《苏报》发表陈天华《论中国学生同盟会之发起》一文。为支持邹容倡议成立中国学生同盟会，陈天华在《苏报》发表《论中国学生同盟会之发起》。略谓：“蜀邹容者，东京退学生……毅然创一中国学生同盟会，……其目的在于学界成一绝大学会团体，以鏖战于中国前途竞争逼拶之中者也……惟兴惟亡，是在汝！是在汝！”
《绣像小说》在上海问世。《绣像小说》为国内首份文学半月刊，由李宝嘉主编，商务印书馆发行。该刊的宗旨在于运用文学的通俗性开发民智，宣传爱国，从而达到除弊兴利，国家富强。其作品内容广泛，有反映维新运动和立宪运动的，有揭露清朝官场黑暗及列强侵略活动的，也有通过翻译作品传播西方资产阶级文化的，另外对工商活动、教育改良、改革风俗等也都有所涉及，无一不是有关社会大事。该刊出版发行后，极受欢迎，甚至还远销日本、新加坡等地。它与《新小说》、《月月小说》和《小说林》并列为中国四大权威文艺期刊。
6月1日。《苏报》于本日刊登《驳康有为书》一文，对保皇言论严加驳斥。
魏光焘等将征收屯田税饷四条章程上奏清廷。清廷曾一再谕令各省督抚清查屯田地亩，遵旨办理之后，两江总督魏光焘等将办理情形以及会商议订的四条章程举奏给朝廷，他奏道：“现据江宁布政使李有菜、江苏粮道胡延会详称，查江省所属各卫，除江淮、兴武二卫向无屯田不计外，所有淮安、大河、扬州、徐州等四卫屯田，当经通饬自光绪二十九年起，分劈坐落各州县接收查办。谨将一切办法会议章程四条：
（一）缴价宜酌分等则也。
查江省淮徐等四卫屯田，共计一万一千六百二十一顷有奇，各丁私相典卖，纠葛甚多，且嵌坐各州县境内，与民田犬牙相错，田地肥瘠不同，价值多寡不一。兹就各属禀报情形，酌中核定，按照各卫额设顷亩，无论军执民执，每亩缴价，上则田三两，中则田二两，下则田一两，由屯坐州县先行出示晓谕。屯田具报承执顷亩各数，并历年征收册串花名，照章勒限催缴，不准避重就轻，倘有隐匿逾限不报，查出即行招买变价充公。
（二）纳税宜量予限制也。查民间置买田地，例应价银一两，完税银三分，今屯田纳税，自应仿照办理。俟各属造送花户顷亩册后，由道刊刻印照，编立字样，发由屯坐州县，按照册内花名及承执顷亩数目，应缴价银若干，税银若干，逐一注明照内，粘贴藩司契尾，发给业户收执管业。所有价银税银，均一律缴解司库兑收，专款存储，听候拨用。
（三）屯饷宜照旧征解也。查江省淮大等四卫应征屯折漕粮等款科则，轻重不同，而编征款目，均系查照赋役全书及部颁定额，征解司道各库兑收，相沿已久，今若改照民赋，未免纷更烦扰，诚恐于原额饷项有亏，应请仍照旧制征收，分解司道各库兑收造报，庶几民不扰而赋有常。
（四）运田宜征收粮赋也。查扬州卫仪征帮及兴化所有运田一项，从前起运之年，给丁济运，并不征粮。今既删除运丁名目，将屯饷改为丁粮，此项运田，应请一律造串启征粮赋。复查安徽省泗州卫，向有运津一款，征解道库，所有仪征运田、兴化军田以及各帮无主绝军之田，似应查照泗州卫征津章程，由嵌坐各州县，就近体查情形，详定科则，征收运津银两，推解道库兑收造报，俾免隐漏。”
商约大臣吕海寰致函江苏巡抚恩寿，声称上海租界有人在张园聚众议事，要求将为首者设法密拿严办。
6月2日。清廷给山东河工拨款。应山东巡抚周馥奏请，清廷让户部拨给山东河工白银300万两。河工约需500万两，其余的200万两，令其在本省内筹拨。
6月3日。英印总督寇松派人强行进入西藏干坝地区。本日，英印总督寇松以谈判为名，派怀特、荣赫鹏为代表，率领卫队200余人和输送队300余人，强行侵入干坝地区，开始了英国继1902年6月作为第一步的武装侵略西藏战争的又一个阶段。
《苏报》刊登章太炎所著《客民篇》一文，斥清廷为“客帝”。
6月4日。清廷命户部右侍郎铁良会同直隶总督袁世凯办理京旗练兵事宜。
清廷以礼部左侍郎特图慎兼署户部右侍郎，兼管钱法堂事务。
黄兴等人接受军国民教育会的派遣，起程回国策动革命。
驻美俄使向美国国务卿海约翰声明，俄国并不反对满洲开商埠。
6月5日。《苏报》刊载清廷严拿留学生的密谕。本日《苏报》将清廷严拿留学生的密谕予以公开发表。该报在谈到密谕由来时，说是由密友访来。该密谕历数了朝廷对待士人的深仁厚泽，对于那些革命党做出有负于国家之事表示难以理解。在谈到日本留学生时，密谕中提出，“前已饬蔡钧、汪大燮于在日本东京留学生举动，务加详察。各直省地方官，于日本游学生之返国者，亦暗为防堵，遍布耳目。昨据袁世凯密折，内言东京留学生蓝天蔚等各若干人，编集数军，希图革命。其电该督臣之意，又有诡言俄患日深，求该督助其军火，在日本东京各学生，便可至东三省与俄人决战。情形叵测，就使本为忠义，然拒义和团之日未久，亦深虞其有碍邦交。朕以为该学生等既反叛朝廷，朝廷亦不得妄为姑息。蔡钧、汪大燮于在日本留学各生，即可时侦动静。地方督抚于各学生回国者，遇有行踪诡秘，访闻有革命本心者，即可随时拿到，就地正法。”清政府对爱国学生采取缉捕严惩手段的这份密谕一经揭露，立即使整个舆论界一片哗然。
6月6日。美俄两国于本日在华盛顿（原在北京）谈判在满洲开商埠的事宜。
6月8日。许珏将在意大利考察的有关财政的情况上奏清廷。出使意大利大臣许珏将考察到的情况举奏朝廷。他在奏折中谈到，到意大利数月，考察其政俗，但却觉得他们的财政更为出色。其幅员不及中国十分之一，但年收入却比中国多五倍。探究原因，大盖是其殚心经划，且毫无中国笼统粉饰的弊端之故。此外，许珏还将翻译之后的意大利税则和财政汇考上交清廷。
江宁布政使李有解职，清廷以湖南按察使黄建为江宁布政使。
6月9日。外务部奏请清廷允准张之洞、盛宣怀等所拟订的沪宁铁路筹借英款合同，得到朝廷的许可。
因办理漠河金厂出力，清廷令将已革职的直隶候补直隶州知州詹恩圣官复原职。
6月10日。德国使臣穆默觐见光绪帝。
俄国公使雷萨尔会见庆亲王奕，提出新约7条，遭到奕的拒绝。
6月11日。奕奏报拒绝俄使七项要求。昨日，庆亲王奕拒绝了驻华俄使的新约7条，本日又将其详情禀报朝廷：“俄国钦差大臣雷萨氏复任回京师后，于昨日（中五月十五）来访臣协商东三省事，并问该约是否能决定。臣答称：我国悉依遵昨春缔结盟之条款，又何新约决定之有？雷萨君又谓：贵说极为率直偏拗，有破国交和亲之虞，请如敝使融和亲恳之言，勿吝采酌而施行。旋复用温言婉辞以动臣心。臣唯满洲为我皇祖发祥之地，不得久任人之滥为侵害，更不可不力图恢复主权以存国体。于是复排斥婉曲之巧辞与彼言曰：敝国以东三省地方为全国之咽喉要领，今贵国施其强制手段，抑压我国之咽喉，毋乃残忍太甚，前贵国署理大臣之提议协约案，已不能应诺其一二条款，今贵大臣又提议新约，势亦万不能应允，望贵公使见谅，当以依遵去岁条约为是。”
清廷免缓广西平南；桂平等9州县遭水旱灾害地方的钱粮。
6月12日。清廷命候补道杨枢为出使日本大臣，代替蔡钧。
梁启超于本日在美国首都华盛顿总统官邸白宫拜会了西奥多·罗斯福总统，双方进行了近半小时的友好交谈。
《大公报》登载清廷禁止拒俄演说告示。陈独秀在安庆藏书楼前所作的拒俄演说，引起爱国人士的共鸣，同时也惊动了清廷。演说后不久，清当局即在藏书楼前贴出了告示。本日的《大公报》刊出了该告示，其内容为：“照得本城拐角头旧敬敷书院房屋改为六县中学堂之用，因款项支绌，尚未兴办。前经程绅建勋等创设藏书楼，经方前府筹拨公款千金，并将此项房屋暂借应用。现丁绅等设立皖江公学，原为造就人才起见。访闻近有由东洋游学回国之人，在该处私设社会，演说悖妄之词，摇惑人心，实属荒谬，有违国家法律。现奉抚宪面谕，不准演说，私设社会，如违拿办等因，并札六县会商绅士，赶紧设法筹捐，兴办中学堂外，合亟出示晓谕。为此示仰各学生及诸色人等一体知悉。须知国家兴办学堂，系为亟求人才而设，各学生须知讲求实学，为国家有用之才，切勿轻听邪说，误听信从，自取重咎。至于国家应办之事，朝廷自有权衡，毋庸该生等过虑。此后不准在藏书楼演说、私设社会，及他处亦不准行，以正人心，而端趋向。倘敢故违，定即随时访查，指名提究不贷。其各凛遵毋违。切切！”
6月13日。中国教育会就爱国学社是否应该独立的问题召开评议会。
6月15日。日本邮船开始在长江航行。
6月16日。俄国枢密参赞伯仔布拉塞夫自俄国首都赴旅顺与关东军提督亚历克塞耶夫会商满洲问题。
清廷电谕丁振铎等严饬各军，快速收复临安、石屏等地，消灭当地起义军。
据直隶总督袁世凯奏，遵规章创练常备军，现已练成步、炮、马、工程、辎重等25营。
6月17日。江南制造局奉湖广总督张之洞之命将“龙骧”、“策电”两艘兵舰分别拨归江西、松江，“虎威”舰仍留在江南制造局，“飞霆”舰驶赴沿江一带查缉枭匪。
6月18日。清廷饬令整顿京营及保甲。因有大臣奏，京城军营废弛日久，军籍不实，大半都是市井游惰及衙蠹地痞，就连顺天、直隶各州县所办的保甲，也是偷惰成习。故清廷令军机大臣，让步军统领衙门、顺天府尹、直隶总督分别查明，认真整顿。
清廷允准库伦办事大臣丰阿等人妥订续开蒙古五处金矿的章程。蒙古“西自鄂尔河哈拉河至额能河，北白色埒河至伊鲁河”区域内有五处金矿，苗线极旺。于是，定边左副将军库伦办事大臣连顺拟请招集商股购运机器，开采蒙古金矿，前天津税务司柯乐德也禀请代招俄股遵章妥办。但是自光绪二十四年（1898年）至光绪二十九年（1903年），因某些大臣恐怕“招商开采蒙古金矿有害无利”，及“蒙古该旗盟长呈报有碍风水游牧”等等原因，致使开采金矿一事一再中断，后俄国领事利用官方手段请求开采金矿，故外务部向清廷奏道：“查臣部议复热河都统锡良折内请将蒙古各旗矿产设法开采，又政务处议复山西巡抚赵尔巽折内，亦有内外蒙古矿产甚繁、兴利实边当务之急各等语，均经奉旨允准咨行到库，札饬各盟一体遵照，该盟长等已知开矿兴利之意，现柯乐德请仍续办矿务，亦应各无异言等因，并准该将军连顺将该处开矿并无窒碍情形声复到部。臣等伏查蒙古图什业图汗、（库）［车］臣汗两盟界内矿地，逼近俄疆，久为彼国游民，私自偷挖，防维杜绝，智力俱穷。是以前出使大臣洪钧曾有自行设厂挖金，以防俄人越取之奏。即连顺原议，亦无非为兴利防害起见。……俄人越境私挖，仍难禁阻，设因驱遣之故。由其领事向我请办，则事关交涉，准驳均属为难，不如先自开，准令俄人附股，犹得稍保利权。”“如蒙俞允，请饬下库伦办事大臣丰阿会商定边左副将军连顺，妥订详细章程，奏明办理，并照总理衙门原奏，先就图什业图汗界内开采，徐图推广，以裕利源。”据此，清廷谕令“如所议行”。
直隶总督袁世凯奏请在天津由绅商合力集股开设银行及商务公所。得清廷允可。
蔡元培对爱国学社和中国教育会的内讧十分不满，离开上海前往青岛。
清廷派吏部尚书张百熙、兵部尚书裕德、都察院左都御史溥良、陆润庠、户部左侍郎陈邦瑞、右侍郎戴鸿慈、都察院左副都御史张仁黼、内阁学士刘永享为殿试读卷官。
6月19日。新任两广总督岑春煊到达广州，立即前往广西督师镇压会党起义。
奕将有关经济特科考试的有关事宜奏报朝廷，清廷谕令经济特科保荐人员于闰五月十六日（西历7月10日）在保和殿考试。
《苏报》本日发表爱国学社社员所撰写的《敬谢教育会》一文，宣告爱国学社独立。
6月20日。因张百熙等人在刻印题纸时将“昔”字误刻作“晋”字，清廷命将张百熙等交部照先例议定处罚。
有官员参奏浙江盐运使黄祖络贪横蠹政，欺罔营私，并罗列其不法行径五条。清廷令李兴锐按照所参各节，确切查明，据实具奏。
6月21日。清廷命沿江沿海省份督抚严拿倡言革命的学生并整顿学堂条规。清廷对学生开展的日益高涨的革命活动既惊又怕，为镇压学生运动，外务部于本日电令沿江沿海各省督抚严拿倡言革命的学生，电文称：“朝廷锐意兴学，方期造就通才，储为国用，乃近来各省学生潜心肄业者固不乏人，而沾染习气，肆行无忌者正复不免，似此猖狂悖谬，形同叛逆，将为风俗人心之害。着沿海沿江各省督抚，务将此等败类，严密查拿，随时惩办。所有学堂条规，并着督饬认真整顿，力挽浇风，以期经正民兴，勿误歧趋。是为至要。”
云南巡抚林绍年奏请允许在候补各员中选择明达可造之材同学生一同游学日本，并添没中学教司随同，以资督率。
6月22日。清廷官吏侦知上海租界中的倡导拒俄抗法之人，并开列了密拿蔡元培、陈范、吴稚晖、黄宗仰、章太炎等人的名单。
6月23日。清廷颁布渝令，授一甲3人，王寿彭为翰林院修撰，左霈、杨兆麟为编修。赐进土及第；二甲黎湛枝等138人，赐进土出身；三甲牛兰等138人，赐同进士出身。
端方奏报遵外务部密谕严拿爱国学生情况。为了镇压开展拒俄运动的爱国学生，清廷外务部密谕各省督抚对其严加查拿。本日，兼湖广总督端方将查禁情况奏报清廷：“查四月初间，方闻上海有爱国会社诸生，借俄事为名，在张园演说，议论狂悖，即经密电江宁查禁拿办。续在日本有各省游学生亦借俄事为名，编集义勇队、运动部名目，欲入长江勾引票匪为乱，复经方于五月初一日密电沿江海各省，严防密拿。各在案。现仍督饬文武各员严密查拿，未敢稍涉松劲。至湖北各学堂，平时具有条规，约束学生尚为严谨，方复随时亲往学堂考察规矩功课，务使学生咸知尊亲大义，不为邪说动摇。如有浮嚣悖妄之徒，立即黜革惩办。以期仰副朝廷兴学育才至意。”
6月25日。清廷命前贵州提督冯子材会同岑春煊办理广西军务，并任命丁槐为广西提督。
中国教育会与爱国学社分裂。继本月19日爱国学社社员在《苏报》上发表《敬谢教育会》宣告独立一事，黄宗仰代表中国教育会于本日在《苏报》上发表《贺爱国学社之独立》一文，算是作了答复。此举标志着中国教育会与爱国学社正式分裂。分裂的起因最初是由于账目问题，进而双方又产生了意见分歧。爱国学社部分学员认为学社是独立机构，而并非隶属于中国教育会，双方为此而展开争论。爱国学社以吴稚晖作为代表，教育会以章太炎、邹容为代表。蔡元培与黄宗仰虽也在中间做了许多调停工作，但终无成效。
