义和拳原本同当时清朝大部分秘密团体一样，是反对满族统治，以“反清复明”为口号的。由于维新失败后，帝国主义更加肆无忌惮的侵略，激发了义和拳的排外情绪。
1899年，捐官出身的汉裔旗人毓贤出任山东巡抚，提出“民可用、团应抚、匪必剿”的策略，对义和拳采用抚的办法，将他们招安纳入民团。于是，义和拳成了“义和团”，口号由“反清复明”改成“扶清灭洋”。
喊着“扶清灭洋”的义和团四处焚烧教会、杀害教士，抵制所有外国事物和之前失败的“洋务运动”。就连用纸烟、小眼镜，甚至洋伞、洋袜的人，也要处死。曾有6个学生，就因身边带了一支铅笔、一张洋纸，被团匪搜出后，死于乱刀之下；最冤的是有户人家因有一根洋火柴，被发现后一家八口遭到义和团的杀戮。
西方人反对慈禧废黜光绪帝，为此慈禧对西方人感到万分的不满，在“灭洋”这一点上有便与义和团有了共鸣。之后，慈禧便不顾西方外交人员的抗议，也不管义和团行为的过激和荒诞，于1900年1月，发布了维护义和团的诏令。
军机大臣协办大学士刚毅和顺天府尹赵舒翘领了诏令去调查，回来向慈禧报告：“拳民忠贞，神术可用”。朝中庄亲王载勋、端郡王载漪、辅国公载澜等也纷纷附合慈禧，主张招抚义和团。
1900年6月15日，军机处曾一度传旨，令在任两广总督的李鸿章，及山东巡抚袁世凯速入京，来共同对洋人宣战。
袁世凯因为和盘托出谭嗣同等人商议的兵围颐和园的政变计划，取得慈禧荣禄等的信任，由此更加飞黄腾达。他的新建陆军，被更名“武卫右军”，成了荣禄掌握的“武卫军”一部。升工部侍郎不久，袁世凯于1900年2月14日又升任山东巡抚。
然而，袁世凯亲率武卫右军前往山东赴任时，正值山东义和团运动高涨。看到义和团人四处破坏教堂、攻击教民、滥杀无辜、拆毁电杆、破坏铁路，甚至还诬指许多市民（包括许多妇女小童）为白莲教，而烧死戮死，同时又肆意奸杀妇女、掳掠洗劫商户平民，并将赃物公开拍卖。
这此行为使袁世凯勃然大怒，立即颁布《严拿拳匪暂行章程》，严酷地镇压义和团运动。
在袁世凯的打击下，义和团在山东无法立足，纷纷逃往天津、北京。山东的社会秩序，得以稳定，山东的人民免遭了滥杀的浩劫。
1900年6月21日，清政府以光绪的名义，向英、美、法、德、意、日、俄、西、比、荷、奥十一国同时宣战，同时贴出公告悬赏捕杀洋人，规定“杀一洋人赏五十两；洋妇四十两；洋孩三十两”。
于是，新一轮滥杀更甚以往，随着不少该杀的侵略者毙命之外，不少无辜的妇女儿童也惨遭杀害。杀红了眼的义和团，内部也相互杀起来，对百姓更是肆意虐杀，结果还直奔瀛台，要去弑杀光绪帝，幸而得慈禧阻止光绪才免于一劫。
在义和团的滥杀面前，各国都在准备，试图用武力来解救他们被围的使馆。各国的使馆，也筑起防御工事，由英国公使窦纳乐负责指挥抵抗。
到6月25日，事件终于演变为国际军事冲突，约有45，000名来自日本、美国、奥匈帝国、英国、法国、德国、意大利及俄国的八国联军与义和团拳民及清军对战。
这时的袁世凯，跟许多地方督抚一样，得到清政府命令：率军拱卫京师“勤王”！
可是，就凭借义和团这样的乌合之众，能向十一国列强宣战吗？袁世凯在心里问自己，然后用力地摇了摇头。久经沙场的袁世凯知道，如今与十一国同时宣战，只会失败，只会使中国遭受到更大的侵略和耻辱。
可是，作为一个地方的巡抚，又手握精锐重兵，如果不出兵“勤王”，慈禧绝对饶不了他的，可如果出兵，只会毁了这支既是国家的，也是自己的精锐之师。
袁世凯苦冥思苦想之后，最后选择了“两面讨好”的奸猾之策。他一方面派一小部军队慢慢“星夜驰往直隶”勤王，其实就在山东、河北交界处虚于应付；另一方面则派人与各国驻烟台领事洽谈，按照东南互保例达成协议，表示“中立”。
没过多久，1900年8月14日凌晨，联军来到北京城外，经过两天的激战，到8月15日逐步攻占了北京各城门，随即与清军在京城各处展开巷战。到8月16日晚，八国联军已基本占领北京全城。
慈禧及她的皇室，在北京陷落之时，仓皇离京，逃往西安。
袁世凯得之后，立即慷慨解囊，从家底中拿出大量饷银、绸缎等各种奢侈品，向仓皇逃命的慈禧进贡讨好，使她还能保住一点体面，满足太后穷奢极欲的虚荣心理。在慈禧回銮的路上，袁世凯又是花车又是别馆地迎候不算，还送了慈禧太后一辆汽车。
可是，因为慈禧认为司机坐到她前面不成体统，后来这汽车一直只是她的一个摆设，直到死时也不曾坐过一次。
尽管如此，慈禧还是认为袁世凯很不错，特别因为他保存了武卫右军这支军队，保障了山东地方性命财产免遭损失，更是对袁世凯高看一眼。
而八国联军则认为，袁世凯是清政府大员中对他们最友善的，不但对他赞赏备至，还一致把他当成“朋友”。
可当时与袁世凯处境相同、手握重兵的督抚们，像聂士成、董福祥、宋庆等，不仅把手里的军队折腾得一干二净，还直接受到了战争的严厉惩罚。
一代名将聂士成，被义和团乱民砍死；悍将董福祥，在战后被扣上“战犯”帽子丢了军权；宋庆部则溃不成军，从此失去了慈禧对他的借重之处；而荣禄的4支武卫军，也已全部崩溃。
独有袁世凯，“清内匪以安民生，慎外交以敦睦谊”，为清廷立下汗马功劳。他的武卫右军，不仅在战事中完整保存下来，还在镇压义和团过程中借机扩充了“武卫右军先锋队”二十营，使部队增加了一倍，高达到2万人，成为北方最大的武装力量。
值得一提的是：当时的俄国，在与联军进攻北京后，又同时派二十余万军队从南北两路进占中国东北。到1900年10月6日，两路军会师沈阳，到此占据了我国的东北全境。
1900年10月，李鸿章抵达北京，向八个占领国展开谈判。他从国际法上，提出义和团为叛逆，皇室的宣战诏令是被挟持而发出的，由此也否定了各国割地的要求。然而，穷凶极恶的列强，最后还是坚持要中国拿出四亿五千万两白银，作为他们的军费赔偿。
李鸿章再一次被迫签定了又一个使国人蒙受灾难和羞辱的《辛丑条约》，此约签后两个月，俄国政府为攫取更大权益，再度发难，拿出“道胜银行协定”，又威逼李鸿章签字。
“老来失计亲豺虎”，李鸿章见原本自己一直特别依重的俄国人竟然这么贪婪，气恼交加，呕血不起，于九月二十七日去世。临终时，李鸿章“双目犹炯炯不瞑”，带着无尽的遗恨，走完了他78岁的人生之路。
李鸿章逝世后，袁世凯继李鸿章署理直隶总督兼北洋大臣，次年实授。在内、外政策方面，袁世凯完全继承李鸿章的衣钵，并将淮系集团全部吸收过来。这么一来，袁世凯的政治、军事势力迅速膨胀，一跃而成为中外所瞩目的实力派领袖。
《辛丑条约》签订后，清政府迫于内外形势，施行新政，成立“督办政务处”，袁世凯当仁不让地兼任参与政务大臣、又兼任练兵大臣。这时候，心里本来就热衷新政，渴望通过改良强大中国的袁世凯，开始大展拳脚。
他废科举、督办新军、创办各种武备学堂，聘请大批日本军官担任教习。到1905年，北洋六镇编练成军，每镇一万二千五百余人，除第一镇系满族贵族铁良统率的旗兵外，其余五镇都在袁世凯的控制之下，其中重要将领，清一色他小站练兵时期的嫡系军官。
在此同时，袁世凯还利用他兼任督办电政大臣、督办铁路大臣及会议商约大臣的身份，大力发展北洋工矿企业、修筑铁路、创办巡警、整顿地方政权及开办新式学堂，等等。每项工作，袁世凯都干得颇有成效，实实在在推动了中国的实业的发展。他在山东创建山东大学堂（今山东大学），在天津建立了第一支中国警察队伍，还筹划修建了中国第一条自主建造的铁路——京张铁路的建设。
另一方面，袁世凯又因为办理新政得以“内结亲贵，外树党援”，很快形成了一个以他为首的庞大的北洋军事政治集团。已至于当时“朝有六政，每由军机处向诸北洋”，才能作出最后决定。
袁世凯能如此，从道德人品上来说，无疑有很多让人恶心的地方，但从政治智慧上来说，他甚至可以称得上是一位玩弄政治的天才。因为从根本上来说，政治的智慧从来就是要达到政治目的，其中的过程，常常会淡化甚至屏弃人品道德。所谓为达目的可以不择手段，这正是历来成功政治家的座右铭。
而袁世凯在清政府对十一国列强宣战前后一系列诡诈的行动，对中国人民来说，又是有着积极意义的。
在当时的情况下，袁世凯如果真不顾一切地按慈禧的宣战诏书行事，也不可能使中国转败为胜，而只会扩大战争。先使义和团占据山东、两江、湖广等地，滥杀无辜，破坏属于中国人的电杆、铁路；然后是更多的异国军队源源不断地登陆中国，屠杀中国的百姓；到最后，新军打没了。
结果呢！好一点是《辛丑条约》的赔款数额大大增加；差一点是慈禧与光绪落入联军之手，成为他们的傀儡政府。
果然如此，中国的前途，只会更加地黑暗和可怕；中国的百姓，只会更加无奈和可怜！
