（1）综合管理。农业环境污染和生态破坏往往涉及很多环境要素，如水、土地、森林等。造成环境问题的原因既有农业开发活动和各种经营活动，如植物保护、水土保持、畜牧、农垦及乡镇企业等，又同许多经济部门相联系，各经济部门又都会不同程度地作用于农业环境。农产品是城乡人民的生活必需品（粮食、油、肉、蛋、奶等），关系到人民的健康。同时农业环境污染不但反馈到农业本身，而且从社会的各个方面反馈到农业环境。所以，农业环境保护工作，只有综合来自各方面的信息情况，综合各方面的要求与实际，从全面的综合的高度进行管理，才符合农业系统的规律，方可收到较好的经济效益、环境效益和社会效益。而不能“单打一”，“头痛医头，脚痛医脚”，否则很难收到综合效益。
（2）科学规划。科学规划、合理布局是防治环境污染和破坏的关键。农业环保部门通过制定、安排、实施科学的农业规划和农业生态计划，使农业生产和农村环境建设统筹兼顾，合理安排，协调发展。从而防止、减少环境污染和破坏，保护自然资源和农业生态环境。
（3）协调各方关系。农业环境保护的对象涉及多种环境要素，各种环境要素各有其主管部门，如土地、水、林、草等各有不同的主管部门。各种活动都会（包括开发、建设、生产、生活活动）直接或间接对农业环境发生影响，如工业、交通、铁路、航空、渔业等，对环境的影响是显而易见的。可是，农业环境保护的社会性很强，是一项社会公益事业。农业环境质量的好坏与全社会成员都有关系。农业环境污染，会造成被污染的农产品危害人体健康，破坏农业生产，农业欠收和绝收，必将影响人们的生活与生存。因此，必须协调好各方面关系。
（4）依法监督。农业环境保护不仅靠自身，更重要的是做好协调、规划、综合、监督工作，调动各方面的积极性，在各部门各司其职的基础上保证农业环保任务的完成。农业环保机构具有突出的监督职能，其监督职能主要表现为：监督检查有关单位和部门执行环保法规，对有关违法行为进行处理；监测监督，通过监测，对向农业环境排放污染物的污染源和各种破坏农业环境的行为进行监督，促其不排或少排污染物，并促其治理；对污染事故调查处理监督，依据环保法规，对污染破坏环境的案件进行调查处理，及时纠正违法行为，制裁违法者，以起到教育和以儆效尤的作用；对生产建设、开发活动进行监督。从立项、选址到投产或经营的全过程、全方位进行监督管理。把开发、建设及各种活动对环境的影响降低到最小的程度。
