曾国藩十分清楚朝廷这样做的用意。面对民众、清流派和洋人的压力，太后、皇上有所畏惧，但一旦实施了曾国藩解决纠纷的办法，众怒便会引到太后和皇上身上来。为转移目标，只能将他抛出，当牺牲品和替罪羊。掌握皇权的人碰上棘手的事情，总爱玩弄这类把戏。当年，林则徐虎门销烟给国人争了一口气，但仗打败后道光皇帝就把责任推到主战的林则徐头上，削职发配新疆。被迫签订《南京条约》后，国人斥为卖国，道光帝又把罪名推到主和派头目穆彰阿身上。无论是战是和，都是道光皇帝的决定，而落得悲惨下场的却是臣子们，难道现在轮到自己了！
果然，不久朝野上下便纷纷谴责曾国藩辱国残民，败坏朝纲，下层士人和百姓更是骂他为“卖国贼”。
曾国藩只能忍气吞声地把全部责任都承担下来。主和而不主战，这本是朝廷的外交宗旨，他正是遵照这一宗旨办事的，但他绝不敢说这是慈禧太后的旨意，真是有口难辩啊！还是打掉牙和血吞吧，后悔是没用的，现在要做的是顶着骂名去追查杀人凶犯。
这更是难上加难的事，上万人行动，聚如云，散如鸟，上哪里去抓呀？洋人已死不能当堂指证；目击百姓不少，但对凶犯的描述迥异；抓了些嫌犯，目击者又不能确认；有的嫌犯供认后又翻供：有的只承认打了一两下，不是要害处。细想想，也是这么个理，当时人们一哄而上，七手八脚乱打，根本分不清谁先动手谁后动手，哪下致命，哪下不致命。查来查去，弄得曾国藩头昏脑涨，筋疲力尽，没有一个嫌犯证词与供词完全吻合的。
这天夜里，曾国藩翻来覆去不能入睡。“绝不漏过一个人犯”、“绝不冤枉一个好人”，这恐怕是做不到了。洋人被打死20个，必须找出20个人来抵命，怎么办？办法只有一个，那就是嫌犯虽无口供，但只要有二三人指证，即定案。这样做虽有屈死鬼，但为了早日结案也只能这样了。
想到这里，曾国藩的心绪渐渐和缓下来，恍恍惚惚地进入了梦乡。
按照曾国藩的部署，冯瘸子、范永等20名人犯被处死，另有25名人犯充军；天津知府张光藻和知县刘杰交刑部治罪，革职充军，提督陈国瑞交总理衙门处置；赔偿法国白银50万两；崇厚亲往法国领事署赔礼道歉。
处决人犯，冤情是难免的，为此，发给每个人犯家属500两银子作为抚恤。对刘杰、张光藻、陈国瑞的处置，曾国藩又上奏朝廷请求从轻发落。
做完这些事后，曾国藩的病情加重了，头晕脑涨，疼痛不止，常常彻夜失眠，胃口不开，浑身异常困乏，左眼怕光，不敢睁开，陷入极端悔恨之中。他后悔自己对“天津教案”的处理过软、过柔，“那时我听到法国在普法之战中不利的消息，为何不做得强硬一些呢？”他心里常不住地责备自己。
九月十一日，朝廷将张光藻和刘杰发往黑龙江“效力赎罪”。曾国藩听说后，浑身猛地一抖，一个趔趄摔倒在地。幕僚赵烈文、学生薛福成、儿子曾纪泽急忙把他抬到了床上。
躺在床上，曾国藩老泪纵横，泣不成声地喃喃道：“我……对不起张知府，对不起……刘知县哪！他们……忠于职守……却落到这般地步，何等冤枉！我……有愧呀！”
“父亲千万别这样说，这是朝廷的圣谕。”曾纪泽安慰说。
“恩师并没主张把他们发配黑龙江，朝廷降旨自有其道理，愚师不必过于自责。”薛福成劝道。
“无论怎样说，我……也摆脱不了干系，当初只怕引起边衅，才出此下策……”曾国藩呜咽道。
“依卑职看，涤帅大可不必如此伤心。涤帅受命于国家危难之时，将剑拔弩张的情势缓和下来，避免了边衅，功在社稷，利在百姓。张知府、刘知县俱是识大体之人，他们知道自己的些许委屈是为了解朝廷之困，消百姓之灾，绝不会埋怨涤帅的。其实，正如涤帅常说的：弱国无外交。不管朝廷派谁来处理‘天津教案’，都不会比您办得更稳妥、更出色。”赵烈文说。
听了赵烈文的话，曾国藩沉重的心情轻松了许多，闭目片刻后说：“话虽如此，但我仍觉得有负于二位大人，他们毕竟替朝廷背了黑锅。”
“要是涤帅实在觉得过意不去，就派人送些银两以示抚慰。”赵烈文建议说。
“好，就按烈文说的办！”曾国藩高兴地说。
张光藻、刘杰起解那天，上万天津百姓挥泪相送，老天也为之哭泣，下起连绵的秋雨。百姓们知道，这两位朝廷命官其实是为百姓的行动顶罪的，便不再斥骂曾国藩了，这与其说是对曾国藩苦衷的谅解，倒不如说是对残酷现实的无奈默认。
赵烈文和曾纪泽找机会单独与张光藻、刘杰相见，送上3000两银子，并代曾国藩向他们致歉。两人十分感动地说：“请转告曾大人，勿以我二人为念，我等死不足惜，振邦兴国之大任，惟曾大人能够担得。只要曾大人健在，大清就有中兴之望。”
听了赵烈文和曾纪泽的回话后，曾国藩吃力地摇摇头，沉默良久。张光藻、刘杰的殷切希望使他感到无限悲凉：盛名之下，其实难符啊！自己挥斥八方的年月早成了过眼烟云，如今老朽无能、神衰气虚，不堪任事，哪还有回天之力呀！唉，古人一向主张功成身退，凡事见好就收。倘若自己在攻克金陵后急流勇退，返归故园，哪有今天的窘况？可惜自己没有那样做，被世俗之气熏染，硬要扮演中流砥柱的角色，结果剿捻无功，处理“天津教案”又惹来怨谤，现在看来，真是，唉……
对天津市民的残杀，在曾国藩一生大规模的“剃头”行为中算是最后一次了，但此次并没给他带来荣誉，反把他几十年的声誉都毁了。他在同治九年(1870)十一月十一日给彭玉麟的信中也忏悔道：“仆自问同治四五年剿捻无功，即当退处深山。六年春重回江南，七年冬莅任畿辅，皆系画蛇添足。画虎不成，反类犬矣。”
处理完“天津教案”后，北京、天津的官员、学子和百姓掀起了怨曾反曾浪潮：名士王恺运、弟子李鸿章、儿子曾纪泽都为曾国藩的做法感到惋惜，深虑此举将使他的一世英明毁于众谤。醇亲王奕、内阁学士宋普、翰林院侍读学士袁保恒、内阁中书李如松等人先后上奏，说反洋教是天津百姓的义举，要求惩治崇厚等媚外官员；京师学子纷纷抨击曾国藩，湖南学士把他书写的悬挂在北京湖广会馆的匾额和教子胡同的湖南会馆的楹联捣碎烧毁了，其他各处凡有曾国藩题字的也被尽数刮掉，人们口吐唾沫，用脚踩碾，仍不解其恨；天津市民们写标语、唱歌谣、编故事，街头巷尾无不指骂曾国藩为“大卖国贼”、“洋人走狗”。
朝廷中的“清议派”更是全力攻击曾国藩，甚至有人主张杀他以谢天下，有人作对联讥讽说：
杀贼功高，百战余生真福将；
和戎罪大，三年早死是完人。
虽然这样，清廷也不得不承认，除了曾国藩的结案方式，别无他法，但为了平息舆论，转移视线，又不得不做做姿态，由李鸿章代替曾国藩，以此表明曾国藩的作为不代表朝廷。李鸿章接办后，仅将原判20名死刑改为16名，4名为缓期，其余无一更改。显而易见，“当时事势，舍曾国藩之所办，更无办法。”
可以看出，曾国藩的方式代表着清廷的主张，保持了与清廷基调的一致，也为清廷争取到了暂时的和平。可是，由于当时民众和部分官员的明“理”不明“势”，一时民怨四起，曾国藩能做什么呢？他唯一能做的就是为朝廷背上骂名。
在受命处理“天津教案”时，曾国藩就明白事关大体，事关一生的毁誉和身家性命，但与国家的安危比起来，个人的毁誉算得了什么呢？在国家危亡的关头，总需要忠臣舍身赴难的。如果曾国藩为了个人声名，按“理”结办此案，那积贫积弱的晚清将可能面对另一种局面了。
关于办理“天津教案”遭谤的原因，曾国藩在给刘蓉的信中解释说：
在处理“天津教案”的问题上，舆论出现了论“理”和论“势”两种倾向。论“理”的人以为，“当趁此驱逐彼教，大张挞伐，以雪先皇之耻而作义民之气”；论“势”的人以为，“兵端一开，不特法国构难，各国亦皆约人同仇。能御之于一口，不能御之于七省各海口；能持之于一二年，不能持之于数十百年。而彼族则累世寻仇，不胜不休。”
可见，曾国藩这样结案，不是他不明“理”，而是“势”在必为，是以一时的屈辱以求长久的和平。
曾国藩的好友郭嵩焘，以敏锐的目光阐述了他对此案处理的看法：
在对外交涉过程中最重要的是严格信守条约，力保中外“和局”，不要轻易动武。“愚民”无知，一概仇视洋人，无须深究，但作为官吏者，则应因势利导，不能做那些不负责任的事情，更不能有意煽动愚民仇洋。人们之所以对曾国藩处理“天津教案”加以诋毁，原因在于不谙中外实情，在于对国情不负责任。
郭嵩焘多次为曾国藩鸣不平，他说：曾国藩办理“天津教案”之所以舆论大哗，“无他，用其鼠目寸光、溪壑褊小之心，而傲然自以为忠孝，慢上无礼，漠不为耻。”这样的风气，未尝不是一般官僚士大夫率先倡发，“而遂至无可挽救，终归于祸乱贼杀而已。伤哉！”
郭嵩焘指出：曾国藩办理“天津教案”，如果说有过错的话，在于他“不明立科条，分别从教者之良莠，以使百姓与教民两无猜嫌”。至于曾国藩办理“天津教案”的结局，“则亦天理人情之至矣”。而那些对他使劲加以诋毁的人，并不知道津案的全过程，就信口开河乱说一气，“道之不明，而意气之激以不得其平，则亦何词不可逞，何罪不可诬哉！”
可见，郭嵩焘认为曾国藩办理“天津教案”并无根本上的过错。
在与洋人交涉上，曾国藩的得意门生李鸿章主张采取痞子的手段处理，而曾国藩坚持采取诚信的原则，他认为，在没有实力做后盾的情况下与洋人交涉，虚强造作只能使国家吃亏更大，所以应以诚信为本。因此，我们更能明白他处理“天津教案”取“势”而不取“理”的苦衷了。
曾国藩能这样处理“天津教案”，充分说明了他舍个人声名而保国之安危，舍小保大的个人风范。
但是，曾国藩对“天津教案”的处理方式，从当时的历史条件来看，虽然杀害市民以满足洋人要求，遭到各方人士的一致谴责，他也愧悔万分，但却收到了成效：使一场战争得以平息，避免了刀兵之灾，所以，清廷非常满意。在清廷看来，处死几个“刁民”并不要紧，惹恼了洋人才是最头疼的事，一旦战火又起，统治就难以维持了。
另外，客观地说，当时国力衰弱，若自不量力地采取强硬态度，后果可想而知。就连当时和曾国藩势不两立的“清议派”代表人物张之洞，后来在湖广总督任上面临同样的事件时，也采取了曾国藩的处理方式，并后悔自己当初对曾国藩的指责。
从同治九年(1870)六月初十曾国藩到天津处理教案，到九月二十日结束离开，总共102天。在这102天中，曾国藩在抗与从的抉择中，“忍辱负重”地做出了他认为唯一正确的选择，从而使一场中国人民反教会的斗争，最终以无数民众无辜而死和清廷屈辱赔款而告结束。
同治九年(1870)年底，已经重新担任两江总督的曾国藩在给老部下李元度的信中，冷静地对自己在处理“天津教案”时的处境与教训进行了深刻的分析：
六月初旬，力疾赴津办理此案，众议分歧。论理者，佥谓宜乘此机，与之决战，上雪先皇之耻，下快万姓之心，天主教亦宜趁此驱除。论势者，则谓中国兵疲将寡，沿江沿海略无预备，西洋各国穷年累世，但讲战事，其合从之势，狼狈之情，牢不可破，邂逅不如意，恐致震惊荤毂。鄙人偏信论势者之言，冀以消弭衅端，办理过柔，以至谤议丛积，神明内疚，至今耿耿。
信中，曾国藩痛苦地反省了自己“过柔”的处理手段，以及这种手段给他带来了“谤议丛积”和“积年清望几于扫地殆尽”的后果，可见他已经清醒地认识到自己所付出的代价是非常惨重的。
当时的清廷形成以醇亲王奕为代表，包括李鸿藻、倭仁、翁同龢、李如松、宋普等人的“论理派”和以恭亲王奕为代表，包括崇厚、董恂、宝韵、沈桂芬、丁汝昌等人的“论势派”。
“论理派”认为朝廷不可失民心，否则天下将解体，可利用当时群情激愤的民心，与洋人决一死战，一可报咸丰之仇，二可大快人心。奕认为：“欲复深仇，全赖民心。天津之案，民心皆有义愤，天下皆引颈以望，乃诸臣不趁势推之于民以喝夷，但杀民以谢夷，不但一时全局荡然，自然亦难望转机矣。”
“论理派”的强硬态度，表现出民族自尊心，但他们没有审时度势地看问题，对双方实力缺乏根本的了解，夜郎自大地一心只想“决战”、“雪耻”，而在敌强我弱的情况下贸然“决战”，无异于送死。
“论势派”多是直接和洋人打交道的外交大臣或封疆大吏，他们对敌我双方的军事力量非常清楚，认为清军当时的武器根本不是洋人的对手。因此他们主张力求和局，才有徐图自强的希望。他们从客观现实出发考虑问题的态度是正确的，但违背民心，不顾国家尊严，缺少民族气节，又是极不足取的，因此才受到时人和后人的诟骂。
曾国藩与奕等人关系密切，所以他倾向“论势派”。其实，他何尝不愿意做一个“论理派”，理直气壮地去维护民族尊严和国家主权呢！但他清楚，西方列强武力强大，除野蛮掠夺外，还想在外交上武力威胁。他知道对待武力威胁，武力防备是必须的。然而，在天津办案中对中外形势进行了周密分析后，他认为：“目下中国海上船炮全无预备，陆军则绿营固不足恃，勇丁亦鲜劲旅。若激动众怒，使彼协以谋我，处处宜防，年年议战，实属毫无把握。”“中国兵疲将寡，沿海沿江毫无预备，而诸国穷年累世但讲战事，其合众之势，狼狈之情，则牢不可破。我能防御一口，未必能遍防各口；能幸得一时，未必能力持多年；能抵敌一国，未必能应付各国……然稍一蹉跌，后患有不堪设想者，必须隐忍以全和议者，就势而言之也……必须力争以全国体，此就理而言之也。欲求理势兼顾，殊无良策。敝处所力，盖亦偏于衡势者，措施又多失宜，物议之腾，亦无足怪。”正是由于形势上的迫不得已，他这位内心充满“论理派”思想的理学家，才在实际行动中成了“论势派”。
生活在夹缝中的人，要么从夹缝中冲出去，重新寻找自己的天地，要么四面碰壁、四面讨好，而最后什么也得不到。曾国藩就属于后者，他对“天津教案”的处理遭到舆论的谴责，就是因为他对清廷的指示不敢违抗，因而甘愿受辱，丧失了国家主权、民族尊严，造成了错误的后果。这对他、对清廷、对历史来说都是一个悲剧！他个人的悲剧也正是当时时代的悲剧。
