诺比泰伦的及时交流，后者迷途知返，在打败了那些被时间之门所操控的星雅人后，元子和诺比泰伦成功阻止了时间之门的阴谋。
元子以现存不多的能量再次控制了时间之门，但其自身也再无法维系门之领域的正常运转，失去了元子及时间之门协调管理，门之领域再次失序崩溃。为了保护诺比泰伦能在门之领域即将到来的失序中幸存下来，元子分出部分力量，将诺比泰伦置于静滞场中，使他进入漫长的休眠。
沉寂的时期一直持续到星雅人的第二次到访门之领域，席丽斯和她的同伴们因为躲避战乱而来到了这对她们而言陌生不已的新世界。随着探索的深入，这些星雅人逐渐挖掘出门之领域的部分秘密，为了挽救危机中的星雅人文明，席丽斯与同伴们不断深入探索门之领域，并逐渐接近“天堂之心”的所在。席丽斯和同伴们找到了处于静滞场中的诺比泰伦并将其救出，之后他们继续深入“天堂之心”，并唤醒了元子。
元子的及时苏醒中止了门之领域的失序崩溃，而诺比泰伦和席丽斯在与元子共同应对门之领域危机的过程中，也产生出了互助友好的微妙关系，以此为契机，他们最终答应并接受元子强大的特异力量，成为门之使者。有了门之使者的守护与协助，元子对于门之领域的管控日趋平稳，进而能集中大部分的精力转为对时间之门的控制，基本上消除了门之领域内部的斗争。门之领域在元子，时间之门，门之使者的共同努力下从失序崩溃中稳定下来，并逐渐恢复了往昔的稳定繁荣。
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第四次门之领域失序崩溃
第四次门之领域的失序在发生前已经有不少的预兆。
门之领域极端气象气候频发，不少生物出现莫名其妙的迁移现象，包括危险区域内的巨型门之生物也出现了不同程度躁动情绪等等，这都是失序崩溃发生前的危险讯号。元子在进入沉眠时期后，并未在应该恢复的时间苏醒过来，其余的时间之门也一反常态的出现异常，产生比正常状态时严重得多的不和谐能量波动。这实际上是门之领域这一由创造者们制造的“人造天体”出现构造异常的现象，因此无论是元子或时间之门均受到不同程度的影响，因为它们的生命和力量根源，都是建立在门之领域这一“人造天体”的基础上。
局面不断恶化。门之领域中与通道信标相关联的虚空通道均因环境变化而被先后激活，并在门之领域的混乱环境中发生异变，形成可怖的通道黑洞，通道黑洞所过之处，事物均被吞噬，就连门之使者与时间之门也不例外。随着通道黑洞力量的渐渐消亡，这场对门之领域肆虐的浩劫虽然暂时告一段落，但更大的隐患也潜伏了下来。
元子终于苏醒了，它错过了本应苏醒的时间。此时的门之领域在通道黑洞的影响下，蔓延着的空间碎片形成极不稳定的与多个未知终点连结的虚空通道，将整个门之领域变得千疮百孔，门之使者与部分的时间之门都已经消失不见。元子很想恢复门之领域的稳定，但它对现状有心无力，此时的门之领域只依靠它的力量是难以恢复的。
在元子苏醒之前，时间之门已经先一步苏醒过来。时间之门本以为此次门之领域的失序崩溃会成为它们击败元子，全面掌控门之领域的一大契机，但环境的恶化令它们不得不重新审视自身生存的处境。随着门之领域失序崩溃的现状在不断地加深，所有的时间之门都预感到这个世界迟早将走向毁灭，然而元子的苏醒又令它们看到或许挽救门之领域仍有一线生机。在这样的情况下，时间之门内部因对未来的期待不同而产生分歧，分裂为两个派系。其中一派对元子保持服从，即忠诚派系，它们希望继续服从元子的领导来恢复门之领域的秩序，这一派的时间之门最终重新归于元子控制，并加快了后者苏醒后恢复力量的进度；另一派则是叛变派系（以生命之门为代表），它们继续自力更生的生存方式，希望通过各种各样的方式脱离元子和门之领域的束缚，让自身的生命在地球等合适的居所得以延续下去，当然它们也不会放弃任何向元子发起挑战并掌控门之领域的机会。
因受到第四次门之领域失序的崩溃影响，不少门之生物先后通过虚空通道进入到地球，并引起了危及人类的巨兽危机。借着地球上混乱的形势，时间之门的叛变派系找到了“命运”作为自己的代理人。它们向“命运”展示了门之领域所蕴藏的无穷奥秘，令他和他的追随者们陷入一种近乎盲目的热情当中，使他们相信只有前往门之领域，才能实现真正的“人类革新，人类未来”，并催生了浮冰组织的出现。但实际上，时间之门所谓的“引导”不过是想要将加入浮冰组织的人类引诱到门之领域为其效力的谎言。时间之门的力量仍受到元子深入的控制，因此它们无法长时间维持连接门之领域与地球的虚空通道，它们能做的只是修复门之领域这一边的通信信标，并寄望着浮冰组织能来到门之领域来摧毁元子。于是时间之门不断指引浮冰组织搜寻星雅人文明的相关科技（如震荡机器，构建虚空通道），确保他们能找到并建立虚空通道，并最终抵达门之领域。
元子意识到门之领域已经处在逐渐崩溃消亡的边缘。要想拯救这个危在旦夕的世界，元子就必须重新集合门之使者和重新掌控所有的时间之门，只有依靠集体的力量，才能让门之领域度过这次失序崩溃的难关。元子让一部分时间之门修复通信信标以消除门之领域中的空间碎片，尽量修补门之领域残破的环境，减缓这个世界崩溃的进程，同时它通过其中一条虚空通道前往地球，寻找身处地球的门之使者和时间之门的叛变派系。
元子的地球之行
元子以超越了机械智能与有机生命的精神融合体形式来到了地球，虚空通道出口正是当初星雅人文明震荡机器所在的研究基地环形高塔。与时间之门的情况类似，它这样的生命形态无法在远离门之领域支持的情况下长时间在地球活动，甚至完全使用自身的力量，必须要有相应的载体才行。在这样的情况下，元子利用得自晨曦，黑天身上的基因信息，开始进行生命重塑，成为外表类似十几岁人类的星雅人“拉奇”，并在休眠维生舱中恢复因来到地球所损失的的能量，直到正在无人岛上进行争斗的浮冰组织和真龙都发现了它的存在。真龙等人开始以为元子只不过是一个沉睡了千万年的星雅人，但他们并不知道此次的相遇实际上是在元子的指引下实现的。元子再次见到了晨曦，但就在它想向晨曦说明一切时，浮冰组织的首领“命运”突然出现并将它掳走。
元子（拉奇）的出现引起了生命之门等时间之门的警惕，在“命运”将其带回浮冰组织的深海基地后，它很快被门之力量禁锢起来，在此期间，元子了解到浮冰组织事实上已经成为时间之门“叛变实力”的代理，成为了时间之门控制之下实现其意图的工具。为了自我保护，元子进入封闭的休眠状态，减缓时间之门对其实施入侵和控制的进程。
以生命之门为代表的时间之门集合，在意识到无法通过浮冰组织前往门之领域控制元子后，转而全力推进自身在地球上的生命延续计划。浮冰组织因此在全世界范围内大肆寻找活人来进行人类活体研究，以期找到能与时间之门进行融合的混合生命形态。此举最终惹得天怒人怨，导致真龙，暗龙，ECCO三方强强联手，浮冰组织也就此陷入了覆灭的境地，元子（拉奇）也被攻入深海基地的联合队伍救出所救出。
然而时间之门的叛变派系不惜一切代价都要实现的生命延续计划并未就此而终结，为了确保计划的成功，代表着叛变派系意志和力量的生命之门占据了“命运”的身体，欲凭借强大的力量杀死两位门之使者和龙魂战士们，终结对其计划造成影响的重要威胁。在千钧一发的危急时刻，元子（拉奇）及时出手将生命之门的力量击溃，成功消弭了由时间之门叛变派系所引起的动乱。
在浮冰组织的深海基地，元子与两位门之使者终于再度重逢，而神秘少年拉奇的真实身份以及其所隐藏的诸多答案，也逐渐水落石出。
