红星二场行政机构基本沿袭中国人民解放军的组织形式，采取团、营、连、排级建制，实行党委领导下的首长分工负责制。团机关设司令部、供给处、卫生队。以后，随着团场肩负任务的转变，为适应生产建设的需要，司令部设立了生产办公室，后分成生产股、基建股。供给处改为后勤处，又变为计财股（计划财务股）。撤销军事作战部门，增设指导生产的部门和为职工生活服务的部门及事业机构，撤销营的建制，连队作为一级核算单位，设统计、会计、文教、司务长，后来配备技术员。
四十七团进驻哈密、吐鲁番后，基于执行“三个队”（战斗队、生产队、工作队）的任务需要，仍然保持着战争时期的组织机构。此后，随着生产建设的需要，其行政机构不断调整，至2001年，红星二场行政机构设置系统，详团的行政领导有团长、政委、副团长、副政委。团的领导体制实行党委领导下的团长、政委分工负责制。长期以来，红星二场一直沿袭这种体制，其正副团长、正副政委简况。
行政机构适应战备和生产建设的需要，除沿袭原有司令部、供给处、卫生队三大系统外，司令部按职能分别为作战司令部，负责剿匪肃特、城防守备等军事任务；生产司令部设生产办公室，负责生产任务。司令部的行政领导设正副参谋长，并为其设协理员协助工作，详其下有正副参谋长领导的参谋处，参谋处内设作战股、侦察股、军务股、通讯股、军训股、管理股。团生产办公室设畜牧组、农业组、工矿组，这三个组的组长由生产办公室的副主任兼任。1951年1月，供给处改称后勤处，设财务处、军需股、军械股、粮秣股。
1953年5月，六军十六师改为新疆军区农业建设第五师。四十七团于1953年7月18日更名为十三团。司令部参谋处下设军务股、通讯股、生产股、基建股、行政管理股。供给处下设财粮股、军需股。1954年2月4日，司令部下设行政办公室、生产股、基建股。后供给处改变为计划股。
1957年3月6日，红星二场改为红星二分场，下设生产办公室。
1959年1月22日，红星二分场改为红星二农场，机关行政机构编制为生产股、工业股、行政管理股、计划财务股，还有党政合一的人事科。1960年行政机构编制为三个股，即生产股、基建股、计划管理股。撤销了工业股，建立了工业大队。
1962年机关设有农牧股、基建股、工业股、经管股。1964年基建股撤销和生产股合并，撤销工业股和经管股合并。管理股名称保留，不设股长，只有管理员和指导员。1966年“文化大革命”开始后，各股、室领导处于瘫痪状况。1968年临时党委建立，机关组建生产办公室、经管股。1969年6月17日，现役军官来场主持工作。1970年5月执行兵团统一番号，红星二场改称二一四团。机关设置司令部、后勤处（均未设股）。1975年5月，二一四团复改称红星二场，下设生产科、经管科。1978年，后勤处改为供财科。1982年4月，新疆生产建设兵团恢复，哈密地区农垦局改为兵团哈密农场管理局。红星二场隶属哈管局。下设生产科、供财科、行办室。1984年12月，行办室改为行政管理科，计划财务科、生产科改为生产服务公司，建立供销公司、基建公司。1986年撤销公司番号，恢复生产科、经管科，保留行管科，建立工交科。1988年撤销行政管理科，恢复行政办公室、计划财务科、供销科、工交科、生产科、基建科、审计科，1992年增设了劳资科。
