30日，五世班禅从扎什伦布寺来到拉萨，在布达拉宫传授佛法，并讲述五世达赖喇嘛的生平及其为西藏佛教和众生的幸福所作出的巨大贡献，鼓励仓央嘉措效法前世，勤奋学习经典，弘传佛法。五世班禅的授课，也拉开了仓央嘉措在桑结嘉措的监督下继续更严格的佛法研习的序幕。
根据历史文献记载，仓央嘉措的经师主要有五世班禅罗桑益西、甘丹寺大法座卓尼·楚臣达杰、格隆嘉木洋查巴、阿里格列嘉措、德东日甸林巴等人。据《仓央嘉措传》中引述仓央嘉措自己的回忆，第巴桑结嘉措对他的学习要求十分严格，仓央嘉措有时厌学而去散步，经师们都尾随在后，反复恳求他坐下听经，唯恐第巴追究责任。
仓央嘉措相继学习了众多佛教经典，如《根本咒》、《秘诀》、《供咒经》、《续说》、《生满诫》、《菩提道广略教诫》等。为了培养仓央嘉措，第巴桑结嘉措还亲自讲授了梵文音韵知识。桑结嘉措本人十分博学，精通五明医药及历算、建筑等，著述颇多。据说卷帙浩繁的《甘珠尔》仓央嘉措先后学过三遍，第一遍就是由桑结嘉措亲自讲授的。
坐床两年之后，第巴桑结嘉措又指名几位著名格西（藏传佛教高阶学位，相当于博士）担任侍读，指导仓央嘉措系统学习佛教因明学、诗学和历算等典籍。所学内容不分派别，诸如萨迦、格鲁、宁玛等各种有成就的经藏、密咒、教规等无所不学，并轮流到拉萨三大寺等地讲经说法。
5、 声称要还俗的活佛
在隐匿五世达赖喇嘛圆寂的消息败露后，第巴桑结嘉措不仅侥幸过关，而且还顺利地把六世达赖仓央嘉措迎入布达拉宫坐床。在这一过程中，他不仅没有丧失以往的权力，而且得以继续控制年轻的新达赖喇嘛，似乎掌握了更大的权柄。西藏的蒙古和硕特汗廷的统治面临更加严重的威胁，蒙古汗与第巴的权力争斗日趋激烈。这一斗争在拉藏汗即位后到了白热化的程度。
同时，第巴桑结嘉措对前世达赖秘丧不报、长期独断专权，也激发了西藏内部一些僧俗权势人物的不满。新坐床根基未稳的仓央嘉措夹在中间，在这些错综复杂的矛盾和争斗中不免常常无端受到牵连。
仓央嘉措于1697年被迎入布达拉宫成为达赖喇嘛（达赖即蒙古语“海洋”之意）后，对日益尖锐的政治斗争十分不屑，消极厌倦，“对内外各种行为，尊者（仓央嘉措）心如火燎，十分烦躁，并说‘现在似乎不必学经’，精神涣散，无心学习。第司（第巴）和身边等人虽多次劝告，但无济于事”。
作为在宗教意义上至高无上的六世达赖喇嘛，仓央嘉措虽被第巴桑结嘉措扶上法王宝座，但实际权力仍由第巴桑结嘉措独揽。由于要随时充当政治斗争的工具，他无法潜心学经向佛，这也增加了他对现实的不满和厌烦。一度，他不但不听第巴和班禅的教诲，而且还拒绝接受进一步的受戒，甚至还声称要把原先所受沙弥戒还给他的剃度师父班禅，这就等于公开声称自己要还俗。面对这一始料不及的变故，足智多谋的第巴桑结嘉措也显得有些无可奈何。
那是1702年，仓央嘉措好不容易听从了第巴的劝说，前往后藏扎什伦布寺朝拜四世班禅的灵塔。仓央嘉措的老师、五世班禅想借机为他授喇嘛序列中比较高级的比丘戒，被仓央嘉措坚决拒绝。这位年轻的法王当场表示，如果强逼他受戒，他宁愿选择死。
班禅大师在《五世班禅罗桑益西自传·明晰品行月亮》中记载：仓央嘉措“皆不首肯，决然站起身来出去，从日光殿外向我三叩首，说‘违背上师之命，实在感愧’，把两句话交替说着而去。当时弄得我束手无策。以后（我）又多次呈书，恳切陈词，但仍无效验。反而说‘若是不能交回以前所授出家戒及沙弥戒，我将面向扎什伦布寺而自杀。二者当中，请择其一，清楚示知’。休说受比丘戒，就连原先授的出家戒也无法阻挡地抛弃了。最后，以我为首的众人皆请求其不要换穿俗人服装，以近事男戒而授比丘戒，再转法轮。但终无效应”。
关于仓央嘉措在20岁左右时的种种离经叛道的言行，五世班禅在其自传中的记载非常详细。比如有一段写道：“第司仁波切（指第巴桑结嘉措）来函称，对圣尊（指仓央嘉措）之行为一再规劝，未蒙采纳，且言难从，知怀异众之志。蠢想您若当面相劝，可能会听。遂再三察告，仅答曰，当见上师。问其时间，却未明示，故延至今……在当月底，遍知一切（指仓央嘉措）也来信讲，‘正如给您历次来信的回复一样，我对继承达赖法位不感兴趣’。”
五世班禅写道：“……请他（仓央嘉措）尽可能多住些日子，为我们传经作法，但均不应允。圣尊在此仍旧我行我素，对此我不仅尽力规劝，以第司（即第巴）为首的达赖母亲、三大寺的代表也给以苦心劝说。这正如我先前祈求的那样——请像以往一切解脱之遍知大德一样，对所有能教化之众生，不要抛弃慈悲之心，请转动神圣法轮。虽如此三揖三拜祈求，但未听从。”
“甚至说以前授过的出家和沙弥戒如果不能收回，就面向扎寺自杀。这一切令我无所适从，难以作出选择。第司仁波切、三大寺的轨范师及总管等人来帮助规劝，然而无论他们是一起进谏，还是个别劝导，其结果愈来愈糟。遍知的种种言行，以及让人必须作出抉择的命令，这一切不要说回心转意，连曾接受的剃度出家也难以维持……我把一切情况向第司仁波切作了详细汇报，遍知在日喀则住了一十七天便回去了。”
当时去扎什伦布寺的哲蚌寺代表果芒札仓的堪布阿旺尊珠一世（喇嘛庙的各个部门叫“札仓”，各札仓的住持叫“堪布”），在自己的传记中也记载说，他曾对圣尊三拜，恳切地劝道：“您是雪域众生唯一的皈依处，不要这样下去了”，但是“由于徒众无福分，（他）也未听劝告”。
6、 权力夹缝中
1703年，因为一起突发事件，仓央嘉措和第巴之间的裂隙进一步加大。原来，第巴等人认为仓央嘉措身边的男仆拉旺撺掇仓央嘉措游戏作乐，所以与钟锦丹津鄂木布、阿旺那木准、多罗鼐、噶济纳巴、特依本等人商议，欲杀拉旺。有一天，仓央嘉措带着六七个随从出行，突然遭到十余人袭击，他身边受宠的随从塔尔占鼐被砍死，尸骨被扔到路边，拉旺肩部受伤。受到惊吓的仓央嘉措立即赶到第巴家，指责第巴策划了这一行动，否则没有人敢如此大胆，令第巴查出嫌犯。第巴虽然答应了，但事后告知达赖喇嘛，嫌犯未能查出。
当时著名的宁玛派喇嘛久美多吉的弟子在《圣僧自传遗事炽热太阳》中记载：“那时很多藏蒙僧众对六世达赖喇嘛之所为进行各种邪视诽谤。第司仁波切（第巴）一方面嘱托寺院的轨范师和执事等人，指示他们为了不再出现对圣尊行为的邪视现象，要在法会和经堂对众僧教诫一天。另一方面认为，是仲科塔尔杰乃（拉旺）将圣尊带坏，如将此人除掉，则会有利。于是第司便准备派人在圣尊去宫后射箭回来时，将塔尔杰乃在半路杀掉。其日，恰巧达赖之衣给了塔尔杰乃穿，塔尔杰乃之衣又穿给了仆人，所以错将仆人杀死。知道杀错后，另一人又补刺塔尔杰乃一刀，但未被杀死，只是受伤倒地。于是传言四起……之后圣尊对出现如此严重的乱子，特别是对第司的做法非常不满。”
据有关文献引述当时在拉萨的清朝使者荐良的奏折：“达赖喇嘛查此案数月，才破获，将钟锦丹津鄂木布等五人交付拉藏处死。因此五人俱与第巴亲昵，故第巴恳求免其身命，拉藏不肯，杀之。从此结仇，用药毒害拉藏……”可见，这一突发事件不仅导致仓央嘉措与第巴直接交恶，而且还令第巴和拉藏汗的矛盾激化。
拉藏汗与第巴矛盾不可调和的另外一个佐证，是此时出现并广泛流传的有关拉藏汗已拘捕第巴的谣传。1704年5月，去拉萨回来的青海贝勒戴青和硕齐在奏折中说：“我五月十一日到达，拘捕第巴之说是假，他还正常管理事务……”这封奏折的一个关键信息在于其中提到的有关仓央嘉措的印象。他说：“看达赖喇嘛转世，行止如凡人，和拉藏一起经常放鸟枪、射箭。”
拉藏是协助五世达赖喇嘛统一西藏建立地方政权的蒙古和硕特部固始汗的重孙。他是一位有野心有计谋的蒙古汗，同第巴桑结嘉措可谓棋逢对手。过去一般认为，第巴和拉藏汗的矛盾由来已久。可是，根据有关专家搜集的拉藏汗、五世班禅、六世达赖喇嘛、青海王扎西巴图鲁、清朝使者荐良等人的奏疏、书信、奏折等历史文献，实际上，拉藏到西藏之初，与第巴和六世达赖喇嘛的关系十分融洽。
继汗位之前，拉藏生活在位于青海的游牧地，并未与西藏第巴势力直接对立。据史料记载，第巴桑结嘉措还曾于1701年将达赖喇嘛赏的百余户朗生（农奴）分给拉藏。康熙四十一年（1702年），被六世达赖喇嘛仓央嘉措拒绝受比丘戒一事所困扰的第巴为了说服六世达赖，专门邀请拉藏赴拉萨协助劝说。次年，正是在六世达赖喇嘛和第巴的支持下，在前任蒙古汗去世、汗位空悬两年之后，拉藏才得以继位。当时，清廷派驻西宁喇嘛商南多尔济曾奏呈说，达赖汗之位，本来是要让他的长子丹津旺扎勒继承的，但是长子有病，不明事理，“故令其弟拉藏继位”。
有专家认为，拉藏与其兄旺扎勒不同，一直游牧在青海，与西藏政教界人士没有深交，当然也不会积怨，这应该是达赖喇嘛和第巴选择拉藏为汗的主要原因。拉藏即位之后，第巴桑结嘉措也以年老为名隐退，其位交给儿子继承。不过，西藏地方政府的大权，实际上还是大半控制在他的手里。
根据有关专家发现的史料，拉藏汗曾对清朝使者荐良说：“第巴欲立我为汗，让达赖喇嘛坐察奇尔巴顿汗之床，以控制达赖喇嘛。故曾与我甚为友善。”这段话中，“察奇尔巴顿汗”是梵语的蒙古语口语形式，意即“转轮王”的意思。“转轮王”既是观音菩萨的转世，也是众生之王，西藏出现的第一位“转轮王”就是吐蕃赞普松赞干布。所以，拉藏汗的意思是说，第巴给拉藏以汗位的虚名，实际上却利用“转轮王”信仰，让仓央嘉措成为西藏政教两界的领袖，而第巴自己站在仓央嘉措身后，成为真正掌握西藏政教大权的那个人。
显然，拉藏汗不甘心做像他父亲达赖汗那样的傀儡，这注定了他和第巴桑结嘉措之间争斗残酷。事实上，这两个人的明争暗斗，正是从1703年拉藏汗即位不久后开始的。少不更事的仓央嘉措，成为双方争相利用的工具。
关于这一时期仓央嘉措的种种“荒唐”行径，同时期享有盛誉的勒隆协巴多吉喇嘛传记《勒隆吉仲洛桑陈来自传善缘喜筵》中记载说，他年幼时曾向六世达赖献胎发，“……圣尊身穿一件浅蓝绞子薄藏袍，头发垂至耳下，手指满戴饰品。左右随从穿着不伦不类，佩戴箭筒……”
另据文献记载，仓央嘉措在布达拉宫内“身穿绸缎便装，手戴戒指，头蓄长发，醉心歌舞游宴”。
不过，对于后世根据其诗歌的文学描写胡猜乱测的，所谓仓央嘉措夜晚溜出布达拉宫、混入民间寻欢作乐的传说，实际上是颇可存疑的，估计应该是民间的渲染和夸张。
有专家指出，达赖身边随时有四个随从片刻不离地陪伴左右，好像他的影子一样，叫“影子堪布”。当时为了防止大臣们懒散放荡，达赖早朝的时间都很早，他怎么可能跑出布达拉宫偷情呢？一个普通人不但不能期望与达赖喇嘛有什么个人交往，就连听到他声音的机会都很少，他又如何能够四处留情呢？所以，有人分析认为，即使仓央嘉措部分诗歌中表达的情爱有一定的个人生活的影子，那也应该限定在一个并不太长的时间段内，最有可能的，就是在找班禅大师退还所授沙弥戒之后。
为了在和第巴的权力争斗中得到六世达赖喇嘛的信任，拉藏汗显然对沉迷俗世游乐的仓央嘉措采取了怂恿和姑息的态度。根据有关历史文献，第巴曾经向与他关系非常亲昵的青海亲王扎西巴图鲁使者萨罕其布说：“前世达赖喇嘛在世时曾有训示，一切事情我自专办理。如今，这辈达赖喇嘛、拉藏二人凡事不让我管，欲退官复不准。今非昔同，日子不好过矣。”
萨罕其布也在有关文字中说：“看得第巴日子过得似很艰难。达赖喇嘛转世、第巴、拉藏相互不合，事不让第巴管。”
在矛盾公开并不可调和之后，第巴遂生毒害拉藏汗之念。萨罕其布等人在奏报等文献中记载，1704年夏天，拉藏汗被第巴下毒之后，为哲蚌寺郭莽扎仓住持嘉木祥活佛治愈，身体好转后移居达木（今西藏当雄）疗养，伺机报复。1705年正月十五日，暂时赢得上风的第巴又假托达赖喇嘛之命，试图驱逐拉藏汗离开西藏。拉藏汗逃至喀喇乌苏（今西藏那曲河）一带，稍事休整，带领从各地调集的蒙古大军进攻拉萨，与第巴率领的藏兵在拉萨附近交战三次，击败第巴兵，斩近百人。后经仓央嘉措调解，第巴同意交出清朝所颁给的印敕，避居日喀贡噶尔城（今西藏贡嘎县境内）。
但是深谙“宜将剩勇追穷寇”的拉藏汗很快将第巴擒获并借机杀死。据推测，第巴受害时间为1705年9月6日。
后来的官方史书《清圣祖实录》简略补记此事云：“先是，达赖喇嘛身故，第巴匿其事，构使喀尔喀、额鲁特互相仇杀，扰害生灵。又立假达赖喇嘛，以惑众人。且曾毒拉藏，因其未死，后复逐之。是以拉藏蓄恨兴兵，执第巴而杀之。”
《王公表传》中“西藏总传”关于这次事件的记载是这样的：“达赖汗卒，拉藏嗣。第巴恶之……第巴计毒拉藏，不死，以兵逐。拉藏因集唐古特众，执杀第巴。奏至，封翊法恭顺汗。”
7、 从被废黜到被重新追认
第巴桑结嘉措利用五世达赖喇嘛的圆寂，秘而不宣，集西藏政教大权于一身，随后又通过扶立仓央嘉措和拉拢麻痹新即位的蒙古汗王，企图巩固既得权势。但是，一方面仓央嘉措拒不合作，另一方面拉藏汗又野心勃勃且技高一筹，最终谋败身亡。在这一过程中，在世俗争斗漩涡中一时因为厌倦而貌似沉迷酒色的仓央嘉措，似乎与老谋深算的拉藏汗走得更近一些。
对于他的放荡行为，第巴桑结嘉措自然是严加劝诫，而拉藏汗则一方面纵容姑息，陪他放枪射箭，骗取信任，另一方面又暗中告密，诋毁其六世达赖转世灵童的身份，指责其为“假达赖”并将矛头直指仓央嘉措背后的第巴。
杀死第巴以后，拉藏汗迫切需要得到清廷的认可和支持，所以他在第一时间即向清廷陈奏事变缘由，恳请在次年七月初一日拉萨蒙藏僧俗大会时，康熙皇帝能够颁下良旨，对他表示支持和保护。在综合考虑西藏局势后，清廷站在了拉藏汗一边。康熙四十五年十二月（1707年初），早就对第巴操纵西藏实权感到不满的清廷封其为“翊法恭顺汗”。
