赐康有为朕惟时局艰难，非变法不足以救中国，非去守旧衰谬之大臣而用通达英勇之士，不能变法。而皇太后不以为然，朕屡次几谏，太后更怒。今朕位几不保，汝康有为、杨锐、林旭、谭嗣同、刘光第等，可妥速密筹，设法相救，朕十分焦的，不胜企望之至。特谕。
赐康有为朕今命汝督办官报，实有不得已之苦衷，非楮墨所能罄也。汝可迅速出外，不可迟延。
汝一片忠爱热肠，朕所深悉。其爱惜身体，善自调摄，将来更效驰驱，共建大业，朕有厚望焉！特谕。
近代史专家汤志钧教授等以为，这两道密诏均不可信。第一道显系伪造。与光绪给杨锐密诏相比，可以看出最关键的两处不同：一是将光绪给杨锐的密诏伪造成给他本人的密诏，将授命“筹商”者由杨锐、林旭、谭嗣同、刘光第等军机四卿改为以康有为为主；二是与光绪帝密诏原意（想办法既不得罪太后，又能使变法继续下去）完全相反，变成了要康等“设法相救”。这便导致了激化矛盾、围园劫后的行动。第二道即使有，其词句也必经过康有为篡改，将光绪命其出外办报改为命其暂避风头，保存实力，出外相救，使其出逃及在外活动有合法根据。
变法失败后，康有为、梁启超讳言围园劫太后、发动政变的密谋，称此为守旧派的诬陷。台湾史家黄彰健对谭嗣同遗诗“望门投止思张俭，忍死须臾待杜根。我自横刀向天笑，去留肝胆两昆仑”的真伪，提出质疑，以为“望门投止怜张俭，直谏陈书愧杜根。手掷欧刀仰天笑，留将功罪后人论”方是谭嗣同原诗，因其中“欧刀”暴露了维新派曾有武装夺权的谋划，于是梁启超改之。然新近发现的《唐煊日记》（唐煊时任刑部主事）八月二十五日所记中，有传抄“我自横刀向天笑，去留肝胆两昆仑”之诗，时距谭嗣同遇害仅12天，应该可以认定谭嗣同遗诗是真实的。此外，20世纪80年代中期，杨天石等学者还从日本档案中发现了毕永年的《诡谋直记》。毕永年为亲历其事之人，《诡谋直记》详细记载了康有为、梁启超、谭嗣同等密谋“兵围颐和园”，由毕永年带百人进园“往执西后而废之”的计划。
第二个事件是袁世凯告密事件。长期以来，人们以袁世凯《戊戌日记》为根据，认为戊戌政变是因袁世凯告密而起。事情经过是：八月初三（9月18日）深夜，谭嗣同秘访京郊法华寺会见袁世凯，与虎谋皮，要他杀荣禄，围颐和园。至于进园对付西太后，或囚或杀，无需袁世凯，他谭嗣同在北京可动员好汉数十人，足可解决园内一切。袁世凯慷慨相允。八月初五，袁向皇帝请训，当天乘火车回天津，立即向荣禄告密，出卖了光绪帝和维新派。当夜，荣禄赶回北京告变。八月初六（9月21日）晨，慈禧先下手为强，发动政变囚禁光绪，临朝训政，捕拿维新派，杀“六君子”，百日维新遂告失败。
近几十年来，经过史学家考证，确认这是袁世凯为平息传言，洗刷自己，而在日记中做的精心伪造。理由是：一、政变之初，慈禧捕拿维新派的名单中只有康有为兄弟，没有游说袁世凯围园劫持太后的“逆首”谭嗣同，且上谕中康有为的罪名是“结党营私，莠言乱政”，罪名较轻，如果有围园劫太后之谋，则是大逆不道，罪在不赦，应首言之。二、荣禄不可能乘火车连夜赶回北京。袁世凯陛见后，即乘火车“抵津”时，“日已落”，赶到荣禄处告密，应在夜间，当时京津火车通行不久，没有夜车，荣禄万难当夜赶到北京，而慈禧初四（9月19日）即已返回大内，控制了光绪，初六上午正式宣布训政，可见太后的政变并非由袁世凯告密所引起。三、袁世凯既要告密，京师后党刚毅、奕劻、徐桐等均可为对象，袁世凯与之亦有交往，初一、二尚与刚毅、奕劻会面，且有初四一整天的时间，围园武装政变何等大事，为何一定要回天津告密？四、据袁世凯说，初五日返津见荣禄，即要告密，刚“略述内情”，忽有客叶祖圭等人来访，因此欲言又止，只好等次日再说。谭嗣同已募勇士数十人在京，慈禧有旦夕之祸，只因有客便将此事延宕一天，于理不通。五、翌日，袁世凯向荣禄报告，二人因感事涉皇上，“筹商良久，迄无善策”。当时处在危险中的是慈禧而非光绪，因筹商保护光绪又耽搁一整天，更说不通。事实应该是，袁世凯参加了密谋。初五日袁世凯返津。初六日，御史杨崇伊至津，向荣禄报告太后发动政变、已行训政的消息。袁世凯刚从北京回津，受光绪帝封为侍郎，已知政变消息的荣禄对前来拜访的袁世凯，“令卫兵夹道罗列”，袁世凯吓坏了，以为密谋已经败露，“大哭失声，长跪不起”，向荣禄表示忏悔，并将谭嗣同夜访、围颐和园杀西太后的密谋和盘托出，为保全自己出卖了光绪帝和维新派。袁世凯没有事先主动告密，而是在获知慈禧训政消息之后，怕受连累被惩罚而被动告密。因此，并不是袁世凯告密导致慈禧政变，而是慈禧政变导致袁世凯告密。而由于袁世凯告密，消息反馈到北京，后党才知有兵变围园的密谋。于是事态扩大，继续搜捕，并不经审讯于八月十三日处决“六君子”，宣示的罪状中有：“包藏祸心，潜图不轨，前日竟有纠约乱党谋围颐和园，劫制皇太后及朕躬之事，幸经觉察，立破奸谋。”
从上述两个事件中可知，第一，维新派确有针对慈禧的举兵夺权计划，尽管这一计划流产，但可推知其“扶此抑彼”的指导思想，肯定曾有表露，从而激化了帝党与后党的矛盾；第二，慈禧发动政变，并非因得知“围园劫后”的密谋，而是在其前先已发动。这说明，慈禧发动戊戌政变，是各种因素综合发挥作用的结果。慈禧既知道权力，又有政见。权柄不能授之于人；变法不能突破底线，不能变制。否则，不是你死，便是我亡。清末新政在戊戌政变中，慈禧剥夺了光绪全部的权力，将戊戌变法淹没在血泊之中、变为短命的“百日维新”。然而，仅仅两年多，经过义和团运动和八国联军侵占北京等一系列历史巨变，慈禧自己也走上了“变法”之路，推行“清末新政”近十年，其深度和广度甚至超过了戊戌变法。
戊戌政变后，慈禧曾散布光绪病重的消息，以便除掉光绪。不料洋人出面要给光绪看病，慈禧不敢惹洋人，只好作罢。她又想出先为同治立嗣再除光绪的办法，选的皇储是端王载漪之子溥儁，拟元旦时请各国公使道贺支持、过明身份，然遭公使们拒绝。溥仪《我的前半生》说，不是公使们对慈禧为人有什么不满，而是英、法、美、日各国“不喜欢那些亲近帝俄的后党势力过分得势”。慈禧虽“患外人为梗，用荣禄言”，将溥儁改称大阿哥。但洋人庇护康有为，又反对废光绪和立皇储，等于直接干涉和反对她的统治，其内心的愤恨难以形容。
当时，帝国主义列强掀起了瓜分中国的狂潮，民族危机空前严重。千千万万的老百姓将反洋教斗争发展成为一场波澜壮阔的反帝爱国运动——义和团运动。1900年3月从山东开始，各种义和团红黄揭帖、告白公开“张满街衢”，遍分城乡内外居民，甚至送发京官大宅、外国使馆。义和团民迸发出长期积蓄的对外国侵略者的愤懑，在城市农村、街头巷尾处处树旗设坛，请神降仙。荒诞、怪异、原始的迷信、复仇的火焰、求生的本能、洗雪家国、民族之耻辱的强烈欲望，混杂在一起，成为一股极大的狂热力量。相约起事的传单一出，不分男女老幼，“千人立聚，兵刃森立，俨同敌国”，“虽在数百里外，亦征徙往应”，“官员莫敢谁何”。他们头抹红绡，腰系红带，腿扎红布，身佩小黄纸护身符，手持各种原始武器，宣泄般地砸毁教堂、斩杀洋人和或为虎作伥或仅入洋教、或只用洋货的“二毛子”乃至“十毛子”，破坏一切与“洋”字有关的东西，同时屡屡击败前来镇压的清朝军队。5月，义和团相继焚毁了高碑店、涿州、琉璃河、长辛店、卢沟桥火车站和丰台机械制造局，破坏了涿州以南到高碑店，以北到琉璃河的两段铁路，并进入天津、北京铺团。很快，京津亦成了神坛香案的海洋。5月17日起，义和团在北京连续焚烧崇文门、右安门、宣武门内、正阳门外的教会设施以及老德记西药房之类专门贩卖洋货的商店，前门外的大火竟延续三日之久。在冲天的火光中，居民们纷纷把洋油灯扔到窗外，把洋油倒在街上，全城几乎家家门上都贴着表示信奉义和团的红纸条，满街来往的尽是头包红布、手执刀枪的义和团成员及其仿效者。他们在内外城门、大小衙门、各个路口日夜盘查过路行人，捉杀企图混逃出城的洋毛子和二毛子。他们目空一切，无法无天，公然喝令达官贵人在他们面前下马下轿，公然进入王公将相的府邸设坛居住，甚至将一些以洋奴才著称的官吏捉到神坛前，勒令跪香或杀之祭刀。时人胆战心惊地记载说：“红巾满都市，服饰诡异，持刀汹汹杀人。”六月中旬，各地义和团数十人一队，日夜不停、浩浩荡荡进入京津地区。6月15日，义和团开始围攻西什库教堂。6月20日，义和团开始围攻各国使馆。“灭洋仇教”的义和团运动刚刚在山东兴起之时，慈禧的态度是坚决主剿。她多次谕令地方督抚“实力剿捕，毋得养痈贻患”。义和团迅猛发展、进入北京后，因“外国人欺我太甚”而耿耿于怀的慈禧在“剿”“抚”问题上举棋不定。载漪、刚毅等主“抚”，企图利用义和团抗击列强。奕劻、王文韶、刘坤一、张之洞、袁世凯等中央和地方官员，则主张痛剿义和团，避免列强的武装侵略。两派意见正相持不下，一份未经甄别的紧急情报让慈禧下了决心。这份情报把洋人在各地的暴行解释为想逼慈禧归政于光绪。慈禧大怒，立刻下诏“宣抚”团民，下令进攻东交民巷使馆和兵营，发出内帑赏给团民，悬出赏格买洋人的脑袋。为了表示决心，她把主“剿”的兵部尚书徐用仪、户部尚书立山、内阁学士联元等砍了头。就在这一天，借口镇压义和团的八国联军攻占了大沽口炮台。6月21日，慈禧以光绪的名义发布对各国宣战的诏书。但慈禧的决定遭到了刘坤一、张之洞等地方督抚的反对。他们联名电奏清廷，力主剿团乞和，并积极活动，与列强订立条约，实行“东南互保”。慈禧的决心开始动摇。她一方面要求各省将军督抚认真布置战守事宜，继续利用义和团围攻使馆，抗击八国联军，煽动义和团对教民“按户搜杀，以绝乱源”，规定“杀死一名夷人赏五十金，生致者加倍”，杀妇女婴儿的依次受赏，并下达奖励各省拳民焚毁教堂之诏令，还将义和团众带入宫中，企图借义和团之手杀死维新派代表光绪，发动弒君政变。另一方面，又令荣禄前往使馆慰问各国使臣，并于北玉河桥树立大书“钦奉懿旨，保护使馆”的木牌。又分别致国书俄、英、日、德、美、法等国国家元首，请他们出面“排难解纷”、“挽回时局”。并将两广总督李鸿章调任直隶总督兼北洋大臣，准备与列强谈判。但是，八国联军并没有停止进攻。从天津到北京，八国联军疯狂屠杀义和团团民及无辜平民，将其逼入绝境，用机关枪扫射“直至不留一人而后已”。八国联军所过之处，“房屋未经被毁者极为罕见”，大都变成“瓦砾之场”，“尸骸枕藉，道路相望”，至少有五十万人无家可归。8月13日夜，八国联军兵临北京城下。统率武卫军的荣禄和统率神机营的载漪率众从西直门逃散，慈禧太后携光绪从德胜门仓皇出逃西安。
慈禧于途中命奕劻、李鸿章为全权大臣，与列强议和，同时将战争责任推到义和团身上，下达了痛剿义和团的谕令。经过几个月的反复交涉，除参加侵略的俄、英、美、日、德、法、意、奥八国外，又加比利时、西班牙和荷兰共同拟定议和大纲十二条。慈禧见没有将她列为祸首，也没有要她归政光绪，如获大赦。当日电覆，原则上照允，并发布上谕，要“量中华之物力，结与国之欢心”，为尽快达成和议，全部接受了列强提出的条件。1901年9月7日，奕劻、李鸿章代表清廷与十一个帝国主义国家签订了空前屈辱的《辛丑条约》。慈禧完全屈服了，清廷成了洋人的朝廷。
在和议未成之前，光绪二十六年十二月初十日（1901年1月29日），慈禧于西安发布了实行变法的上谕，此为清末新政之始。全文如下：
世有万古不易之常经，无一成不变之治法。穷变通久，见于大《易》。损益可知，著于《论语》。盖不易者三纲五常，昭然如日星之照世。而可变者令甲令乙，不妨如琴瑟之改弦。伊古以来，代有兴革。即我朝列祖列宗，因时立制，屡有异同。入关以后，已殊沈阳之时。
