葡萄牙拉开了地理大发现的序幕，并在东方进行了广泛的殖民扩张，但相比较而言，地理大发现和殖民扩张的主角应该还是西班牙人。哥伦布发现美洲、麦哲伦环球航行这样的事情，都是西班牙政府领导和支持的产物。西班牙的人力、物力是葡萄牙所不能比拟的。特别是对美洲的大规模的征服和统治，没有西班牙那样的人力和物力，是很难想象的。
当然，西班牙统一较晚，对大西洋的关注总的来说也比葡萄牙要晚一些，但这不是说西班牙在统一前对大西洋一点也不关心。西班牙也是一个富于航海传统的民族，在国王夫妇正式批准哥伦布出海寻找“印度”以前，它与葡萄牙就已在大西洋上进行了一系列的角逐。
（一）大西洋上的角逐
1.又一个富于航海传统的民族
哥伦布航抵美洲前，即15世纪90年代以前，西班牙和葡萄牙在大西洋上的角逐目标主要是大西洋上的几个群岛：马德拉群岛、佛得角群岛、亚速尔群岛和加那利群岛。15世纪里这两个国家争夺的结果是，葡萄牙获得了前三个群岛，而西班牙则得到了后一个。这种争夺在当时是一种竞争。换言之，这两个国家是在竞争中向外扩张的；对西班牙来说，得到加那利群岛，为它往美洲的扩张提供了一块基地。
西班牙人同样具有航海的传统。原阿拉贡王国的主要居民加泰隆人既善于航海，又善于造船，在13世纪时，加泰隆-阿拉贡的船队控制着地中海的许多地方。
从1217年起，他们为卡斯提国王斐迪南三世创建了装备精良的船队，1248年夺取了塞维利亚，使阿拉伯人的统治局限在格拉那大王国。西班牙临地中海的马略卡岛的居民可以说是最早注意到大西洋价值的人。西班牙的海军曾经是非常有创造力的一支军队，1371年，卡斯提的帆桨大船首先在船舷上装备了大炮，领先于欧洲各国。通常认为，大炮是从中国传到欧洲去的，但中国人从未想到要把大炮装到船上去，而这一技术是地理大发现的必备条件。达·伽马第二次到印度时的血腥屠杀，主要是靠船载大炮的威力，否则他根本不可能生存下来。
2.大西洋上的冲突和调解
比较起来，西班牙人花在光复运动上的精力更多一些，但西班牙始终有一些人在关注大西洋，所以这两个国家的海上冲突早已开始。1425年，葡萄牙的亨利王子派出了一支2500人的远征军去征服大加那利岛，由于碰到土著的顽强抵抗，加上缺乏给养而被迫撤回。卡斯提政府知道这个消息后，次年派出以布尔戈斯主教为团长的代表团到葡萄牙交涉，提出卡斯提对该岛拥有主权，反对葡萄牙向该岛进军。这可说是伊比利亚半岛上的两个国家第一次发生对海外领地的争执。葡萄牙没有理会卡斯提的抗议，下一年亨利王子又向加那利派出了一支远征军，结果与上次一样，同样没有成功。接着，亨利企图使卡斯提放弃对加那利的主权要求，但卡斯提拒绝了。
在两国协商不可能有什么结果的情况下，亨利王子企图利用教皇权威来压服西班牙人。1435年，他从教皇那里获取了一份在加那利殖民的特许状，理由是这个群岛尚未有主权者。卡斯提国王约翰二世知道后大为光火，他强烈抗议教皇的做法，并命令此时正在巴塞尔参加宗教会议的布尔戈斯主教在会议上提出这个问题，说明加那利群岛中的一些岛屿早已为卡斯提所占领。
结果，1436年教皇又向葡萄牙下了一道训令，说明他是在葡萄牙说加那利尚无人占领的情况下才发出特许状的，言外之意是葡萄牙提供了错误的信息，所以他作出了错误的决定。同时他又致信约翰二世，说他无意伤害卡斯提。
通过这一事件，教皇作为西方国家扩张冲突的仲裁者的地位开始凸现。这种仲裁有助于冲突各方向最有利于自己的方向发展，避免或减少不必要的冲突，总的来说对各方都是有利的，所以总体上有助于西方人的扩张。
在这次冲突中处于不利地位后，亨利王子加强了在非洲西海岸的活动。1442、1443年教皇两次肯定葡萄牙在非洲西海岸活动的合法性。同时，亨利也加紧打击在非洲西海岸的海盗活动，保卫自己垄断非洲西海岸贸易的权利。1440年，葡萄牙的舰队打击了在非洲西海岸活动的卡斯提海盗。1452年，几艘从几内亚回来的卡斯提的轻快帆船被葡萄牙舰队撞见，一条船被抓，船员被扣押。
1454年，在教皇尼古拉五世调解下，西班牙同意了葡萄牙在西非海岸的贸易垄断权。但西班牙方面没有认真执行，主要是西班牙的一些冒险家强烈反对葡萄牙对非洲西海岸的垄断贸易。西班牙的安达卢西亚每年都有船队出发到几内亚等地去冒险，葡萄牙的文献中几乎每年都有关于把西班牙人员和船只带回里斯本监禁的记载。
不过两国政府和教皇的努力没有白费，1479年和1480年，两国最终签订条约，既肯定葡萄牙对非洲贸易的垄断权，又肯定西班牙占有加那利群岛。葡萄牙为了保证对非洲贸易的垄断，放弃了对加那利的主权要求，这是明智的；统一后的西班牙十分强大，葡萄牙与其过分对抗不会有什么好处。这一条约实际上也是最终确定了两个国家扩张的分工：葡萄牙向东，西班牙向西。
（二）向美洲扩张
从世界地图上可以看出，从西欧向西扩张，那就是向美洲扩张。当然，当时的人不知道有美洲，他们认为向西可以到达印度和中国。哥伦布希望通过往西航行到达印度和中国，结果是发现了美洲。当然，哥伦布不是西班牙人；但使用他、支持他往西航行的是西班牙的政府，所以这首先是一桩西班牙人的事业。从哥伦布发现美洲的过程中，我们可以看到当时欧洲人的精神和追求。
1.哥伦布率船西航
1492年8月2日晚上，在西班牙帕洛斯港的拉比达修道院，哥伦布与全体准备出发的船员一起做了弥撒。
这一夜他彻夜未眠。当太阳的第一缕光线冲出地平线，把卡斯提原野上空的白云染成玫瑰色时，拉比达修道院院长，一直为哥伦布的西航奔波的胡安·佩雷什陪同哥伦布登上了旗舰圣玛丽亚号，这是一艘载重量约为120吨的帆船。这次出航的还有另外两艘船，一艘叫小女号（又译“尼尼亚”号），另一艘叫王牌号（又译“平塔”号）。
全部人员有120人，其中有西班牙国王派到船上来监督航行的官员；船员中有富有经验的水手，但有些是从监狱里召集来的罪犯。把重刑犯用于探险，是那时的一种习惯，不论西班牙和葡萄牙都一样。这是因为大探险的死亡率非常之高，招募水手有难度；对于犯人来说，只要探险不出意外，回来后可以获得减免刑罚。
日出前半小时，船员们收起缆绳，大锚拔出水面时隆隆作响。绣着十字和各种宗教符号的船帆张开了，三艘船开始缓缓移动，聚集在沙丘上的帕洛斯居民呐喊起来，其中夹杂着关切的和指责的叫声。拉比达的修道士跪着祈祷，然后鸦雀无声。船只慢慢地远去。
最初的一段航程水手们非常熟悉：先到西班牙人占领的加那利的岛屿，在那里停留一小段时间后，才能驶向茫茫的大西洋深处。8月25日，他们来到了大加那利岛的主要城市拉斯帕尔马斯。经过20多天的航行，他们的船只需要修理了，同时还需要补充物资。直到9月6日，出航的全体人员再次做了弥撒，从此，他们就将在令人不安的未知海域上航行了。
哥伦布的航海日记为我们记录下了他的航海过程，使我们得以了解他去美洲路上那些激动人心但充满恐惧的日日夜夜。他告诉我们，他在航行中玩了一个小把戏：把实际走过的路少算一些里程，为的是让船员们觉得他们走的路并不太长，以免他们丧失勇气和信心。
9月14日，少女号的水手看见了许多鸟，这是说明陆地已经不远的根据吗？葡萄牙人发现佛得角群岛和亚速尔群岛上的许多岛屿，主要是跟随鸟群发现的。几天后，人们又看到了大片新鲜的绿草，按哥伦布的写法，是“好像整个海洋都被绿草覆盖着”。一些人认为陆地就在附近了，但哥伦布暗想，陆地可能还很远。原来船队进入了大西洋上著名的马尾藻海，这里是大量自由漂浮的、无性生殖的藻类。再过几天后，海面上的风停息了，船只似乎停滞不前。水手们都恐慌起来，他们害怕走不出这个绿色的海藻王国。
10月初，水手们强烈要求哥伦布改变航向，他们变得越来越不安宁起来。但哥伦布毫不动摇，他写道：“我们的人开始抱怨这种漫无时日的远航，说这种远航的困难不能再忍受了。我千方百计地给他们鼓劲打气，使他们怀有美好的希望，能在不久的将来得到很多好处。我还补充说，他们嘟哝也没有用，因为我一旦决定了要抵达印度，就会继续航行下去，直到在我们的上帝的帮助下找到印度。”
2.远航船上的日常生活
在哥伦布的时代，海上航行生活非常艰苦，特别是远洋航行，单调、枯燥、简陋、劳累且充满危险。
当然，船员们的伙食尽可能做到丰富，就种类而言，有羊肉、腌牛肉、鱼干、面包干、蜂蜜、奶酪、干豌豆、小扁豆、大米、麦粉。但为了防止生蛆，这些食物都加了大量的盐，这就使食物的味道大打折扣。炊事员尽可能把饭做得香美可口，麦粉和成很稠的浆糊，然后被做成精细的大圆面包，这是一种新鲜的面包，很受船员们欢迎。炊事员还用蒜、橄榄油、葡萄干和醋来改善伙食。佐料放在陶罐里，水和酒存放在木桶里。炊事员通常由见习水手担任，因为这是费力不讨好的差事。热饭菜一昼夜只做一次。为此在上层甲板后面放了一个大箱子，里面装满沙子，天气允许时，在箱子里生好火，烧上木炭，可以使火长燃不熄。做饭时，把大块腌牛肉放在锅中（锅往往部分埋在沙子里），倒上些淡水，再加上一些海水，接着整个人进入锅里，光着脚踩这大块的腌肉，为的是洗去或挤出一些盐分，直到肉不致咸得不能吃为止。
日常航行工作，既乏味，又劳累。如果是晴天，必须有人经常用海水冲洗甲板，主要不是考虑卫生，而是出于保护甲板的需要，因为在炎热的阳光下，甲板的木头会很快干裂。木工必须经常在甲板上盛酒和淡水的木桶边忙碌着，这是因为在太阳照射下这些装满酒和水的木桶不断地出现一道道裂缝。在海上航行，水有时比粮食还重要，说它是救命水一点也不为过。另外，把这些木桶捆绑好，经常检查它们是否松动，也是木工的工作，否则一当风浪来临，这些木桶就会滚到海里去。帆樯索具方面也经常需要有人照料或修补、换新。水手们实行交接班，每次交班前，必须把底舱的脏水排掉，脏水里常常漂着一些废物和死去的小虫，不及时排除就会腐烂发臭。船首和船尾都有一些挂在船舷外面的台架，四面通风，是供人们大小便用的，现在想象起来，觉得这样如厕真是很危险。
祈祷和唱圣歌是船员们最少不了的一项仪式。在那人类的装备与大海比起来极其渺小的时代，请天主保护是海员们惟一可以增强自信心的一种办法。据后来的一些记载，一些远航船上竟有每隔半小时就举行一次宗教仪式的。在哥伦布的航海日记中，主要是提及了日落时全体船员高唱古老的赞美诗《圣母颂》（有的译为《拯救雷希纳》），向圣母玛利亚致意。
深海远航充满了危险，种种危险中，除了我们熟知的风暴以及缺乏淡水、粮食之外，还有一种当时人不知其原因的怪病，患者常常牙龈出血，牙齿松动，关节疼痛，甚至皮肤淤血和渗血，对感染的抵抗力下降，最后痛苦地死去。这种怪病不是发生在个别人身上，而是蔓延得很快，常常危及整个远航探险事业。由于病人身上许多部位都有出血现象，所以医生就称其为坏血病。
3.欧洲人与美洲人的初次接触
10月9日，成群的鸟儿掠过头顶向西南方向飞去，船在此后几百年的远航探险中，欧洲人慢慢得知，航行中只要上岸休息一段时间，这种怪病会自然痊愈。人们于是意识到，可能是陆地上的新鲜蔬菜瓜果起了作用，但到18世纪人们才知道这一点。1753年，有个叫林德的外科医生还专门写了一本书，介绍坏血病。他大力提倡服用柠檬汁，认为这可以预防和治疗坏血病。
在这之前的几百年中，远洋航行的船员们一直遭受着坏血病的折磨。至于科学地说明坏血病，则是20世纪的事情。那时人们才知道，坏血病是由于缺乏维生素C而引起的。
员们整天都在议论这件事情，整个航行似乎出现了转机。
10月11日，希望开始降临。这时哥伦布他们早已走出马尾藻海。海上波涛汹涌，咝咝作响的浪花和泡沫飞溅在甲板上。船员们看到洋面上飘浮着一根甘蔗和一根木棒，还看见一根好像用铁器砍过的短木棍，一块小木板和其他生长在陆地上的草类。船员们开始激动起来，他们用长满老茧的手划着十字，唱起《圣母颂》。
哥伦布也非常高兴，感到陆地就在前面不远了。唱完《圣母颂》后，他向聚集过来的船员们说话。在船上昏暗的灯光下，哥伦布首先颂扬上帝的恩惠，给他们指明了这么一条安全的航路，留下了这么多表明陆地已经不远的指示物。接着他重复国王夫妇的允诺，谁第一个发现陆地，就给谁一万马拉维迪（当时西班牙货币名）的年金，同时他还宣布，他要加上一件自己的丝绸坎肩。
哥伦布激动得夜不能眠，他要求瞭望的船员特别注意，自己则在甲板上走来走去。大概他觉得这第一个看见陆地的荣誉不能让自己的属下拿走。晚上十点钟，他说他发现远方仿佛有一处闪烁的灯光。他叫来其他船员来辨认，有的说有，有的说什么也没看见。这也许是哥伦布的一个把戏或者是他的一个幻想。因为后来证明，他说看到灯光的时候，圣玛丽亚号离开陆地还有约50公里，他看到的最多也只是想象中的灯光。船只继续缓缓前进。只是到第二天凌晨2点左右，王牌号上的一个船员看到了月光下平坦的沙丘。他万分激动地喊着“陆地！陆地！”其他海员们也接着喊叫起来，然后互相拥抱，在板上疯子般地跳起舞来，相互亲吻着带咸味的脸颊和挂在脖子上的十字架。哥伦布宣布他是第一个看到闪烁的灯火的人，因而是第一个发现陆地的人。
天渐渐亮了，这些第一次来到新大陆的白人发现，他们的船只停泊在一个岛屿的旁边。当朝霞满天的时候，哥伦布率船绕岛一周，从南面把船领进草木葱郁、珊瑚环绕的港湾。他们看到了一些赤身裸体、充满好奇的土著居民。哥伦布与其他两条船的船长、公证人和国王的检察官乘坐武装的小艇登上这个树木葱郁的小岛。这是巴哈马群岛中的一个岛屿，他把它称为圣萨尔瓦多。他展开王室的旗帜，亮出长剑，宣布代表国王和王后占领这个岛，然后要求随从人员向他这位“印度”土地（他至死都认为自己发现了印度）的总督宣誓效忠，还要求公证人对所有这一切进行公证并记下证词。很多土著围过来观看这一喜剧般的隆重场面。哥伦布认为自己可以用小恩小惠使他们皈依上帝的信仰，他在日记中这样写道：
“我们意识到他们是将被解救的人。为了让他们感到我们是友好的，我们不用武力只用仁爱就可让他们皈依我们的神圣教义，我给了他们中的一些人几个小红帽，一些玻璃珠，他们立刻就挂在颈上了。我还给了他们一些价值不高的小东西，他们看到这些东西非常高兴，立刻变成了我们的朋友，真是奇迹！后来他们游泳来到我们的舢板上，用带来的鹦鹉、成团的棉线和梭镖等东西，交换我们的玻璃珠子、驯鹰铃等物品。事实上，他们带来的是自己拥有的全部东西，他们已友好地把拥有的一切给了我们，但在我看来，他们很贫穷。他们赤条条的就像母亲生下他们时的样子，连女人也这样，虽然我只见到一个年轻的女孩，其他都是男青年，没有一个超过30岁的。
他们长得很结实，身材魁梧，面貌英俊，他们的头发粗得像马尾一样，而且很短，前面留到眼眉之上，后面披着几束不曾剪过的长发缕。有的人身上染成黑色，他们本身的肤色像加那利人，不黑也不白，但有人涂成白色，还有人涂成红色或其他的颜色。他们有的只涂脸，有的涂全身，有的只涂眼部，有的涂鼻子。他们不带武器，也不懂什么是武器，因为我让他们看我的剑时，他们由于无知，竟用手去抓剑刃而受了伤。他们没有铁；他们的长矛只是一根没有铁头的棍棒，有的长矛头上装着一根鱼齿骨，有的长矛头上削成各式各样的尖梢。他们一般都很高大，相貌端正，比例匀称。我见到有的人身上带着伤疤，就用手势问他们这是什么造成的。他们比划着告诉我说，附近岛屿上有人来俘虏过他们，他们进行自卫而受过伤。”
这是欧洲人对美洲印第安人的最初描述，最初的印象。哥伦布认为自己来到了印度，所以把这里的人叫做印度人（“印第安人”是“印度人”的音译）。这个岛上的印第安人叫泰诺人，属印第安人中的阿拉瓦克语系，他们的祖先从南美大陆移居安得列斯群岛，侵略并奴役比他们更落后的原住民。泰诺文化是印第安文化中较先进的一种，他们种植谷类、薯类和其他块根植物，拿丝兰属植物制作木薯面包。他们纺纱织布，制作雕有奇形怪状人头的棕色的陶器；他们还用贝壳制成各种各样的装饰品和用具。他们住着木料做屋架的房子，屋顶盖着棕榈叶。
他们虽然曾征服过比他们落后的印第安部落，但在欧洲人到来时，他们是相当温顺的一个种族，不是附近加勒比人的对手。加勒比人住在加勒比各个岛屿上，偶尔会来袭击他们，抢劫他们的财物。
这些好客的、善良而纯朴的泰诺人不知道，厄运正在向他们袭来。两天后，哥伦布就在日记中写道：这些人根本不会摆弄武器，用上50个人就能全部征服他们，使他们做我们想要他做的任何事情。20多年后，在西班牙殖民主义者的蹂躏下，这个原本充满生机的岛屿就变成了荒无人烟的地方。至于这些温顺的泰诺人，后来也完全绝种了，而那些相当强悍的、勇敢捍卫自己家园的加勒比人才有一些幸存下来。
在随后的一些日子里，哥伦布到了古巴、伊斯帕尼奥拉（原意为小西班牙岛，即现在的海地）等岛屿。他没有发现传说中的黄金和白银，只发现了吸烟的土著，他们用类似通火棍一样的木杆吸食一种野草燃烧的烟。烟是新大陆“送”给旧大陆的重要礼物之一。尽管所到之处，都是一些相当原始的居民，但哥伦布还是坚信他已来到了心目中的印度或中国或日本，他认为他只是尚未找到这些国家中马可·波罗描述过的那些最繁华的地方。
4.返航回国
1493年初，哥伦布开始返航。他带回的东西有限，少量黄金和几个印第安人。
2月14日，他们碰到了风暴，海浪滔天，他们的船只像一片树叶一样在海面上挣扎着。哥伦布担心他们有可能葬身大海，为了把自己的伟大发现告诉世人，他拿出一卷羊皮纸，尽可能地把自己这次航行的经历写在上面，他还恳求说，将来谁捡到这张羊皮纸，就请把它呈献给国王。他把这张羊皮纸卷在一块蜡布里，然后把它装进一个小木桶，再叫人把小木桶投入大海。
到了第五天，狂风终于减弱了，他们看到了岛屿，原来他们已回到亚速尔群岛了。离开亚速尔群岛的这个小（据说，这个木桶在大海上漂流了359年，于1852年在直布罗陀海峡被一个美国船长发现。不过19世纪里有不少类似的故事）岛后，他们又碰到了另一场风暴，风暴把他们的船推向葡萄牙的岸边，他们不得不在离里斯本不远的地方上岸。
葡萄牙国王若奥二世带着酸溜溜的心情接见了哥伦布，当年哥伦布想通过往西航行到达印度，最初是向他提出来的，但他轻易地予以否定了。哥伦布从其生平经历来说，与葡萄牙有更多的感情，他是在葡萄牙才成为一个著名的航海家的，他的妻子也是葡萄牙人，所以，他是万不得已才离开葡萄牙去求助于西班牙的国王。
据说若奥二世的属下曾有人建议国王杀死哥伦布，从而垄断哥伦布发现的成果，但明智的国王大概知道这是不可行的，因为被风吹散的船只和一些船员已经回到了西班牙。既如此，他不如好生接待哥伦布一行，以免人家说他心胸狭窄，同时借此他还可了解一些关于“印度”（新大际）的情况。
哥伦布回到了西班牙，他虽然没有带回想象中那么多的黄金，但确实带回了少量金子，还有欧洲人从未见过的印第安人、奇花异果、珍禽羽毛等。特别是他发现了远方的陆地，使西班牙的君主大为兴奋。哥伦布得到了极大的荣誉，举国都为这件事而欢呼。
美洲迟早会被人“发现”，但它在15世纪末就被旧大陆的人发现，要归功于西班牙的扩张野心与哥伦布的科学和大无畏的精神。不过，人类历史上最大的浩劫也由于这一“发现”而开始了。
（三）征服西印度群岛
1.向美洲的殖民开始了
西班牙向美洲的全面扩张开始了。1493年9月，哥伦布带着一支庞大的船队再次前往美洲。这次去美洲与上一次不一样。上一次经过苦口婆心的劝说，使用了一（这时慢慢产生了许多与哥伦布发现新大陆有关的传说，其中有一个是大家所熟悉的，讲的是哥伦布应邀出席了一个庆祝宴会，宴会上有许多知名的西班牙贵族。其中有人对他说：“克里斯托弗先生，如果您未完成自己的宏伟创举的话，在西班牙这样一个有众多杰出的宇宙学家和航海家的国家里，会找到另外一个人实现同样的发现。”哥伦布对此未作答复，而是拿起一个鸡蛋说：“尊敬的先生们，请试试把这个鸡蛋立起来，而不借助于面包屑、盐或其他东西，然后我会把它立起来并让你们看看，我是怎样第一个发现了印度。”鸡蛋转了一圈，谁都无法把它立起来。最后它回到哥伦布手中，他用力把鸡蛋按在桌子上，使它的尖的一头的硬壳有些破了，但它立起来了。大家都明白了哥伦布的意思，那就是不要嘲笑或嫉妒第一个大胆地从事某种事业的人，而是首先应该勇敢地去尝试。）些罪犯，才勉强凑足了一定数量的水手。而这一次，许许多多年轻人都渴望去美洲寻找金子。这支船队共有17条船，1200多人，人员中有皇室官员、骑士和农民，还有一些准备向印第安人传教的教士。他们带着足够6个月用的粮食，还有种子、家畜、农具及各种器械。西班牙人的殖民目的很明确，那就是在那儿定居、发财。他们带来的家畜有山羊、绵羊、母鸡、母猪，今日西印度群岛上的猪都是这次带去的8头母猪的后代。植物中有甘蔗、葡萄藤、小麦、甜橙、柠檬、甜瓜和各种蔬菜的种子。
此后，哥伦布还有两次美洲之行，也就是说，在他1506年去世前，他一共有四次美洲之行。他一边考察加勒比海地区和中美洲的许多岛屿和海岸线，一边在伊斯帕尼奥拉（海地）等岛屿上管理殖民开发，为西班牙在美洲的扩张打下基础。
哥伦布首先发现的岛屿是现在所称的西印度群岛，所以这也是西班牙在美洲最早建立殖民地的地区。他第一次航行回国时，就在海地留下了十多个人，可说这是最早的殖民点，不过等他第二次来到美洲时，留在这个殖民点上的西班牙人都被印第安人杀掉了，大概是由于过分榨取印第安人的“财富”和掠夺他们的妇女。哥伦布另选择地方，再次建立了一个殖民点。
不过，由于哥伦布更关心的是寻找黄金和证实他来到了真正的“印度”，所以他在美洲的时间里总是到处航行，相比较而言，把殖民放在了较次要的地位。当然，作为新发现的土地的总督，他有责任建立和保护殖民据点，他把这方面的许多工作交给了自己的弟弟。1496年，他的弟弟巴托罗梅·哥伦布几经周折后，才在海地建立了今天的圣多明各城，这是西班牙殖民主义者在美洲的第一个永久性殖民地。
1502年，西班牙国王任命大贵族奥万多率30条船、25000个殖民者来到海地，这些人中有73对夫妇和12个教士，他们在这个岛上正式建立了殖民统治机构。到1513年时，这个岛上已有了13个殖民城市或殖民据点。
大体与此同时，西班牙人在美洲的殖民开始从海地向其他岛屿扩散。海地岛成了基地，它向探险队供应咸肉、干牛肉和木薯粉做的面包。1509年西班牙移民进入牙买加。1511年贝拉斯克斯领导了向古巴的移民。贝拉斯克斯是海地的副总督，能力强，具有铁腕手段。他在三年内镇压了古巴土著的反抗，占领了全岛。在他担任古巴总督的前五年中，在古巴建立了7座城镇。
2.大规模的屠杀也开始了
开始殖民，也意味着开始大规模的屠杀。殖民主义者的方法是把无偿占领的土地分给西班牙来的殖民主义者，同时把一定数量的印第安人分给他们，无条件地供他们役使，为他们耕种土地或开采矿山。这种制度叫委托监护制，即把印第安人“委托”给这些来自西班牙的殖民主义者“监护”。这里，“委托”意味着人身依附，而“监护”则意味着役使和“监管”。
印第安人不可能容忍殖民主义者随意占领他们祖祖辈辈生活着的土地和他们的妻女，也不可能无条件地接受和服从殖民主义者的奴役。较早且较大的一次冲突发生在15世纪末。哥伦布任命的海地首席法官罗尔丹强奸了友好对待西班牙人的印第安酋长瓜里奥涅斯的妻子，瓜里奥涅斯下令把教堂夷为平地后逃走了。但他的人大批被捕，教士们控告他们犯了亵渎圣灵和玷污圣物的罪名，把他们交给宗教裁判所。审判官用被审者听不懂的语言严厉地审问他们，对他们严刑拷打，并施以火刑。
西班牙人所到之处，总是伴随着屠杀和奴役。1511年，贝拉斯克斯奉命率一队亡命之徒占领了古巴。他们整批整批地杀死那些拒绝交出土地和不愿接受奴役的印第安人。有这样一个悲惨的故事，说明了印第安人的遭遇。贝拉斯克斯登上古巴岛后，抓住了从海地逃到这里的一个叫哈吐埃的印第安酋长。西班牙匪徒把他绑在篝火边的一根木柱子上，一个教士向他讲解上帝和基督教徒的信仰，并说，如果酋长相信他此刻所讲的一切，那么酋长就能升入天堂，在那里永享快乐和富贵，否则他就会在地狱中受到无穷的痛苦和折磨。这位酋长想了一下后问教士，基督徒是否也要上天堂。教士说，至少善良的基督徒要上天堂。他立即毫不犹豫地说，他不想升天堂而甘愿下地狱，以便不再见到那些可怕的“善良的基督徒”。
由于西班牙人的屠杀，也由于这些欧洲人带来的可怕的疾病，如天花、麻疹、白喉等，印第安人成批成批地死亡，因为新大陆从来没有这些疾病，因而这里的土著对这些疾病没有任何抵抗力。有一些印第安人则因为不堪折磨而自杀。西印度群岛的印第安人很快就接近灭绝。巴哈马群岛在12年内，印第安人几乎全部死光。古巴本来大概有30万印第安人，到1548年也差不多濒于绝迹。
本来约有25万印第安人的海地岛，这时只剩下500人。
岛民是最悲惨的，因为无处逃匿。
（四）征服墨西哥
1.科尔特斯出征阿兹特克王国
西班牙殖民主义者在西印度群岛立足后，就以此为跳板向南美大陆扩张。当时南美洲的文明程度高于北美洲。我们常说的美洲三大古代文明也是在中美洲和南美洲。在对美洲大陆的征服中，最重要的是征服墨西哥和秘鲁。墨西哥的古代文明主要是玛雅人和阿兹特克人创造的。
在征服墨西哥前，已经有一些西班牙人听到过关于玛雅人和阿兹特克人的传闻，一些人还曾从海地岛出发，考察过墨西哥和中美洲的海岸。渐渐地人们了解了阿兹特克宫廷极其富裕的一些情况。1518年，古巴总督贝拉斯克斯终于决定派科尔特斯（1485-1547，也译为“科泰斯”）出征墨西哥。
科尔特斯出生于西班牙一个古老贵族的家庭，从小酷爱冒险。1504年他来到美洲，后来任贝拉斯克斯的秘书，但他并不满足于这么一个职位，他在等待“成功”的机会。当贝拉斯克斯命令他组建探险队并率队探险时，他欣喜若狂。实际上，贝拉斯克斯的要求是相当苛刻的：科尔特斯不仅要亲自组建探险队，还必须自行筹措和承担这一探险行动的装备和费用。但科尔特斯很快建立了一支有11艘船只的武装探险队，其全部人马有508个步兵、109个水手、约200个古巴印第安土著及16匹马、10门大炮和大大小小的枪支。大概是总督对他在短时间内征集了这么一支队伍有些忌妒，撤销了对他的任命。但科尔特斯不接受撤销的命令，而是在1518年11月18日撤出圣地亚哥，继续在古巴沿岸秘密征集人员，并于1519年2月擅自向大陆进发。他的船只的旗帜上绣着君士坦丁大帝的座右铭：“朋友们，让我们跟随十字军前进吧！只要我们有信仰，我们将用这个象征取得胜利。”他的队伍中有一位懂得玛雅语的神甫，叫阿吉拉尔。在进军途中，他又俘获了阿兹特克一个酋长的女儿，会阿兹特克语和玛雅语，这样他与阿兹特克人打交道时就比较方便了。
1519年4月，科尔特斯在今韦拉克鲁斯登陆，并在这里建立了西班牙人在墨西哥的第一个城市。接着他戏剧性地宣布辞去贝拉斯克斯任命的职务，再由韦拉克鲁斯市的议会任命他为将军，从而使自己的地位合法化，以便设法直接与西班牙政府打交道。这也是西班牙在中世纪的光复运动中形成的习惯。他在这里停了4个月，把很多掠夺来的物资运回欧洲交给西班牙国王，以求得到国王的承认，同时他也做了各项准备入侵墨西哥的工作。
1519年8月，他率领400多步兵向墨西哥中部的高原进军。离开韦拉克鲁斯前，他焚毁了所有船只，以示破釜沉舟的决心，也是为了使一些心中犹豫不决的水手铁了心跟他走。
从今天的角度看，他们走的是一条几乎不可通行的“道路”。途中他们要经过两个极高的山口，即今天奥里萨巴和科弗尔德彼罗特之间的山口，和波波卡特佩特尔和伊西塔西瓦特尔之间的科尔特斯山口。直到上世纪中，这两个山口还没有可通行的道路。科尔特斯选择了这条道路，主要是出于政治上的考虑。这里许多印第安人的部落，都是不情愿向阿兹特克人纳贡的，有的仍与阿兹特克人处于对抗状态。通过武力与外交手段，科尔特斯与不少印第安部落结成了联盟，后者向他提供了食品、民工和作战辅助人员，特别是提供了有关阿兹特克国家的军事力量及其弱点的情报。他还听到了一种传说，说墨西哥的占卜者预言，印第安人过去的一位英雄之神克托尔科亚特尔将回到人间，其日期大体上与西班牙人登陆的时间一致。
这时的阿兹特克国王叫蒙特苏马二世（1466-1520），他不知道如何与这些殖民主义者打交道。更可怜的是，他还受到上述预言的影响，说克托尔科亚特尔曾被其敌人驱逐，要在他在位期间从东方回来。蒙特苏马二世认为科尔特斯可能就是这尊神，这使他在如何对付入侵者的问题上更加举棋不定。这时阿兹特克的国内形势处于由盛转衰之时，不太稳定，不少部落反对他。于是他寄希望入侵者的友善，希望用谦卑的态度来打发科尔特斯。一方面他派出少量部队劝阻科尔特斯不要进军，另一方面又给科尔特斯送来许多金制的艺术品、棉制品、皮披风、皮斗篷。
科尔特斯非常善于捕捉对手的心理，他看到了这个庞大国家的至高无上的统治者心中的恐惧。送来的丰厚礼品又大大激发了科尔特斯及其下属的贪欲，使他们更加坚定了消灭这个国家的决心。
2.西班牙人的“忧伤之夜”
11月8日，科尔特斯的部队来到了阿兹特克人的首都特诺奇蒂特兰，这是一座耸立着许多白色神庙的神话般的湖上城市，令殖民者看得目瞪口呆。城市坐落在特斯科科湖的岛上，湖的周围有许多大的城镇和村庄。这里农业发达，人口稠密，建筑优美。湖面上布满了独木舟。蒙特苏马打开城门，坐上轿子，亲自到城门外迎接他。他的衣服和鞋上镶满了宝石和珍珠，头上高悬着一顶镶有黄金和宝石的华盖。他的随从衣着华丽。当他向科尔特斯走过来时，他的随从在他前面铺上价值昂贵的地毯。在双方护卫的护送下，他们坐在轿子里并行入城。
蒙特苏马把自己城堡的一部分指定给科尔特斯及其部队驻扎。
科尔特斯在这里住了一个星期，感到身处在数万阿兹特克人的包围中，很不安全。于是决定孤注一掷，就地解决问题。他知道印第安人只知道听从头人的指挥，捉住他们的领袖可以在很大程度上解决问题。一天，蒙特苏马未带强有力的卫队来见他，他借口一部分西班牙部队在韦拉克鲁斯附近被阿兹特克人杀害，把蒙特苏马逮捕。阿兹特克人丧失了最高军事和宗教领袖，一时陷入混乱。他强迫蒙特苏马向西班牙国王宣誓效忠，要蒙特苏马召开酋长会议，命所有的酋长俯首听命，还要他命令部属给殖民主义者运来金子和奴仆。这些殖民主义者到处搜括，在王宫内花岗石的地下室里发现了著名的“蒙特苏马宝藏”，有许许多多的金块、金制品和镶嵌的宝石。
据说，查看一次，就要三天时间。估计约值15万金比索。
这时发生了一个不小的插曲。古巴总督贝拉斯克斯派了一支1200人的远征队前来讨伐科尔特斯。科尔特斯获悉后暂时离开特诺奇蒂特兰，亲自前往海岸边迎战，轻松地击败了这支讨伐军，并用威胁、许愿和贿赂等手段诱降了许多对方的士兵。
当科尔特斯返回阿兹特克首都时，形势已变得对西班牙人很不利。他离开期间，他临时任命主持工作的部将阿尔瓦拉多滥杀无辜，激起了极大的义愤。事情的起因是，这期间印第安人举行了青玉蜀黍的祭祀，这是他们非常神圣的一种祭日，而阿尔瓦拉多却随便杀害了几个没有武装的阿兹特克贵族和600个正在欢乐歌舞的印第安人。成千上万名印第安人汇集到宫殿前，攻打西班牙人。这些殖民主义者被围困在宫殿内，走投无路，食品和饮水均被切断。科尔特斯只得要求蒙特苏马向印第安人发表演说，要他们停止武装行为，但效果不大。异常愤怒的印第安人已对国王失去信心。一些人向他扔石头，砸伤了他的头，不久，他因伤重而死去。
国王死后，血战开始了。科尔特斯知道与其坐以待毙，不如暂时远走高飞。1520年6月30日，这是一个风雨交加的夜晚，科尔特斯的部队在带上尽可能多的黄金和宝石后，沿着已被切断的堤道突围。阿兹特克人早有准备，密集的利箭从四面八方向突围的西班牙人射来。
西班牙人一夜之间损失了1/3人员和大部分辎重。不少人淹死在湖里，宝石等都沉入了湖底。这就是西班牙殖民历史上所谓的“忧伤之夜”。科尔特斯侥幸脱身，身边只有两个翻译、一个船工、23名骑兵和一些高级部属，外加与他结盟的一些与阿兹特克人不和的印第安人士兵。
在逃亡过程中他们又受到了另一支阿兹特克人的袭击，但最后，科尔特斯还是活着回到了韦拉克鲁斯。
3.彻底摧毁阿兹特克人的首都
科尔特斯用了近一年时间收集残兵、重整旗鼓，同时又与另一些不满阿兹特克人统治的印第安部族结成联盟。当他再次向特诺奇蒂特兰进军时，手下已经有了上千人的军队，有12门大炮和一支86匹马的骑兵队。
1521年4月28日，围攻特诺奇蒂特兰的战争打响了。城内的阿兹特克人在新国王夸乌特莫克（老国王的外甥和继承人）的率领下，顽强抵抗。战争持续了3个月。城内的水源和粮食来源都被切断，许多人饿死了，殖民者带来的天花又使他们大批大批地死亡。城破后，守城军民还是步步为营，展开了殊死的巷战，8月，这场大屠杀终于以大部分守城将士牺牲而结束。在被西班牙人攻下的最后一个街区，到处都是死人，房子里，河道上，直到湖的岸边。有时还会看到许多尸体胡乱地堆在一起，像一堆干柴。死去的人几乎都是成年男性。领导这次自卫战争的新国王夸乌特莫克受到严刑拷打，始终拒绝说出王宫中的“蒙特苏马宝藏”的下落，最后以“叛国”罪被殖民者处死。他的尸体被悬挂在森林里的一棵树上示众。
科尔特斯就这样征服了墨西哥，彻底摧毁了它的首都特诺奇蒂特兰。也许可以说，这是殖民主义者到来前（墨西哥人民获得独立后，在墨西哥城的大街上给他立了一座高大的铜像，以纪念这位伟大的印第安战士。）美洲最美丽、最雄伟的城市。它坐落在特斯科科湖的两个岛上。曾经参与科尔特斯征服墨西哥的一个士兵在《新西班牙的征服》一书中，写到了他们刚刚看到这座城市时的惊讶：“当我们沿着平坦笔直的堤坝大道走进湖中的墨西哥城时，我们个个都说这简直像是阿马迪斯传奇中的仙境，因为城中高塔如林，水上房屋连片，一切都用石头砌得非常精致。我们有的士兵甚至问别人：眼前所见的是不是在做梦……我确实不知如何描写见到的美（阿马迪斯是15世纪西班牙作家蒙塔尔沃写的一部著名的骑士小说的主人公，他经历了许多奇遇。这是我们以前从未听说过或看见过的，甚至也是我们做梦也未遇到过的。”被征服时，这座城市面积大概有13平方公里，近8万人口。当时欧洲的大城市都不大，直到1530年，据说西班牙最大的城市塞维尔也就是45000人，所以这些西班牙征服者对特诺奇蒂特兰的规模感到惊奇是很自然的，因为他们怎么也不敢想象这些落后的阿兹特克人有着比他们更好的城市。）特诺奇蒂特兰到处都有巨大的金字塔，塔的顶端建有寺庙，最大的一座金字塔坐落在城市中心，也是全城的最高点，王宫就在附近。由此往外是低矮的普通住房，到接近湖区时，是种植着蔬菜和花卉的良田，好像是一个花环把城市围绕起来，花环之外是碧绿的湖水和点缀其间的一些小岛。城市的建筑是严格按照某种规划进行的。
大庙的四边有四个大门，从四个大门延伸出四条街，恰是全市四个区的分界线。城市内街道和河道互相交错，河道里可以通小船，河道两边有人行道，所以有人又称之为美洲的威尼斯。河道与街道的交叉处有用厚木板铺成的桥。不是阿兹特克人造不出更好的桥，这主要是保卫城市的需要。一旦遇到险情，马上抽掉这些木板，使敌人的进兵受阻，科尔特斯的“忧伤之夜”损失惨重，与此有关。
由于城区处在湖区，常常遭受洪灾。人们又沿湖边修造了许多堤坝，政府还设立专门巡视沿湖水情的官员。城内一些地区缺水，国王还亲自领导修建了巨大的引水管道。
科尔特斯毁灭的就是这样一座城市。不过他也认为这里是建立城市的好地方，所以他征服这座城市后，就按照西班牙的风格，在原特诺奇蒂特兰的废墟上建立了今天的墨西哥城。
由于征服有功，次年，西班牙国王任命科尔特斯为新西班牙（即墨西哥）将军。他继续派出军队征服其他地区，在所征服地区建立殖民统治机构。1529年他带了许多金银和美洲的奇珍异兽回到西班牙，受到国王的亲切接见。1547年他死于西班牙。
4.西班牙人靠什么征服墨西哥？
墨西哥的征服得力于诸多因素的结合。西班牙人占有武器上的优势，那是无需多说的，他们采用了以夷制夷的恶毒手法也为大家所共知，但这么少的人征服这么大的一个国家，光靠这些还是不够的。这些无法无天的殖民主义者因狂热的追求而紧密结合在一起，其不达目的绝不罢休的决心也是非常重要的。有一段话很好地说明了这一点：
他们对黄金、土地和奴隶的饿狼般的贪欲；他们狂热地想要打倒异教徒并使人们皈依基督教。此外，还有为了自己利益而要做一番伟大事业的激情；这一点虽然更加微妙，但有同样的推动力。正是最后的这种激情，即开创巨大事业的自豪感，使普通士兵对他们的首领们明显的鲁莽行动表示赞赏，使他们在大难临头的时刻紧密团结，使他们不假思索地去尝试那些似乎不可能的事情。
他们认为自己不是古代英雄人物的仿效者，而是和这些英雄人物分庭抗礼，进行抗衡。在古代神话或中世纪传奇中，当然没有比一小撮落魄江湖的剑客征服一个庞大的半野蛮帝国更加能使听者动容的故事了。
在近代殖民征服的过程中，西班牙人和葡萄牙人在光复运动中形成的为了国家、为了信仰而建功立业的精神追求，发挥了重大作用，这种追求与他们对金银和财富的追求结合起来，产生的动力对今天的人来说已很难想象。当然，从另一方面看，印第安人内部不和恐怕是墨西哥被征服的同样重要的因素，这些土著居民尚未形成统一的民族国家的传统，不存在统一的民族意识。所谓阿兹特克帝国就是阿兹特克部落或几个部落对其他许多部落的统治，建立在暂时的武装优势的基础上，缺乏内部的有机联系。没有那么多反阿兹特克人的印第安部落的支持，西班牙可能很难征服墨西哥。
（五）征服秘鲁
征服了墨西哥，西班牙人在美洲大陆站稳了脚跟。
不久他们就开始了征服南美大陆的战争。这是在征服墨西哥10来年后发生的。
1.关于秘鲁的传说和现状
殖民主义者总是往有金银的地方走，早在1511年，西班牙人就知道大陆南面有个富裕的帝国。这一年，一个印第安人对正在称量从印第安人手中得来的金子的巴尔波亚说：“这就是你们远离自己的家乡，冒着生命危险所要追求的东西吗？我告诉你们，有一个地方，人们吃喝所用的器皿都是金制的，那儿的金子如你们所带的铁那样便宜。”西班牙人从多种途径听说了南方有一个富裕而神秘的王国的故事。有的人把这些传说大肆渲染，说在那片神话般的土地上，到处都是金穴，国王每天穿一件缀有金沙的上衣，简直是一个镀金的国王。1522年，有一位殖民者曾航行到秘鲁海岸，并上岸进入内地，但由于健康原因，未能继续探险。他带回了关于这个王国的可靠的消息，为以后的征服提供了方便。
南美大陆这个富裕的帝国，就是通常所说的印加王国或称印加帝国，美洲古代三大文明中心之一。在西班牙人到来时，这个帝国以现在的秘鲁为中心，其统治已经持续了约400年，帝国版图从北往南绵延3000多公里，首都是库斯科。这个国家的特点是土地归村社所有。村社是政治、经济和宗教合一的组织。村社的土地又分成三类：太阳田，其收获物供宗教用，交僧侣和寺庙管理，因印加人盛行太阳神崇拜，故称太阳田；印加田，其出产供国王和政府开支；公社田，分给各村社成员耕作，原则上每年要随人口变化而重新分配，以保持平均共享的传统。耕作秩序是先太阳田，次印加田，最后是公社田，可见宗教在这里具有绝对的权威。从这种组织方式可以看出，印加王国是以极其严格的纪律和强制性的劳动组织起来的。国王作为太阳神的代表，具有无上的权威。
严密的组织和严格的纪律，需要畅达的通讯系统。
印加帝国全境拥有四通八达的道路网，其中有两条纵贯南北的交通干线。一条是高原大道，起自今天的哥伦比亚，穿过厄瓜多尔、秘鲁、玻利维亚，经阿根廷到达智利；另一条是沿海大道，北起通贝斯，向南纵贯秘鲁沿海一带，直到进入智利中部。这些大道的遗迹至今仍依稀可见。
当西班牙人到来时，这个国家正处于某种危机之中。这个庞大的帝国因继承问题发生了内讧。
印加二世卡巴斯去世后，他的两个儿子瓦斯卡尔与阿塔瓦尔帕争夺王位。两人的势力相当，前者与宗教领袖关系密切，后者与军队领袖结成联盟，双方发生了多次激战。在政局动荡的情况下，被他们征服不久的一些印第安人部落跃跃欲试，希望摆脱印加的统治。这些情况为征服者提供了机会。
2.皮萨罗征服秘鲁的尝试
征服秘鲁的领导人弗朗西斯科·皮萨罗，是一个船长的私生子，几乎是一个文盲，当过看猪人。当他独立闯荡天下时，已经是50多岁的人了。但他与名门出身的科尔特斯也有共同之处，那就是都拥有惊人的毅力。
1509年，他开始参加在美洲的远征。不久后，他追随巴尔波亚参加了横穿巴拿马地峡的探险，发现了太平洋。作为对他在探险中立功的奖赏，他在巴拿马得到了一个种植园。但这种人是不可能以经营一个种植园作为自己的归宿的，在那个时代，得到尽可能多的黄金，同时为国王占领更多的新土地才是贵族的最高理想。早在追随巴尔波亚时，他在巴拿马一带听到了神秘而富裕的秘鲁王国的传说，他就声言要寻找那个盛产黄金的国度。
1524年，皮萨罗与因杀人而逃亡的阿尔马格罗开始第一次向南美的远征。他们从巴拿马出发时共有两条船，112个西班牙人和若干印第安人奴隶。但一出巴拿马海口他们就碰上了大风，后来到了哥伦比亚，没什么收获就回来了。两年后他们组织了一支160人的探险队，开始第二次远征。在厄瓜多尔沿岸，他们遇到了印第安人的抵抗，皮萨罗被刺瞎了一只眼睛。他们深知自己兵力有限，恐难成大事，故派阿尔马格罗回巴拿马搬救兵。但当阿尔马格罗回到巴拿马时，这里的总督已经换人了，新任总督不信任皮萨罗他们，他扣留了阿尔马格罗，并派人召回皮萨罗。面对情况的突然变化，皮萨罗毅然决定自己率这有限的兵力前往南美。他对同伴说：“朋友们！在那边是苦役、饥饿、赤身裸体、倾盆如注的暴雨、荒芜和死亡，在这边是安逸和欢乐；那里是秘鲁和它的财宝，这里是巴拿马和它的穷困；选择吧！诸位，什么是最适合一个勇敢的卡斯提人去做的。至于我，我上南方去。”他用身上的佩剑在沙上划了一条横线，以示与新总督决绝。同伴中只有13个人追随他。
皮萨罗一行来到了印加帝国的边境城市通贝斯，与这儿的印第安人进行贸易，得到了一些黄金和骆马毛。
他还找到一个印加青年，为他取名为费利皮略，准备把他训练成翻译。但皮萨罗清楚地认识到，他这几个人要征服印加帝国是不可能的，希望得到巴拿马总督的支持也因为自己的抗命而不可能了，于是他决定返回西班牙，争取国王支持。1528年初，他带着几个印第安人及一些美洲特产转道巴拿马回到了西班牙。次年年中，他正式得到国王查理一世的指令，允许他组织一个较大的远征队。
在这个指令中，他与阿尔马格罗被认定为合法的绅士，阿尔马格罗还被任命为通贝斯城的司令，皮萨罗则被任命为他将要征服的地区的总督（当年的殖民国家经常任命下属为那些尚未征服的领土的长官，以便让他们去争取），跟随皮萨罗南征的13个人也都被授予骑士称号。
国王对能为自己开辟疆土的人从来是不吝啬头衔的。
3.印加帝国的灭亡
有了国王的命令，皮萨罗南征的法律手续已经完成，他可以公开招兵买马了。不过，他募集人员的工作并不太顺利。那时的西班牙人一般还是愿意到墨西哥，而不太愿意到不知底细的美洲南部。他带着他的四个同父异母的兄弟和阿尔马格罗等其他志愿者来到了巴拿马。1531年1月，他要阿尔马格罗留在巴拿马等待增援部队，自己则迫不及待地带着180个人和27匹马先行出发了。
到达秘鲁北部海岸的通贝斯后，他发现城市已经被毁坏了。他在这儿建了一座新城，驻扎了一段时间，搜集印加帝国的情报，等待进攻的时机。这时，印加王国的内讧进入决战阶段，阿塔瓦尔帕获得了胜利，瓦斯卡尔被囚禁起来，支持瓦斯卡尔的贵族受到了致命的屠杀。阿塔瓦尔帕一方也是元气大伤，有的地方尸骸遍地，几乎成为无人地带。这种情况正是觊觎这个帝国的西班牙人所希望的。特别是，阿塔瓦尔帕不再把都城放在库斯科，而是选择了秘鲁北部的卡哈马卡，也使征服者易于得手。
得知这些情况后，皮萨罗大喜过望，他认为自己“建功立业”的机会到来了。1532年秋，他率领102名步兵和62名骑兵向南行进了几百公里，翻过了安第斯险峻的山隘，于11月到达印加帝国北部重镇卡哈马卡，沿路没有遇到任何抵抗，城内也空无一人，他不费一枪一弹就占领了这座城市。这个城市本来有一万人口，但所有的居民都已奉命撤退。阿塔瓦尔帕知道西班牙人来犯，但他不知道如何对付这些殖民主义者。他事先下令许多守卫部队撤出，把“一夫当关，万夫莫敌”的安第斯山隘也拱手让出。沿途的仓库里还有许多粮食和布匹也不撤走，都留给了西班牙人。他带着4万大军，驻扎在离卡哈马卡不远的一个温泉附近。
进入卡哈马卡城后，皮萨罗马上派人到阿塔瓦尔帕的兵营，要求与他见面。11月16日，阿塔瓦尔帕坐着轿子前来与他会晤，他基本上毫无戒备，甚至未带武装的随从。据说，这是由于他的地方官向他报告说，这些西班牙人人数很少，而且十分软弱劳累，连路都走不动了，只能骑在大绵羊上行走。美洲没有马，这些未见到过欧洲人的印第安人不知道马为何物，把它称为大绵羊。
皮萨罗却全副武装，设好了陷阱。他把60名骑兵分成三队，埋伏在广场周围。与阿塔瓦尔帕会面的仪式结束后，他带来的一个神甫拿着一本圣经对这位印加帝国的最高统治者说：“如果你愿意受洗而皈依圣教，并服从于总督，像一切基督徒做的那样，那么总督将军将保护你，并使这里保有和平和公正。否则总督就要用残酷的战争来对付你，用火和剑来消灭一切手执长枪的人。”皇帝等这位神甫讲完后，平静地说：“这里的土地和土地上的一切都是我的祖父和父亲所有，并传给我的哥哥印加的瓦斯卡尔，现在这一切都归我所有了。我不知道圣·彼得把土地赐给了任何其他人，即使赐给了，我也不曾知道，也不想知道。我不知道创造天地的人和耶稣基督，只知道这一切是太阳创造的。在这里，太阳是上帝，土地是母亲，帕加卡马是祖先。”他还说：“我尊重太阳神和我的祖先。”印加人尊奉太阳神，所以印加帝国又被称为“太阳帝国”。皇帝把递给他的《圣经》扔在地上。皮萨罗命令埋伏的军队迅速出击。战斗进行了约半个小时，皇帝被活捉。据皮萨罗的秘书说，这一仗杀了2000印第安人。
战斗是在印加人毫无防备的情况下发生的，西班牙人除皮萨罗为掩护阿塔瓦尔帕被他的同伴碰伤手臂外，无一人伤亡。
阿塔瓦尔帕被捕后，皮萨罗向他勒索赎金。具体数目是金子必须填满一间长22英尺、宽17英尺和一人多高的房子，银子必须装满二间较小的房间。印第安人为了赎出自己的君主，从四面八方夜以继日地把各种金银财富送到卡哈马卡，王室的宝藏，全国各地庙宇中的金块、金饰、金罐、金瓶、金杯等金银器皿都往这里送，满足了皮萨罗的要求。共计有金13265镑，银26000镑。这么小小的一支军队，就这样掠夺了这么多的财富。
皮萨罗并不因印第安人满足他的条件而轻易放走印加皇帝，他借口阿塔瓦尔帕谋害兄弟、迷信、通奸、密谋反对西班牙人等罪名，把他绞死。这时阿尔马格罗带着一支队伍也来到了卡哈马卡。趁着印加人群龙无首之机，这支约600人的征服军乘胜向秘鲁古老的首都库斯科进军。1533年11月，这座估计有20万-25万之众的库斯科城终于陷落并被洗劫一空。这些西班牙人在宫殿、地窖和陵墓里搜括了大量印加艺术精品、金银器皿。这些财富，加上上面勒索来的财富一起被熔化，除了必须上交给国王的以外，足足可以让这些冒险家舒舒服服地过上一辈子，而且怎么花也花不完。但实际上，真正能活着享受这笔财富的人并不多。
到1535年，秘鲁全境基本上被征服。在整个征服过程中，印加人的伟大创造，他们的庙宇、陵墓、档案资料等全部被破坏。接着，皮萨罗在利马河畔的一个绿洲上建立了利马城，作为这一地区殖民政府的首府。
印加地区的动乱并没有结束。不甘屈服的印加人一次次地掀起反抗斗争。西班牙殖民主义者也因分赃不均而打了多年内战。皮萨罗劫夺来的大量金银，除1/5交给西班牙王室外，其余均被他与其他人分掉了。他的老伙伴阿尔马格罗由于到卡哈马卡晚了几个月，分到的金银比较少，与皮萨罗的下属展开了内战。内战持续了好几年，大部分领袖都死于其中，包括阿尔马格罗、皮萨罗及其兄弟。只是在这以后，西班牙王室才在秘鲁建立了比较稳固的统治。
（六）麦哲伦在菲律宾死于非命
西班牙人在征服美洲的过程中，还开始了向东方的扩张。这就是由麦哲伦环球航行开始的在菲律宾的殖民。这先得从麦哲伦环球航行说起。
1.说服西班牙国王支持环球航行
1480年左右，麦哲伦出生于葡萄牙一个没落贵族家庭，长大后在宫廷里当过少年侍卫。1505年他第一次出海到了东方，是阿尔梅达舰队（见本书第二章第二节）的普通一员。从这一年起到1511年间，他一直呆在东方，参加了征服印度洋和马六甲的一系列战斗。此后，他又参加过葡萄牙征服北非的远征，在战斗中他第三次负伤。
这次负伤，枪头刺中他的膝关节，损伤了神经，左脚不再能屈伸，终生成了瘸子。回国后他曾希望得到一个不太重要的职位，但遭到了拒绝。这位野心勃勃的年轻人还提出了往西航行到达香料群岛的计划，也被拒绝了。这种拒绝也在意料之中，因为大西洋西面是西班牙的势力范围，葡萄牙不可能去染指。于是他来到西班牙，想在这里寻找机会。
麦哲伦提出往西航行到达香料群岛的建议，除了受哥伦布发现美洲的启发外，还有两点依据。一点是他在东方的经历，他知道香料从马六甲很远的东面运过来，那个地方西方人称为香料群岛，又叫摩鹿加（马鲁古）群岛。
另一点是1513年西班牙探险家巴尔波亚的发现，这一年巴尔波亚从大西洋这边越过巴拿马地峡发现了太平洋，他把它称为“南海”。当时地圆的观念虽未得到证实，但已相当深入人心，麦哲伦的意思无非是：他所了解的香料群岛一定是与巴尔波亚发现的“南海”相连接的。
西班牙政府专门设立了一个委员会来论证麦哲伦提出的探险计划的可行性，麦哲伦才思敏捷，滔滔不绝，终于说服了这个委员会。他的看法是：摩鹿加群岛是葡萄牙最重要的财富来源，而根据1494年教皇为这两个国家划定的世界势力范围，这个群岛本来应该是属于西班牙一边的，因为它处在西半球上（这里，麦哲伦缩小了太平洋的宽度，夸大了马六甲到摩鹿加群岛的东西向距离）；通过巴尔波亚发现的已归西班牙所有的“南海”，西班牙可以建立直通香料群岛的航线，以便打破葡萄牙对香料来源的封锁。麦哲伦还十分肯定地提出，在大西洋和“南海”之间应该有一条海峡，把这两个大洋连接起来，这个海峡应该在南美洲南部的某个地方。应该说，麦哲伦这一建议还是很有说服力的，西班牙的君主现在所需要的一是财富，二是扩大地盘。麦哲伦的建议非常符合国王的胃口，所以虽然麦哲伦是葡萄牙人，他们也在所不惜，让他来实现这次探险。
经过反复的讨价还价后，麦哲伦与西班牙国王的代表签订了协议。与哥伦布一样，他们也谈妥了双方对发现收益的享受权问题。最后国王同意，用国库资金装备5条船，提供整个探险队两年的粮食和给养。
2.平息船长的叛乱
麦哲伦的船队于1519年9月20日从塞维尔（塞维利亚）出发。他们驾船驶出瓜达尔基维尔河，经加那利群岛，向巴西海岸驶去。这支探险队共5条船，265个人，其中正式由国家支付工资的有239人，其余的是编外人员。
编外人员中有一个来自意大利的，叫皮加费塔，他随意大利一个主教来西班牙出差，听说有人组织环球航行，就央求这位主教说情，让麦哲伦收留他为探险人员。由于他的参加，我们才得以有一份关于第一次环球航行的记录。
麦哲伦的身边还有一位他从东南亚带回的奴仆，叫恩利克，苏门答腊人，后来证明，这位奴仆是第一个绕地球走了一圈的人。5艘船的排水量分别是：旗舰特立尼达号110吨，圣安东尼奥号120吨、康塞普松号90吨、维多利亚号85吨、圣地亚哥号75吨。
西班牙国王对这位来自葡萄牙的航海家还是不太放心，另外四条船的船长都是西班牙人，这给麦哲伦的领导增添了许多麻烦。离开加那利不久，就有一位船长向他的权威挑战，被他及时制服。他骄傲地对这位船长说：
“您的职责是，白天随着我的指挥旗航行，夜间跟着我的航灯前进。”这年11月，他们来到南美东北部海角，然后沿海岸南下。海岸线一直向前延伸。到次年4月，南半球的冬天已经来临，麦哲伦决定停泊在南纬19度的圣胡利安湾过冬。这时航行已持续了约7个月，船队已经十分不稳，军官们要求麦哲伦调头往东走，像葡萄牙人一样，驶过好望角直接到香料群岛去，麦哲伦没有答应。
出于谨慎，麦哲伦让另外四条船开进湾里，自己的船则在海湾外面的水面上抛锚。
夜里，维多利亚号、圣安东尼奥号和康塞普松号三艘船联合发生暴动，逮捕了忠于麦哲伦的人员，把大炮对准麦哲伦的特立尼达号。暴动者们也许是犯了一个致命的错误，他们不相信自己的水兵，有一艘船的船长甚至把水兵也解除了武装。麦哲伦知道叛变的消息后，充分体现出自己的大将风度。他十分冷静地派忠于他的警官埃斯皮诺萨带几个水兵到维多利亚号上，邀请该船船长美多斯到指挥船上谈判。美多斯当然拒绝了这种安排，埃斯皮诺萨迅速用一把短刀刺进他的脖子。这艘船立即站到麦哲伦方面来了，三比二，麦哲伦取得了优势。圣安东尼奥号一看形势不妙，企图开船逃跑，但麦哲伦的船挡在港口海面上，当特立尼达号上的第一颗炮弹向圣安东尼奥号打过来时，这艘船上的水兵们立即把军官捆绑起来。康塞普松号也出现了类似的情况。总之，叛乱以意想不到的速度被平息下去了。
麦哲伦用他那时代的典型方式处置那些造反的军官。康塞普松号船长克萨达被斩首，把已死的美多斯的尸体切成四块，把圣安东尼奥号船长，也是国王派到探险队里的最高代表卡拉塔赫纳及与他一起参加叛乱的一个神甫扔在荒无人烟的海岸上。其他人都得到了宽恕。
3.穿过麦哲伦海峡
船队继续沿着南美巴塔哥尼亚海岸往南走，麦哲伦心里其实也没有底：想象中的连接大西洋和“南海”间的海峡到底存在不存在？但他要坚持到最后。舰队不断地沿海岸往南航行，探索了前人未曾探索过的南美大西洋4000多公里的海岸线。1520年10月21日，他们终于发现了一条往西方延伸的海峡，即现在的麦哲伦海峡。麦哲伦海峡是个港湾丛生、充满死湾的地方，常常弄不清楚真正的海道在哪里，它时宽时窄，海流湍急，礁石众多。
这条海峡全长550公里，他们用了一个多月的时间，驶出海峡，进入“南海”，这时是11月28日。
麦哲伦的船队能够驶出这条海峡，实际上是相当幸运的，当然，这与他的高超的航海技术和丰富的航海经验分不开。后人曾这样描述这条海峡的错综复杂性，并对这位大航海家表现出由衷的赞赏：
只有用简单化的委婉说法，才能把麦哲伦海峡称之为海峡。实际上，这是许许多多拐弯处、小海湾、深凹、峡湾、沙滩、浅滩和互相交叉的支流的十分错杂混乱的交织。只有具备非凡的本领和极大的幸运，才能顺利通过这个迷宫。这些小海湾有时变得奇异地狭窄，而后又开阔起来，它们深不可测，小岛星罗棋布，浅滩比比皆是，真不知道该如何在它们中间迂回前进；水流经常分成三四股支叉，忽而向右，忽而向左，猜不出西面、北面或南面的支流哪一条通向期望的目标。必须时刻躲避浅滩，绕过岩石。一阵阵突如其来的逆风掠过不平静的海峡，卷起浪涛，撕扯篷帆。只有根据后来旅行者的大量描述，才能弄明白，为什么麦哲伦海峡在几百年间使海员们闻之失胆。这里“老是从四面八方刮着北风”，从来没有风平浪静、阳光明媚的适于航海的天气，后来有几十支探险船队覆没在这个阴森的海峡里，海峡两岸至今人烟稀少。麦哲伦是征服这条危险海路的第一个人，在以后漫长的岁月里，他也一直是顺利通过海峡而未折损一条船的最后一个人。这一点十分令人信服地证明，麦哲伦的领航技术是何等高超。如果再考虑到他的笨重船只只有靠巨大的篷帆和木制的舵才能开动，在勘测数百条主流和支流时必须不断往返行驶，然后重新回到约定地点同船队会合，而这一切又是疲惫不堪的船员们在阴霾的季节里进行的，那么，他顺利完成穿越这个海峡的航行更应被视为一个奇迹。
随麦哲伦走出海峡的只有三条船。圣地亚哥号在进入海峡前触礁毁坏；圣安东尼奥号在海峡中迷了路，与船队失去了联系，军官们趁机再次发动叛乱，他们把麦哲伦任命的船长打伤后戴上镣铐，然后返回西班牙。为了开脱罪责，这些叛乱的军官诬陷说麦哲伦叛变了，由此逃避了国王的追究（麦哲伦的家属由此失去了国库补贴，不久后他的妻子和孩子死于贫困。不过，对这一切，麦哲伦都不可能知道了，几个月后，他自己也将横死在菲律宾一个小岛的沙滩上）。
4.横渡太平洋
麦哲伦带领着三艘船开始横渡太平洋。他们先沿海岸往北走，然后离开海岸往西北方向的大洋深处驶去，跨过赤道后不久就径直往西航行。他知道，香料群岛位于赤道附近。他们一共在太平洋上航行了3个月20天。
舰队是在经历大西洋和麦哲伦海峡的折磨后，马上投入这3个月加20天的探险生活的，这是对人的生命力极限的一场真正的考验。随船的意大利人皮加费塔记下了太平洋上这段不平凡航程的真实情况。
在这三四个月的航程中，奇怪的是天气总是那么好，总是不见一丝云彩的炎热的天空，前方总是那半圆形的地平线。在这三艘残破的船只周围，永远是耀眼的太阳光和一望无际的蓝色的海水。一切都显得单调、枯燥，似乎毫无生气。最难受的是食品的缺乏和疾病的折磨。
由于谁都未曾想象到“南海”会这么大，食物非常有限。加上那时的储藏手段十分原始，仅有的一点食品也都变得像垃圾一样。葡萄牙酒早已喝光了。装在木桶里和皮囊里的淡水，在烈日的炙烤下早已发臭，人们只有捏着鼻子才能咽下每天仅能分到的一点点救命水。食物是面包干和鱼，鱼是一边航行一边捉的。面包早已变质、变形，其实是一些长满了虫子而有怪味的面包屑，夹杂着老鼠的屎和尿。
就是这样的面包干也越来越少了，饥饿的船员们收集锯末，把它掺杂在这种面包屑里，充填自己的肚子。最后，为了不致饿死，走投无路的船员们开始瞄上了包在大横桁上的牛皮。这些牛皮本来是为了防止缆索断裂而包上去的，但这是船上惟一尚可用来充饥的东西。这些牛皮经过长期的风吹雨打和阳光曝晒，已变得像铁皮一样坚硬。他们把牛皮拿下来，吊在船舷外浸在海水里拖上四五天，待到它变得软一些后，放在火上烤起来吃。关于食物的一个插曲是抓船里的老鼠吃。大老鼠甚至卖到半个杜卡特（古代威尼斯的货币单位）一只。当然这种买卖恐怕是偶尔为之，船员们抓到老鼠后，一般是自己享用，舍不得卖掉。
长期的海上航行中，与缺水和缺食物相伴的是坏血病，它像阴影一样追随着船员们。许多人牙床浮肿、出血，牙齿松动、脱落，全身浮肿，喉咙肿痛，难以下咽任何食物，严重的全身渗血而死去。大约有19个人，即1/10的人就因这种病死在太平洋上。尚活着的人要么像幽灵偶尔蹒跚地移动一下，要么像死人一样蜷缩在船上的某个角落里。
大家都极其虚弱，不生病的船员，特别是还能干活的船员一天天在减少，要不是3个多月中一直碰上好天气，真不敢相信他们能渡过太平洋。用皮加费塔的话说就是：“要不是上帝和圣母赐给我们这样好的天气，我们所有的人都会饿死在这无边无际的大海里。”有鉴于此，麦哲伦把“南海”称为太平洋。
太平洋上的整个航程至少有17000公里，照理，他们大部分时间都在今日波利尼西亚群岛和密克罗尼西亚群岛的海域穿行，这里有数不清的海岛，但奇怪的是，他们只见过两个荒芜的小岛。
一直到1521年3月6日，他们终于看到了三个有人居住的小岛，大概属于今马里亚纳群岛的几个岛屿。这些小岛中最大的大概就是今天的关岛，其居民皮肤黝黑、身材高大，赤身裸体，但戴着棕榈叶编成的帽子。这时，几条小船向他们驶来，岛民们登上麦哲伦的船只，对船上的东西感到很新鲜。据皮加费塔记载，这些岛民偷走了特立尼达号系在船尾的一只小船。麦哲伦带着一队士兵上岸烧了几十间茅屋和几十条小船，还打死了7个人。
当这些扰乱岛民平静生活的白人开始离开时，土著们乘坐100多条小船追过来，向麦哲伦他们的船扔石块。土著的小船上还有一些妇女，她们大喊大叫，撕着头发，可能是为她们死去的亲人而哭泣。
5.证明地球是圆的
再往前航行约2000公里后，麦哲伦的船队来到了菲律宾群岛。又过了几天，麦哲伦一直带在身边的奴仆恩利克开始用马来语与对面来船的水手喊话，对方马上明白了他的话，开始交谈起来。麦哲伦明白，他们已经进入使用马来语的世界了。也就是说，他们已经离香料群岛不远或已经处在香料群岛里了。恩利克是第一个完成环球航行的人。
麦哲伦的船队被当地人引到一个叫宿务的大港口，在这里他们看到了来自中国的货物，如中国的瓷器。宿务是一个文明世界，附近众多的岛屿都归这里统治。麦哲伦拒绝交税，宿务的土王勉强同意让他们开展贸易，实行实物交易。宿务人不知道黄金的价值，甚至用15磅黄金来换14磅铁。船员们疯狂地用自己的衣服等实物去交换金子，以至麦哲伦严厉地发布命令，决不允许泄漏黄金的价值。为了表示自己的实力，他请土王观看他的大炮实弹射击，看炮火轰鸣着摧毁茂密的树林。他又让队员们进行格斗表演。这时，旁边有来自暹罗（泰国）的穆斯林船主，他对宿务的土王说：“陛下，这些人就是征服和占领卡利卡特、马六甲和整个大印度的人。”但这位土王却对这些白人很感兴趣，携带全家大小和数百臣民接受了洗礼，皈依基督教。结果，这个岛和附近岛上的居民都纷纷接受了洗礼。
6.麦哲伦之死
也许是这位土王有求于麦哲伦才乐意接受洗礼，也许是麦哲伦自己很想展示他的军力。不知怎的，麦哲伦竟然亲自率领一队士兵去进攻临近的马克坦岛，原因大概是这个岛的首领不服从宿务土王的指挥。1521年4月27日夜，他带领60来个人，乘坐三条小船，来到马克坦岛。这个岛的周边有很多珊瑚礁，小船无法靠岸，麦哲伦只得把弓箭手和火枪手留在船上，自己带领50多人涉水上岸。岛民严阵以待，小船上的火枪手向这些武装的岛民射击，但离岸太远，子弹无法穿透岛民的木制盔甲。麦哲伦下令烧毁了一个村庄，岛民黑压压地向麦哲伦他们扑来，射过来密集的箭矢，掷来无数石块和标枪。麦哲伦的末日到来了。皮加费塔写道，一根竹矛刺中了麦哲伦的手臂，又有一个人用大片斧砍伤了他的右腿。麦哲伦向前倒下。这时进攻的人们纷纷向他投来了铁制的和竹制的标枪，他们用大片斧向他砍去，直到把他砍死为止。
麦哲伦是他那个时代的典型代表。他是一个勇于坚持科学真理的人，他领导了人类历史上第一次环球航行，证实了地球是圆的，对人类的知识体系作出了巨大的贡献；但他是一个殖民主义者，在他那一辈人的眼中，科学是为他们的殖民和掠夺服务的。
麦哲伦死后，探险队发生了内讧，一些船员又被宿务的土王设计杀死。三艘船并成了两条船。最后，只有维多利亚号继续往西绕过好望角，但在经过佛得角群岛时被葡萄牙人扣留了13个人。1522年9月6日，维多利亚号抵达瓜达尔基维尔河河口。这时离他们出航已近三年，出去时的265人只回来18个人。
麦哲伦的航行证实了地球是圆的，但对当时的西班牙来说，最重要的是建立了往西航行到香料群岛的航线，从此可以合法地与葡萄牙分享东方的香料来源。当然，西班牙人建立起与香料产地的正常联系尚需花费许多精力和财富。
（七）征服菲律宾
1.一次次失败的尝试
维多利亚号归来，西班牙举国上下都对在遥远的东方找到一个立足点感到兴奋万分。1525年7月国王查理一世派出新的探险队，前往菲律宾。这次航行很不顺利。
七艘船中有两艘遇风沉没，一艘逃回西班牙，一艘被风吹到了墨西哥，探险队司令洛阿萨也死在太平洋上。直到1526年10月初，剩下的船只和人员才到达棉兰老。他们上岸购买粮食、水果和肉类，贪婪地寻找岛上的黄金。
当上述探险队尚在太平洋上颠簸时，国王又派出另一支探险队，由卡波特率领。但卡波特来到南美海岸时，把南美的拉普拉塔河当成通往太平洋的海峡，在河区转来转去，花了三年时间，最后一无所获，被当地的印第安人赶了出来。
接着，西班牙国王把征服菲律宾的工作交给了墨西哥，以便免去从西班牙到南美洲的漫长航行。国王催促墨西哥总督科尔特斯派出新的远征队。科尔特斯组织了一支远征队，让自己的表兄弟萨阿维德拉任远征队队长。
这支探险队于1527年10月从墨西哥启程，他们带着科尔特斯写给宿务土王的信，想调查麦哲伦远征队一些失散队员的踪迹，也想打听洛阿萨远征队的下落。当然，这支远征队最重要的任务是在东南亚找到一个理想的落脚点。但他们的命运也很惨。在夏威夷附近，两艘船在暴风雨中沉没，只有旗舰到达了棉兰老。队员们与当地居民发生了激烈冲突，无法在该岛立足，结果在蒂多雷与洛阿萨远征队的余部会合。他们想寻找回墨西哥的航道，没有成功，萨阿维德拉死在蒂多雷附近的海上，余下的队员只得向当地的葡萄牙人投降。
西班牙在菲律宾殖民的多次努力未有实质性的进展，葡萄牙人却十分担心西班牙人侵蚀他们的利益。根据1494年的教皇子午线，非洲以东是葡萄牙的势力范围，他们认为西班牙人违犯了这一神圣的规定。实际上，在证实地球是圆的后，两国的势力范围光靠教皇子午线已经说不清楚了，还需要在地球的另一边也划出一条线。
1529年，两国在萨拉哥撒签订协定，把摩鹿加以东17度作为西班牙的西界和葡萄牙的东界。
萨拉哥撒条约并未能使西班牙放弃在菲律宾殖民的计划，它也不愿真的放弃摩鹿加群岛。1542年，查理一世命令墨西哥组织了一支新的远征队。这支远征队的司令是维拉洛沃斯，共有6艘船和400个士兵。其任务是探查菲律宾群岛的政治、经济、宗教和军事情况及在那里建立据点；他们还应寻找回到墨西哥的航道。远征队于11月1日从墨西哥的纳维达德港出发，次年2月到达棉兰老。这支远征队也未能完成建立殖民地的任务，它在东南亚滞留了很长时间，但为了抢劫粮食而费尽心机，很少有精力考虑其他问题。他们先是航行到萨兰加尼岛，用14武力夺取村庄，掠夺岛上的瓷器、金砂；为解决吃饭问题，他们到处抢粮。在沙利帕达，抢粮队被包围，差点逃不出来。整个远征队被困在萨兰加尼岛，以猫、狗和蜥蜴充饥。他们开到印尼桑吉岛抢粮，战斗四个小时攻下了一个村庄，把村里的男人都杀光。尽管如此，远征队仍未能解决粮食问题。1543年8月，他们再次到棉兰老抢粮，并派了一支分遣队北上。这支分遣队一直来到莱特岛，把这地区称为菲律宾群岛，这是根据查理一世的儿子菲利普亲王的名字来命名的，表示对这位王位继承人的尊崇。
这就是菲律宾群岛称呼的来源。探险队在这儿也未能解决粮食问题，更不用说建立殖民据点，只得往东转到摩鹿加活动。1546年，维拉洛沃斯死于安汶岛，其残余人员经印度回到了西班牙。
就这样，麦哲伦去世后，经过以上多次努力，西班牙人依然未能找到经太平洋回到墨西哥的航路。
2.黎牙实比在菲律宾建立殖民点
也许是这时西班牙的国王查理一世确实已经老了，向菲律宾殖民的事此后拖了十来年无人问津。1556年，菲利普亲王继位，称菲利普二世。这位皇帝好大喜功，记挂着以他的名字命名的那些遥远的岛屿，他希望把大南海变成“西班牙的内湖”，把太平洋的两边都变成西班牙的殖民地。
1559年9月24日，菲利普国王向墨西哥的总督写信，反复强调拓殖菲律宾群岛的重要性。他要总督组织新的远征队，该远征队的任务是：带回在那儿种植的香料样品，找到返回墨西哥的航线。他又指示，远征队不要触及摩鹿加群岛及其周围地区，即不要破坏萨拉哥撒条约，以免发生与葡萄牙的冲突。
西班牙人接受了过去的教训，对组建新的远征队进行了长期而扎实的准备。从筹备到出发，前后花了5年多的时间。远征队共4艘船，380多人。这支远征队有两个核心人物。一个是总指挥黎牙实比，1505年出生于西班牙一个贵族家庭，当过律师，为人狡猾，富于冒险精神。
受命担任远征队首领后，他卖掉了自己的一个大田庄，筹资10万比索，用作远征队的费用。另一个是神父乌达内塔，生于1498年，16岁就开始航海，曾多次为西班牙的远征队服务，有丰富的航海和殖民经验。1525年他加入过洛阿萨的远征队，在东方活动达10年之久。菲利普筹建新的探险队时，亲自给他写信，称赞他具有“对那一地区事务和航线的广博知识”，邀请他负责远征队的领导工作。乌达内塔没有收受这个职务，他推荐黎牙实比担任总指挥，但答应自己随队出发。这支远征队中还有一批有一定作战经验的殖民军官。与前几次远征相比，这支远征队还有其他方面的优势：船只更为坚固，配置的大炮火力更猛；特别是，经过几次远征，西班牙人已开始懂得利用太平洋的季候风和海流。各方面情况都预示着，这次远征将会取得“成功”。
黎牙实比的远征队于1564年11月从墨西哥出发，次年2月来到了萨马岛。鉴于前几次菲律宾人的敌意，他们尽可能以伪善的面目出现，赢得各岛民的合作，获得粮食等供应。在对菲律宾群岛的情况相当熟悉后，他决定占领宿务，把它作为据点。宿务岛位于比萨扬群岛的中心地区，北上可达吕宋，南下可到棉兰老，岛上有良好的港湾、充足的粮食和各类物产。他先派出使节与岛民取得联系，但受到了拒绝，于是决定武装夺取岛民的村庄。他集中船上的大炮，向村子猛烈轰击，同时派出士兵在炮火保护下强行登陆。西班牙人毁坏了上百间房子。岛民们在土王图帕斯领导下进行了英勇抵抗，但迫于西班牙人的优势火力而不得不撤退。黎牙实比就在这里建立了自己的定居点，他们修建堡垒和工事，然后用软硬两手来处理反抗的岛民，诱使他们回来安居。一方面他扬言不追究岛民的抵抗行为，另一方面，又表示要惩罚继续不归的岛民，捣毁他们的房屋和庄稼。黎牙实比这一招果然奏效，1565年4月，图帕斯返回家园与黎牙实比签订了一个条约。该条约规定：（1）图帕斯及其岛民承认西班牙的统治权；（2）岛民向西班牙人进贡；（3）岛民接受西班牙人的保护权；（4）双方相互进行贸易。这其实是西班牙人使菲律宾沦为殖民地的开端。此后，菲律宾人对西班牙人犯罪要追究，而西班牙人对菲律宾人犯罪却无相应的条款加以制约。从此，西班牙人在菲律宾建立了第一个殖民据点。
3.进一步在菲律宾扩张
建立一个殖民据点不是西班牙帝国的最终目的，他们要的是征服整个菲律宾。但要实现这个目标，光靠在菲律宾的这几个西班牙人是远远不够的，他们需要源源不断的后续支援。而要做到这一点，就必须找到从太平洋返回墨西哥的航线（菲律宾往西经好望角的航线控制在葡萄牙手中）。所以，在菲律宾初步站稳脚跟后，黎牙实比就着手执行国王的第二项使命--寻找返回墨西哥的航线，这是前面几次远征都未完成的任务。
完成这项使命的难点在于，太平洋的航道与海流有很大关系，从海流的走向看，从美洲到菲律宾主要有三条航道，而从菲律宾到美洲的主要航道只有一条，这就是沿太平洋中北部的“黑潮”（“日本潮流”）直达墨西哥。这条航道有温水、暖天气和季候风，较少受到暴风雨的袭击。
黎牙实比把寻找这样一条航道的希望寄托在乌达内塔身上，他有长期在太平洋上航行的经验。乌达内塔在黎牙实比的孙子萨尔塞多的陪同下，指挥着圣彼得罗号离开宿务岛，先是向北偏东的方向航行，这样可以利用海流和季候风。当船只到达北纬37-39度西向季候风地区后，便随着“黑潮”向美洲航行。1565年10月，他们回到了墨西哥的阿卡普尔科。
西班牙人找到了回航的海路，对他们在菲律宾的殖民有重要意义，因为只有找到这样一条路，在菲律宾殖民才是可能的。从此，黎牙实比就可以不断得到来自墨西哥的人力、物力的支援，而且也为两地间的贸易，也就是东亚与美洲的贸易（实际上主要是中国与美洲的贸易）开辟了一条重要的通道。
找到回航的道路后，墨西哥总督连续给黎牙实比送来支援队伍。1566年10月，第一艘从墨西哥来的大帆船到了宿务，送来士兵和给养。次年8月，又有两艘大帆船由黎牙实比的另两个孙子率领从墨西哥来到宿务。这样，黎牙实比就获得了与葡萄牙人相抗衡的力量。这些葡萄牙人封锁了宿务岛，企图把西班牙人赶走。但黎牙实比不断派出人员到邻近岛屿活动，扩大影响。西班牙国王指示他扩大在菲律宾的殖民范围。1569年初，他在宿务不远的班乃岛建立了第二个殖民点。使这个岛服从比较顺利，他骗取了该岛首领的同意，建立了自己的据点。
如果怀柔不见效，血腥的镇压就会随之而来。黎牙实比管辖的地域在渐渐扩大。1569年8月14日，西班牙国王正式任命黎牙实比为菲律宾总督，归墨西哥总督（即新西班牙副王）节制。
西班牙人下一步的扩张有两个方向：往东向香料群岛方面扩张，这样会与葡萄牙人发生正面冲突，如果这样的话，宿务就是他们在菲律宾进行殖民活动的中心；往北到中国去，那就得把北部的吕宋岛作为中心，那里有相当兴旺的马尼拉港口城市。最终，黎牙实比还是走了北上的道路。很可能是因为西班牙人考虑到，如果与葡萄牙人硬拼，双方会落得两败俱伤；另外，这时由于香料源源不断地流入欧洲，欧洲的香料价格已下跌得比较厉害，也就是说，香料在这些西班牙人心目中的地位在下降。最后，西班牙人觉得打开中国的大门前景更好。
1571年4月，黎牙实比亲自率领230名远征队员，乘坐23艘快艇直奔马尼拉。5月16日，舰队来到甲米地，黎牙实比向马尼拉地方政权发出最后通牒，要求他们投降。这里统治者内部发生了分歧，主张抵抗的拉贾苏莱曼退往北方，准备聚集力量决一胜负，而主张妥协的一派则拆除了巴石河口的防御工事，让黎牙实比的部队进驻马尼拉。19日，黎牙实比正式占领马尼拉，宣布建立西班牙的殖民统治。同时，他们开始在这里修建工事与城堡。
6月3日，拉贾苏莱曼联合其他力量向西班牙的舰队发起进攻，苏莱曼身先士卒，不幸中炮身亡。马尼拉全面沦为西班牙的殖民地，渐渐成为西班牙人在菲律宾的殖民中心。
黎牙实比是西班牙在菲律宾殖民的关键人物，他把自己的财产、精力、才干全部投入到西班牙在菲律宾的殖民冒险事业上来，实现了西班牙国王的目标。当然，这种成功的后面，是殖民地人民的累累白骨。1572年8月，黎牙实比在马尼拉病逝。此后，西班牙人继续扩大殖民统治范围，他们在菲律宾的殖民地位渐渐巩固起来。
（八）传播天主教
1.与军事征服并行不悖的精神征服
近代西方的殖民扩张，先是依靠军事上的优势，接着是依靠精神上的征服。殖民主义者都知道，军事征服只能收到暂时的效果，灵魂的依附才是关键性的。西方一位学者曾经这样讲道，在美洲的殖民活动中，“西班牙以两种富于战斗性的行动向前推进。一种是军事上的，一种是精神上的。两者都十分热衷于征服事业。前者的目的在于攫取权力、占领土地和掠夺财富，后者的主要目的则在于赢得基督信徒。两者是相互交织和相互帮助的。
彼此都依靠吸收对方的精汁而增强自己一方的力量。洞悉两者的相互关系，是了解西班牙殖民事业的最基本的钥匙。”早在19世纪时，就曾有人对西班牙在菲律宾的殖民作过这样的评价：“西班牙所以能够占领和保有菲律宾，以1000多士兵征服拥有50万人口的群岛，当时和后世都看到：这完全是由于宗教的影响。”当时的许多殖民主义者都有极其强烈的宗教感。哥伦布就是一个极其虔诚的天主教徒，他直到死，都认为是上帝派他去发现了新的天和新的地，即发现新大陆。因为他无法解释，为什么只有他才那么强烈地感到要往西走。当他第二次到美洲时，他的船上就有10多个教士。
葡萄牙和西班牙的整个殖民征服过程中，军事人员走到什么地方，总是能看到教士的身影。大规模的军事征服刚刚结束，必然有教士深入到征服地区的各个角落，使被征服地方的土著居民大批大批地皈依。从西班牙的国王看来，天主教是真正征服印第安人和菲律宾人必不可少的工具。1511年经教皇批准的主教区在圣多明各等地正式成立。此后，天主教的各个派别纷纷来到美洲，有圣方济各派、多明我派、奥古斯丁派和耶稣会等。这些教派来到美洲后，往往占领一大片土地，与土地上的劳动者建立起某种类似封建性的人身依附关系，印第安人实际上成了他们的奴隶和农奴，他们的一切活动都受到教会的管制。为了传教和宗教活动的需要，神甫们也向一些印第安人传授一些音乐、赞美诗和乐器演奏的技巧。每征服一个地区，总有大规模的洗礼。在墨西哥被征服的15年内，有400万以上的印第安人接受了洗礼。有的教士一天之内，要为1500个印第安人施行洗礼。
到1545年，拉丁美洲出现了圣多明各、墨西哥城和利马三个大主教区。各地都建立了许多修道院和寺院。
16世纪中，利马约有26000居民，其中约1/10是教士。教会对居民生活的控制，从教堂的建筑位置就可以看到。它总是建立在城市或村子的中央，对一个城市来说，这通常是中心广场。城市里每隔三四条街总有一个教堂。孩子从一生下来便成为教徒，即马上接受教会的洗礼，洗礼证比出生证还重要。此后，接受教育、结婚到死亡，都受教会的管辖，不接受这些安排的就是魔鬼、异端，后果不堪设想。
接受天主教，主要是便于殖民主义者奴役，并不意味着印第安人拥有了与白人平等的地位。有些教士甚至不把印第安人当人看，公然宣称印第安人是没有灵魂的动物，像野兽一样不能信仰基督教。直到1537年，教皇保罗三世才宣布印第安人具有理性，可以变为基督教徒。
即使这样，不把印第安人当人的事还是屡屡发生。16世纪下半叶，曾有一个叫朗达的圣方济各会教士不仅焚毁印第安人的手稿，破坏他们的庙宇，而且把每一个有“背叛”嫌疑的印第安人打300皮鞭。受到他拷问过的印第安人有6330人之多，其中有157人当场被拷打致死。
1569年，国王菲利普二世命令在殖民地建立宗教裁判所，进一步加重了印第安人的苦难。宗教裁判所镇压所谓的异端，巫术、重婚，还有犹太教、新教等都是镇压对象，如果对天主教所说的“奇迹”稍有怀疑，就会被视为异端，受到迫害，被监禁或严重的处以火刑。任何土著的文字和实物遗物均被付之一炬。据当时人记载，在16世纪下半叶的墨西哥，受宗教裁判所审讯的人往往被绑在马背上游行示众。殖民主义者不仅通过火与剑进行资本原始积累，也通过火与剑使被征服民族皈依基督教。
菲律宾的情况也一样。据统计，这儿归顺天主教的土著在1570年时只有几百人，8年后有了10万人，再过8年后有了20万。1594年将近29万，1622年是50万。
2.软硬兼施的传教手法
皈依天主教的人迅速增加，与殖民主义者采用血与火的手段分不开，但也不全是如此。殖民主义者从来都喜欢软硬兼施的手法。菲律宾土著加入天主教，与传教士的各种努力也是分不开的。这些传教士都很注意学习当地语言，以便能与土著直接沟通，宣传教义。有一名来菲的耶稣会教士74天内就学会了比萨扬语。多明我会还专门组织了泰加洛语的学习班。方济各会的教士认为，如果不学会当地语言，传教活动将无所作为。此外，传教士还施以小恩小惠争取土著居民的好感。他们有时批评一些时弊，摆出为民请命的样子。同时他们也使用自己的医学知识，通过为居民治病而使他们不再相信巫师，改信基督教。教会还十分重视对儿童的教育，创办免费的学校，使天主教在土著居民的下一代中潜移默化，深入他们的内心。这些措施有助于缓和土著对殖民者的对抗心理，达到快速传播的目的。
西班牙殖民地天主教的快速传播，还与教会采取的拉拢土著上层有很大关系。西班牙入侵前的美洲，即使已进入文明社会的地方文明程度大体上说来也是比较低的，至于那些尚未进入文明社会的地方，部落酋长更拥有极大的权力。菲律宾的情况也与此类似，而且菲律宾更特殊的地方是，它岛屿众多，几乎各个岛屿都有自己的领袖或土王。这些土王之间也有互相依附的，但仍有自己的独立性。西班牙来的传教士正利用了这种情况，竭力争取地方上层的支持。事实上，西班牙当局的殖民政策也是利用这一部分人，但教会在这方面的利用更为全面、更为彻底。1581年，来到马尼拉的首任主教萨拉萨尔一再坚持，只要不妨碍传教，西班牙当局应当保留原居民首领的合法权利。一些地方首领也向传教士投诉某些地方殖民官吏的胡作非为，损害他们的固有特权，传教士有时也帮助他们说话。萨拉萨尔主教还向西班牙国王上书，强烈谴责地方官员把一些地方首脑戴枷示众、迫害致死的做法。不少地方上层人士有感于教会为他们说话而皈依了天主教，由此带动了大批当地居民信教。
一些传教政策有时与征服、殖民的政策密切结合，很难说哪些是殖民政策哪些是宗教政策，但正是这各种政策促成了殖民地的巩固。在美洲和菲律宾，西班牙殖民当局都曾实行使居民居住相对集中的政策，把分散各地的土著集中到2000-4000人口的大村庄里来。这既有助于政治统治，又有助于教会展开活动。
传播天主教，是几百年来殖民主义者比较牢固地统治殖民地的重要保证。
